庆决定将他提拔任用。刘清后来历任四川建昌道员，山西布政使等要职，并在镇压四川白莲教起义的过程中发挥了不小的作用。
怠惰偷安、萎靡不振是乾隆末期官场上普遍存在的现象。嘉庆把这点视为国家的隐忧，认为必须要加以整顿。他多次告诫臣子们应该勤于职守，克己奉公。有一次，内务府官员在处理膳房的一件小事时，敷衍塞责，拖了40天才解决了问题。嘉庆得知此事后厉声斥责这帮官员：“几句话就可以了断的事情，奏折上也超不过百字，为何处理得如此拖沓？！”从嘉庆元年到嘉庆十一年，直隶24个州县里被侵吞白银30多万两，经过查核，发现司书王丽南等人在此期间串通舞弊，伪造印章、串票，盗取银两，活动得相当猖獗。嘉庆痛斥直隶历任督抚大员：发生了这样严重的事情，你们竟然懵然不知，形同木偶，在任期间你们都管了些什么事！最后，按照其在任期间虚收银两数目的多少，将直隶历任督抚颜检、瞻柱、胡季堂等人分别治罪。
但是，嘉定惩治腐败与整顿吏治是不彻底的。他处理贪官污吏的措施中严惩不贷者有之，姑息宽容者更不鲜见。比如嘉庆在处理胡齐仑贪污军需一案时，发现永保、庆成、毕源等大员与此案都有牵连。这些人都有收取贿赂、侵蚀滥用国家公帑的劣迹，但在结案时嘉庆只严惩了胡齐仑一人，其余的大员或是因为祖上立有勋功，或是因为已经故去，都免于深究。他们被抄没的家产，也大多被嘉庆加恩赏还。因此，吏治腐败堕落的局面并没有多少改观。
不过，嘉庆在当政的20多年里，对自己的要求却的确是非常严格的。他每天都要处理繁多的政务，孜孜不倦，从不懈怠。嘉庆十三年（公元1808年）四月，嘉庆喜得皇孙，内阁因此有两天没有向他递送奏章，嘉庆马上对阁臣提出了批评。过了几天，端阳节到了，朝廷大臣们又没有向嘉庆奏事，嘉庆大发脾气，亲自对各部院衙门进行查核，结果查明吏、刑、工等部都是有事不奏，嘉庆随即把有关官员交到都察院论罪议处。
嘉庆亲政伊始，他的老师朱珪曾向他提议要身先节俭，崇尚清廉，嘉庆后来对这一点始终比较注意。以往各省官员进京觐见皇帝时，按照俗例都要进呈贡物。官员们为了给自己邀宠求荣，竞相奉珍宝古玩，花样不断翻新。嘉庆四年，嘉庆在惩办和耐保ㄚ湍诟笏担旱胤焦僭泵遣侔斓母髦止蔽铮训朗亲约禾脱肯氡囟际谴又菹匾韵虏悴闱谜ザ础９僭泵遣欢习∮诿窦洌傩彰窃跄艹惺艿昧耍】銮页氏咨侠吹墓磐嬲浔Γ⒉豢墒常豢梢拢媸遣蝗绶嗤痢４哟艘院螅彩墙饰ソξ锏墓僭保家枰猿痛Γ霾荒芮崴 Ｋ弥夏甑子梢抖冀庠私┑拇罂橛袷谠怂屯局校婕创纶椭迹宦壅庑┯袷说搅撕未Γ家牌诘钡兀扌爰绦靶小Ｍ辏吻旎狗铣四杲谑狈执蟪济墙嗜缫獾墓婢亍Ｋ驳溃骸澳杲谑苯诖蟪济墙嗜缫猓俏巳∫饧椋揖醯谜饷挥卸啻笠庖濉４蟪济蔷醯媚切┒魇侨缫猓铱瓷先シ吹共蝗缫狻！�
为了遏制奢侈之风，嘉庆身体力行，带头倡导节俭。在乾隆多次巡游地方时，各地官员为他修建了许多奢丽的行宫，嘉庆觉得这实在是过于铺张浪费。他认为，各地的行宫只是为了休息一宿而已，用不着刻意修饰。从经济上看，一处行宫若能省下三四万两银子，10处可就是三四十万两了。嘉庆十四年，嘉庆在巡幸五台山之前特地打了招呼。要求地方官员在途中不得大肆铺陈，务必追求俭朴。同年，在庆祝他的50大寿时，嘉庆下令不准在民间广陈戏乐，巷舞衢歌。御史景德为了讨好皇帝，奏请祝寿期间京城演戏10日，以后作为定例，立即被嘉庆革掉了职务。嘉庆就此向大臣们指出：“我发现前代在这种场合的表现比较奢侈，总是要欢宴聚会，上演好多天的戏曲。我心里鄙薄这些做法，并将此作为自己的鉴戒。倘若我忘记了民间疾苦，奢侈地操办庆典，做臣子的应该上书劝谏，这是爱君之道。现在景德竟然向我提出这种建议，他把我当成了什么样的君主？”
对于众百姓的苦难处境，嘉庆是有所了解的，官逼民反的现实更使他心有余悸。对于他来说，缓和尖锐的社会矛盾，安定百姓的生计，刻不容缓。乾隆中叶以后，随着国家的由盛转衰，政治腐败，经济拮据，广大的农村中，连年水旱，灾害频仍，严重地威胁着农业生产和人民生活。对此，嘉庆告诫地方官员，灾情发生后要予以高度重视，认真抚恤灾民，即使花钱再多，也不要吝惜。事实证明，嘉庆在灾区赐赈蠲租时，的确没有吝惜金钱。在治理黄河的工程上，嘉庆更是耗资钜万，前后动用了4000多万两白银，自雍正朝以来，每年治河的工料费一般是60万两白银，从嘉庆十二年（公元1807年）起，嘉庆将工料费骤增到每年160万两。他还屡次对吝惜费用而延误治河工程的事情提出批评。非但如此，嘉庆对治河工程也提出过一些合理的见解。他认为，治河的关键是要保证入海口地段畅流无阻。黄河以前出事，大多是由于入海口地段淤塞，下壅上塞，酿成灾患。因此，他多次提醒治河官员要注意这几点，认真组织民工挑挖疏导。
本来，由于国家积衰日久，国家积蓄并不富足，加上在镇压农民起义、治河、赈灾等方面又有很大开销，使财政更加吃紧，这便迫使嘉庆想方设法，开源节流。他下令裁减了一部分常备兵，节省军事开支。同时，继续实行捐纳制度。不过，嘉庆始终认为开捐决非良策，不过是损下益上之举，准备在川楚白莲教起义平定之后就予以停止（事实上，他并没有做到这一点）。对于增加盐价、赋税折银浮收之类的做法，嘉庆的态度基本上是否定的，他表示，食盐是人民生活日用品，一旦增加盐价，则人人都会受到扰累，因此对之要慎重考虑。赋税折银浮收会对国家财政收入有好处，但百姓要深受其害，贪官污吏又可以从中大做手脚。嘉庆十四年，闽浙总督阿林保奏请漕粮加折收纳，结果遭到嘉庆的一顿痛斥。清朝入关以来，八旗兵都驻扎在北京和其他大城市，依靠粮饷过活。八旗人口不断增加，而兵有定数，饷有定额，结果逐渐产生了一大批闲散旗人。清政府又不允许他们从事各种生产活动，这批闲散旗人整日无所事事，游手好闲，吃喝玩乐，成为毫无自立能力的蠹虫。为了维护他们的生计，清政府不得不多次赏赐银两，增加兵额，背上了一个沉重的经济包袱。嘉庆经过筹划，决定将一批闲散旗人送到地旷人稀的关外，由官府拨给他们土地，他们可以把土地出租给佃户开垦，也可以自己耕种。但这些八旗子弟早已习惯于恣情享乐的城市寄生生活，如今连受领土地、坐收租息也不愿意，嘉庆的移垦措施最后只能以失败而告终。
三、镇压起义闭关锁国
前面说过，嘉庆即位时，社会矛盾尖锐，农民起义不断发生，就在嘉庆元年（公元1796年）他刚附登上皇帝宝座，就爆发了震撼全国的川、楚、陕白莲教大起义。白莲教是唐末以来流传于民间的一种秘密宗教，当时在川、楚、陕等地相当盛行。白莲教的教义宣传世界上存在着明、暗两种对立的因素，它们分别代表善良、合理和罪恶、不合理，两种因素一直进行斗争，但最终光明一定会战胜黑暗。白莲教的教徒都自认是“无生老母”的儿女，应当同生死，共患难。灾难深重的贫苦百姓为了寻找精神上的寄托，纷纷加入了白莲教。与现实相联系，白莲教徒们提出了“清朝已尽”、“日月复来属大明”等口号。清政府发现白莲教的发展对自己的统治构成了威胁，下令严拿白莲教徒，地方上的贪官污吏趁机掀起了一股敲榨勒索百姓的歪风。比如四川达州知州戴如煌，派出5000多名衙役，以搜捕白莲教为名，肆意搜刮民财，弄得当地民不聊生。湖广武昌府同知常丹葵，在缉拿自莲教徒的过程中，暴虐贪横，残害百姓。对人稍有怀疑，就动用酷刑，将人钉在墙壁上，或者用铁锤猛敲身体，令人肝胆欲裂，痛不欲生。在其他地区，这些现象也不少见。于是，小规模的白莲教起义不断发生。这次川、楚、陕白莲教起义首先在湖北宜都、枝江两县爆发，接着迅速扩大到襄阳，长乐、长阳等地，四川、陕西的白莲教组织也纷纷起义响应，自莲教起义的烈火汇聚成一片，声势浩大。起义军依靠广泛深厚的群众基础和川、楚、陕险恶复杂的地理形势，与清军周旋作战，摆疑阵、设埋伏、攻城池，机动灵活，行动飘忽，多次挫败了清军的围剿。
川、楚、陕白莲教大起义使太上皇乾隆极为震惊，他命令川、楚、陕各省的督抚将军率军全力镇压境内的起义军，并陆续抽调八旗兵和各省的绿营兵参战。然而几年下来，虽然投入了大量兵力，耗费了7000多万两饷银，白莲教起义的烈火却仍持续燃烧。这除去起义军方面的骁勇善战之外，在很大程度上与清军的腐败堕落有关。清朝军事力量的两大支柱八旗和绿营到此时已经严重丧失了战斗力，军纪腐败不堪。士兵们平素敲榨百姓、抢掠财物时无所不能，与起义军交锋时却毫无斗志，畏缩不前。军中将领侵吞军饷、贪赏冒功、懦怯避战的现象更是屡见不鲜。白莲教起义爆发后，在京的八旗将领曾一度踊跃请缨参战，但他们率军到了前线却只顾四处搜刮财物，根本不听军令约束，以致前线的清军将帅叫苦不迭，请求嘉庆赶快将这批京兵撤回去，以免影响作战。无奈之中，清政府只得组织地方武装乡勇团练来加强镇压白莲教起义的力量。乡勇不是国家正规军，受到八旗和绿营的歧视。作战时乡勇被推到前面作替死鬼，战事结束后各种功劳却又没有他们的份，乡勇对此心怀不满。这样反复围剿的结果，只能是徒自劳师靡饷。
嘉庆面对征剿不力、烽烟不息的形势，忧愤交加，寝食不安。亲政之后，他在总结以往经验教训的基础上，立即着手调整对付起义军的对策，嘉庆四年（公元1799年），他惩治了和⒋魅缁汀⒊５た⒑肼氐热耍选肮俦泼穹础钡淖镌鸲纪频搅苏庑┨肮傥劾羯砩希枰云较⒚穹摺Ｋㄚ颓寰欤赋鲆酝械慕觳灰跃裎兀痘暧肮ν题茫窈蠖哉庑┍锥艘峋龆啪Ｎ烁谋涓髀非寰幌嗤呈簟⒆髡叫卸岩孕鞯木置妫吻烊蚊毡Ｎ源蟪迹骋恢富哟ā⒊⑸隆⒃ァ⒏饰迨〉木印＠毡Ｔ谥暗陌肽昀铮质莆醇米吻焖旖毡４吨巫铮悦髁两庸芫允挛瘛Ｃ髁烈彩欠α靥欤吻煊纸髁脸分按岳盏抢毡！Ｔ诎肽曛冢吻烊胃痪源蟪迹杉蜓蛊鹨寰那榈钠惹小４送猓吻旎寡铣土艘慌髡讲涣Φ耐潮笤薄Ｓ辣！⒕鞍病⑶爻卸鳌⒒萘涞热艘蛭白菰簟钡淖锩蛘弑欢ㄎ雷铮蛘弑磺彩呓蛘弑唤导兜饔谩Ｒ酝俗涣榈那宄禄鳎诩吻斓牟僮菹驴技铀僭俗鹄础�
太上皇乾隆镇压白莲教起义一味实行军事围剿。嘉庆从几年的实践上看出这种做法并不能完全解决问题，于是采用了剿抚兼施的两手策略。嘉庆宣布“但治从逆，不治从教”，即对白莲教的活动不予禁止，但对白莲教起义军要坚决镇压，嘉庆几次下诏，允许一般起义军将士投奔朝廷，凡能擒获起义军首领归顺的，都可受到赏赐，临阵投降，或者是自行逃散的，也可以放归乡里，安排生计。可是嘉庆的招抚政策并没有收到预期的效果，白莲教起义军将士同仇敌忾，即使在作战不利的形势下也是咬紧牙关，浴血奋战，决不轻易向朝廷投降。这使得嘉庆感到非常恼火，他于是采用了坚壁清野政策。这项政策早在白莲教起义初期曾由明亮等人提出过，当时未被乾隆重视。嘉庆在亲政之后对这项政策加以充分肯定，下令在川、楚、陕、甘等地广为推行。坚壁清野的主要内容就是在起义军出没地区四处合并村落，修建堡垒，在山区扼险结寨，在平原地区掘壕筑堡，将百姓都驱赶到堡垒之中，清查户口，限制人员出入，强行隔断起义军与贫苦百姓的联系。寨堡四起之后，嘉庆又积极组织团练乡勇，扩大地主武装。他下令军中努力纠正以前的做法，不得歧视团练乡勇。凡乡勇立功、阵亡者都要同正规军一样对待。嘉庆推行的这些措施给白莲教起义军造成了严重威胁，起义军在人员的补充、给养的供给等方面都面临许多困难，游击作战四处受阻，清军在战场上逐渐占据了优势。
嘉庆九年（公元1804年），白连教大起义被镇压下去了。这次起义历时近10年之久，起义军纵横川、陕、楚、豫、甘5省，抗击了清政府从16个省调集的军队，使清政府耗费饷银2亿两，严重地动摇了清朝的统治基础。从此，清王朝陷入了武力削弱、财政窘迫的困境，嘉庆的日子愈发难熬。
就在川、楚、陕白莲教起义方兴未艾之际，湘、黔一带的苗民起义又掀起了澎湃的波澜。虽然起义规模较小，但此起彼伏，相互呼应，一直坚持到了嘉庆十二年。
嘉庆十八年，北方大地又涌起了农民起义的风云，李文成、林清等人领导的天理教起义爆发了。天理教是白莲教的一个支派，它的教徒按八卦名称分股活动，所以也称为八卦教。川、楚、陕，白莲教起义失败后，天理教首领李文成、林清等人积极活动，秘密组织反清起义。嘉庆十八年九月，河南方面不慎泄露了起义的机密，李文成身陷囹圄，河南滑县的天理教徒遂提前举行起义，救出了李文成。直隶的长垣、东昌，山东的曹县、定陶随之也接连起事。嘉庆闻讯后急忙饬令直隶总督、河南巡抚率军前去镇压，可他万万没有想到，起义军战士竟然打进了北京皇宫！九月十五日，林清组织的一部分起义军化装潜入了北京城，然后按照原定计划，在内线太监的引导下分别由东华门和西华门闯进了宫中。他们白布裹头，高举“大明天顺”、“顺天保民”的大旗�