张煌言、张名振只得率部航海至厦门，依附郑成功。
由于郑成功不承认监国政权，而在西南建立的永历朝廷基本上得到了包括郑成功在内的南明各方势力的一致拥护。1653年三月，鲁监国朱以海为了大局，也承认了永历帝的正统地位，派使者上疏提出退位归藩。永历帝为了维护朱明王朝对东南地区的影响，仍然让朱以海保留监国的名义。但这并没有多大实际意义，福建沿海的抗清实力基本上控制在郑成功手里，鲁监国只是作为“寓公”过着寄人篱下的生活。
鲁监国政权既然已经失去了自己的基地，飘泊无所，粮饷无源，客观上形成投奔郑成功的势态。这样，在鲁监国的文官武将中就出现了分化，有的转入郑成功部下，如闽安侯周瑞等人；有的则以寓公自居。定西侯张名振和监军张煌言始终只愿同郑成功保持同盟关系。
郑成功初见张名振，颇为轻慢。张名振袒背露出刺绣甚深的“赤心报国”四字，郑成功这才肃然起敬。但郑成功对张煌言却一直相当敬重，曾称赞他始终忠于鲁监国“与吾岂异趋哉”。二张在依附郑成功期间，始终保持着军队相对的独立性，避免了被吞并的危险。但双方的隔阂以至疑惧自然是难免的。
在中国一度不明确的混乱中，南明曾经不断派人去日本招募兵士，以取得武器和战争物资。隆武帝曾经派人求助于江户幕府，鲁监国曾与日本中极有势力的岛津氏族联络，但日本人对这些请求都没有给予明确的答复。
【十 郑成功的崛起】
舟山失守以后，鲁监国朱以海来到厦门依附郑成功时，部下的兵将还不少。郑成功把鲁监国的兵败来会，看成是建立自己独霸东南沿海局面的良机。邵廷采在《东南纪事》中记载：“郑芝龙之北也，遗书戒成功曰：众不可散，城不可攻；南有许龙，北有名振，汝必图之。”郑成功自从起兵以来，基本上是按照郑芝龙的路子走的，即以闽海为根据地，对浙江以北、广东以西沿海武装，不管是属明还是属清，一概视作异己力量，千方百计加以兼并。
郑成功不承认近在咫尺的鲁监国政权而遥奉永历，并不是由于朱由榔在血统上近于帝室，而是欣赏“天高皇帝远”，这符合他一贯的思想：“东南之事我为政”。在郑成功内心深处，未必真的尊重那位永历皇帝。1649年（顺治六年）前后，郑成功为了粮饷，与南明永历政权的郝尚久争夺潮州，导致清军乘虚而入，郝尚久一怒下投降了满清。鹬蚌相争，渔翁得利。这样，潮州就落入了满清之手，郑成功和南明永历政权谁都没有占到便宜。这充分说明了郑成功扩张自己的领地的策略，这大概是他们海盗家族的天性使然。只不过在大敌当前的形势下，郑成功这样的表现只能说明他缺乏作为统帅人物的全局观。他遇事容易冲动，往往凭一时的好恶不计后果地处理问题，在许多事情中都表现了出来。下面我们详细来讲郑成功的一生。
1644年国变的时候，郑成功还只是个书生，一直呆在福建老家。中国有句古语说，“百无一用是书生”，对于郑成功来说，若不是1644年的那场大变，他大概永远也成不了名垂青史的民族英雄，因为此时郑家在东南沿海财大势大。
无论是在中国还是日本，郑成功都是一个使史学家、剧作家着迷的传奇人物。郑成功于天启四年（1624年）生于日本。幼读书，为南安诸生。福王时，郑成功入国子监，师礼钱谦益。郑成功开始只以读书为事，未曾预兵柄，一直到郑芝龙投降满清，才慷慨募兵。郑成功回信给父亲的招降信说：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今吾父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”然后，将他平时所穿的儒服烧了，拜辞孔庙，乘巨船而去。
郑成功在叔父郑鸿逵的支持下，率领部下先在广东南沃岛起兵，继而挺进厦门鼓浪屿，1650年（清顺治七年）占领厦门、金门两岛。以后与清军展开不断的战斗，逐步收复了福建漳、泉地区，并控制了北至浙江舟山，南至广东潮惠的东南沿海地区。
郑成功从1646年底开始组建自己的军队，几年内，郑成功加强了自身力量的积聚，广泛召募文武人才。他“国姓爷”的名头，为他招集兵将、扩大军事实力提供了不少方便。
1651年（清顺治八年），郑成功的军队日益扩大，粮饷就成了最大的问题。郑成功决定亲自带领主力前往潮州，筹集粮饷，留堂叔郑芝莞留守厦门。郑成功出师后不久，遇到郑鸿逵前来接应。左先锋施琅此时已经看出厦门新定，主力在外，难免生变，此行结果也难以预测。但施琅知道郑成功性格刚强，不敢直说，就假说自己做了个梦，预示出师前景不利，请郑成功慎重考虑。郑成功并没有听出施琅的弦外之音，认为他白日说梦，心存胆怯，当即下令把施琅的左先锋印和部下兵将移交给副将苏茂掌管，让施琅随定国公郑鸿逵一道回厦门。
果然如施琅所料，清朝福建巡抚张学圣、巡道黄澍、福建右路总兵马得功获悉郑成功主力已经南下，厦门守兵单薄，预备攻打厦门。但这三人并非是为了清廷的利益，而是为了自己的腰包。郑芝龙因为是海盗出身，开创了海外贸易的垄断地位，积累了常人难以想象的巨大财富。这三人对于郑氏家族的巨额财富早就垂涎三尺。
这其中还有一层微妙之处。郑氏家族除了郑芝龙被软禁在北京以外，郑芝龙的母亲黄氏和五弟郑芝豹仍然居住在安平老家，处于清方的控制下。张学圣三人密议后，先去跟郑芝豹打了招呼。三人调集军队偷袭厦门时，搜集了七十条船，其中郑芝豹就提供了八艘。
厦门守将被击败，郑芝莞惊惶失措，乘船逃跑。不久，清军攻入厦门城内，仓猝之间郑成功的妻子董氏带着郑经、怀抱祖宗牌位乘小舟逃到郑芝莞船上。寄居厦门的大学士曾樱自杀。清军占领厦门后，把郑氏家族的金银财宝掠夺一空。
张学圣和黄澍在厦门分赃后，就先行离开，马得功仍留在岛上。这时，郑鸿逵带领的军队到达厦门，“复将城围住”。马得功被困在厦门城内，无法脱身，又估计到郑成功主力回师后必遭灭顶之灾。于是，他派人去安平向郑芝龙的母亲求情，请黄氏写信给郑鸿逵，让他网开一面。郑鸿逵碍于母命，除了归还缴获的郑芝豹提供的八艘船外，另派三十艘兵船将马得功及其部众送回大陆。
不久，郑成功率舟师返航，得知事情始末后，将郑芝莞斩首，传示军中。郑鸿逵知趣地交出了全部军队，不再参与军事，只留下部分船舶从事对外贸易，自己搬往白沙居住，之后老死在那里。
到这个时候，郑成功已经排除或完全制服了他在郑氏家族中所有的对手；并且，在这年年底，他合并了绍兴的鲁王朝廷失败后幸存的水师。这标志郑成功崛起的第一阶段的结束，他这时候才二十七岁。但就这时，发生了施琅叛逃的事件。
各种人物在历史上的作用是非常复杂的，个人的恩怨有时会改变历史的局部面貌。施琅和郑成功是明清双方争夺福建沿海地区和台湾起了决定性作用的两个人物，所以这两位先后咤叱风云的人物的分道扬镳对时局有很大的影响。
施琅，字琢公，福建晋江人。最初在明总兵郑芝龙部下任左冲锋。1646年（顺治三年），清军进福州，施琅跟随郑芝龙投降清军，然后被拨归佟养甲、李成栋麾下，从征广东，攻打南明两广政权。李成栋突然“反清复明”后，施琅也跟着李成栋“反清复明”。施琅这个人的忽明忽清跟吴三桂和李成栋大不一样，他是个典型而纯粹的军人。从施琅的前后表现来看，他是个勇敢的将领，但缺乏政治主见，在政治上表现出反复无常。对他而言，谁当政都无所谓，“士为知己者用”是他信奉的唯一行为准则，他总是以个人的立功扬名置于王朝利益之上；但这也充分表明施琅并无非分之想的政治野心。但因为南明内部争斗不断，加上李成栋对福建将领的排挤，施琅等闽将又重新投归郑成功。
清军袭占厦门岛时，施琅率领部卒数十人奋力作战。郑成功回到厦门论功行赏，奖给施琅白银二百两。表面上郑成功是赏罚分明，但施琅一贯恃才傲物，郑成功早对他怀有戒心。所以尽管郑成功肯定了施琅在厦门迎战清军的功绩，却不肯归还他的兵权。
施琅在广东时曾经委婉地提请郑成功注意主力西进后后方兵力单薄的危险，郑成功听不进不同意见，解除了他的兵权。在施琅看来，自己在总的用兵策略上提的建议已经被事实证明是正确的，遣回厦门以后又不顾个人安危，奋勇同清兵作战，满心以为郑成功班师归来将恢复自己的左先锋职务。不料，郑成功回到厦门以后，并不让他官复原职，左先锋仍由苏茂担任，而且提升施琅的副将万礼为镇将（即总兵），施琅依旧落职闲住。
施琅因此大为不满，他这个人最大的缺点就是喜怒形于色，得意时踌躇满志，失意时口吐不满，竟然向郑成功说自己心灰意懒，想去当和尚，借以试探郑成功对他的态度。郑成功并不为所动，只叫他另行募兵，组建前锋镇。施琅见难以挽回，一气之下真的剃光了头发，不再参见郑成功。郑成功少年得志，性格刚愎自用，自然对施琅的态度衔恨在心。
不久后就发生了曾德事件。曾德原先是郑彩部下的将领，郑芝龙降清后，曾德不大得志，在郑成功军中受施琅节制。施琅被削去兵权后，曾德为求出头之日，利用过去在郑氏家族军队中的关系投入郑成功营中，充当亲随，即所谓“恃郑氏亲昵，逃于郑所”。施琅听到消息后，大为愤慨，派人把曾德捉回斩首。郑成功“驰令勿杀”，施琅却悍然不顾，“促令杀之”。
郑成功见施琅违令擅杀郑氏旧将，勃然大怒，断定他是反形已露，命人包围施琅住宅，将施琅和家属全部逮捕。不可思议的是，施琅被捕后，竟然在一些亲信部将和当地居民的掩护下，奇迹般地逃到大陆。郑成功获悉施琅已经逃入清方管辖区后，怒不可遏，将施琅的父亲施大宣、弟弟施显处斩。
施琅虽然逃走，却还没有投靠满清，直到得知父亲和弟弟被杀的消息后，这才对郑成功恨之入骨，死心塌地投靠了清朝。
后来的事实证明，施琅在明清之际确实是数得上号的出类拔萃的将才，但他在军旅生涯的前期始终没有受到重视：跟随黄道周率军援赣时所提建议被拒不听用；降清后随李成栋入粤又备受压抑；广东反正后转入郑成功部下本想大显身手，却仍受到部分将领的排挤，郑成功也未能发挥其所长。而后来康熙皇帝对施琅恩威并用，深得御将之道，施琅作为一位杰出的海军将领的才能充分得以展现。
郑氏家族靠海上活动起家，而清军不习海战，这是郑军能够长期活跃于东南沿海的重要原因。因为郑成功处置失当，施琅投入了清方怀抱，使清廷能够建立一支足以同郑军相抗衡的水师，这对后来局势的发展是关系匪浅的。
从1651到1652年（顺治八至九年），郑成功在福建沿海地区多次击败清军，成了一股不可忽视的力量。郑成功对清廷来说，有如芒刺在背。从1652年起，顺治皇帝利用被软禁在北京的郑芝龙，开始与郑成功和谈，历时两年。为了表示诚意，清廷还将1651年攻入厦门掠夺郑成功等人家产的福建巡抚张学圣、总兵马得功、兴泉道黄澍交三法司审讯。但刑部、都察院、大理寺三法司会审时，张学圣、马得功、黄澍一口咬定“城内没有财物”，抵赖得干干净净。三人暗中用赃物买通了一些官员，三法司在定罪时游移其词，最后不了了之。但逮捕巡抚、总兵、道员一举，实际上是对郑成功表示一种和解的政治姿态。
清廷让郑芝龙出面写信，动以父子之情，并表示只要郑成功剃发归顺，即可保持自己的军队，仍旧镇守福建沿海，不必进京，借以解除郑成功担心重蹈父亲覆辙的疑虑。而郑成功从自身利益出发，对劝降书信迅速作了回答。
在这里，人们有机会看见了郑成功一生中最狡诈的表演。他真的考虑降清吗？他对落在清廷手中的父亲和其他亲属的命运真的无动于衷吗？或者，他拖延谈判是为了筹集战争资金和保护他的父亲？
显然，郑成功把“和谈”看成是一种缓兵之计；而清廷的目的则是“招抚”，就是说，让郑成功心安理得地投降。在这样各怀目的的情况下，双方自然永远达不成协议。郑成功表面上为自己赢得了时间，但因为清军一贯的不善水战，满清同样也赢得了时间。所以在和谈失败后，双方都急切地要一决雌雄。
1654年（顺治十一年）年底，清帝命郑亲王世子济度为定远大将军，率师征讨郑成功。郑成功则立即出兵收复漳州，并包围了泉州。这个时候，郑成功写信给泉州守将，说你们先投降我，我再带你们投降清朝。郑成功的态度似乎有些游移不定，到底主和还是主战，是为清还是为明，但其实他是为了自己的地盘。郑成功的这种信件当然起不了任何作用，反而被福建巡抚佟国器回信斥之为“侈口而谈，骄蹇满纸，殊堪喷饭”。
面对清方主力的迫近，郑成功采取的对策是扬长避短，把兵力集中到海上。为了避免清军凭城固守，他下令拆除了大陆上邻近厦门的大多数城市和据点的城墙。同时，清廷颁布了第一道海禁命令。
之后不久，郑成功派人会同张名振部收复了舟山群岛。但不久后张名振去世，死因众说不一，一说为郑成功派人毒死。张名振在临终前把自己的旧部托付给监军兵部右侍郎张煌言，郑成功却下令由陈六御接管。但次年清军再度占领舟山，陈六御阵亡，张煌言成了原鲁监国系统军队的主要领导人，继续同郑成功联合作战。
济度于1655年九月到达福建，他的军队由于长途行军而疲惫不堪。直到1656年四月，他才有能力对金门岛发动一次进攻。随后的战斗被飓风打断，结果清军舰队全被摧毁。
本来形势对郑成功十分有利，但这个时候又出现了海澄事件。
郑成功御将�