如蜮”，因而官运亨通。原任工部尚书孙杰，身边藏有“袖珍手册”，上面罗列朝野正直人士的姓名、事迹，称为“门户”（意为朋党），随时提供给魏忠贤打击异己时参考。这些人都遭到“削籍”的处分。
已经死去的原任内阁大学士魏广微也没有逃脱。此人因为与魏忠贤同乡同姓而格外受到器重，他自己干脆与魏忠贤认为“同宗”，以亲信自居。吴应箕《启祯两朝剥复录》指出，起先专横的魏忠贤还有点忌惮内阁，自从魏广微卖身投靠以后，就可以利用内阁攻击外廷。于是乎，阉党气焰嚣张，毒遍海内。朱由检原本考虑到此人已死，不想追究；待到罪状明朗化以后，以为非惩处不可。他在谕旨中指出：魏广微借重魏忠贤的威势，钳制朝政，把国家大权交给逆党，是毒遍海内的罪魁祸首。为此，决定取消他的功名，追夺他的恩荫，警戒那些附奸不忠的大臣。
与魏广微沆瀣一气的顾秉谦，此时仍在昆山老家逍遥自在，几次弹劾都未能扳倒他。当地百姓怒不可遏，终于引发出六月五日火烧顾府的民众暴动，知县衙门慑于众怒，束手坐视，不加干预。揭发顾秉谦罪状的传单到处流传，群情更加激愤。七月十三日，百姓聚众捣毁顾府部分房屋，七月二十四日人群冲入顾府，洗劫资财，纵火焚烧。年已八十的顾秉谦仓皇逃命，窜入一条渔船躲藏，才幸免一死。
销毁篡改历史的《三朝要典》
前贤有云：“史论即政论。”对于历史的评论，往往被用于###。所以英国历史学家汤因比要慨乎言之：“历史是胜利者的宣传。”《三朝要典》的出现，也是如此。
《三朝要典》是魏忠贤得势之后，为了迫害忠良、擅权乱政，而炮制的舆论工具。这部书篡改历史，打着重新评判万历、泰昌、天启三朝发生的“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”的幌子，编造种种诬陷不实之词。因为在这“三案”中遭到正直人士非议的官员，大多投奔到魏忠贤门下，他们想洗刷身上的污点，必须颠倒是非，篡改历史，迫害那些与“阉党”殊死搏斗的正直人士。它的出笼过程大体是这样的。
首先出马的是御史杨维垣，他推翻“梃击案”的结论，导致当年主持此案审查、现任刑部侍郎王之寀被革职为民。
清查阉党，除恶务尽（4）
接着给事中霍维华全盘推翻“梃击案”、“红丸案”、“移宫案”的结论，攻击了刘一璟、韩爌、孙慎行、张问达、周嘉谟、王之寀、杨涟、左光斗、周朝瑞、袁化中、魏大中、顾大章等正直官员。霍维华的这篇奏疏洋洋洒洒几千字，等于为日后的《三朝要典》奠定了雏形。无怪乎魏忠贤要对他大声喝彩：“这本条议，一字不差！”
天启六年（1626），经过几个月的炮制，二十四卷《三朝要典》出笼。这部书的总裁是内阁大学士顾秉谦、李绍轼、黄立极、冯铨，副总裁是礼部侍郎施凤来、杨景辰，以及詹事府詹事姜逢元等。顾秉谦还代替皇帝草拟了“御制序”，企图用这种皇帝“钦定”的方式来统一舆论。
怎样看待这部先帝“钦定”的、并且有“御制序”的著作，在当时无疑是一个敏感的政治问题。就其内容而言，这部书与当前的政治形势已经格格不入，必须予以否定；然而要否定一部有先帝“御制序”的书，谈何容易！如果绕开它，或者搁置不议，那么清查“阉党逆案”势必难以深入，而不了了之。
首先触及这个问题的是，新任南京兵部武选司主事别如纶。他在崇祯元年（1628）三月的奏疏中指出，皇上登极以后，阴霾烟雾完全消失，不过政治是非还未澄清，这就是对《三朝要典》的看法。被《三朝要典》指责为“奸邪”而遭到排斥驱逐的，都是皇上给予抚恤、给予谥号，赞许为“理学节义”的大臣。如果至今仍要把《三朝要典》看作信史，那就没有是非可言了。锦衣卫的许显纯之流受魏忠贤指使，迫害杨涟、左光斗等人，所谓“供词”，都记载在《三朝要典》，难道不应该删除吗？崔呈秀早已抄家戮尸，他的一篇文章还赫然列于该书篇末，难道还要保存，继续和皇上的谕旨对抗吗？
也许别如纶对于《三朝要典》的批判没有抓到要害，特别是它过于强调该书的论断多与皇上圣意相矛盾，显然把朱由检和朱由校置于对立地位，这是朱由检不愿意面对的难题，所以他在批示中一再反问：“有何矛盾？”因此它没有接受别如纶的请求。
一个月以后，翰林院侍读学士倪元璐再次提及此事，并且把别如纶删改《三朝要典》的建议，升格为销毁《三朝要典》。这一回，朱由检毫无反感地欣然同意，因为这样就彻底解决了“有何矛盾”的棘手问题。
确实，倪元璐的政治眼光胜过别如纶一筹，他在题为《公议自存私书当毁》的奏疏中，寥寥数语就点破了《三朝要典》的政治目的：“杨涟（弹劾魏忠贤）二十四罪之疏发，魏广微之辈门户之说兴，于是逆党杀人则借‘三案’，群小求富贵又借‘三案’，经此二借，而‘三案’之面目全非。”这实在是令人佩服的深刻分析：表面上是写历史，实质上是借歪曲历史来镇压反对派。中国历来有借古讽今的传统，魏忠贤居然可以借“史”杀人，宵小之徒可以借“史”升官，历史经过他们这么摆弄以后，变得面目全非了。经过这样的分析，倪元璐得出结论：梃击、红丸、移宫这“三案”，已经成为天下之公议，《三朝要典》则是魏忠贤的“私书”，删改是徒劳之举，必须彻底销毁，然后开国史馆纂修《天启实录》，留下一段信史。
朱由检非常欣赏倪元璐的主张，要礼部会同国史馆详细议论此事。多数大臣倾向于销毁《三朝要典》。但是事情并非一帆风顺。
翰林院侍讲学士孙之獬仿佛面临灭顶之灾，跑到内阁力争，此书不可毁，说罢号啕大哭。御史吴焕立即予以驳斥，抓住孙之獬强调“不可毁”的主要理由：先帝的“御制序”岂可投之于火。他说：这是以“御制”二字压皇上不敢有所动作。内阁大学士来宗道与“阉党”有染，竭力为孙之獬辩护，代皇帝起草谕旨，轻描淡写：“孙之獬已经回籍，词林闲局，不必过求。”兵部尚书霍维华当年是编撰《三朝要典》的吹鼓手，生怕连累自己，也极力主张此书稍加删改即可，不必销毁。
清查阉党，除恶务尽（5）
由此可见，如果不销毁《三朝要典》，势必为“阉党”余孽留下回旋余地，后患无穷。
有了这样的舆论准备，朱由检终于下定决心，不再顾虑“御制序”，以及兄弟之间“忍心狠手”的讥讽，在崇祯元年（1628）五月初十日下达谕旨：把皇史宬收藏的《三朝要典》予以销毁，并且传示全国各地官府、学校，把此书及其刻板全部销毁。从今以后，官方不得再以此书来定褒贬，人才不得再以此书来定进退。
真是快刀斩乱麻，雷厉风行，痛快淋漓，毫不拖泥带水，显示了一个成熟政治家的独断品格。他并不因为书中有先帝的“御制序”，而讳莫如深，缩手缩脚，倘若凡是先帝作出的决定都不可推翻，那么清查“阉党逆案”，推行新政，根本无从谈起。
公布阉党逆案名单
自从天启七年（1627）十二月二十三日朱由检正式下令清查“阉党逆案”以来，“阉党”重要成员已陆续曝光，把他们的名单与罪状昭示于天下的条件成熟了。
崇祯二年（1629）正月十七日，朱由检召见内阁大学士韩爌、李标、钱龙锡，以及吏部尚书王永光、都察院左都御史曹于汴等人，要他们确定“逆案”名单。规定他们必须集中在内阁审阅有关罪证材料，按照罪状分别为首恶、附逆、谄附、倾陷、拥戴，然后会同刑部尚书乔允升，依据法律作出处理。他的宗旨是除恶务尽，但是那些阁部大臣却有点畏首畏尾，力图以和稀泥的方式了结此事。韩爌、钱龙锡等内阁大老，虽然并非“阉党”分子，但都不想树敌过多，招来麻烦，因此第一次报上去的名单只有四五十人。朱由检很不满意，要他们广泛搜求。第二次报上去的名单仍然只有几十人，朱由检发怒了，指责他们不肯按照他的旨意办事，说：魏忠贤一个人在宫内，如果没有外廷的逢迎，怎么落到如今这个地步？你们并非不知道，而是害怕结怨。
过了几天，朱由检再度召见内阁大臣，把一个黄色包袱交给他们，里面全是为魏忠贤歌功颂德的奏疏，要他们把这些“结党实迹”整理出来，一一列入名单。阁臣们知道难以回避，便寻找借口推脱：臣等职掌仅限于票拟谕旨，不熟悉法律。再次显露出畏缩怯懦的心态。朱由检不得不委托吏部尚书王永光来操办此事，王永光也不愿意挑这副担子，回答说：吏部只熟悉官吏的考核，不熟悉法律。其实，王永光心中有鬼，不久就有人指责他“阴附阉党”，现在又企图“曲庇香火”，为自己留下回旋的余地。朱由检只得把这项工作交给刑部尚书乔允升。
如此反复多次，“阉党逆案”名单才得以确定。
崇祯二年（1629）三月十九日，朱由检以谕旨的形式公布“钦定逆案”名单。
此次清查阉党逆案，除首恶魏忠贤、客氏已明正典刑，其余七类，“首逆同谋”六人，“交结近侍”十九人，“交结近侍次等”十一人，“逆孽军犯”三十五人，“谄附拥戴军犯”十五人，“交结近侍又次等”一百二十八人，“祠颂”四十四人，共计二百五十八人。如果加上漏网名单五十七人，则共计三百一十五人。
“首逆同谋”六人：兵部尚书崔呈秀，宁国公魏良卿，锦衣卫指挥使侯国兴，太监李永贞、李朝钦、刘若愚，按照“大逆”律减等，一律拟斩。
“交结近侍”十九人：提督操江右佥都御史刘志选，太仆寺署事御史梁梦环、倪文焕，兵部尚书田吉，蓟辽总督兵部尚书兼右副都御史刘诏，太仆寺少卿孙如冽、曹钦程，大理寺副许志吉，刑部尚书薛贞，工部尚书吴淳夫，右副都御史李夔龙，丰城侯李承祚，国子监生陆万龄，锦衣卫左都督田尔耕、许显纯，锦衣卫同知崔应元、张体乾，锦衣卫右都督孙云鹤、杨寰等，按照“交结近侍奸党”律，一律论斩。
“交结近侍次等”十一人：大学士魏广微，工部尚书徐大化，吏部尚书周应秋，兵部尚书霍维华，御史张讷，总督尚书阎鸣泰，太仆寺少卿李鲁生，右副都御史杨维垣，南京兵部右侍郎潘汝桢，昌平都督郭钦，孝陵太监李之才等，按照“交结近侍奸党”律减等，发配边疆充军。
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清查阉党，除恶务尽（6）
“交结近侍又次等”一百二十八人，惩处较轻。例如：内阁大学士冯铨、顾秉谦、张瑞图、来宗道，户部尚书郭允厚，工部尚书薛凤翔，太仆寺少卿李蕃，户部尚书张我续，工部尚书孙杰，延绥巡抚朱童蒙，工部尚书杨梦衮，右都御史李春茂，吏部尚书王绍徽，左都御史曹思诚，光禄寺卿阮大铖，漕运户部尚书李精白等，只判处“削籍”（削除官籍）。又如：内阁大学士黄立极、施凤来、杨景辰，吏部尚书房壮丽，督师辽东兵部尚书王之臣等，只判处“冠带闲住”（罢官）。
由此可见，要真正做到“除恶务尽”，谈何容易！
在清查“阉党逆案”的同时，崇祯二年（1629）恰逢考察京官的“京察”，也在进行中，其宗旨毫无疑问是清除官僚队伍中的“逆党”。遭到清除的有：为魏忠贤生祠卖力、屡次向魏忠贤献媚的太仆寺少卿李宣培，拆毁白鹿洞书院的南京太仆寺少卿彭惟城，为崔呈秀专干坏事的太常寺卿蒋一骢，为王绍徽出谋划策的浙江巡抚、兵部右侍郎张延登，把田尔耕认为同宗的四川巡抚、右副都御史田仰，以魏忠贤幕客身份充当《三朝要典》实际总裁的大理寺左寺丞谢启光，以周应秋女婿充当魏忠贤义孙的礼部郎中虞大复，吹捧魏忠贤是“魏祖爷真活神道，到处通灵”的礼部郎中周宇宠等。
从以上揭发出来的材料不难看出，在“阉党”专政的非常时期，大批官员卖身投靠魏忠贤，极尽奴颜婢膝之能事，为了自己升官发财，对魏忠贤及其亲信献媚邀宠，无所不用其极。到了“阉党”垮台，又千方百计地隐匿掩饰，妄图蒙混过关。“京察”中所揭露出来的只是一部分，不少人还是成为漏网分子。可以设想，假如不清查“阉党”逆案，要想推行新政，几乎是不可能的。以皇帝圣旨的名义“钦定逆案”，清除几百个“阉党”分子，无论如何是必要的、合理的。夏允彝在《幸存录》中说，“逆案”有些过于扩大，导致后来不断有人企图翻案。这是一种似是而非的书生之见。事实恰恰相反，崇祯一朝“逆案”中人屡屡企图翻案，到了弘光朝这种翻案风更加嚣张，不仅说明清查阉党“除恶务尽”的方针是何等必要，而且说明由于当时主事大臣手下留情，从轻发落了一些要犯，留下的后患是多么严重。
纵观整个明朝，宦官擅权造成政治祸乱，共有三次，即王振、刘瑾、魏忠贤，一次比一次厉害，而魏忠贤之乱差一点导致社稷颠覆。原因就在于，宦官与朋党合而为一，结成所谓“阉党”。身临其境的政治家兼学者文震孟说得好：王振、刘瑾之时，小人依附他们，被舆论看作“旁门曲径”，偷偷摸摸，唯恐别人知道；到了魏忠贤之时，小人堂而皇之地依附，看作“康庄大道”，“共知共见”，与小人对立的正人君子，全被魏忠贤看作仇敌。概括成一句话，就是：“以众小人之仇仇天下，而君子始涤地无类矣。”
朱由检排除种种干扰，对“阉党逆案”进行最大限度的清算，是具有政治家远见卓识之举，是值得称道的有声有色的大手笔。反映毛文龙海岛拥兵情况的《毛大将军海上情形》
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