1971年9月13日，中国发生林彪乘机叛逃摔死在内蒙古温都尔汗事件，国外第一个侦听到这一重要情报地就是日本二部别室。1983年，苏联在其远东上空击落了韩国客机，二部别室准确地截获了苏联歼击机同地面指挥部进行联络的内容，破译了苏联从发现韩国客机进入苏联领空下令发射导弹击落客机的全过程的讯号，并及时向美国提供了苏联飞行员与指挥部对话的录音带，对侦察了解这一事件的真实过程提供了最翔实的资料。
防卫厅情报委员会和情报本部
为了加强军事情报的搜集能力和分析能力及适应冷战后多变的国际形势，实现由防卫厅防卫局、陆海空格参谋本部、参谋长联席会议获得的情报一元化，日本防卫厅在1992年成立了情报委员会，下设“情报企划小组委员会”。
防卫厅情报委员会是在这样的背景下组建的：防卫厅防卫局原是负责军事情报的部门，在防卫局有调查一课、二课，各参谋本部有调查部，参谋长联席会议有第二参谋室等等，这些情报部门除监听军事通讯联络、分析美军提供的卫星图片外，还利用全国28处雷达基地和反潜预警机PZC等搜集别国航空和军舰的情报。然而，上述这些情报活动都各自独立进行，经常有几个部门都分析同一内容情报的情况，部门间也几乎没有相互的情报交换。因此防卫厅便设立情报委员会，统辖防卫厅各军事情报部门，作为与技术本部和协调实施本部同级的附属独立机关。
1995年8月，日本防卫厅又作出决定，将情报委员会改建为参谋长联席会议的“情报本部”，以便使陆海空三军自卫队等各自进行的军事形式和战略情报调查分析业务一元化。1996年5月，经日本国会批准，情报本部正式成立。情报本部的成立，是具有深刻的国内外原因的：
从日本国内的情况来看，这是日本间谍情报工作深入发展的必然。在过去相当长一个时期里，日本谍报机构虽然不少，但互不统辖，缺乏统一的管理。如防卫厅的调查一二课，陆海空三军参谋部的调查部，往往各行其是，缺乏横向联系，甚至以邻为壑，不愿意互相提供情报，这种混乱状态不仅使日本的情报搜集、分析整理工作效率低下，甚至有时会误事。1994年朝鲜向日本海试射中程导弹时，事前日本方面一无所知，最后还是从美国方面获悉这一情报的；像苏联解体等国家级的战略情报，更远不及美国的国防部情报局或英国的秘密情报局的谍报搜集能力；阪神大地震时，日本谍报部门也曾因管理不佳招致国内舆论界的批评。
从大的环境看，日本情报本部的建立，是与冷战后的世界形势分不开的。苏联解体后，日本的军事战略由过去主要对付苏联转向周边地区的“多元化威胁”，新签署的日美安保条约更是把原来的防卫区从“远东”扩大到整个亚太地区。这些都要求把日本的自卫队建设成“合理、高效、精干”的军队。正是为了适应这种扩大了的谍报需求，情报本部应运而生。
防卫厅的情报系统（3）
新成立的情报本部总部设在东京的涩谷。这里一直以日本陆军大本营而闻名，在体制上，情报本部设在参谋长联席会议之下，接收由防卫厅事务次官、防卫局长、参谋长联席会议主席、陆海空自卫队参谋长组成的“防卫情报委员会”的集体领导。 该部的全部编制为1582人，以陆上自卫队参谋部第二部“别室”为主。首任情报本部本部长国见昌宏1965年毕业于防卫大学，长期在陆上自卫队的谍报部门工作，曾在日本驻华大使馆担任过武官。
情报本部下设五个部：总务部和计划部是管理部门、图像部、电讯部和分析部是核心机构。
图像部 是由以前分散在自卫队各参谋部的人造卫星图像分析部门集中而成，是新组织的拳头机构，主要工作是卫星图像；
电讯部350人，是情报本部中最大的机构。除在涩谷本部的工作人员外，还在日本其他地区设有六个通信站。他们目前正在进行的“通信情报”业务将成为情报本部的核心工作；
将以上情报和驻外武官的报告、美国等盟国的情报、合作者提供的情报等集中在一起，对其进行分析的“大脑”机构是分析部。它对情报的意义和价值进行分析评估。
据日本谍报研究专家称，经情报本部统一后的谍报工作有三大优点：第一、通过组织一体化，提高谍报活动的能力和情报分析的质量；第二，可以集中力量，培养优秀的专业谍报人员，并使他们的工作效率进一步提高；第三，加大向政府各部门提供相关情报的力度。特别是情报本部长可以直接送达内阁，这有助于提高政府的危机处理能力。
但是，在日本国内，对本报本部的成立也并非全是一片叫好之声：
一方面，由于自卫队成立以来已经持续近半个世纪的各谍报组织之间的松散和惰性，各参谋部的不同风气和各谍报组织之间的明争暗斗，情报本部能在多大程度上实现一元化领导，似乎还是一个很难说得清的问题。特别是新组织的成立，只是把过去的部分旧人，转移到情报本部。各参谋部的调查部或调查课，仍将依旧进行战术水平的情报分析，通信站以外的谍报部队，也几乎原样留在各参谋部的指挥下。防卫厅的防卫局把负责国内情报的调查一课，形式上改为调查课。负责海外情报的调查二课改为国际企划课，名称变了，组织继续存在。其他的自卫队谍报部队虽然答应“与情报本部密切配合”，却不归其管辖。如何协调仍旧是个大问题；
另一方面，日本国内还有人担心：新的谍报组织十分庞大，一旦监察放松，便有可能坐大成为干涉内政与外交的一个强力机构，关于这一点，日本已经有过许多历史的教训。有的日本学者指出，把谍报机构全部集中统一管理，这种体制会导致出现控制和滥用谍报活动和扩大情报作用的现象，以至于危及文官体制，造成难于控制的局面。
当然，情报本部的成立，毕竟还是增强了日本谍报组织的实力。提高了日本在世界谍报界的地位。西方情报界认为，以成立“防卫厅情报本部”为契机，日本将跻身世界谍报强国之列。这对全球军事情报活动来说，无疑是一个巨大的冲击，并预料世界情报战将因此进一步加剧。
警察厅的情报系统（1）
日本政府于1954年7月设立国家公安委员会，下设日本警察厅。
日本警察厅是全国警察系统的最高领导机构，警察厅长宫直接对首相负责。警察厅本部的长宫、次长之下，设立长官官房、警务局、刑事局、交通局、警备局、通信联络局，以及刑事局的保安部等7个部门。并在全国设置7个管区警察局，管理各个都道县府县警察机构的活动。
在日本警察机构中，对外进行间谍情报活动的部门，主要是日本警察厅的警备局与东京都警视厅的公安部，他们同时也负有反间谍的任务。各地方警察机构中的公安部，也负责谍报和反间谍活动。
警察厅警备局
日本警察厅警备局是日本隶属于警察厅的主要治安情报机关，其主要任务是：
负责对政府、政党要人的警卫和重大###的警备；
负责对本国一些政治团体进行情报和侦防工作；
负责搜集国内外反间谍和保安反面的情报；
负责监视、侦破在日本的外国人的违法行为。
日本警察厅警备局与内阁情报调查室、宫安调查厅和防卫厅的情报部门都有业务上的联系。
警察厅警备局的主要机构是在局长、审议官下设有：
公安一课：负责搜集左翼、工会等团体的情报；
公安二课：负责对付右翼的工作和对政党要人的警卫工作；
公安三课：负责搜集极“左”过激集团的情报和侦查工作；
警备课：主要负责警备和使用机动部队、保卫重要人物等工作。为了独立搜集情报，该课的警备一室内专门建立了一支从事搜集警备情报的部队。此外，还有一个专门对付日本恐怖主义组织“赤军”的专业班子；
外事课：负责搜集、整理设计外国人的警备情报及有关事务，见是共产党国家访日代表团及在日常驻的人员和外侨，侦破驻日外国人的“违法”活动。该课还把年轻的“优秀者”派遣到国外去，以日本驻外使馆的“秘书”身份进行情报活动。这个课被认为是“人们所不了解的最轻的情报机关”。该课的情报网遍及全日本各地。
调查课：负责保管公安资料，并担负涉外任务。
东京都警视厅公安部
警视厅是日本首都东京的警察机关，成立于1952年4月，直属日本警察厅管辖。
警视厅下设8个部，其中公安部视警视厅的一个重要部门，它的主要任务是对共产党、极左派和极右派的过激派、工会、文化团体以及在日本的外国人进行侦察和监视。
警视厅公安部在部长、参视官以下设有：
公安一课：负责对极左过激团体的情报搜集和侦查工作；
公安二课：负责处理劳务纠纷；
公安四课：负责资料搜集工作；
外事一课：负责对欧美国家的警报搜集，并负责对这些国家的反间谍工作，对发生的案件进行调查和侦破；
外事二课：负责对亚洲地区国家的间谍活动，及对这个地区的国家进行反间谍活动，对已发生的案件进行调查和侦破工作。
国际情报调查局
国际情报调查局的前身是外务省调查部，又称外务省调查局，是日本外务省对外进行情报活的机构，成立于1984年7月。它主要依靠日本派驻世界的180个大使馆、总领事馆的外交官和各种国际机构的政府代表团的代表进行情报活动。
外务省调查部常常与民间垄断集团和各大公司的驻外机构互通情报，如三菱商社、丸红商社、松下公司、丰田公司等等。这些商社合公司在世界各地的分支机构、资金雄厚、人员齐备，情报活动十分活跃。因此，这些商社合公司也就成为外务省调查部进行情报活动的强大支柱。
据该部国际情报课课长水谷周发表的文章透露：日本各企业的出差人员和驻外人员在不涉及企业秘密的范围内，几乎都与外务省调查部有情报合作关系。
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警察厅的情报系统（2）
外务省调查部对公开情报的研究十分重视，这对日本政府制定外交政策发挥了重要作用。
外务省调查部内部设有：
情报课：负责整理和积累各种资料，设有电子计算机集中管理外交资料的情报中心；
分析课：是情报分析中心，它按世界不同地区和领域进行情报分析、研究，并进行国际形势的综合分析；
调查课：出搜集和分析国外的公开情报外，还同国内的学者和研究机关接触，通过开展文化交流活动搜集情报，以预测中期和长期国际形势的变化和发展；
企划课：负责制定综合性的外交政策方案；
安全保障政策室：负责分析和研究国际战略及安全保障问题。
日本外务省调查部对政策情报的搜集和判断能力很强，如苏联领导人契尔年科去世前，外务省获悉他的儿子从国外回到苏联后直奔医院以及契尔年科的主任医师也独自离开在美国访问的代表团迅速回国等情况后，该部马上作出了契尔年科病危的判断，使日本政府能够及早地考虑应变措施。
1993年8月，日本政府为了应付冷战后动荡多变的国际形势，进一步健全和加强外务省的情报职能，将外务省调查部改组为国际情报调查局。
国际情报调查局下设三个课：
国际情报课：注重加强情报的搜集和传递，并掌握该局的行政事务，包括情报预算和人事编制；
分析第一课：只要负责搜集苏联、欧美以及全世界的政治、经济形势和安全保障问题；
分析第二课：主要负责从事亚洲、大洋洲、中近东和非洲形势的分析和研究。
*科学技术情报中心
科学技术情报中心成立于1957年，是日本科技情报的中枢机关，不是国家的安全情报机构。
科学技术情报中心以搜集科技文献情报为主，并负责情报的处理、加工和提供服务。科学技术情报中心搜集情报的手段以公开、合法为主。该中心设七部一馆二室和七个地方分所。
七个部是总务部、经理部、情报部、资料部、业务部、电子计算机部和科学城支部；一个馆是情报资料管；
二个室是计划室和技术管理室。
科学技术情报中心公开搜集资料性情报的能力很强。80年代中期，该中心搜集国外刊物约6000种，国内刊物4000多种，该中心已编辑了有3万多份材料的科技情报档案。
顾问公司和办事处
日本在世界各经济发达国家都设有企业情报活动的网点，其中以顾问公司最为活跃。顾问公司按其活动的内容和方式的不同又分为：以公开资料为主、定期向特定顾问呈送报告的顾问公司；专门对投资公司出售企业情报的顾问公司；企业职工兼职找外快的顾问公司等等。
各种顾问公司都有很强的搜集经济、技术情报的能力，能准确地、适时地对某些企业提供情报，帮助他们在国际市场上的竞争中取得优势、打败对手。
除顾问公司外，日本各企业在外国的办事处也是负有情报任务搜集的机构。这些办事处的工作人员除办理业务外，几乎都负有搜集情报的使命。他们不仅提供数字和事实，也对情报进行分析和鉴定。如三井物产商社，它在世界各地设立的办事处多达150个，在办事处的工作人员多达3300余名；三菱商社在世界各地设立的办事处多达170个，住友商社在世界各地也有150多个办事处。
这些顾问公司和商社的办事处从事的情报活动不仅直接为本公司、本部门的经济利益服务，而且还为官方的情报机关服务，逐渐形成了官民一体的情报体系。这是日本现代情报机关的一个很大的特点。近几年来