三年〔1184年〕，他又设置了行政机关“公文所”和司法机关“问注所”，由从京都请来的政治家大江广元、法律专家三善康信担任这两个机构的“别当”。可以说，就在各地势力厮杀不休的时候，只有源赖朝稳居关东，一方面扎实地扩展领土，一方面创建了与平安朝廷完全不同的武士为主体的新国家体制。
●木曾的义仲
不满平氏统治，从而响应以仁王令旨和后白河院的院宣，向平氏掀起反旗的，并不仅仅散居各地的源氏残党，还包括很多地方豪族，比如九州的绪方、臼杵、户次、松浦，以及四国的河野等。这些大大小小的势力中，最先冒出头来，给平氏造成致命打击的，是信浓的木曾冠者义仲。
义仲本是源义朝的兄弟义贤之子，和源赖朝份属堂兄弟。源义贤在家族内斗中被赖朝的兄长义平所杀，义仲从小就被送给了信浓木曾地方的中原兼远抚养。据说他自小就拉得硬弓，骑得劣马，勇猛过人。在得知赖朝举兵后，此人自行元服礼，在八幡菩萨面前挽上发髻，取名为木曾义仲，也揭竿而起。信浓的土豪武士素来信服他的武力，于是一呼百应，迅速集结起一支拥有相当战斗力的军队来。
……木曾义仲麾下，据说有弓马娴熟、能征惯战的“四天王”，即今井兼平、樋口兼光〔此两人皆为中原兼远之子〕、楯亲忠和根井行亲，以及中原兼远之女、日本历史上罕见的女武士——巴御前。木曾义仲的正妻应该是中原兼远的另一个女儿〔一说侄女〕山吹氏，后来生下继承人木曾义高，而传说中与义仲恩爱无双的巴，其实最多只是他的侍妾，甚至两人根本就没有婚姻关系。
且说木曾义仲很快就占据了整个信浓国，兵势极盛。平家武士一败再败，险隘尽失，于是在此内交外困之中，平清盛惊怒成疾，终于在治承五年〔1181年〕四月咽了气。继承平家一门总领位置的是其次子平宗盛，一个普遍认为是无能二世祖的家伙。
寿永元年〔1182年〕三月十日，三万平家军在左兵卫督平知盛的率领下，于尾张河西岸歼灭三千大意渡河的源氏部队，小胜一仗。于是平家气势复振，于当年九月下令新上任的越后守城四郎长茂讨伐木曾义仲。
城长茂的兄长城助长就是死在越后守任上的，因此长茂感觉此次出兵大为不吉，暗自叫苦。然而平氏既然已经下达了命令，也不容他犹豫退缩，只好拼凑了四万人马，南下杀向信浓国。此时木曾义仲正驻扎在信浓的依田城，城中只有三千兵马，按常理完全无法阻挡十倍于己的讨伐军。于是义仲聚集诸将商议，看是不是要弃城而退，结果部将井上光兼献上了一条妙计。
源平两氏争斗，为了区别敌我势力，习惯高举不同颜色的旗帜，源氏的旗帜尚白，而平氏的旗帜尚红。井上光盛的计策是：连夜将部队分成七支，各带平氏的红旗和源氏的白旗，在横田河原附近的山上设下埋伏。
第二日，平氏大军到达横田河原，城长茂见到漫山遍野的平氏红旗，心中大喜，以为这是信浓各地支持平家的豪族赶来支援，于是精神为之一振，大声疾呼着拥兵向前。就在此时，满山红旗在一声吆喝之后突然全都变成了源氏的白旗，并且在震耳欲聋的呼喝声中向长茂扑来。这种心理落差是城长茂所无法承受的，他大吃一惊后驳马就走，于是战斗以木曾义仲的完美胜利而告终。
木曾义仲威名大震，正在关东剿灭平氏残余势力，独自坐大的源赖朝却因此感到了危机。于是次年〔1183年〕三月上旬，赖朝兴兵十万，寻了个不相干的罪名前来征讨信浓。眼看源氏内部失和，骨肉相残的战斗一触即发，义仲以大局为重，把儿子义高送去镰仓做人质。赖朝也不是傻瓜，知道做事要点到为止，见好就收，立即就退了兵。然而赖朝和义仲这两大源氏势力从此产生了矛盾，刀兵相见已经是必然的结果了。
暂时稳定了后方局势，木曾义仲大举西进，杀向京都。平氏匆忙从关西调集兵马，于寿永二年〔1183年〕四月，派小松中将平维盛、越前守平通盛、但马守平经正、萨摩守平忠度、三河守平知度、淡江守平清房等六人为总大将，部将三百四十余名，统兵十余万，浩浩荡荡地向北国挺进，以迎战木曾的军队。
木曾义仲闻讯，丝毫不敢怠慢，立遣六千人马在越前燧城布置作战。燧城是通往越前腹地的门户所在，城池坚固，地势险峻。为了阻碍敌人进攻，木曾军在适当的河流交汇点筑起了堤坝，使燧城之前出现了一个庞大的人工湖。平氏大军未曾料到面前会出现茫茫的一片汪洋，没有准备船只，只好驻扎在高阜之处发愁。
负责防守燧城的斋明威仪师是个骑墙派，看见平氏势大，就写了封信捆在箭上射入敌营，告知此人工湖的水坝位置，并表示愿为官军内应。平维盛见信大喜，于是暗派精细士卒掘开水坝，排干湖水，在威仪师的接应下攻破了城池。木曾残兵向加贺方向撤退，平氏大军顺势攻破林城和富樫城。平维盛就此看到了战争和自己的光辉前景，立即写了一封夸大战绩的书信快马送入京中。一时间，平宗盛以下平氏一门无不欢欣鼓舞，以为天下行将太平。
然而平氏大军因胜而骄，在越前耽搁了太长时间，使木曾义仲得以及时将散布在四方的部队聚集起来，分成七路朝黑坂方向挺进。据说木曾军总势五万，于是平维盛调派了七万精锐部队，准备翻越砥浪山与义仲决战。
义仲识破了维盛以优势兵力在开阔地区进行主力决战的计划，决定避其锋芒，在无法排布大军的俱利迦罗谷交锋。他先命机动部队趁黑夜赶在两军之前冲上黑坂的坡头，在上面插了三十面军旗，使维盛疑惑不已，不敢轻易在夜间爬过黑坂，木曾军遂争取时间布下了埋伏。直到第二天，维盛的部队才翻过黑坂，出现在他面前的，是盔明甲亮的二万木曾军……
●俱利迦罗谷的晚钟
日本平安时代的战争模式非常死板，装备也很简陋。一般情况下，军队由大批骑马或步行的武士为中坚，这些武士身披华丽的大铠或相对粗糙的胴丸，手持短柄的太刀或长柄的小长刀、薙刀等武器，先以弓箭对射，再冲突交锋。跟随在武士身边的是他们的家来，以及从领地上临时调集来的少量农民，都是步卒，身穿只能防护前胸后背的简陋的铠甲，光着脚，跟随着主人冲锋陷阵。
上级武士穿着大铠，工艺复杂，甲上缀满了各色丝线，头盔上还高高竖立着名为“锹形”的装饰物，显得非常华丽，下级武士则只穿得起简单的胴丸。但不管是大铠还是胴丸，基本原材料都是竹木和皮革，因为日本产铁量很少，所以很少用金属加固和防护。相对的，日本的武士刀因为材料少而昂贵，历代都精工打造，代代相传，却是相当锋利的。以如此锋利的武器，对抗如此薄弱的铠甲，个人武艺是否高强，就是决定战争胜负的重要因素了。
连武士的铠甲都如此薄弱，那么普通步卒的铠甲就更为低劣无用了，而普这些步卒也用不起昂贵精良的武器，扛的恐怕都是竹枪。在这种背景下，当时日本根本无法发展出步兵集群作战，战斗模式还停留在野蛮时代的重视个人武力的小规模对决上面。
当然，即便如此，士气的高低和智谋的运用，仍是决定战争最终结局的决定性因素。且说源平两军在俱利迦罗谷附近交锋，木曾义仲不断地派遣小队武士进行挑战，险峻的峡谷不允许平家大军发动压倒性的冲锋，而且在义仲胸有成竹的挑动下，平家的年轻武士们愤然而起，一个个纵马出阵同前来单挑的源氏武士厮杀。就这样，一对一的角力进行了整整一天，当天色昏暗时，义仲早已埋伏下来的部队趁着夜色绕到了平家军的背后。
见到义仲发出的信号后，四万源氏武士一起敲打着箭筒高声呐喊起来，吼叫声在山谷中产生回音，如同有数十万人在同时喊叫一般。平家的武士们万分恐惧，以为遭到了强大敌军的合围，于是四散奔逃。七万部队相互拥挤，有许多人被挤入了俱利迦罗谷，剩余的更因为天色黑暗而无法辨认道路，以为前面落下谷底的人是找到了一条通往谷外的道路，于是也一队队地在大将带领下朝谷底跳去。源氏武士步步紧逼，俱利迦罗谷附近一片惨状，凄凉的叫声响彻山谷，如同人间地狱。到了早上，七万平家武士几乎全部摔死，骨肉糜烂，溪水变赤，平家的许多名将都死在了谷底，只有维盛和通盛以下两千人侥幸逃得了性命。
这时，在志保山率领一万士兵阻挡平氏后续部队的源十郎藏人行家派人前来，请求木曾义仲迅速救援。义仲闻报后，立刻在四万士兵中挑选出两万人朝志保山方向疾驰。大概是真的有神灵在佑护义仲，当大军到达日比渡口时，连平日湍急的河水都变得又浅又平缓，使部队得以安然渡过。志保山方向，行家的军团正在苦苦承受三万平家部队的猛攻，义仲见状，立即带着尚未从俱利迦罗谷的大胜中平静下来的两万铁骑冲入敌阵。已经恶战一天的平家部队遭到这阿修罗般的部队猛烈冲击，全线崩溃，连统军大将平知度也战死在了乱军之中。
从各个方向败退下来的平家部队聚集起来，在加贺国的筱原扎下了营垒。追赶而来的义仲军在五月二十一日辰时赶到筱原，发起了猛烈攻击。源氏军队在一开始就占尽了优势，而平家军虽然已经完全处于下风，将领们也知道是必败无疑，但连连的失败却唤起了他们非凡的勇气，打了一场在这次战争中真正值得称道的战役。恶战中，藤原实盛等许多有名的武士都奋勇当先，直至战死，部下士兵也都纷纷战至最后一人。战争结束后，连身为敌人的义仲也不禁为平家武士的勇气所感动，从而潸然泪下。
最后能够活着回到京都的平家士兵只剩两万余人，平安京中家家带孝，孤儿孀妇盈街，寻夫揽子的哭号震天动地。平氏一门更是悲伤到了极点，因为他们知道，自己再也拿不出象样的军队来了……
七月二十四日夜半，木曾义仲的大部队袭近京都，附近各大寺院也一起响应。平氏在派出攻打各大寺院僧兵的部队后，几乎连可以用来防守京都门户宇治川的士兵都拿不出来。内大臣平宗盛狠一狠心，索性集中所有可以调集的平家部队，拥着只有六岁的安德天皇和三种神器向九州逃去。
二十八日，义仲进京，解放了后白河院。后白河院欣喜若狂，立刻封义仲为朝日将军，食邑备后〔后来在义仲的授意下改成了伊予〕，其手下将领们也都得到了丰厚的赏赐。一个月后，后白河院决定立尚在京中的第四子为后鸟羽天皇。
然而，后白河院想要重开院政，面前却横着大山一般的木曾义仲，义仲彻底掌控了京中的权力，后白河院依旧难逃傀儡的命运。掌握了皇室的义仲骄横异常，部下也纪律败坏，加上粮草无继，所以在京都烧杀抢掠无所不为，群众基础非常之差。另一方面，上了台的义仲既没有给在朝的公卿们什么好处，也未曾让各地的豪族们得到任何实惠，结果使得朝野上下都对他侧目而视。
出身微贱的义仲在礼仪方面也是一窍不通，说话粗俗无理。据说他在招待公卿们吃饭的时候，居然使用乡下人吃饭的大盖碗，然后将饭盛得高高的，再在上面铺上菜，好象在招待乡下来的穷亲戚，这使得平日以风雅自居的公卿们极不高兴，心中连番骂他：“乡巴佬！”
木曾义仲是平安末期的名将，也是日本古往今来第一大老粗。
●宇治川之战
木曾义仲进入京都后并没有乘胜追击，这给了平家以喘息的机会。平氏一门逃到九州，逐步削平与之为敌的地方豪族，重新控制了九州、四国以及一部分的关西地区。闰十月一日，平家展开反攻，并在水岛等几次战役中，利用水军的优势大败木曾义仲的部队。义仲闻报大怒，一面命令驻防部队死守，一面率领主力离开京都，前往迎击。
义仲出击关西后，早就不满其所作所为的公卿们在后白河院的唆使下，立即控制了京都的驻防部队，并颁发院宣，宣布义仲为朝敌。得知后方大乱，身在关西的义仲立率一支偏师返京，平息了这场贵族复辟的闹剧。在动乱中，法皇和天皇全都逃离京都，正在气头上的义仲索性打算自己称帝。但是，这傻瓜以为法皇要剃光头，天皇要留茅盖〔最近几代天皇都还是孩子，所以才要剃这种发型〕，于是自作聪明的当了个不伦不类的法皇厩舍别当〔为法皇养马的马夫头，义仲见有“法皇”二字，以为是很大的官〕。
听说义仲在京都肆意妄为的源赖朝大喜过望，立刻点集兵马，于第二年〔1184年〕的正月十一日出兵十数万，以讨伐朝敌的名义向京都杀来。义仲万万没有想到这么快就大难临头，只好硬着头皮将手上仅有的五万部队撒开在宇治川岸，准备主力决战。
主持正面作战的是源赖朝的异母兄弟蒲将军范赖，配合从侧翼进攻的部队，则由他另一个异母兄弟、源九郎判官义经指挥。这位源义经是非常具有传奇色彩的人物，据说其母常盘御前本是天下知名的美人，父亲源义朝去世以后，常盘被清盛抢回家去，因此她所生的几个儿子也都逃得了一条小命。义经本是常盘最小的儿子，当时尚在襁褓之中，等他成长到七岁，清盛勒令将其送去鞍马寺出家。
平氏万万没有料到，他们对义经的这种处置，为源氏一族培养起一位无与伦比的军事天才、奇袭战术的大师。在鞍马寺，义经不仅得到了家传的《孙子兵法》珍本，还遇到了鞍马流兵法及剑术家鬼一法眼，于是从之修习武艺。
在十五岁时，义经终于得知了自己悲惨的家世，于是他逃离鞍马寺，云游四方，研修兵法武艺，寻机复仇。传说其人身材娇小，皮肤白晰，相貌如同漂亮的女孩一般美丽，在京都五条大桥上，他扮成美女，击败了拦阻旅客、为收集千把名刀而战的恶僧武藏坊弁庆。弁庆以及其他很多在“平治之乱”后失去主家和财产的源氏残党，比如伊势三郎义盛等人，纷纷聚拢在义经的身边。
义经后