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经过反复协商，足利尊氏拥立光严上皇的弟弟丰仁亲王号令天下，就是光明天皇。后醍醐天皇答应退位，并将三种神器授予光明天皇，唯一的条件是，让自己的儿子成良亲王入主东宫。
当年十一月，足利尊氏开设幕府，为了稳固自己的统治，他编成新的武家法典《建武式目》，减轻“建武新政”以来压在农民身上的沉重负担，奖赏有功武士，惩治贪官污吏，打击贵族、寺院势力，禁止他们参与国政。在这一法典的约束下，政治开始走向清明，各地武士之心也逐渐安定下来。
可惜乱局并没有就此平定，在进入花山院隐居两个月后，不甘失败的后醍醐上皇再次施展出看家本领，化装成女人逃了出去。他跑到大和吉野地方，修建临时宫殿，再次即位，自称为“南朝”，而称京都政权为必须讨伐的“伪朝”。相应的，京都方面则自称“京方”，也骂后醍醐天皇的吉野政权为“伪朝”——“一天两帝南北京”，日本从此进入了长达五十余年的南北朝时代。
南北朝直到明德三年〔1392年〕十月，才在足利尊氏的孙子义满的努力下，和平归于一统。此后的日本天皇，都是光严、光明天皇的子孙，自然坚持自己的正统地位，不过民间也有很多反对者——因为后醍醐天皇当初交给光明天皇的三种神器竟然都是赝品，神器始终保存在南朝天皇手里，直到南北朝结束才交给北朝天皇，那些反对者们坚持认为，神器在谁手里，谁才算是正统。
数百年间的官方论调，北朝是正统，南朝是伪朝，既然如此，那么楠木正成、新田义贞等人也都是侍奉伪朝的“朝敌”了。然而到了十六世纪，德川光国编纂《大日本史》，为了宣扬楠木正成的所谓忠义精神，公然和官方大唱反调。德川光国是江户幕府德川氏将军的同门，是当时声名卓著的“贤侯”，他的论调因此受到了很多人的追捧。
因为民间百姓对楠木正成这一历史形象的喜爱，更因为日本官方大力宣扬武士道精神，宣扬以忠为主体的日式儒家思想，所以南北朝孰为正统的争论一直延续到近代，在军国主义抬头的明治天皇在位期间竟然引发了全社会的大争论和大动荡。最后明治天皇干脆连祖宗都不要了，正式宣告南朝为正统，他本人的祖先们都是叛逆，北朝天皇不再列入天皇系谱——这真是世界各国都从来没有过的大笑话。
●显家奋迅
保护着东宫北上敦贺的新田义贞，此时手下只有土居、得能等人所率三百伊予兵，被迫翻越崇山峻岭而行，路逢大雪，不断有士卒因为冻饿而倒下，真是极度的艰苦。好不容易到达敦贺，受到了金崎大宫司气比氏治的热情迎接，义贞等人总算是有了一个落脚的地方。
以金崎城为基地，义贞凭藉东宫之名征集部队，并派其弟胁屋义助前往要隘杣山城，儿子义显远赴越后进行联络工作。义助刚离开金崎城，杣山城城主瓜生保、义鉴兄弟就在母亲的授意下，搜集了数千兵马赶来汇合。
忙于稳定畿内局势的足利尊氏在得知新田义贞图谋北陆的消息后，急命越后守斯波高经率军包围了金崎城。此时，胁屋义助刚离开杣山城，正在返回金崎途中，主从仅十六骑，当晚，他趁着夜色苍茫，率领从骑绕着敌军的阵地狂呼：“北国武士、僧兵两万骑前来支援官军！”士气并不高昂的斯波军立刻慌乱得四散奔逃。于是义助兵不血刃地解了金崎之围。
足利尊氏闻报大怒，遂于延元二年〔1337年〕元月，再派大将高师泰统率精锐杀向北陆。此时新田义贞手上并没有足够的军队，又不能放弃这来之不易的根据地逃往它处，正在苦无对策之时，突然接到后醍醐天皇的使者，报称天皇已在吉野复辟，并且召集到了一定数量的部队，很快便会赶来支援，金崎城中军民士气顿时万分高昂。
不过希望很快就落空了，后醍醐天皇保守吉野都感觉困难，哪有力量奔驰数百里来支援北国呢？只有胁屋义助比较迅速地点起数千杣山军赶来，不幸于半途遭到高师泰的阻击，激战一天后，瓜生保兄弟为保护义助逃进金崎而奋勇战死，杣山军全部覆没。
金崎包围战从一月一直打到三月，最终矢尽粮绝。新田义贞、胁屋义助等数人保护着东宫恒良亲王乘小船逃走，结果恒良亲王还是在途中被京方军队擒获，押回京都处死，而义贞子义显、十三岁的尊良亲王以及气比一族、城兵三百人则留下坚守到了最后一刻，城破后纷纷自杀。义贞兄弟逃到杣山城，集结热血武士三千余人，屡次出击，连败京方军，北陆战事暂呈胶着状态。
然而这个时候，奥州猛虎北畠显家却又开始行动了。足利尊氏进入京都后，后醍醐天皇行踪不明，北畠显家就在陆奥灵山奉戴义良亲王为主，积极备战，准备东进复国。延元二年〔1337年〕八月，他接到了新田义贞的求援书和后醍醐天皇从吉野发来诏书后，遂与结城宗广、伊达行朝等奥州豪族从灵山出发，大举侵入关东地区，连战连胜，势如破竹。
留守镰仓的千寿王足利义诠派兵出利根川迎击，被陆奥军杀得全军尽没。而同时奉父命在上野搞煽动活动的新田义贞之子义兴也举兵响应，上野一国皆反，甚至连曾经发动过“中先代之乱”的北条时行也不知道从哪里突然冒了出来，率其党羽在伊豆举兵，宣布加入南朝方，给予义诠以致命的打击。十二月，显家、义兴、时行三面围攻镰仓，义诠弃城而逃。
拿下镰仓后，北畠显家于次年〔1338年〕元月挥师西下。不甘失败的足利义诠聚拢败兵，尾追南朝部队求战，在美浓的青野原再度全军覆没。就这样，足利尊氏起家的老窝、整个关东平原全都落到了北畠显家手中，后醍醐天皇的吉野朝廷总算有了一块还算成规模的领地。
然而，由于得不到关东地方豪族的支持，经过连番大战，北畠显家有限的兵力已经消耗殆尽，而足利尊氏则调遣高师泰、高师冬等部队依托畿内，层层递进地冲击陆奥军。在这种波浪式的消耗攻击面前，北畠显家终于抵挡不住了，只得绕过京都，屯兵奈良。二月下旬，兵力得到恢复的陆奥军再度攻击京都，同闻讯而来的京方军在奈良的般若坂发生战斗，结果北畠显家战败，率领残部遁入河内，义良亲王则逃往吉野。
连遭挫败的北畠显家始终没有离开畿内。三月八日，身处敌军重重围困下、粮草断绝的显家对驻扎在摄津四天王寺的细川显氏军发起突击，并凭着孤注一掷的精神奇迹般地在河内的石川河原打败了显氏部队，显家之弟显信更趁机攻取了山城的男山城，直接威胁京都安全。
足利尊氏怎么也没料到竟会后院起火，马上调遣高师直以下畿内所有部队反扑男山城。高师直在攻打显信坚守的男山城受挫后，改变战术，除留下部分部队围城外，主力从各个方向朝一马平川的四天王寺合围过来。十五日，京方军队在四天王寺附近和北畠显家的部队遭遇，拉开了阿部野战役的序幕。十六日晨，从两翼进行包抄作战的细川显氏、高师冬加入战团，遭到夹击的显家军一败涂地，本阵四天王寺陷落。
然而，顽强的北畠显家竟然又一次从失败中爬了起来，当年五月，他带着不知道从哪里变出来的军队，再度出现在了和泉的堺。五月二十二日，高师直闻讯而来，在石津与北畠显家展开最后的激战，这次，年仅二十一岁的显家再也没能从满地尸骸中站立起来……
北畠显家战死后的当年七月，坚守长达四个月的男山城终于被攻破，北畠显信遁走河内。
●南朝栋梁尽失
得益于北畠显家的围魏救赵战术，固守杣山城的新田义贞赢得了短暂的喘息机会。在这弥足珍贵的几个月时间里，义贞得到越后、加贺等地僧兵部队的有力支援，势力象雪球一样越滚越大，终于突破杣山城的包围，屡败京方军，几乎占领了整个越前国。
延元三年〔北朝历应元年，1338年〕七月，得知北畠显家战死，男山城形势危急的新田义贞抽调大部分兵力，命胁屋义助为大将进军南下。刚到半路，就传来了男山城陷落的消息，义助只得引兵返回北陆。义贞兄弟审时度势，决定先攻打驻守足羽城的斯波高经，以稳固后方——闰七月二日，北国的南朝大军象潮水一般涌向足羽城。
然而，意外发生了，当时竹羽城附近的藤岛砦由平泉寺的僧兵把守，新田义贞派兵攻打，因为久久没能得到胜报，遂亲率五十骑前往探查。行至半途，遭遇一支为数三百人的敌军，混战中一支流箭射中了义贞的眉心——叱咤天下的名将新田义贞，就这样莫名其妙地战死了，年仅三十八岁。
就在新田义贞战殁的当月，后醍醐天皇任命北畠显信为镇守府将军，将关东的军事全权委托给他，以及其父北畠亲房。第二月也即八月，北朝光明天皇终于把足利尊氏一直垂涎欲滴的征夷大将军的名号赐了下来，足利幕府也称室町幕府就此正式拉开序幕。
到了延元四年〔北朝历应二年，1339年〕八月，后醍醐天皇身染重病，让位给其子义良亲王，然后没过多久就咽了气，享年五十二岁。所谓“后醍醐”之类，本是天皇的谥号，是要到死后才追尊的，然而后醍醐天皇却在生前就为自己拟定了谥号，其意为追从醍醐天皇的功绩，建立一个没有幕府、院政、摄政关白的完全由天皇亲政的时代——当然，历史不会倒退，那是彻底的梦想。
据说后醍醐天皇临终时，左手持法华经，右手持宝剑，并且传下遗言：“唯愿消灭朝敌而致四海太平，纵使埋骨南山，魂魄也要遥望北阙。”他这种势不罢休的精神，倒也是挺值得赞佩的。
南朝新帝登基，就是后村上天皇，年仅十二岁。且说当时天下局势，南北朝各占三分之一，余下三分之一朝秦暮楚，左右摇摆。南朝主要由胁屋义助经营北陆，北畠亲房、显信父子经营关东。兴国元年〔北朝历应三年，1340年〕九月，斯波高经攻破越前府中，胁屋义助经美浓、尾张，退往伊势，不久后进入吉野，觐见了后村上天皇。
后村上天皇任命胁屋义助为西国、四国总大将，使其挥师从纪伊走海路挺进四国，在小豆岛建立基地。四国豪族纷纷响应，义助很快便控制了大半个四国，同吉野朝廷及在九州奋战的菊池党遥相呼应。然而就在这一关键时刻，突如其来的疾病夺去了胁屋义助的生命，是为兴国三年〔北朝康永元年，1342年〕五月——四国地区的分裂形势一直保持到南北朝结束。
而这个时候，主张“东国经营”的北畠亲房，正在常陆、房总等地陷入苦战。先是高师冬率京方军东进，在小田城下击败了北畠亲房，随即小田城主小田治久内通高师冬，迫使亲房退往关城，其子北畠显时退往大宝城。高师冬进攻关城，同时派小笠原贞宗进攻大宝城。兴国三年〔北朝康永二年1343年〕十一月，因为关东有力豪族结城亲朝的策谋，最终两城都被攻下，北畠父子逃往吉野。
战火四处燃起，遥遥不知止期。到了正平三年〔北朝贞和四年，1348年〕，楠木正成的儿子楠木正行在河内四条畷战死，高师直长驱直入，攻陷了南朝的首都吉野，后村上天皇狼狈逃往穴生。到了这个时候，形势对京方绝对有利，天下眼看就要太平，没想到，足利幕府内部却乱了起来……
●北朝观应之乱
足利尊氏于延元元年〔1336年〕开设幕府以后，设置关东管领以统治关东地区，设置奥州探题以统治奥羽地区，设置九州探题以统治九州十一国，都派同族担任。然而，幕府的实际权力却操持在执事高师直和侍所头人高师泰这对兄弟的手里。
武士们拥护足利尊氏造建武朝廷的反，是为了把土地和政权重新从公家和贵族手中抢夺过来，建立一个全新的甚至比镰仓幕府更为强大的武家政权。然而南北朝对峙开始以后，足利尊氏为了更大限度地维持内部安定，拉拢友方势力，被迫对公家和贵族做了部分妥协，他延迟了地方上从庄园制向领主制的演进过程，限制豪族们的权力扩张，仍然拥戴京都朝廷，并且保护支持自己的公家和贵族们占有土地。
这种种举动必然会引起相当数量激进派武士，尤其是僻远乡下，根本不在乎天皇和朝廷为何物的武士们的反感，而这一类武士的代表人物，就是高氏兄弟。
高师直仗着幕府所拥有的强大兵力，根本就不把皇室放在眼中，传说他曾经讲过这样的话：“在京都有叫做天皇的，拥有大量领地，还有叫做内里和院的御所，让他下台比较困难。如果一定要有天皇的话，那么可以用木来雕，用金来刻，而把真的院和天皇流放到任何地方去，免得碍事。”高师直的弟弟高师泰则指示部下说：“嫌恩赏数量太少吗？身边如有寺社和本所的领地，可以越境占用嘛。”
受到高氏兄弟的支持和怂恿，许多幕府的有功之臣肆意妄为，惹得足利尊氏大为头疼。比如美浓守护土岐赖远某次来到京都，在大街上遇见了光严院的御驾，卫士们高呼让路，土岐赖远竟然高呼道：“什么院驾在此？或许你说的是犬驾。若是犬驾，我便射他一箭。”当真拉弓放箭，射掉了院驾的车帘，还命令手下把随驾的公卿暴殴了一顿。
身为最高统治者，足利尊氏对这种行为不能不闻不问，否则傀儡北朝就根本无法控制，自己也就失去了大义名分。然而当真处罚这些有功之臣吧，又怕会冷了武士们的心，终究打天下、灭南朝靠的不是院驾，不是公卿，而是这些不懂规矩的乡下武士们。
足利尊氏能忍，他的弟弟足利直义可忍不了了，与高氏兄弟间的矛盾日益加深。直义跟随尊氏起兵，论功勋不在高氏兄弟之下，论人望和名分更要远高于高氏，所以尊氏对其颇为忌惮。可以这样认为，虽然直义就立场来说是站在尊氏这一边的，但出于政治利益考虑，尊氏想要除掉直义之心却要强过想要制约高氏兄弟之心百倍。
且说北朝康永、贞和年间，高氏在关东战�