，擅长山地作战的五千川军也仅作为后续而已。明军武器精良，骑兵众多，如果放在大平原上，那十多万日本步兵根本不够一仗踩踏的，然而在朝鲜作战，无论兵数还是复杂地形作战的经验，明军都全然落在下风。
李如松就率领这支明军开入朝鲜，在一万朝鲜残兵的协助下，一开始进展顺利，于次年即1593年一月五日杀到了平壤城下。日本军队所以暂时败退，是由多方面因素所造成的：首先，日军着力巩固占领地区，小西行长进驻平壤以后，主力就没有继续北进过；其次，因为进展迅速，加上去年七月史儒、祖承训的战败，使日军因胜而骄，对明朝军队丧失了警惕性。当然最重要的还是兵粮运送不畅，迟滞了日军前进的速度。
●平壤大捷
天正二十年（1592年）四月，日军在釜山登陆的时候，朝鲜水军高级将领、庆尚道右水使元均吓得屁滚尿流，竟然把军舰、武器全都沉入海底，并且解散部下。正因为这样，日本人才能毫无阻碍地将后续兵员和武器物资源源不断地运送到朝鲜战场。好在朝鲜水军将领并不全都象元均那样无用，全罗道左水使李舜臣就在这个时候站了出来，成为中流砥柱，也是壬辰倭乱中朝鲜方面唯一值得一提的名将。
1592年五月四日，李舜臣、全罗道右水使李亿祺在巨济岛和元均会合，商讨战斗方略。七日在玉浦、八日在赤珍浦、二十九日在泗川海面、六月二日在唐浦，李舜臣都打败了日本水军，甚至连鼎鼎大名的“海贼大名”九鬼嘉隆都差点成为他刀下之鬼。李舜臣用兵机动灵活，神出鬼没，经常集中力量以多击少，日军的海上运输线路因为他的骚扰几乎陷于瘫痪。
五月二十九日的泗川海面之战，朝鲜水军所遭遇的乃是丰臣秀吉的爱将龟井茲矩，担任水军先锋之职。这个龟井茲矩原是尼子氏的遗臣，后来归附秀吉，他听说敌将乃是李舜臣，不敢在水面上硬拼，被迫弃舟登岸，展开半月形阵势引诱朝鲜军进攻。李舜臣不为所动，掉转船头退去，茲矩以为有隙可乘，再度登船追击，结果被李舜臣杀了个回马枪，日军大败亏输，茲矩带箭而逃。
六月二日在唐浦，这两个对头再次相遇，结果龟井茲矩所率的二十一艘军舰全数覆没，李舜臣还缴获了丰臣秀吉赐给茲矩的金扇，以及军队花名册和编制表。七月八日在闲山岛附近，李舜臣再获大胜，击沉日舰七十三艘，丰臣秀吉的亲信、“贱之岳七本枪”之一的胁坂安治仅以身免。
朝鲜水军越战越勇，尤其李舜臣根据传统舰式所改进的“龟船”，更在战斗中发挥了重要作用。这种龟船吃水深，下置两排浆手，上面包有铁皮，乍一看好象是大海龟似的。龟船最利于近海作战，装甲防护高，移动灵活，速度也很快，日本的大安宅船在龟船面前仿佛行动笨拙的巨兽一般，被无数海龟碰撞撕咬，很快就丧失了战斗力。
日军海上运输线路被李舜臣卡断，七月十五日，丰臣秀吉被迫派增田长盛、石田三成、大谷吉隆三奉行下令给仍在北九州集结的各诸侯军队，让他们延期渡海。他这一延期不要紧，前方的小西行长、加藤清正等人不由叫苦连天，他们粮草日益不济，后备兵员又得不到补充，很快就陷入朝鲜义军的包围，处处挨打，应接不暇。
十月四日，细川忠兴率领两万日军包围了庆尚道南部被朝鲜军夺回的晋州。城内只有三千二百兵马，城外应援的也只有两千义军，竟然打得两万日军损失惨重，被迫于十日撤围而退。加藤清正、细川忠兴等人因此对石田三成这些呆在后方的奉行恨得牙痒痒的，认为是他们在丰臣秀吉面前进了谗言，这才导致后援不继——这一事件，越发加深了丰臣家中文治、武断两派的矛盾，并最终导致丰臣氏的灭亡。后话暂且不提。
且说1592年七月以后，日军就已经彻底陷入了朝鲜这个泥沼中无法自拔，小西行长被迫和明朝兵部尚书石星派来的使者沈惟敬接触，商议和谈。沈惟敬本是浙江商人，长年从事对日贸易，讲得一口流利的日语，因此才被石星看重，给了他一个神机营游击将军的头衔，派他入朝谈判。
传说沈惟敬和小西行长经过磋商，议定以大同江为界各自退兵，大同江以东归日本，以西归朝鲜——这就相当于把朝鲜三都中除平壤外的两都，八道中除平安道外的七道，将近五分之四的土地都拱手让给日本人了。这个中朝两国都不会接受的协议，沈惟敬最终没有通报上去，因为防海御倭总兵官李如松受命统率四万余大军救援朝鲜，他一心主战，就把沈惟敬扣留在了军中。
次年就是万历二十一年，也即日本的文禄二年（1593年），李如松突破了本就防备力很弱的日本北线兵马，于元月五日杀至平壤城下。当时驻守平壤的日军乃是小西行长的第一军，所部一万五千人，虽是精锐，此刻却已疲乏不堪。
在宋应昌的建议下，李如松猛攻平壤的南、西、北三个方向，留下东路由日军撤退，但在沿途部下了埋伏，想要一举歼灭小西行长所部。明朝军队中配备有虎蹲炮、佛朗机等重型武器，一声令下，炮声震天动地地响起，这是日军所从来没有遇见过的——在日本战国时代，铁砲本是昂贵的兵器，大筒（大炮）更非寻常诸侯所能购买得起，如此规模的大炮齐鸣，日军瞬间胆落。
然而终究是在战国乱世中厮杀出来的军队，日本武士人人奋勇，冒着满天乱飞的炮弹、枪子和箭矢，仍然坚守了整整两天。激战中，李如松的坐骑被日军铁砲击中毙命，其弟如柏的头盔也中了一弹。对战到一月七日，平壤南面的芦门首先被明军攻破，日军这才全面崩溃。
且说负责攻打芦门的乃是去年的败将祖承训，他让部下都打着朝鲜人的旗帜，伪装成朝鲜官兵。日军素来轻视朝鲜官兵，因此没有在芦门附近部署主力，等到发现那乃是战斗力很强的明军的时候，已经被明军的火力压制得抬不起头来了。随着芦门被破，含谈、普通、七星等各处城门也被明军陆续攻克，小西行长被迫于当夜率残部出城东走。
按照宋应昌的计划，在日军东退的沿途布下了朝鲜伏兵，足以将败逃的日军全歼，并且捉住或者打死小西行长。然而因为明军硬攻平壤城损失很大，李如松就临时把这些伏兵调回来协助进攻，结果小西行长快速渡过结冰的大同江，李如松仗着骑兵众多于后掩杀，却只多杀伤了数百人而已。
倭寇的问题
一般认为在明朝中后期，日本因为战乱频繁，有大量失去主家的流浪武士流向海外，靠抢掠为生，就形成了倭寇，倭寇多次侵扰中国东南沿海，最终被戚继光、俞大猷等抗倭名将剿灭。然而真实的情况并没有那么简单。
首先，倭寇之祸始于元朝，而不是明朝中后期。忽必烈攻打日本失败以后，两国的官方往来断绝，走私贸易却更为频繁，而既然走私是被元朝所严禁的，日本私商们为了避免被逮捕，就必然要招募武装，携带武器。史书记载：至元二十九年（1292年），日本船开到四明，请求贸易，船上兵器齐备，元人恐惧；大德十一年（1307年），倭人焚烧庆元；至大二年（1309年），倭人以所带硫磺等物焚毁明州都元帅府、录事司及官署，附近居民几乎都被烧死和杀光。
倭寇开端于元朝初期或者中期，到了末期，因为天下大乱，倭寇的侵扰就更加肆无忌惮了。明朝建立以后，太祖朱元璋曾经派使者前往日本，要求严禁倭寇，可是当时正值南北朝乱世，室町幕府和吉野朝廷谁都没精力管海外的事情，最终气得朱元璋干脆和日本断交。其后日本国内渐趋和平，足利义满向明朝称臣，双方开始了勘合贸易。不过勘合贸易限制太大，得利虽多，能摊上这种利益的人却少，于是很多大名、寺社仍然支持走私，甚至假打勘合贸易的旗帜，并在得不到贸易机会的时候，干脆大肆抢掠，免得白跑一趟，赔了本钱。这种情况在进入战国时代后日趋频繁和激烈，一方面大名和寺社因为打仗而更需要用钱，另方面也有大量无主的浪人可供他们雇佣。所以说倭寇都是浪人，那是不确切的，其实浪人背后都有封建势力做靠山。
更进一步来说，其实明朝中后期骚扰江苏、浙江、福建、广东四省沿海的所谓“倭寇”，其中占主体的往往不是日本人，而是中国人。因为明朝严禁出海贸易，使得很多私商假冒倭寇走私甚至是抢劫，其中最有名的就是“五峰船主”王直。
王直在日本是个传奇人物，被称为“净海王”，因为他势雄财大，相当长时间内主导了中日间的走私贸易，连日本人也都畏之如虎。说王直勾结倭寇是不确切的，因为他本身就是倭寇，说王直是汉奸也是不确切的，因为他不是勾结日本人，而是雇佣了大群日本浪人甚至封建大名的武装为他效力，“八幡海贼”之类，其实都曾经当过王直的下属，是帮他咬人的恶狗。
倭寇所侵扰的区域，其实并不仅仅中国东南沿海，也包括朝鲜半岛和东南亚各地，这是一个真正的国际问题。对于这种国际问题，戚继光、俞大猷等人是无法彻底解决的，即便最终王直被明朝政府逮捕，斩首示众，也只能使东南沿海略微太平一段时间而已。这个问题必须从内部去解决，一方面日本结束战国乱世，迈入了和平的江户幕府时代，无主无业的浪人越来越少，另方面中国经过明末大乱后，在清朝前中期国力达到鼎盛，在这两个条件的影响下，倭寇之祸才算最终平息。
●兵败碧蹄馆
平壤一役，明军以强攻弱，获得了辉煌的胜利，但从此李如松就滋长了骄傲情绪，认为日军不过如此而已，我天兵所到之处，他们全都会望风而逃，不堪一战。而日本方面因为损失惨重（据说小西行长所部减员接近七成），各路兵马遂都后退，齐会京城，无形中分散的主力凝聚起来，准备再打一次大规模会战。就当时在朝鲜的双方兵数来看，明军四万余，日军经过将近一年的战斗，还剩十余万，几乎是明军的三倍。
李如松对于日军的兵力聚合似乎毫无警觉，虽然经过激烈的攻城战，明军损失很大，但他在平壤才休整了十天就匆匆南进，朝鲜官兵和各路义军与明军配合，很快就收复了开城及其以北被侵占的领土。元月二十四日，明军先锋查大受所部三千精骑南下京城，在京城西北方突然遭遇日军，展开激战。
当时日军在京城聚集了五万余人，随即以宇喜多秀家为总大将，统率四万三千兵马北上，准备复夺开城。查大受所碰到的，乃是加藤光泰所率领的日军前锋，很快就被明军击败了。小早川隆景部两万余人闻讯而来，查大受撤退不及，被日军团团包围在一处名叫碧蹄馆的地方。
据说当时李如松正在勘查前往京城的道路，身边兵马本就不多，闻听查大受被围，竟然仅带着一千亲卫赶来救援——真是一员悍将，他应该当先锋，不该当主帅。结果李如松所部也陷入了碧蹄馆之围，日军看到他的旗号，纷纷绕开查大受所部，直奔李如松而来。明军奋勇抵抗，但骑兵射出的火箭因为下雨的关系威力减小，相反日军的铁砲因为防雨装备而仍能反复鸣响。李如松且战且走，数度被日军冲到马前，禆将李有升为了保护他而英勇战死。
激战至夜，中军官杨元率一千步兵赶来增援。日军不知虚实，因为害怕明军主力将要陆续开到，所以停止追击，朝京城方向退却。从这场四千对两万还打了一整天的恶仗来看，明军的战斗力实在顽强，然而以少击多终究不是兵法的正道，将帅无能，轻敌冒进，这才导致援朝抗日战争旷日持久，竟然前后打了整整六年。
碧蹄馆之战双方的伤亡比率众说纷纭，但肯定明朝的精锐骑兵受到重挫，李如松被迫暂时放弃南进的打算，退到开城休整。不久后，他听说日军有绕路袭击平壤，切断明军后路的打算，就又匆匆退往平壤。正在各处收复失地的朝鲜官军闻听此讯，吓得也都驳马北逃，很多眼看即将收复的城池全部都被放弃了。
丰臣秀吉就曾经说过，朝鲜最麻烦的不是“大明奴们（指朝鲜官军）”而是一揆（指朝鲜义军）。然而不管是“一揆”还是明军，都没能彻底打垮日军，打垮日军的是粮草不继。本来因为李舜臣率领朝鲜水军骚扰日方的运输船团，已经使日军捉襟见肘了，当年二月间，京畿、庆尚等道又闹起了罕见的大饥荒。李如松撤退前也还玩了一招狠的，他探听到日军的军粮大都存放在龙山大仓，就派查大受和李如梅率军奇袭龙山大仓，将数十万石粮食烧了个干干净净。日军乏食，再也没有力量北进去夺取开城了。
日军军心涣散，很多人偷偷逃离前线，渡海回去日本老家，而国内也纷纷爆发一揆。尤以侵朝的急先锋岛津氏为最，早在去年（1592年），侵略战争开始后不久，岛津家臣海北国兼、田尻但马守、伊集院三河等人就率军两千，进攻肥后的八代城和佐敷城，叫嚷着要讨伐丰臣秀吉，史称“海北一揆”。虽然这次暴乱很快就被平息了，但使留在北九州名护屋的岛津义久和已经前往朝鲜的岛津义弘大为惊愕的是，两千一揆中竟然有三百名都是兄弟岁久的家臣！
丰臣秀吉因此下达了岁久讨伐令，岛津义久无奈之下，只得亲自领兵进攻岁久。七月十八日，岛津岁久战败，在龙之水自杀。岛津氏因为岁久之死，暂时避过了危机，但他们对丰臣氏的仇恨却更为强烈了。
就在这种背景下，丰臣秀吉被迫于1593年四月九日下令各军火速从京城后撤，为了确保仍然占有朝鲜南部领土，日军连新登陆增援的部队在内，总共集合了九万三千大军，进攻前此细川忠兴拿不下来的庆尚道重镇晋州。晋州守军包括朝鲜官兵和义军才不过七千人而已，守将金千镒急派使者，请求明军南下增援。然而远水难救近火，别说李如松此时根本没有实力快速南下，就算他真的派骑兵南下了，也是根本赶不及的。
六月二十二日，激烈的攻防战开始，一直打到二十九日，晋州城破，日军进行了野蛮的大屠杀