另一方面，在光明顶上，丐帮联盟的进攻也给明教的残余势力造成了极大的打击。张无忌的唯一对策只是带领他的新部属们藏匿在地道之中，并焚烧光明顶的宫室以掩饰自己的踪迹。如果成昆能够和陈友谅会合而返回光明顶，他无疑会提醒丐帮搜查明教庞大的地下掩体。
对于明教来说幸运的是，成昆急于和汝阳王府会合去完成他野心勃勃的计划，而未能参与在光明顶的行动。即使如此，明教仍然承受了巨大的损失：上百名教众在战斗中阵亡，所有的建筑物都被夷平，大批珍贵的金银、珠宝、法器、书籍都被抢走或烧毁，甚至在山巅燃烧了半个多世纪的“圣火”也被熄灭。在半个月后丐帮联盟心满意足地撤走后，侥幸逃生的明教徒们所面对的也只是只剩下断壁残垣的一片废墟。此时大概不会有人相信，只需要几年时间，从这片废墟上就将兴建起一个鼎盛的帝国。
现在的光明顶即使在形式上，也不再适合作为明教总部，更不用说实质上明教的重心早已转移到了东部。在这种形势上，刚刚形成的明教新决策层不得不决定迁往东方，仅留下冷谦负责镇守和重建光明顶。这是一个意义极为重大的决定，影响了此后几个世纪的中亚和东亚局势。譬如，明教重心的大举东移使得后来的明帝国基本丧失了对中亚的控制，而这里信仰上的空白不久就为它的姊妹宗教伊斯兰教所占领。
但是要达成东迁的战略目标，首先就意味着必须以某种方式解决明教和江湖主导势力之间的尖锐矛盾。虽然张无忌在就职演说中已经提出了与六大派和解的政策。但要实现这一点，当然也需要得到对方的同意，首当其冲的就是少林的态度。令明教感到震惊的是，在离开光明顶后不久，他们就发现了重伤垂死的殷梨亭，其伤势和俞岱岩极为类似，都是少林武术“金刚的大手指”（King Kong’s big Finger）造成的全身骨折。而殷梨亭的口述也证实了他是被施展少林武术的一群僧侣围攻。显而易见的结论是：少林正在对光明顶战役中武当背叛六派联盟的举措进行血腥的报复。而有意没有杀死殷梨亭，或许正是在向明教和张无忌本人示威。
面对这种近乎疯狂的挑衅，明教不得不决定立刻同少林方面摊牌，在尽可能争取和平的时候也做好武力解决的准备。因此，东行的第一站就是嵩山的少林寺。
对殷梨亭的袭击和拷打事实上只是赵敏领导下的金刚门僧侣消灭六大派计划的一部分。
而现在这一计划也包括意外获得生机的明教在内。不久，在庄浪（今甘肃永登）以南的“绿柳城堡”，赵敏以宋朝旧贵族的假身份邀请张无忌一行做客，然而却在暗中施放一种成份复杂的生物毒气。明教上下在离开城堡后不久便纷纷倒地，令赵敏感到意外的是，张无忌由于特殊的体质并未中毒，并且迅速回到城堡内索取解救的药物。但是赵敏还有应急方案，她通过诱骗成功地令张无忌坠入事先设置的机关。唯一的问题是，在忙乱中，赵敏本人也落入其中，而这点小区别就决定了日后一切的不同。
张无忌制服了赵敏，让她打开机关放自己离去。其中的过程已经不可考，根据明教的正统记载，是张无忌身上光明的神力摧毁了赵敏内心的黑暗，让她在内心转变为一个明尊的虔诚信徒；但当时的各种野史则一口咬定是张无忌奸污了赵敏并用淫术迷惑了她——事实的情况或许简单得多：张无忌以性侵犯为要挟迫使赵敏打开了机关，却并没有真正伤害她。这种暴力手段和绅士风度的奇妙结合在赵敏身上造成了典型的斯德哥尔摩效应，而成为此后一段罗曼史的开始。＇奇…书…网＇
赵敏女公爵俘虏明教行动的失败并未破坏她整体的计划。她的第二个步骤是趁六大派本部防守空虚的时候将其各个击破，在她看来，这样才能一劳永逸地消除不服从的武术界对帝国政府的长期威胁。为此，她火速率领汝阳藩府的武术家集团赶回东部，并利用俘虏的少林僧侣对少林寺发动奇袭。自1343年索南丹增金轮噶玛巴发动旨在歼灭全真教的终南山之役以来，帝国还从未有过对武术界如此大规模的围剿行动。与上一次不同，赵敏取得了完满的成功，整个少林寺在猝不及防之中沦陷。当张无忌在两天后率领明教的队伍赶到少林寺时，面对的只是一座空荡荡的寺院。
赵敏的下一步目标是武当，那里最可怕的对手自然是张三丰，面对这位武当山上的宙斯，任何正面的对敌都是不可想象的。但是她巧妙地派遣一名金刚门的僧侣以少林和尚的身份出现，借警告武当的名义偷袭并重伤了张三丰，完成了这个不可能的任务。但这一毁灭武当的绝佳时机却因为张无忌和明教主力的及时赶到而被破坏。张无忌轻易击败了赵敏手下的武术精英们，使得这位女公爵不得不狼狈地率属下们撤退。此时，明教歼灭六派远征军的消息已经传开，江湖世界的各个角落无不严加戒备，再突袭其他中小门派已经难以成功，也没有多大的意义。赵敏只能满足于她现在的成果：她将六大派的俘虏们带到京郊的一座修道院关押了起来，徒劳地逼迫他们向帝国政府投降——直到他们半年后被明教的义军救出。
无论如何，赵敏的做法是极度令人困惑的。这一案例在此后长时间内都被作为政治科学中经典的反面教材，它清楚地表明了一个战术上的辉煌胜利是如何导致战略上惨败的。六大派的被俘当然严重地削弱了江湖世界对帝国政治权力的抵抗，但只要产生二者对立的结构性因素仍然存在，任何一劳永逸将对方纳入自身统治的设想都只是天真的梦幻。在帝国的统治已经摇摇欲坠的时代，这一做法只能引起更加强烈的反弹，将本来只是消极不服从蒙古人权威的江湖主导势力推向积极反抗帝国统治的立场。可以想象，即使六大派屈服并投降，也只是暂时的妥协，刺刀下的一时服从必将转变为反戈一击的决心。而一旦江湖主导势力站在了和明教相同的激进立场上，原有的均势会被彻底打破，江湖世界会形成新的秩序，帝国的旗帜也将在狂风暴雨中被撕得粉碎。这一切正是事实上所发生的情况。一个成熟的政治家在这个时候不会梦想消灭或臣服六大派，而应该竭力维护其稳定的存在，正如俾斯麦在1866年对奥地利所作的那样。
赵敏的战略进攻所造成的，也是构成新秩序之雏形的第一个结果，就是在武当山战役后缔结的明教┪涞蓖耍虺频谝淮蚊魑渫耍‵irst M￤ Union）。在某种意义上，这一同盟是张三丰主动促成的，但从另一方面来看，他此时也没有其他的选择。包括武当主力在内的六大派被俘，以及他本人的负伤，已经将武当置于自开创以来最危险的境地，只有和明教的联合才能最大限度地挽救武当的危机。何况由于明教教主张无忌本来的武当弟子身份及对他本人的尊敬，张三丰有足够理由相信，这种形式的同盟关系将最大限度地保证武当的利益。
另一方面，对明教而言，这一同盟意味着明教被江湖主导势力所接受的第一步，明教的地位将获得极大的提升。而从历史的角度看，这一联盟也意味着江湖世界结构性大变动的开始。
明武同盟的一个例证是战后不久，殷梨亭和杨逍的女儿杨不悔之间缔结的政治婚姻，换句话说，这实际上是武当与明教之间的联姻。由于殷梨亭和杨逍之间的历史积怨，这一联姻具有丰富的象征意义：从实质上来说，杨逍用自己的女儿补偿了夺走殷梨亭未婚妻的极大侮辱，这意味着明教对武当的让步，而从形式上来说，殷梨亭在张三丰的首肯下奉昔日的仇敌为法律上的父亲（father﹊n﹍aw），也意味着武当承认了明教地位的合法性。这样，在张无忌之外，武当与明教之间现在有了另一条牢固的纽带。这对武当和张三丰来说，是一个合乎时宜的政治决断，从此之后，武当不是和明教一样沦为人所不齿的邪恶魔鬼，就是和后者一起上升到江湖世界权力结构的顶层。
对杨逍本人来说，与殷梨亭的联姻也带来了意外的收获。他曾经期望能将女儿嫁给张无忌而成为后者的岳父，虽然这一设想未能实现，他反而被迫将女儿嫁给条件并不理想的殷梨亭，但结果却对他更有利：张无忌因为对他的歉疚而越来越多地倚重于他，而韦一笑、殷天正等反对派也对他的牺牲无话可说。此后几个月中，杨逍实际上成为了明教事务真正的决策者，在张无忌的神性权威下得以充分施展其政治军事才能而弥补其缺乏领袖魅力的短处，直到八月十五日的第一次蝴蝶谷大公会议（First Council of Butterfly Valley），令他在法理上也拥有了这样的地位。
八月十五日，在上一次大公会议后三十年，在张无忌的故居蝴蝶谷召开了中国明教第三十五次大公会议。多年前，胡青牛曾经在这里靠自己精湛的医术试图弥补明教的裂痕，重新团结整个明教，而今天这座山谷见证了他的梦想的实现。全国各地重要的祭司、长老及护教军官约1000人参加了会议。这一会议具有宗教和政治上的双重重要性，在宗教上，会议发布了后来被奉为最高权威的《蝴蝶谷信经》，解决了一系列神学问题，在形式上统一了天鹰宗、弥勒宗、白莲宗等各宗派的教义。杨逍、殷天正、彭莹玉等人共同宣布世界已经到了即将毁灭的末日，明尊降罚于世人，1348年�1350年西亚和欧洲的黑死病，1352年的秦州大地震，以及近年的黄河水灾都是明尊的惩罚。明尊、弥勒和天鹰是三位一体，化成肉身降世为人类赎罪，即张无忌本人。张无忌为了拯救犯罪的世人而降生，他在光明顶被倚天剑所杀死，被埋葬三天后又复活，从此将驱除一切黑暗力量，在大地上作王一千年，带来人间天国。
这种宗教意义的政治后果就是，明教空前成功地树立了以张无忌为中心的最高权威。如果仅仅把张无忌看成是和方腊、阳顶天一样的教主，是对这种政治权威的极大误解。张无忌所拥有的是一种严格意义上的“克里斯玛型”权威。这种权威无论是从其程度还是力量上都远远超过前任教主们的传统和法理权威。正如韦伯所说：“克里斯玛统治者的权力是建立在被统治者对他个人使命的纯粹实际承认的基础上的，……这种承认的渊源在于信仰上倾心于不同寻常的和闻所未闻的，对任何规则和传统都是陌生的，并因此而被视为神圣的个人魅力和品质的东西。”
张无忌的权威为衰颓的明教注入了崭新的精神动力并指向弥赛亚主义的价值目标，并让明教得以排除过去种种看似不可克服的阻碍并重新组合各派系的政治资源，在总部的指挥下发动全国性的反元暴动。在会议上，以张无忌的名义发布了一系列的命令，在全国范围内进行了精心安排的战略部署，其具体细节如下：
1．总指挥部：主帅张无忌，副帅杨逍，韦一笑，直接指挥五行旗。
2．江南战区：由殷天正主持、下辖殷野王、李天垣等天鹰教旧部。
3．淮北战区：由朱元璋主持，下辖常遇春、孙德崖诸部。
4．河南战区：由说不得主持，下辖韩山童、刘福通、杜遵道、罗文素、盛文郁、王显忠、韩皎儿诸部。
5．江西战区：由彭莹玉主持，下辖领徐寿辉、邹普旺、明五诸部。
6．两湖战区：由张中主持，下辖布三王、孟海马诸部。
7．江苏—山东战区：由周颠主持，下辖芝麻李、赵君用诸部。
8．西域战区：由冷谦主持，下辖西域各军，负责对西域蒙古军进行牵制。
从这一部署中可以明显看到，阳顶天死后所出现的各派系在这一时期的实力消长发生了意味深长的变化。首先，也是最引人注目的是权力中枢的组成：在张无忌、杨逍、韦一笑的“三套马车”中，权力关系是不平衡的：张无忌无疑拥有无可挑战的最高权力，但显着缺乏政治经验和意愿的个性使得他在很大程度上成为杨逍贯彻其意志的工具；杨逍不仅恢复了阳顶天时期的权力，其实际影响力更远远超过以前，几乎是没有教主头衔的教主；另一方面，韦一笑虽然也进入了权力中枢，却不具备和杨逍竞争的政治才能，对于张无忌也缺乏影响。
我们记得，在空位时期韦一笑成为三巨头之一的条件就在于其政治地位和政治才能的不成比例，才能政治才能突出但缺乏地位的五散人集团推举为教主继承人。而一旦继位问题获得解决，韦一笑就是一条政治上的死狗，五散人也不愿意成为他的附庸。事实上，五散人被分配成为各地方的实权人物，也大感心满意足。这一派系就此烟消云散。
其次，对于殷天正来说，令人困惑的是作为教主外公的他并未得到很高的地位，更未能进入中枢，反而和五散人一样被分配到各地方。一些学者因此怀疑是杨逍在玩弄政治手腕以削弱殷天正的权力。这种怀疑并非没有理由，但从另一个角度看，这一安排也可以得到辩护：
殷天正已经耗尽了除天鹰教军队外全部的政治资本：他当年的分裂之举是对明教的最大损害，而光明顶战役中，天鹰军团的消极不作为又是导致明教几乎覆灭的最重要内因。对于这样的行径，除了张无忌本人之外的任何人上台，都会予以严厉的惩处。张无忌继位后对此不予追究，这已经是最好的结果，如果再擢升殷天正将会引起大多数教众对教主任人唯亲不满。另外，虽然在形式上天鹰教和明教已经统一，但是组织上的裂痕仍然存在。收编天鹰教将是极其棘手的任务，在今后的一系列整合中，大量的利益摩擦和派系冲突将会不断涌现，这些必须由殷天正本人出面才能弹压。而殷天正父子也担心改编天鹰教的过程会触动自己的根本利益，因此更希望回到东南部去亲自监控。
或许更重要的一点是，五行旗被极大的削弱了，它们丧失了政治上的重要而为杨逍所控制，而与此同时，从这一母体中产生了韩山童、朱元璋等明教地方军阀势力，他们的独立地位在蝴蝶谷会议中被承认。这是近十几年来五行旗内部演变的必然结果：弥勒宗等通俗信仰的传播令许多贫苦农民皈依�