先被权臣所忌被解职，后受辽东兵哗之累，充军福建。辽东军情紧急，请求募死士勤王，遭到权臣阻挠，悲愤纵酒而亡。
茅元仪文武双全。明清之际学者称赞他〃年少西吴出，名成北阙闻，下帷称学者，上马即将军〃（方以智：《流寓草》卷七《酬茅将军》）。他一生著述宏富，据《方以智茅元仪著述知见录》（任道斌编著，书目文献出版社１９８５年版）统计，其著作有《武备志》、《督师纪略》等６０余种，数百万言。但由于屡遭禁毁，多散佚。
《武备志》是一部大型综合性辑评体兵书。它体系宏大，条理清晰，体例统一。全书分类排纂史料，每类之前有序言，考镜源流，概括内容，说明编纂指导思想和资料依据；大类之下有小类，小类之下根据需要设细目，如《军资乘》下又分为８类６４个细目；文中有夹注，解释难懂的字词典故，如在《孙子·行军篇》〃仗而立者〃下注〃依兵仗而立〃；文旁有批点，用〃○〃表微妙处，用〃〃表示紧关处，用竖空心线〃〃〃表示隐微处；文上有眉批，或赞扬，或批判，不拘一格，如在《孙子·九地篇》〃善用兵者，譬如率然，击其中则首尾俱至〃上批道：〃千古阵法，概此一语。李药师稍窥其端，其余名将犹堕云雾中。〃《武备志》完备的体例，不仅表明了著者对各个问题的看法，而且为读者把握全书的重点提供了线索。
《武备志》共由兵诀评、阵练制、军资乘、占度载五大部分组成。
《兵诀评》，１８卷，选录《孙子》、《吴子》《司马法》、《三略》、《六韬》、《尉缭子》、《李卫公问对》全文和《太白阴经》、《虎钤经》的部分内容，进行评点。他非常推崇《孙子》，〃自古谈兵者，必首推孙武子。〃他还有一段名言：〃先秦之言兵者六家，前孙子者，孙子不遗，后孙子者，不能遗孙子，谓五家为孙子注疏可也。〃（《兵诀评》）后人在引用这段话时往往掐头去尾，只取中间一句，来证明《孙子》是古代〃空前绝后〃之作，实际上是不符合茅元仪本意的。茅氏是将《孙子》与先秦其它五家兵书相对比得出的结论。尽管如此，茅氏评说仍有偏颇之处。不可否认，《孙子》的成就最高，但其它五家也各具特点，都在不同的方面对《孙子》有所发展。
《战略考》，三十三卷，按照时间顺序，从战略的高度选录了春秋、战国、西汉、东汉、三国、晋、宋、齐、梁、陈、隋、唐、五代、北宋、南宋、元等十六个朝代有参考价值的战争战例。茅元仪认为，〃良工不能离规矩，哲士不能离往法。
古今之事，异形而同情，情同则法可通；古今之人，异情而同事，事同则意可祖。〃（《战略考·序》）所以作《战略考》〃以为今之资〃。古代战争战例资料非常浩瀚，他并非有记必录，而是有严格的标准：一、不是讲战略的不录，〃非略弗录〃；二、不是奇略不录，〃略非奇不录〃；三、要能启人心智，〃每举一事而足益人意志〃；四、要能〃言之竟日而弗倦，试之万遍而不穷〃。《战略考》共选录六百余个战争战例，大都在历史上以奇谋伟略取胜著称，如马陵之战、赤壁之战、淝水之战、虎牢之战等等。
《阵练制》，４１卷，由〃阵〃和〃练〃两大部分组成，前者强调要详细，后者强调要通俗实用，〃阵取其制，制则宁详；练取其实，实则宁俚。〃（《阵练制·序》）〃阵〃下又分９４个细目，附三百一十九幅阵图，详细记载了从先秦至明代各种阵法阵图，堪称古代阵法阵图大全。茅元仪认为，古代阵法失传，后人便胡编乱造。本来古人量地制阵，出现方、圆、曲、直、锐之形，可后来有人便〃易以旌旗之名，诡以神将之临，重以五行之目，饰以五方之色，淆以吉凶之门〃（《阵·序》），把本来很形象实用的阵法搞得扑朔迷离。其原因是秦以来谶讳盛行，阵法也被蒙上了神秘色彩。其中〃有最卑浅而无当者〃。对这些诡诞不经之作，如果废掉，有人反而会以此惑世，〃故谱而存之，鲜有删铲，阵所掊击，以广学者之目。〃（《阵·序》）〃练〃又分选士、编伍、悬令、教旗、教艺五部分，详记士卒选练之法。有士卒的选拔淘汰，车、步、骑、水兵的编伍，赏罚律例，教兵方法，兵器训练等，多采自唐宋以来的兵书《太白阴经》、《虎钤经》、《行军需知》、《纪效新书》、《练兵实纪》等。
《军资乘》，五十五卷，由营、战、攻、守、水、火、饷、马八部分组成。类下又有子目，子目下又分细目，内容非常广泛。现将子目抄录于下：营：营制（下设十八个细目，记李靖等立营方法）、营算、营地、营规、夜营、暗营；战：军行、渡险、赍粮、寻水、候探、烽火、乡导、审时、布战、料敌、应战、设险、入伐、受降、符契、旌旗、器械（下设三十三个细目，记弓矢刀剑等兵器）、祭禡；攻：措置条件、器具图说；守：城制、约束、需备、措应、器式、堡约；水：水利、水平、战船、济水、禁涉、海候；火：制火器法（下设三十七个细目，记各种火药制造方法）、用火器法（下设五个细目，记各种条件下火器使用方法）、火器图说（下设四个细目，记各种火器图式）：饷：屯田今制、屯田水利、河漕、海运、车运、骑运、人运、米盐、宴犒、矿砂、医药；马：相形、相毛、齿诀、刍水、医药、禁忌、简别、结束、驰骤、征调、厩牧、贡市、虏产。从以上子目可以看出，这部分所记军用物资完备而详细，从攻守器械、火器火药、车马战船到粮饷米盐无不具载，堪称古代军用物资大全。尤其是在军事技术方面收录资料更丰富，共收录各类武器装备六百余种，其中仅火器即达１８０多种。是收录军事技术成果最多的一部兵书。不仅如此，它还首次辑录了火龙出水（一种龙头多发火箭）等他书罕载的珍贵资料。在这里值得一提的是，〃海候〃部分占风、云、雾、电、海潮等内容与《占度载》的占验内容不同，它是当时气象经验的总结，没有把自然现象与人事相附会，有一定实用价值，如〃占雾门〃用雾相预测天气：〃晓雾即收，晴天可求。雾收不起，细雨不止。三日雾蒙，必起狂风。白虹下降，恶雾必散。〃还记载了浙东等沿海地区的潮候。
《占度载》，九十三卷，由占、度两部分组成。〃占〃即占天，记天文气象。子目有：占天、占日、占月、占星、占云、占风雨、占风、占蒙雾、战红霓、占霞、占雨雹、占雷电、占霜露、占冰雪、占五行、太乙、奇门、六壬、杂占、选择、厌禳。这部分内容反映了古代人们对天文气象的朴素认识，如〃天色惨黄为风〃等。但是转而把自然现象与人事相附会，便成为谎诞迷信之说，如〃天色惨白，风声凄切，大兵起〃等。
〃度〃即度地，记兵要地志。子目有：方舆（下分一统图等十六个细目，详讲内地）、镇戍（下分蓟镇等九个子目，详讲边疆）、海防（下分二十七个细目，有〃日本入犯图〃、广东、福建、浙江、南直隶、山东、辽阳等沿海地区总图、兵险考等，详讲沿海）、江防（下分江防考等五个细目，详讲江河）、四夷（下分四夷总图等十九个细目，详讲周边属国）、航海（讲航海所到诸国，即所谓声教）。茅元仪认为曾公亮《武经总要》〃独载边塞道里之远近，而于方舆之概，户口兵马之数，缺如也。〃〃近王将军之谈地理也，详与沿革，旁及山川，则太矣，而于关要者仍有缺，非所以言武备也。故我志武备而终之于度。〃（《占度载·度·序》）这部分详细记载了明代的山川形势、关隘要塞，道里远近，州府及卫所设置、兵马驻防、督抚监司、镇守将领、钱粮兵额等内容，尤其是收录了郑和航海图，即《自宝船厂开船，从龙江关出水直抵外国诸蕃图》，以及航海用《过洋牵星图》，具有重要的史料价值。
《武备志》在内容和编纂方法方面都有自己的特点：
（１）广收博采，内容丰富。茅元仪的祖父茅坤是著名藏书家，又〃究极兵家之学，其书多秘诸枕中〃（顾起元《武备志序》），为茅元仪采辑兵学资料提供了得天独厚的条件；然而他不满足于此，又四方搜讨传借，私访秘图写本。〃其所采之书二千余种，而秘图写本不与焉；破先人之藏书垂万卷，而四方之搜讨传借不与焉。〃（宋献《武备志序》）全书囊括了当时兵学的各个方面。
（２）选材精当。强调资料要可靠，不凭道听途说；讲实用的问题，不采稗官野史，如他在《占度载·度·序》中说：〃其声声之不通于中华者，不敢据稗而信也；贡献不通于大国者，不敢信耳而传也。〃紧紧围绕武备选材，如在《战略考》和《占度载·度》序言中规定：〃非略弗录〃；〃于武备稍远者，听之舆图方史可矣〃；名胜古迹主要供游览、吊古之用，与行军作战关系不大，〃故不敢详〃等。注意选录最新资料，全书对明代军事记载最详，不仅选录了先于编者的戚继光、愈大猷等人的治军、练兵、作战等方面的言行，也选录了与他同时代人的军事资料，如王鸣鹤的〃号令说〃等。
（３）编排合理，有一定的逻辑秩序。全书五大部分，从理论到实践井然有序，又不可分割，郎文在序言中以医药作比喻，生动地说明了它们之间的关系：〃首兵诀者，如医之探腑脏，论脉理也。次战略者，如医之举归案，宗往法也。次阵练者，如医之辨药性，讲泡制也。次军资者，如医之分寒温，定丸散也。终占侯者，如医之考壮弱，断死生也。〃每部分的子目顺序也是按照它们的内在联系排列的，如茅元仪在交待《军资乘》子目的排列顺序时说：〃三军既聚，必先安其身，身安而后气可养，身安而后患可防，故首以营。营具而可以战矣，故次之战。地有异形，时有异势，不可徒恃其野战，故次之以攻。可以攻人，人亦可攻我，故次之以守。五兵之用有时穷，则必济之水火，水火之资生者大，故其为杀也亦暴，智伯曰，吾知水之可以亡人国也，故次之水。水待于地，火时于天，地有定而天常移，是以火之效居多，故次之火。明乎六者而思过半矣，然民以食为天，故次之饷。士以马为命，故次之马。于兹八者，核其详，辨其制，是为军资乘。〃
（４）评论精炼概括，既讲历史沿革，又讲当代研究的最新成果和自己的看法，具有批判精神。如在评论兵器时说：〃诸艺宗于棍，棍宗于少林，少林之说莫详于近世新都程宗猷之阐宗。〃（《阵练制·练·教艺·棍·序》）又指出，弩之法不传，程宗猷革新古弩机，创造出腰开弩，力可达三十六钧（合当时１０８０斤），而力举三百斤者便可使用。他在〃挑壕而营〃的上方批评说：〃今御虏者，全用挑壕法，所谓自置其身于死地也。〃（卷七十眉批）
（５）辑录了许多他书罕载的珍贵资料。如一些杂家阵法阵图，连研究阵法的专著《续武经总要》都未记载。尤其珍贵的是收录了〃郑和航海图〃、〃航海天文图〃，及明代一些少见的舰船兵器及火器等。
（６）图文并茂。全书附图７３８幅，除《兵诀评》和《战略考》外，都有大量附图，生动形象，便于理解说明文字，更重要的是可以使我们窥见明代兵器、车船等的形制，山川河流的概貌。（７）采用了目录学中的参照法，对交叉重复的内容进行了说明，便于互相参照。如《军资乘·战·器·弩·序》指出：〃其详则见于练制中。〃《占度载·度·序》指出：〃若漕河，见于饷，不复再。〃这样读者便可到《阵练制》中去查找弩的资料；到《军资乘·饷》中去查找漕河方面的资料。
《武备志》汇辑了历代的兵学成果，包含的军事思想非常丰富，反映了各个不同时代的特点，但不能视其为辑录者的思想，所以本文不再一一概括介绍，仅据序言和评点对茅元仪的军事思想作一简单介绍：呼吁加强武备，富国强兵。他认为〃有文事者必有武备，此三代之所以为有道之长也。自武备弛，而文事遂不可保。〃（《自序》）他痛斥当世士大夫不习兵事，遇有战事惊慌失措，束手无策，误国误民。提出〃惟富国者能强兵〃，〃足饷尤先务〃（《军资乘·饷·序》）。主张开矿、屯田、发展经济。重视军队的训练，认为，〃兵之有练，圣人之六艺也。阵而不练，则土偶之须眉耳。〃（《阵练制·序》）战时号令不齐，〃不归于战而归于练。〃（《阵练制·练·悬令》）在国家防御方面，主张边、海、江防要并重。
针对西北边疆的特殊情况提出〃人自为守〃的战略方针，指出：〃西北诸边，与虏相犬牙，非随地为堡，则子女、牛羊、储粮、蓄刍皆虏资也。虏资粮于我，故我必清野，始可与虏战。有堡始可以清野。虏人自为战，故我必人自为守，始可与虏敌。有堡始可以人自为守。〃（《军资乘·守·堡约·序》）对海防提出〃其要在拒之于海。〃（《占度载·度·海防·序》）又认为江防的战略地位也非常重要，指出：〃迫海而亘中区，外溃则为门户，内讧则为腹心，故江之要与边、海均。〃（《占度载·度·江防·序》）对于攻与守、盛与衰、强与弱的认识，具有朴素的辩证法思想。例如，他认为我〃可攻人，人亦可攻我〃（《军资乘·序》）。〃善守者，使不得攻。〃（《军资乘·守·序》）能从攻与守这两方面认识问题。他还认识到物极必反的道理，指出：〃夫极盛者，必极衰，天道然也。〃〃然衰极则盛，理之常也。〃并用这一道理论证贡市潜伏危机的道理，劝说明廷振兴武备，指出：〃贡市者，体极尊，名极美，而财日浚，备日弛，丁我之盛，其衰伏焉。有所衰，必有所盛，可不畏哉。〃〃我不振则彼强，故张皇六师，非黩武也。〃（《占度载·度·四夷·北虏考·序》）
由于茅元仪长期与清政权处于敌对阵营，加上他为抗击后金政权、保卫明廷的著书目的，书中有许多对女真族和后金的不敬之语，所以，这部很有价值的兵书在清代遭到�