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在理论上，制订陆军和海军战略方针分别是作为大本营机构的陆军参谋本部和军令部的职责。军令部总长是大本营海军部的当然首脑。他以这个身份可以向体现最高层战略和战役决策的联合舰队司令长官发布命令和下达指示。然而，实际上，在制订海军战略方面起决定性作用的，往往是联合舰队，而不是军令部。
从前的联合舰队司令长宫曾经是象纳尔逊（纳尔逊（1758—1805），英国海军名将。1798年在埃及的阿市基尔大破拿破仑的法兰西舰队。1805年10月21日，在直布罗陀海峡附近特拉法尔加大海战中，击败了法国—西班牙联合舰队，扑战死。——译者）那样的海军指挥官。他亲自率领舰队作战，在枪林弹雨中从他的旗舰舰桥上发号施令。由于海军编制的扩充和战场大为扩大，联合舰队司令长官如跟作战部队一起出海，他就很难进行全面指挥了。所以，联合舰队司令部基本上成为岸上司令部（1943年4月上旬，山本把联合舰队司令部移到拉包尔，设在岸上。由于日军节节败退，山本死后，联合舰队司令部向北转移，设在特鲁克，后又迁到帛琉，但仍在舰上。1944年3月31日，联合舰队司令部向菲律宾达沃转移，所乘飞机遇雾失事，联合舰队司令长官古贺峰一等多人丧命，此后，设在爪哇泗水的南西方面舰队司令部代行联合舰队司令部职权。丰田副武海军火将接江联合舰队司令氏宫后不久，把司令部设在横滨附近的日吉台，直到日本投降。——译），它除了计划和指挥战术作战外，对制定海军的基本战略也发挥着强有力的、往往是决定性的影响。
在战争开始时，山本海军大将不顾军令部的强烈反对而胜利地坚持了攻击珍珠港的主张，这就说明联合舰队对于海军最高决策机构具有怎样的左右局势的能力了。不消说，战争头几个月联合舰队作战取得的辉煌胜利，只能又大大加强了这种影响。联合舰队的参谋人员高视阔步，而军令部则不得不低声下气地跟联合舰队司令部打交道了。
所以，制定第二阶段作战方针的主动权掌握在联合舰队手里，而不是掌握在军令部手里，这是不奇怪的。1942年1月中旬，联合舰队参谋长宇垣缠海军少将在广岛湾柱岛锚地的联合舰队旗舰“长门号”战列舰上，开始研究这个问题。根据他的日记记载，宇垣用了四天时间对这个问题进行了冷静而仔细的考虑。他估计第一阶段作战基本上可以在3月中旬结束，就是说，第二阶段作战方针最迟到2月底应该定下来。
宇垣海军少将的结论是：首先，日军必须继续积极采取攻势，而不是采取让故人掌握主动的防御战略。至于下一步攻势，他考虑了三个主要方向可供选择：（一）澳大利亚，（二）印度，（三）夏威夷。他的最后结论是进攻夏威夷，从6月开始行动，夺取中途岛、约翰斯顿岛和帕尔米拉岛，一旦把足够的航空兵力调到这些前进基地后，立即对夏威夷发动两栖作战，以联合舰队的主力向夏威夷水域推进，以支援攻略作战，而且如果可能的话，同美国舰队决战。
根据宇垣的日记记载，他主张这个方案的理由是：
一、夺取夏威夷和歼灭美国舰队实力：是能给予美国的最严重的打击。
二、日本海军在航空母舰方面，对美国占有三比一优势，而战列舰则占绝对优势。因此，夏威夷攻略作战以及在夏威夷海域进行舰队决战，虽然看起来有些风险，但成功的把握似乎还是极大的。
三，美同国力雄厚，时间对口本不利。因此，除非口本迅速发动攻势（越快越好），否则，只好坐待美国部队反攻。再说，虽然日本决心坚持长期战，但加有可能，缩短战争，显然是对它有利的，而希望就在于采取攻势行动。
四，如果德国征服了英国，英国欧洲舰队就可能到太平洋来加强美国在太平洋的海军实力，这样一宋，日本海军将受到加倍的压力。为了避免出现这种威胁，最可靠的办法是在发生这种情况之前歼灭美国舰队。尔后，再歼灭英国舰队。歼灭同盟国这两支舰队是迅速结束战争的最好的可能办法。
宇垣海军少将立即指示他的参谋们，仔细研究他的方案是否可行。可是，研究结果却是否定的，其主要理由有三：第一、日军不能再象袭击珍珠港那样做到出敌不意；第二，夏威夷地区敌航空兵分驻多处基地，日本所能使用的舰载航空兵和岸基航空兵，无力在象夏威夷群岛这样广大的地区取得制空权；第三，在军舰同岸炮对抗中，前者处于不利地位。
由于这些不利的研究结论，宇垣海军少将只好把他的计划搁置起来，同时指示联合舰队的幕僚研究联合舰队首席参谋黑岛龟人海军大佐提出的向西发动攻势的方案。宇垣参谋长并不完全同意黑岛的想法，他指示该项研究应照顾到以下各点：
一、虽然眼下没有日苏冲突的危险，但对这种可能性应予充分警惕。
二、同样，应采取适当措施，以遏制来自东方的美特混舰队的机动作战。
三，任何向西采取的行动，都必须等待第一阶段作战结束后的海军休整，廾且在时间上应同德军在中近尔发动的攻势一致。
四，向西作战的目标一开头就应明确规定，即：1、歼灭英国舰队；2，占领战略要地，摧毁敌基地；3、日军与欧洲轴心国的部队会师。
联合舰队司令部仔细研究了黑岛的方案。该方案的着眼点是把拟议中向西作战成为轴心国从两个方向发动的密切配合攻势的组成部分。可是，当联合舰队司令部收到1月19日轴心国缔结的新的三方军事协定的副本寸，上述想法立即遭到了挫折。该项协定只是一般地提到德国东进和日本西进，但完全没有提到将来采取联合攻势问题。宇垣感到十分失望，并认为日本与其企图与轴心国协调行动，不如独立决定自己的战略，这样最能促进轴心国的全面胜利。
所以，联合攻势的思想就此放弃了。联合舰队继续研究完全作为日本海军自己的西线作战方案。其基本的战术目标是歼灭英国舰队，占领锡兰，掌握印度洋的制空权；更大的战略目标是确保荷届东印度和马来亚以防来自西方的威胁，争取早日在近东同德军会师。
2月下旬，完成了这项研究，并制订了初步方案。随后，在刚被指定为联合舰队旗舰的“大和号”超级战列舰上，就这个方案进行了图上演习。这次图上演习历时四天，并有军令部的代表参加。结果由军令部拟定了一个正式的海军西线作战方案，并于3月中旬在大本营陆海军联席会议上提出。
以两栖部队进攻锡兰为设想的海军方案，
自然需要陆军参加。但是，陆军方面表示强烈反对，理由是它必须防备苏联，因此不能在东南亚进一步铀开。不过，在海军看来，陆军最近既然在缅甸发动战役，可见上述沦点有些牵强；但是，不管是否牵强，陆军既然拒绝合作，这就意味着拟议中的印度洋攻势是无法进行的。
尽管如此，联合舰队仍然认为必须尽早在某处采取攻势。因此，联合舰队司令部又重新研究东进作战的方针。这一次把宇垣进攻夏威夷计划的目标放低了，所设想的是由海军独自担任或者只需陆军派极少部队参加。这寸有一个极关重要的因素，就是敌航空母舰特混舰队的活动有了惊人的增加。自从2月初以来，它们先后袭击了马绍尔群岛。拉包尔、威克岛、南鸟岛和新几内亚东岸。为了抑制敌人的这种活动，联合舰队的决策者们认为，应该夺取离夏威夷只有一千一百三十海里的中途岛，把它作为空中巡逻的前进基地。同时，他们估计，进攻中途岛将能诱出美国舰队，这样，便可以在一场决战中把它歼灭。
宇垣参谋长和他的幕僚所进行的研究，已经进展到在无需联合舰队司令长官作决定的范围内所能做到的一切。山本海军大将没有插手他的部下的计划工作，也没有参与关于东进和西进的长时间争论。但是，现在该由山本海军大将来裁决了。他迅速而强有力地支持了东进的主张。于是，3月29—30日，联合舰队司令部拟定了中途岛作战方案。
现在只等军令部的同意就可以使这个计划最后定案了。大约在3月中旬，联合舰队就简单地通知军令部说，它正在研究进攻中途岛的计划，但没有举行进一步讨论。4月2日，山本海军大将派作战参谋渡边安次海军中佐赴东京，正式呈递联合舰队的这一初步方案。渡边很快发现，要使这个作战方案获得通过，是不会一帆风顺的。
二、“澳大利亚第一”论
当联合舰队更加积极制订第二阶段作战方案的时候，军令部也没有闲着。不过，它的注意力却集中于另一个地区，和联合舰队所考虑的两大方案不同。这就是以澳大利亚为中心的所谓东南地区。
军令部总长永野海军大将和次长伊藤整一海军中将都不是那种爱指手划脚指挥部下订计划的人。他们让部下自己去搞，只是在计划拟好送给他们批阅时，他们才表态。所以，军令部的思想大体上反映了军令部第一部（作战部）作战课的思想。军令部第一部部长是福留繁海军少将，第一部作战课课长是富冈定俊海军大佐。“澳大利亚第一”的战略思想就是由富冈海军大佐提出来的。
富冈一帮人认为，澳大利亚具有极大的重要性。这是由于他们估计澳大利亚次大陆幅员广阔，在日本防御圈中占有重要战略地位，它几乎肯定要成为同盟国反攻的跳板。他们推论说，为了充分利用美国大规模生产飞机的工业能力，盟军的反攻将以航空兵为先锋；同时，为了有效地利用这支巨大的航空兵力，就不免要使用澳大利亚的陆上基地。因此，除非日本控制了澳大利亚或者把澳大利亚切实和美国隔绝，否则，在日本的防护甲胄上就会有一个弱点。
日军在1月轻而易举地攻占了俾斯麦群岛后，那些最积极倡导澳大利亚第一思想的人开始鼓吹立即占领澳大利亚的主要地区。可是，这个急进的初步主张立即遭到了陆军方面的反对。陆军直截了当地说，他们无法抽调这一战役所需要的十几个师团的兵力，更不用说不可能凑集足够的船只来运送这样一支部队和为这些部队提供补给了。
陆军反对的理由是很有说服力的，但是，海军方面怀疑这些理由只不过是为了掩盖陆军的真正意图。据推测，大本营陆军部深信德军计划春季在高加索发动的攻势必能成功，这一胜利当然会使欧洲战局发生有利于德国的根本变化。海军方面猜测，陆军要保存一大批部队，以便在这种有利局势出现时用以对付俄国。
很明显，陆军无论如何也不愿把很多兵力用于东南地区，也不愿参加澳大利亚攻略作战。因此，军令部的战略家们开始集中精力搞一些较小的计划：通过逐步控制新几内亚东面的所罗门群岛和新喀里多尼亚一斐济一线，以孤立澳大利亚和切断美国战争物资的供应。
4月初，当联合舰队提出它的中途岛作战方案的时候，军令部的计划已经开始执行。作为第一步，已经占领了新几内亚东岸的莱城和萨拉莫阿；陆军方面也同意在第二阶段作战中，即对新几内亚东南岸的莫尔兹比港和所罗门群岛的图拉吉同时发动的攻略作战中，使用它驻在拉包尔的南海支队（南海支队于1941年10月与南方军同时成立，由大本营直辖，司令官堀井富太郎少将。战斗序列是，第五十五兵团，步兵第一百四十四联队（团）、山炮兵第五十五联队一个大队（营）和工兵第十五联队一个中队（连），共主要任务是攻占关岛等战略要地。该支队在日本投降前被彻底击溃。——译者）。莫尔兹比港一图拉吉作战只等南云部队抽派一个航空母舰战队来加强海军掩护部队。同时，军令部正在设法说服陆军参加在占领莫尔兹比港和图拉吉后准备立即对新喀里多尼亚，斐济和萨摩亚发动的攻略作战。
由于上述情况，联合舰队提出中途岛作战方案的时机几乎是再也没有那么不利的了。该方案明确规定，中途岛作战（同时对阿留申群岛西部实施牵制性攻略作战）于6月上旬进行，而军令部提出的新喀里多尼亚一斐济一萨摩亚作战则要推迟到中途岛和阿留申作战之后。这样，在联合舰队与军令部之间，即将演出一场重大的实权较量，看看谁在决定海军战略方面有更大的发言权。
三、关于中途岛的争论
4月2日，渡边海军中佐代表联合舰队一方，军令部第一部航空参谋三代辰吉海军中佐代表军令部一方，就中途岛作战方案开始了冗长的交换意见，关于中途岛作战方案的争论就这样很快地展开了。三代海军中佐竭力而且有时几乎声泪俱下地提出一大堆理由，反对中途岛作战方案。他的理由是，很难筹集所需要的大批军需物资；中途岛作战在战术上有种种不利条件；而且，即便能占领中途岛，它的战略价值也是值得怀疑的。
就物资要求方面来说，三代指出，按军令部计划，首先实施新喀里多尼亚一斐济一萨摩亚作战比较合适，因为事实上准备工作早就开始了。三代特别强调，由于飞机和航空器材不足，所以几乎不可能按联合舰队规定的攻击日期，及时给南云海军中将的航空母舰业已消耗的飞行队提供补充装备。
飞机的补充问题直接涉及三代海军中佐的业务，因为他的职务就是给海军航空兵的作战部队及时补充飞机。这方面的情况确实越来越严重。按规定，海军务飞行队应陔有等于编制飞机数目三分之一的预备飞机。但实际上，大部分飞行队不仅没有预备飞机，而且机数还达不到编制定额。三代刚把第十一（岸基）航空舰队紧急请求把它的飞机按编制定额补齐的事推脱了，其借口是连“龙骧号”航空母舰还没有用0式战斗机来替换老式的96式战斗机呢（0式战斗机为1940年式（日本皇纪2600年式）战斗机，96式战斗机为1936年式（日本纪皇2596年式）战斗机。——译者）。
三代接着说，即