阿尔莫拉维王朝的懦弱无能的国君阿里于1143年去世。他的儿子塔什芬竭力想阻挡阿尔莫哈军队的前进而未果。他在特累姆森被包围一年以后，沿着海岸逃亡奥兰，企图与他从阿尔美里亚召来的舰队一起从那里逃往西班牙。但是由于已经占领了奥兰的阿尔莫哈军队穷追不舍，他连人带马从海岸的一处绝壁上坠下身死，（约在1145年或1146年），没有能逃到舰上。
西班牙方面，在阿尔莫拉维政权崩溃后，许多小统治者再度兴起，他们对基督教徒自然不能作什麽进一步的抵抗。1147年，葡萄牙的阿尔封索一世从穆斯林手中夺回了他的国土的首都里斯本，这个城市在阿尔莫拉维王朝统治的初期曾一度被基督教徒占领，但以后于1110年又被齐尔·阿比·伯克尔征服。卡斯提尔的阿尔封索七世于第二年曾进展到哥尔多瓦；但在那里阿尔莫哈军队前来应战，因此他只能半途而废，向后撤退。1149年，哈里发阿卜杜勒·慕敏·伊本·阿里在柏柏尔人中进行了大屠杀，终于在北非平定了对于他的统治的最后的反抗之后，现在能以更大的力量对付外国的敌人了。他首先派他的将军巴尔拉斯到西班牙去，后者在经过激战后将阿尔莫拉维人击退到巴利阿里群岛。哈里发本人则从西西里的诺曼人的统治下解放了北非沿海地区；他当时已在准备在这次战争结束后渡海前往西班牙，但他于1163年去世。
在他的儿子艾卜·叶尔孤卜，优素福（1163至1184年）和孙子叶尔孤卜·曼苏尔（1184至1199年）统治的时候，阿尔莫哈王朝的力量达到了黄金时代。优素福完成了对穆斯林西班牙的绥靖，但他在包围散塔朗时阵亡，当时他正与葡萄牙桑绰亲王作战。他的父亲打破了狂热的马立克教派在精神上的控制，而他却居然支援这一过去被排斥的教派的代表。伊斯兰教西部地区两个最重要的哲学家伊本·图斐利和伊本·鲁世德（阿维罗伊）从西班牙来到他的宫廷。格拉那达附近瓜提来的伊本·图斐利最初在格拉那达行医，以后担任阿尔莫哈政权驻该城长官的秘书：1154年，通过他的长官的介绍，又担任阿卜杜勒·墓敏的一个在休达与丹吉尔任总督的儿子的秘书。接着优素福把他召至宫廷中担任御医。他以写作阿拉伯文学中第一部哲理小说而着名。伊本·西那（阿维森纳）曾写作一本名爲《哈义·伊本·叶格赞》的意义深刻的寓言，而伊本·图斐利在他的关于认识论的幻想故事中，借用了伊本·西那书中的主人翁。作者描叙海伊是一个在无人荒岛上成长的孤儿，由于与自然界的接触，使他明白了文明的基础并且认识了世界和上帝。年老的时候，当他已形成他的完整的宇宙观时，通过一个邻近岛屿的统治者沙拉曼国王的大臣阿布赛尔的介绍，他通晓了天啓的宗教。他们两人都认识到他们的基本原理是相同的。但是哈义靠这位元朋友的介绍而认识的国王，没有能力使他自己提高到他们的信仰水平；最后他们回到荒岛上，将余生完全献给虔诚的沈思，而让国王和他的人民去崇拜偶像。对于故事中的主人翁说来，那种崇拜偶像的信仰水平远没有脱离原始的阶段。这部作品在两百年以后译成希伯来文，以后又以拉丁文爲媒介，译成了几乎所有文明国家的文字。作品本身很好地证明了在阿尔莫哈王朝统治期内爲了将神秘主义与哲学加以调和可以达到多大的自由。伊本·图斐利或许曾希望他的工作由年轻的伊本·鲁世德来继承，鲁世德是哥尔多瓦一个着名的法官的孙子；伊本·图斐利曾亲自把伊本·鲁世德介绍到马拉喀什的宫廷中，在1182年又推荐他继任他的御医之职。但是由于伊本·鲁世德继他的祖父和父亲担任哥尔多瓦法官已达十二年之久，哈里发放了他回去。伊本·鲁世德的主要成就是他对于亚里斯多德的着作所作的注释，哈里发本人曾对这项工作加以鼓励。西方国家通过这些作品的拉丁文译本，才真正接触到了希腊的哲学。最早的译本是迈克尔·斯科特在1230年开始翻译的。伊本·鲁世德在自己的着作中曾企图将穆斯林教义和哲学上的结论加以调和。他对于世界的永恒性（拥护这种说法而反对世界是从虚无巾创造出来的说法）和对于上帝的认识等问题的看法，引起了西班牙宙卡哈的反对，正如后来在十三世纪时，它也使基督教会禁止他的学说一样。优素福的继承者叶耳孤卜开始时与他的父亲一样，对鲁世德加以保护；但他爲了报杀父之仇而与基督教徒进行的斗争中，不能没有西班牙富卡哈的支援，因此他终于让步，同意了他们的主张，将这位哲学家放逐到哥尔多瓦附近的罗申那，让他受到痛苦的审讯，并且焚毁他的着作，但医学，数学和天文方面的着作不在焚毁之列。不久以后，在 1195年7月19日，哈里发在阿拉考斯与卡斯蒂勒的阿尔封索八世作战取得辉煌的胜利，但因后方发生叛乱使他不能不很快返回非洲，因此在胜利后未能扩大战果。在非洲恢复治安以后，他撤销了对鲁世德的判决，并召他到马拉喀什宫廷中；但不久以后，鲁世德于1198年12月10日去世，哈里发也在第二年相继去世。
阿尔莫哈王朝的广大的帝国，与过去任何其他的穆斯林国家不同，除了西班牙以外，还包括整个北非，直到埃及边境的地区。但这个帝国在它的创始者的懦弱无能的继承人统治之下迅速地衰落了。叶耳孤卜的儿子穆罕默德·纳绥尔在登位之初，就不得不镇压反抗他的统治的叛乱。他在平定亚特拉斯山中柏柏尔人的古马拉部族的叛乱后，又不得不立刻赶往国境的东部去镇压伊夫里基雅地方叶哈雅·伊本·加尼亚的反叛。1206年1月，他收复了艾格莱卜王朝的都城马地雅后，他留下阿卜杜勒·瓦希德·阿比·哈弗斯·欣塔提担任东部地区的总督，后者是对帝国的建立有卓着功勋的阿布·哈弗斯的儿子，而他的后代，即哈弗斯人，以后在突尼斯宣告独立。纳绥尔还消灭了阿尔莫拉维王朝统治的最后残余。加尼亚族的王朝在丧失西班牙后据有巴利阿里群岛而独立。 1207年，纳绥尔派遣一支舰队从阿尔及尔出发向他们进攻，这支舰队替他占领了马佐卡。但是他对于基督教徒的进攻无法进行任何长期的抵抗。1212年7月16日，卡斯蒂勒的阿尔封索八世对穆斯林的领土发动进攻，并在希斯纳—乌格布，即西班牙人称爲纳瓦斯—德—托鲁萨地方使阿尔莫哈统治者受到了歼灭性的失败，而穆斯林军队当时在数量上是占极大优势的。纳绥尔急忙赶回非斯，不久以后就把政权完全交给了他的儿子优素福，在这以前，他的政权主要操在他的无能的大臣伊本·查米耳手中；纳绥尔于1213年 12月25日在拉巴特去世。
优素福·穆斯坦绥尔在位十年，完全受他的大臣的控制，后者的权力只受到阿尔莫哈贵族们的限制。突尼斯的哈弗斯人总督穆罕默德向优素福宣誓效忠是非常勉强的，而在哈里发去世后，当大臣伊本·查米耳立叶耳孤卜·曼苏尔的一个兄弟阿卜杜勒·瓦希德爲王时，就发生了大规模的叛乱。在西班牙的穆尔西亚，阿卜杜勒·瓦希德的一个侄子阿卜杜拉接受拥戴宣誓，自立爲哈里发，御名阿迪尔。至此，摩洛哥的酋长们废黜了阿卜杜·瓦希德，并把大臣放逐出境。但阿迪勒在西班牙还有一个人同他争王位，即贝雅萨（贝萨）总督艾卜·穆罕默德，此人最初自称是阿卜杜勒·慕敏的后代，以后又说是哈弗斯的后代。他向国王菲迪南德三世要求援助，而菲迪南德三世因贝萨割让给他就欣然接受了请求。1225年，阿迪勒战败逃往非洲，把与叛徒及基督教徒斗争的责任交给了
他的弟弟艾卜·乌拉。但摩洛哥的酋长们拒绝向阿迪勒效忠，而立他的侄子叶哈雅·穆耳台绥木爲王。阿迪勒在与穆耳台绥木的部下作战时阵亡，他的兄弟麦蒙在西班牙觊觎王位。麦蒙通过进一步割让领土换取了菲迪南德的援助而在摩洛哥建立了统治。他在把叶哈雅赶走并在酋长们之间进行大屠杀之后，认爲一切抵抗均已粉碎。爲了巩固他的权力，他取缔了贵族们信仰的一神论的教义，而恢复了马立克教派。这样就使突尼斯的哈弗斯人艾卜·扎卡里亚得到了求之不得的藉口，拒绝向他效忠。麦蒙的儿子阿卜杜勒·瓦希德二世（赖世德）于1232年按位时虽然又恢复了一神论的教义，但并不闪而取得任何好处。突尼斯的艾卜·札卡里亚并没有取消其独立的意思，其他的人也继起效尤。泽安部族的柏柏尔人亚格穆拉桑·伊本·阿卜德·瓦德于1236年担任赖世德驻在特累姆森的总督，事实上他是完全独立的，他的子孙也保持独立一直到1393年。但促成阿尔莫哈王朝最后崩溃的是泽纳塔族系马林族的柏柏尔人，他们在其同族人于1145年大败之后，因逃亡至撒哈拉而未被征服。1216年，他们自穆路亚山谷出发通过中部摩洛哥进行了一次袭击，大肆烧杀。他们首先在阿拉伯人里亚族的土地上取得了一个永久性的立足点。赖世德的继承者赛仪德的军队虽于1244年将他们击退，但在赛仪德的继承者统治之时，他们又发动了进攻。他们的埃米尔艾卜·叶哈雅，阿卜德·哈克在名义上是给哈弗斯人效劳而向阿尔莫哈王朝进攻。他并不亵渎深受当地人民尊敬的摩洛哥圣徒，而是使这些圣徒们的影响供他自己利用。他把富饶的采地分给他的亲族。他召募外国的雇佣兵，而使他的战斗部队增加了好几倍，因此他能从阿尔莫哈王朝手中夺取了沿海的萨勒和拉巴特以及菲斯与麦克尼斯等重要城市。1269年，当马拉喀什再度发生争夺王位的内讧时，艾卜·叶哈雅的继承人艾卜·优素福占领了首都；1275年，阿尔莫哈王朝最后的子孙在亚特拉斯山中被艾》·优素福的一个总督所消灭。
西班牙方面，在阿尔莫哈人撤退后，祖先曾统治过萨拉哥萨的穆罕默德·优素福·伊本·胡德在木尔西亚崛起成爲反对基督教徒的战士，他利用了邻近的基督教国家存在的弱点，逐步把全国最重要的城市统一在他的统治之下。但是1230年，在阿尔封索国王去世后，莱昂与卡斯提尔重新联合起来，因此基督教徒恢复了进攻，于1231年在萨雷斯将伊本·胡德击败。一个阿拉伯野心家立刻乘他失败的时机，企图夺取他的地位而代之。哈恩北面的阿尔约那是优素福·伊本·艾哈迈德·伊本·奈斯尔的驻地，此人爲先知穆罕默德时代赫兹赖只部族酋长的一个后代，他的部族称爲艾哈麦尔族。就在1231年，他自立爲安达鲁西亚的统治者，居然能够在哈恩、瓜提和巴札等地确立了他的统治。1235年，他占领了格拉那达，自此以后，这个城市就成爲他所建立的奈斯尔王朝的竹都。由于穆斯林自相残杀的结果，穆斯林西班牙的历史悠久的泞都哥尔多瓦于1236年6月29日陷入基督教徒手中。两年以后，胡德遇刺身死，死前他曾又一次被基督教徒击败。奈斯尔爲了对付与他争夺权力的敌人，在付出巨额贡款后，取得卡斯提尔的菲迪南德一世（1217—1252年）的保护，成爲他的藩臣，并于1248年在菲迪南德一世与塞维尔作战时对他提供军事援助。他的继承人穆罕默德二世（1273—1302年）企图与摩洛哥的马林人联合起来，以逃避他的作爲藩臣的义务。艾卜·优素福因爲穆罕默德二世把阿耳赫西拉斯和塔里法割让与他，象在他之前的阿尔莫哈和阿尔摸拉维王朝一样，准备对西班牙进行干涉。这个马林人曾前后四次渡海前往西班牙。虽然他的军队在历次进攻中使基督教徒受到损失，但他们都无法使当地的权力作任何长期的变更。奈斯尔王朝负担了柏柏尔人一师军队的费用，这支军队不久以后就成爲国家的一个沈重负担，与过去要纳贡没有什麽两样，因此穆罕默德爲了对付他的马林盟友，而向卡斯提尔的阿尔封索五世请求保护，就是特累姆森的亚格穆拉桑也表示愿意出力制止他的邻邦对西班牙进行远征。艾卜·叶耳孤卜的第二个继承人艾卜·哈桑坚决放弃了其前人的干涉西班牙的政策，因此奈斯尔王朝靠采取了随机应变的圆滑的政策，得以又存在了二百五十年，这是西班牙境内的最后一个穆斯林王朝，其疆域是在沿着直布罗陀海岸直到阿尔美利亚的狭长地区中，在内地最远到达隆达山脉与埃尔维拉山。
即使在这个最后的苟延残喘的时期中，穆斯林西班牙的文明仍打着辉煌的成就。西班牙伊斯兰教当时産生的两个伟大的思想家征东方结束了他们的生命。1165年7月28日生于木尔西亚的神秘主义者伊本，阿拉比曾于1173年至1202年在塞维尔从事神学和法学的研究，以后他往麦加朝觐而没有回到故乡。他游历了许多地方，最远到过小亚细亚，最后定居在大马土革，于1240年10月在那里去世。在本土的时候，他信奉伊本·麦萨赖学派的教义。在麦加，他受到盖尔麦兑派的泛神论教义的影响。他的着作极爲丰富，其中最主要的着作是1201至1231年间写成的十七卷《麦加啓示录》，他把其中的精华又表达于《智慧的印记》一书中。在这些着作中，他使这种神秘主义教义，在与奉行苦修与涤罪的历史较久的苏菲派教义的斗争中取得了决定性的胜利。他的同胞伊本·赛，、耳因的思想走着相似的道路。赛卜耳因曾编纂极爲浅近的哲学问题解答一书，相传这些问题是西西里的弗雷德里克二世提出的；他于1270年赴麦加朝觐时，得出了这些泛神论教义的必然结论，其首尾一贯在伊斯兰教中是独一无二的，最后通过自杀来追求他的灵魂与真主的合一。
这个奈斯尔王朝小国还可以因産生了一个伟大的历史学家而自豪，这位历史学家一生的浮沈突出地反映了这个小国在十四世纪中的政治生活。穆罕默德，伊本·赫帖卜·萨尔马尼·列萨努·丁生于1313年，是奈斯尔王朝国王优素福（1333—1354年）统治时期一个宫廷官员的儿子。他的父亲于1341年在塔里法战役中阵亡后，他担任了大臣伊本·杰亚》的秘书。1349年，欧洲南部与地�