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五月，李星沅在武宣病死。清政府派大学士、军机大臣赛尚阿为钦差大臣赴广西督办军务，命广州副都统乌兰泰为帮办，对太平军朝廷进行围攻。九月，太平军在平南宫村同清军的战斗中，击溃清军大部，取得空前胜利。随后，太平军乘胜前进，一举攻克永安州。这是太平天国金田村起义后占领的第一座城市。
在永安，太平军进行了休整补充，并制定了各种制度。十二月，洪秀全颁布封王诏令，封杨秀清为“东王”，萧朝贵为“西王”，冯云山为“南王”，韦昌辉为“北王”，石达开为“翼王”。
太平军在永安停留了半年多时间，清军三万多人陆续开到永安，包围了州城。太平军因长期困守，城中粮、盐、弹药都很缺乏，便决定放弃这座城池，突围北上。1852年四月三日，洪秀全发令突围，太平军在突围中，使清军遭受重创，四个总兵全部丧命，乌兰泰也被杀得只剩数十名残兵，躲在深涧内才免一死。
永安突围成功后，六月三日，太平军攻克全州，在全州战役中，南王冯云山中炮牺牲于水塘湾。九月十一日，太平军进逼湖南省城长沙，十二日，萧朝贵亲自指挥攻城，身先士卒，不幸中炮负伤，随后牺牲。洪秀全、杨秀清闻讯，率领全军自郴州赶赴长沙增援。十二月，攻克长沙外围的益阳、岳州。在益阳、岳州期间，太平军获得大量军火、船只，数千船民、纤夫踊跃加人起义军，组成水营。从此，太平军不仅有了一支强大的陆军，而且有了一支庞大的水师。
1852年底，太平军放弃长沙，由岳州出发，分水陆两路，沿江而下，连克湖北重镇汉阳、汉口，围攻武昌。1853年一月十二日黎明，太平军占领武昌全城，清廷湖北巡抚常大淳等败死。二月，洪秀全、杨秀清放弃武昌，统率大军，水陆并进，攻克江西九江、安徽安庆，安徽巡抚蒋文庆败死。三月八日，太平军兵临南京城下。三月十九日，攻破南京外城，斩两江总督陆建瀛等。二十日，攻克内城，杀江宁将军祥原厚等，太平军终于占领南京全城，取得起义以来的最大胜利。
随后，洪秀全改南京为“天京”，把它作为太平天国的都城，正式建立了与清王朝相对峙的政权。不久，洪秀全颁布了“天朝田亩制度”，提出了“耕者有其田”的口号。
此时，在太平军的威逼下，清政府慌了手脚。清兵与曾国藩领导的地主武装湘军等用重兵合围天京，洪秀全派李开芳、林凤祥率两万太平军继续北伐，北伐军直捣直隶，威逼北京。与此同时，洪秀全又派赖汉英等将领亲率水军一千余只战船沿长江西征，历经三年苦战，奋力拼杀，到1856年上半年，太平天国已经控制了江西、安徽、湖北和江苏的大部分地区，并先后击溃了清军的江北大营和江南大营。太平军越战越勇，捷报频传，官兵却屡屡败退。此时太平天国在军事上和政治上达到了前所未有的全盛时期。
三、太平天国的分裂
太平天国在南京建都以后，太平军的力量和发展形势很快达到了全盛时期。但就在这时，在天京竟然发生了一场意想不到的大变乱，太平天国领导集团内部发生了严重的内讧，几位领导人为了争夺权势，竟不惜用武力相互残杀。
这时，东王杨秀清在太平天国领导集团中的实力增强，想建立自己的最高统治地位，向洪秀全“逼封万岁”。1856年八月二十二日，杨秀清有恃无恐，竟派人将洪秀全召到东王府，摆出一副盛气凌人的样子，居功自傲地用“天父”的口气对洪秀全说：“尔与东王均为我子，东王有特大功劳，何只称九千岁？”
洪秀全被迫无奈地说：“东王打江山，亦当是万岁，东王既万岁，世子亦便是万岁，且世代是万岁。”
事后，洪秀全心怀极大不满，对杨秀清的所作所为十分恼火，立即秘密召回在江西的韦昌辉和在丹阳的秦日纲，准备采取果断手段，置杨秀清于死地，以防后患。
很快，韦昌辉率领三千精兵于九月一日深夜到达天京，悄悄地包围了东王府，又令士兵闯进东王府内把杨秀清及其全家通通杀死。之后，双方所率各部在天京城内展开了激烈的交战，杨秀清所部的两万多人被韦昌辉消灭，秦日纲追随韦昌辉也参加了这次屠杀杨秀清及其家人的行动。翼王石达开闻讯后带领随从从湖北急速赶回天京，愤怒地斥责韦昌辉心狠手辣，滥杀无辜。韦昌辉听后很恼火，又要派人去杀石达开，石达开吓得连夜逃走。直到十一月，洪秀全为形势所逼，不得不下令杀了韦昌辉和秦日纲，才平息了这场可悲的内乱。
韦昌辉被杀后，洪秀全召石达开回天京辅政。不久，洪秀全对石达开又生猜疑，为了防患于未然，他便封自己的两个兄长为王，以牵制石达开。1857年六月，石达开对这种状况十分不满，一气之下，带领十多万太平军的精锐部队离开天京，向四川进军。从此，太平天国的政治、军事力量就更加分散和削弱了。
这次内乱对太平天国的命运影响极大，内部不团结，使政权受到了极大的打击。在这种情况下，洪秀全亲自掌握了政权，他提拔重用有才干的青年将领，重新建立领导核心。他任命后起的将领陈玉成、李秀成、李世贤、韦志俊和蒙得恩为前后左右中五军主将，洪秀全自兼军师。这样，暂时填补了杨、韦死后和石达开出走后的领导空缺。陈玉成、李秀成、李世贤后来果然有所作为，成为太平天国后期的军事支柱，取得了一些军事上的胜利。
四、石达开兵败大渡河
天京之变的风波结束以后，十一月底，石达开从湖北赶回天京，受到众人的热烈欢迎，洪秀全听取大家的意见，封石达开为圣神电通军主将翼王，总理军政要事。然而，自从杨、韦事件后，洪秀全对石达开也有了戒心，他怕石达开力量强大了也步杨、韦的后尘，对自己构成威胁，再度形成专权挟制的被动局面，所以再也不敢相信异姓王，极力牵制并削弱石达开的力量，而让洪家兄弟参与朝政，封自己的两个哥哥为安王、福王，说是与翼王“共襄朝政”。无论什么事情，安王、福王不点头也行不通。而安王洪仁发和福王洪仁达两兄弟，不学无术，只知作威作福，不知创业艰难。由他们参与军政，每每误了军国大事。石达开忍无可忍，愤而去见天王，要向他陈说利害。可是洪秀全却避而不见，并派人出来转告他说：“天王万岁有旨，达胞若有事，可与安福二王共商。”
于是石达开一气之下，率领亲信愤然离开天京，一去不回头。他转战安徽、江西、浙江、湖南、广西、湖北、云南、贵州等省，虽然多次歼灭、击溃过清王朝的军队，但没有固定的根据地，四处飘荡，站不住脚，部队得不到休整与军需品的补充。1861年，石达开部下庆吉元、朱衣点、彭大顺等人又率亲兵第一军、第二军离开石达开，返回天京。
这不仅削弱了石达开的兵力，也影响了义军的情绪。石达开无奈，将剩余的军队编为前、后、中、左、右五个军，实际只有五万人。石达开从四川石柱转战到云南昭通，沿途又招收了一些人马，队伍发展到十几万人，但士兵素质太差，也混进一些散兵游勇、土匪流寇。1863年二月，石达开考虑，昭通不是久留之地，想效仿孔明进驻四川休整备战，再图中原。他又知道，当时的四川总督是原长沙巡抚骆秉章，此人有勇有谋，要取四川，决不能硬拼。
于是，石达开派大将李复猷率兵三万，由贵州入川，派前军宰辅赖裕新率军两万绕入宁远府，想吸引骆秉章出来堵击，从而牵制骆秉章；然后石达开亲率七万大军出昭通越过金沙江，直入四川，并命其他二部随时保持联系，务于五月二十日前会师合攻成都。
不料，赖裕新率领两万大军入川，在中洲坎遇到骆秉章袭击，全军覆灭，赖裕新在激战中身负重伤，壮烈牺牲。而李复猷的三万大军，一路不断受到骆秉章大军的堵截，连连失败，前进无望，又与石达开联系不上，只好退师云南。
这两军都已失败，石达开丝毫不知，当石达开率军到达四川宁远府时，守城的清将正是骆秉章。石达开命令攻城，连攻连败，伤亡惨重，毫无进展，而其他几路清兵，也纷纷向宁远府集结。石达开发现自己处于清兵的包围之中，立即命令退兵。当队伍退到猛虎岗时，又中了骆秉章的埋伏，粮食辎重损失过半。石达开命令将士选敌人薄弱处突围，结果到了安顺场，前面是波涛汹涌的大渡河，后面是气势汹汹的清兵，还不断受到当地土司的袭击，太平军只剩下了六千人马。
石达开想拼死一搏突围，但给养有限，士兵又疲惫不堪，士气低落，军队基本失去了战斗力。无论从战斗力、地理环境还是物质供应方面，对太平军都极为不利，突围根本没有希望。在被困的日子里，石达开的内心作着激烈的斗争。1863年六月六日，他以太平天国圣神电通军主将的身份，给松林地总领王千户写了一封信，他在信中说：“我恭奉天命，亲自统领大军，辅佐圣主，恢复大厦，他日太平天国一定会统一天下，希望王总领以大局为重，认清形势，早日休兵让路。”
但王千户并没有被说动，石达开率领他的军队在艰苦的环境中坚持着，可时间一长，石达开自己的思想也动摇了，一度存于心底的消极情绪再次膨胀起来。他越来越感到，自己戎马一生，驰骋天下，到头来两手空空，而且战争只会劳民伤财，甚至鸡狗都跟着遭殃，不禁叹道：“唉，天不遂人愿，既然命里注定，我又奈何！”
短短半个月，石达开像变了一个人。六月二十二日，他又给清朝四川总督骆秉章写了一封信，信中说：“我私下想过，如果我为朝廷做事，一定有享不尽的荣华富贵，可天下的忠臣从不事二主，我石达开也是重义之人，我甘愿舍身捐躯，来保全三军兵士的性命，以此来表达我对天主的敬仰之情。即使斧子架在脖子上，粉身碎骨，我也死而无憾。”
接着，石达开带着自己六岁的儿子，在黄原忠、曾士和、韦善诚三位将军的陪同下坦然地去敌营谈判。石达开以为骆秉章是天王洪秀全的同乡、同学，一定比其他朝廷官吏开明，能给太平军将士留下一条生路，可石达开把问题想得太简单了，骆秉章虽然文武全才，但为人却非常狡诈，看到石达开自己送上门来，心中高兴地想：“你想得美，先把你抓起来，然后再收拾那些逆贼。”
当石达开等人进入营后，营内、营外立即冲出数十名伏兵，将石达开五人全部捆绑起来。这时，石达开才清醒过来，敌人永远是敌人。当夜，骆秉章下令以火箭为号，从四面袭击石达开部队，一夜之间，数千名太平军官兵惨遭屠杀，侥幸逃出的，也在沿途被截杀，所剩无几。
1863年六月二十五日，石达开等五人在成都全部遇害，骆秉章连一个六岁的孩子都不放过，可见其残忍之心。
骆秉章用太平军将士的血，染红了自己的顶戴，不久被提升为太子太保，然而好景不长，四年后，病死在四川。
五、洪秀全含恨归天
石达开走后，洪秀全想起自金田村起义以来，六名异姓兄弟，死的死，走的走，仅剩自己一人，不禁感到胸口疼痛，食不甘味，睡不安寝。萧朝贵、冯云山战死的惨景，杨秀清、韦昌辉的不仁不义，使他后悔怀疑石达开的忠心，但又觉得石达开过于绝情。他随即免去了善谗而又无能的哥哥的王位，但不到四年，又封洪仁达为勇王，洪仁发为信王。
李秀成以其军事天才成了太平天国的重要将领和后期主要统帅，被封为忠王。早在1853年太平天国定都南京时，李秀成因杨秀清提拔，被举为右四军帅，随后又陆续升迁为后四监军、殿右二十指挥、二十二检点、地官副、正丞相、合天侯等职。石达开离京出走：他被封副掌率、合天义，与陈玉成共掌军政，不久又升后军主将。他与捻军相呼应，多次与清兵交战，解除了清兵对天京的围攻。1858年，李秀成与陈玉成部会师，进占浦口再破清兵江北大营。1860年五月，李秀成调集数路人马，又破清军江南大营，并乘胜攻克丹阳、常州、无锡、苏州等地，直逼上海。
当时的上海，有英、美等殖民主义者的租界，他们与清朝统治者相互勾结，对太平天国是个明显的威胁。英国驻华公使普鲁斯就曾说：“皇家海陆军当局应该采取适当措施，保卫上海，抵抗任何力量的攻击。”六月，一个名叫华尔的美国人在美国公使的指使下，组织了一支“洋枪队”，准备和清军一起大力镇压太平军。
七月中旬，太平军打到上海附近时，李秀成照会英、美、法三国公使，向他们宣布，太平军保护在上海的外国居民不受侵犯。但英、美、法三国公使非常傲慢，对这个照会置之不理。七月十六日，华尔率领“洋枪队”猛烈攻打太平军占据的松江和青浦两个地方，双方展开激战，一时间枪声大作，硝烟四起。八月二日，太平军的援军及时到达青浦，大破“洋枪队”和清军。太平军奋力杀敌，取得辉煌战果，杀死洋兵六七百人，得洋枪两千条，火炮十余门，洋炮一百余门，船数百条，在这次战斗中，华尔受重伤五处。
1861年初，洪秀全命陈玉成率北路军，李秀成率南路军，再次西征。命两军同时出发，于三月在武汉郊外会师，然后一齐攻打武汉。陈玉成一路冲杀，势如破竹，顺利攻下距武汉仅一百里的黄州，并驻扎黄州，等候李秀成。而这时李秀成正在沪浙一带的奉贤、南江、川河与清军和洋枪队交战，打得十分激烈，脱不开身。陈玉成等到四月还没有等到李秀成，这时又接到安庆危急的军报，留赖文光驻黄州等候李秀成，自己率兵增援安庆。围攻安庆的清兵十分强大，结果安庆失陷，守城一万多太平军全部牺牲。陈玉成无奈，退守庐州。六月李秀成才�