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“反人道罪”是第三类罪行。这个术语（因第一次世界大战中土耳其人对亚美尼亚人的暴行而产生）的定义与纽伦堡国际军事法庭所参照的四国伦敦宪章中的定义完全相同。其内涵是“战前或战时犯下杀人、灭绝、奴役、流放和其他非人道行为，或者以政治或人种为由的迫害行为……”这些主要针对平民的犯罪，只要与战争罪行有关联，“在国际法的范围内就可以惩罚。”在东京审判中，检察官根据由55件诉因构成的诉状，强调了各种类型的杀人罪，“当日本向有和平关系的国家发动攻击时，作为限定于侵略性攻击或违反条约的非法战争的结果”而被广泛接受。“杀人罪”成了一把巨大的伞，日本对珍珠港攻击和“南京暴行”都能被罩在伞下。
东条的死讯
韦布审判长还论述了法庭运营和各个案件的事实确认。尽管法庭查明日本陆军以胁迫和暗杀篡权有罪，但是免除了日本国民对陆军行为应负的责任。法庭还大幅减少了案件数量，在原来的起诉中这些案件都被认为得到了证实。韦布在概括多数派法官的观点时总结道：“……共同谋划发动了（一系列）侵略战争的行为，属于最高等级的犯罪。”
接下来，他对全部25名主要被告下达了有罪判决。东条被判死刑，与他一起被判处死刑的还有其他5位将官和一名文官：板垣征四郎、木村兵太郎、土肥原贤二、松井石根、武藤章和前外交官及总理大臣广田弘毅。在麦克阿瑟拒绝接受所有暂缓执行死刑的请愿后，7位辩护律师向美国联邦最高法院提起了上诉。他们的依据是美国宪法：东京法庭实质上是美国的法庭，但它的设立却没有经过国会的同意。它源自于杜鲁门总统的行政权，而且也一直是以此为基础运营的。在最高法院的法官们听取律师团的“上诉”前不久，恼怒的麦克阿瑟告诉英国代表阿尔瓦里·加斯科因，即使最高法院下达了人身保护权的书面命令，他也会“无视”它而“把这件事委托给远东委员会处理”。12月15日，在最高法院审理此案的前一天，远东委员会赶在前面匆忙地宣布东京法庭“是依国际权威任命的国际法庭，并依国际权威行事的国际法庭”。5天后，最高法院裁定自己没有权力或权限宣告判决无效。
辩护律师们努力强调东京审判的政治性。但他们只是在揭露东京审判的复杂性，并强调麦克阿瑟权限的双重、暧昧的特性上小有斩获。现在，最高司令官进而下令执行对7名死刑犯的绞刑判决。之后他们的尸体被火化，骨灰的大部分被撒到了海里，法庭错误地认为这样就可以阻止某一天他们被当做烈士祀奉在寺庙里。一位侍从称，听到了东条的死讯，裕仁走进他的办公室哭了起来。
包括前内大臣木户和前首相平沼在内的16名被告被判处终生监禁。前外相东乡被判处20年监禁。外交官重光葵，没有被认定为决定开战的主要负责者，但因为他担任小矶内阁的外相，并且没有尽力阻止虐待俘虏而被判处7年徒刑。
韦布在他自己单独提出的意见书中，在基本上同意多数派裁决的同时，认为在处理日本被告时，应该比处理犯有“令人发指、形式多样、涉及广泛的” 罪行的德国被告多一些考虑。韦布尖锐地批判了赋予天皇的完全豁免权。韦布明确否定了关于天皇被胁迫的辩护，指出：“没有任何统治者可以在犯下了发动侵略战争罪之后，称不这样做的话他的生命就有危险，然后正当地要求赦免他的责任。”
法国法官亨利·伯纳德写下的反对意见也提到了天皇。他在结论中说，日本的宣战“有一名主要的始作俑者，由于他逃避了所有的追诉，现在的被告怎么说也只能看做是他的帮凶而已。”
荷兰法官B·V·A·洛林则对裕仁的免责没有什么异议，因为他认为裕仁是一个十足的傀儡领袖。洛林的反对意见主要针对的是法庭宪章的不足之处，他从一开始就对宪章的合法性抱有疑问。他拒绝承认“侵略”属于国际法上的犯罪的观点，认为被告中的5个人——木户、畑、广田、重光、东乡——应该被宣告无罪。
帕尔法官在8月上旬就写好了他的反对意见，并要求韦布根据印度惯例在法庭上全文朗读。而多数法官投票表决的结果是，只要宣布这份反对意见书的存在即可，韦布在11月12日宣判的当天执行了这个表决意见。
对所有被告的所有指控均宣布无罪的帕尔裁决是独一无二的，不能代表印度或任何其他亚洲政府的立场。从法律理论的观点出发，他否认（洛林的观点与帕尔相近）作为国家主权发动和进行战争是犯罪行为。他认为，不能发展或扩展19世纪就存在的国际法秩序，“侵略”的概念在法律上仍没有定义。纽伦堡和东京法庭超越了第一次世界大战前就存在的国际法框架，是非法的。因此，被告们没有违犯法律。
严重的事实认证错误破坏了帕尔对日本行为的历史分析——这是他的反对意见的第二要素。例如，他断言张作霖不是被日本军人暗杀的，主张“赫尔照会”是美国的最后通牒。他写道：“即使是当代的历史学家也可以想到。‘关于这次战争，如果收到了美国国务院在珍珠港袭击前夜送给日本政府的这种通牒，就连摩纳哥王国和卢森堡大公国这样的国家都有可能拿起武器与美国作战。’”帕尔批判了审判的政治目的，和占领的主要教育目标之一：即，让日本人民了解战争的犯罪性。毫不顾及自己宣誓的意义，帕尔在结尾时主张日本无罪，坚决支持了日本关于战时历史的官方观点。
尽管CIE（民间情报教育局——译者注）的“战争有罪计划”禁止全文刊登东京审判中的个别反对意见，韦布审判长仍在法庭上提到接近半数的法官对法庭提出了个别意见。外国法官的独立性和少数判决意见的存在给日本公众留下了深刻的印象，并对审判结果的被接受作出了贡献。
最终判决
东京审判，尽管有程序上的不完善和复杂的政治性问题，仍对日本国民和他们对战败的看法产生了多方面的影响。一些右派对审判持高度批判的态度、充满愤恨和恼怒，决不肯对日本的侵略进行反省。岸信介在巢鸭监狱写下的日记中，将战犯审判描述成“闹剧”，并将他此后的政治生命都倾注到了清除审判的影响中。其他的右派分子对日本在世界面前被剥得精光感到非常耻辱，努力无视审判的存在，忘记这场审判，拒绝接受任何正面的政治和文化上的教训。前保守派总理大臣芦田均预言审判不会在国内激起巨大的反响。
共产党实际上是惟一积极要求追究战争责任并严惩被判定有罪的罪犯的。但是在学术界，信奉马克思主义的知识分子则倾向于不接受东京审判，因为它失去了一次加深日本民主化的机会，缺乏历史意义。他们指出，为了让国家首脑逃脱责任，法庭宪章都被修改，麦克阿瑟全面豁免了天皇和国家实业界、财界的领袖，破坏了司法程序。另外一些马克思主义历史学家也正确地指出，因为审判使导致战争的过程变成了“以极端军国主义者与稳健的政治指导者的对抗为中心的过程”，因此说东京审判助长了精英政治史观。然而，在学界之外，根据1948年8月的一份美国军事情报报告，大多数日本国民对被指控的国家领导人持“消极”态度，但还是认为他们在这种情况下受到了公正的审判。判决下达后，民众对审判的肯定反应，表现在对重建、改进和将日本变成一个真正的“和平国家”所投入的持续努力中。
关于这一点也许有人会说：如果这些被告因违抗天皇的“和平精神”在日本法庭受审的话，很让人怀疑他们能够受到同样公正的对待。这是通过在牧野伸显的文书中发现的、被认为可能是币原内阁时期的一份没有标明日期的文件——为审判和宣判死刑而制定的紧急敕令草案——推断出来的。
更为重要的是，东京审判绝不是一个简单的对抗性诉讼，使胜者直接与败者对立。帕尔的“胜者的审判”的激烈批判极端简单化，而且现在仍然存在这个问题，阻碍了人们理解东京审判的实况。实际上，东京审判是一个美日合作的政治审判。在审判的准备阶段，裕仁与身边的人就在幕后进行了参与，帮助选定将受到战争犯罪指控的人选，并对他们施加了影响。天皇的亲信寺崎和松平充当了草拟被告名单的IPS执行委员会成员的情报提供人。试图保护天皇和重臣的其他随从也是如此。宫廷高官和外务省官员指示巢鸭监狱的A级战犯嫌疑人该如何发言，同时，他们还培养了与基南及许多法律家的关系，其中既包括辩护方也包括检察方。
皇室成员，特别是高松亲王和宫廷内侍松平等人邀请美国律师参加鸡尾酒会、招待会和皇室的“猎鸭”活动，目的是为了赢得他们的欢心，培养合作者和获取情报。裕仁个人也为这种娱乐批准了增加宫廷开支。他的官员们积极配合审问，宣誓作证，因为他们希望将侵略责任推到一小撮军阀身上——同时给人留下天皇和国民完全是被欺骗了的印象。投降后不久就重新组织起来并得到扩展的宫廷集团，在美国关于第二次世界大战终结的官方见解中，成功地插入了虚伪的说明，遮掩了裕仁在延迟投降中所起的作用。这些被基南称作“和平的爱好者”的保守派精英，从某种程度上影响了起诉的过程、法庭程序甚至于最终判决。
东京审判成功地揭露了战争领袖们的谎言，和他们不愿意为在职期间的行为承担刑事责任的事实。它第一次在日本国内公开了暗杀张作霖，和关东军的阴谋导致了满洲事变的事实。审判还为在亚洲和太平洋许多地区发生的虐待杀害盟军俘虏及平民的事实提供了资料证明，其中包括“巴丹死亡行军”和横跨桂河的缅泰铁路等最著名的事件。有关南京大规模暴行的证据得到了承认，在审判松井石根大将时，正值新闻报道了南京战犯审判，其中谷寿夫和矶谷廉介陆军中将因1937－1938年在大屠杀中所扮演的角色而被判处死刑，这些都强化了日本国民对证据的认识。日本人在马尼拉对平民的杀戮也得到了详细的介绍，美国在那里的无差别炮轰也导致了大量死亡。另外，对女性囚犯和占领地区女性强奸的证据的提出，以及在国际战犯法庭对强奸罪的起诉，都为后来建立了积极的先例。
东京审判长期影响了日本的政治态度。许多日本人从被当做国策的战争中汲取教训，下定决心要日本永不再战，将自己投入到使民主主义理想和国际规范运作起来的工作当中。由于东京审判加强了公众对军国主义与战争的憎恨，因此也促进了人们对新宪法的接受。日本的和平运动引用东京审判的证据批判了日本帝国旧的价值体系。在CIE的要求下，日本的媒体连日报道了审判的进行情况，尽管受到占领军审查机关的监督，但是在关于日本走向战争的过程上，所报道的内容还是比一般日本人被引导相信的内容要精确得多。此外，检察方和辩护方所收集的大量的文件材料被保留，直至今天仍作为非常宝贵的历史资料被人们所利用着。
尽管如此，在当时和之后的某些日本及外国批判者眼中，东京审判存在着无法挽回的缺陷。法庭没有充分地保护国际刑事法规定的被告的权利。在起诉过程中，检察方把重点放在了共谋罪上——以欧洲的自然法传统和盎格鲁－萨克逊的习惯法为依据的这个法律概念，让大陆法的专家来说，这是一个不明确的、不熟悉的，从历史角度来看已经落后时代的法律概念。基南和麦克阿瑟遵从杜鲁门的政策，故意遗漏了一个在整个17年的所谓共谋期间（1928年1月1日到1945年9月2日）掌握着权力的人物，从而使日本的决策过程变得让人困惑不解。那个人就是天皇：只有他一个人能使共谋的意愿结合起来、发生效力，去发动一场非法的“侵略战争，一场违反国际法、条约、协定和誓约的战争”。
销毁证据和歪曲历史
此外，同盟国也犯下了战争罪行，但是却拒绝将纽伦堡原则应用到自身行为上去。在审判进行的31个月里，美苏之间的冷战逐步恶化也影响了审判的进行。在亚洲，西方的殖民主义仍然健在，这意味着东京审判使帝国主义和国际法之间难以解决的关系凸现出来，而这是纽伦堡审判没有涉及到的领域。没有来自于“荷属东印度”或前殖民地朝鲜的法官，这个事实就说明了问题。更有力的证明是法国和荷兰的动向，这两个国家试图恢复他们在东南亚的殖民统治。还有美国的动向也能说明问题，它在亚洲和太平洋地区的每个角落都有影响力。杜鲁门政权向正在与越南作战的法国提供经济援助。在中国，它认可了投降的日本军为蒋介石方面战斗，并为蒋的军队提供装备和军事顾问，在重新开始的与共产党的内战中援助蒋介石。在亚洲和太平洋不发达地区，美国领导人似乎在追随日本的先例，要给各个国家安排一个合适的位置，使其“各得其所”。
最终起诉书，与详细记述了被告所有被指控罪状的5份“附录”一起，于1946年4月29日，正式提交给法庭。起诉书明确指出了日本的毒品生产和销售问题，附录D的第九节指控日本在中国的毒气战违犯了国际法。检察方对毒品问题进行了追究，但是中止了对毒气使用的指控。
由基南指派负责调查“1937－1945年对中国的军事侵略”的法务官托马斯·H·莫罗上校，1946年3月来到中国，对毒气问题进行了调查。他4月16日给基南的报告引来了美国化学战部队（CWS）的秘密反击。CWS列出一大堆法律理论，主张日本在实施化学战时没有不法行为。CWS开发了世界上最先进的毒气兵工厂，而且在第二次世界大战中没有获得使用其新武器机会，因此它希望法庭不要对使用毒气作出有罪认定，特别是在他们相信与苏联的战争