难的平民进行了追击。12月1日，裕仁新设立的大本营命令第十军和上海派遣军从不同方向包围南京。第二天，朝香亲王被任命为上海派遣军司令，当时健康状况不佳的松井石根大将被提升统帅中方面军，这支部队由上海派遣军和第十军组成。12月8日，朝香率领的部队开始攻打南京防御阵地。只经过了5天的抵抗，拥有大约40到50万人口、有城墙环绕的南京于12月13日陷落。
没有任何“洗劫”南京的命令。大本营也没有下令将消灭全体敌人作为南京包围战役的最终目标。不过，确实有不留俘虏的明确命令。南京一陷落，日本兵便开始集体处决俘虏和缴械投降的逃兵。他们还进行了空前的、作战计划外的纵火、掠夺、杀人和强奸等残暴行为。由此导致的大屠杀在城内和附近6个村庄持续了3个月，远远超出了前期在上海战役和沿着中国军逃往南京的路上所犯下的暴行。中岛中将的第十六师团仅在进入南京的第一天，就杀害了近323万名中国俘虏和逃兵。不过日本人的估算将这个总计降到了24万人。
当松井和朝香将军坚持要在12月17日骑马沿着宽阔的南京主要大街行进举行胜利游行时，朝香的参谋长饭沼守命令第十六和第九师团加强对被占领的南京及其周边村庄进行扫荡，以保证皇室亲王万无一失。12月16日晚到17日清晨，已取得了战斗胜利的日本军围剿了基本上已经放弃了武器、褪去了军服，在拼命逃跑的中国残余部队，单是在南京城内就杀害了超过17万名的成年男子和未成年男子。如此同时，第九师团在南京的外围行政区域加强了歼灭作战。
12月17日下午2点，在海军大将长谷川陪同下，松井将军向东方的皇宫遥拜，并在前国民党政府办公大楼前升起太阳旗，以此结束了胜利庆典。松井高呼三遍：“大元帅陛下万岁！”集结的2万多名战斗部队——相当于占领南京部队的1/3，也同声唱和。
关于南京城墙内和近郊农村的中国牺牲者总数，至今仍在激烈地争论中。日本人估算的比较适当的数字为“不少于20万人”同时他们也承认实际数字也许永远无法知道。战后东京战犯法庭接受了“20万以上”的平民和俘虏于“最初的六周内，在南京及其附近地区被杀害”的估算值。在南京举行的战犯审判接受的数值是“30万人以上，”后来中国又将牺牲者人数提高到34万人，但是这个数值未被证实。1937年12月，西方关于南京大屠杀的最初报道以有限的来自市内的消息为基础，推测在最初几天被杀害的人有1万到2万以上。谈到导致日本兵犯下如此骇人听闻罪行的特殊的战场状况，日本历史学家们最常论及的是军纪的败坏、种族沙文主义、报复心理和“心理上的极度愤怒。”
强奸受害者的人数也处于争论之中。当时的外国观察员估计，在占领初期，当日本帝国陆军将南京与中国的其他地区完全隔离封锁起来时，每天大约有1000名各年龄层的妇女和少女遭到性攻击和强奸。这种状态一直持续到3月下旬，军队的秩序得到恢复为止。此时，“慰安所”的数量开始激增，在里面被迫充当妓女的是从日本全国各地征集来的妇女。陆军在华中新建了一个“中华民国维新政府”，与3个月前在北京建立的政府（中华民国临时政府）相对应。然而，对中国平民的大规模暴虐行为仍在继续。从1937年7月对中国战争开始到1939年末，共有420名日本士兵因强奸和杀害中国妇女受到军事法庭判决。但是，没有一名日本士兵因此被判死刑。
当时有几百名日本记者和新闻纪录片摄影者在中国做随军记者，相比之下，欧美记者为少数。然而，只有后者向世界报道了事实真相。受到审查的日本新闻界被禁止引用国外批判日本的新闻报道。没有报纸提到屠杀、战争犯罪、对平民的恐怖行为和强奸，被提及的仅仅是在南京抓到许多俘虏，大量中国人的遗体没有被掩埋。不过，2名日本军少尉比赛用军刀砍死一百名中国士兵的消息在南京被占领之前倒是在《东京日日新闻》上出现过几次，为了解日本军在中国战场上的暴行提供了线索。在日本，只有像基督教学者矢内原忠雄那样极有洞察力的日本读者和能读到外国报纸的人才知道真相，才能意识到身着军服的杀人者犯下的罪行与日本理想化的自画像差之千里。
南京暴行
皇室成员都听说了大屠杀和几近全面崩溃的军纪情况，其中包括良子皇后的叔父、50岁的朝香亲王，他在松井大将指挥进攻南京时任司令官，是大屠杀最激烈时南京城中最高将领。陆军航空本部长、49岁的东久迩亲王也是良子皇后的叔父。陆军参谋总长、71岁的闲院亲王。当然，陆军大臣杉山也掌握这一切，还有许多大本营高中层军官。众议院议员，后备役的江藤大将也知道。外务省无疑也知道，其东亚局长石射猪太郎在日记中吐露道：“上海有信来，详细报告了我陆军在南京的暴行，掠夺、强奸，触目惊心。天哪，这是皇军吗？”战后，作为外交官，老练的中国通重光葵记述了当时他是如何“为了补偿占领南京时犯下的罪行，做出极大努力促进对中国善政的。”
因此说，近卫政府知道在南京的强奸和抢掠，而经常听汇报的裕仁却不知道，这看起来不太可能。裕仁位于指挥系统的顶部，在最初阶段，即使指挥系统有缺陷，也很难使他对高层或者中层的决策不知情。他密切关注着日本军队的每一个行动，浏览外电，每天阅读报纸，并经常就他在报纸中发现的问题询问近臣。作为批准夺取和占领南京的最高司令，作为国家的精神领袖——赋予“惩戒”中国以合法性的人，无论是宪法上的责任还是最低限的道义上的责任，他都有关注军纪的义务，哪怕是非公开的。然而他似乎从未这样做过。
对他的部队在上海－南京战区的行为，各国通过外交途径发来的抗议越来越多，这也许引起了裕仁天皇的注意。可以确定的是，它们引起了最高指挥部和外务省的注意，更不要说一些议会的议员了。就日本陆军在南京抢掠美国人的财产，亵渎美国国旗，美国大使格鲁曾经两次正式向外务大臣广田提出抗议。之后，广田在1938年1月中旬的内阁会议上提出了这个问题。
外交官日高信六郎在南京陷落后不久访问了那里，他也向广田做了详细的报告。尽管是推测没有确凿的证据，但是他很有可能在1月下旬向天皇汇报了那里的暴行。日高能讲一口流利的英语，他与纳粹党员的德国人约翰·拉贝有私交。南京市中心的西方人组建了南京安全区国际委员会，为难民提供避难所，拉贝是安全区的组织者之一。第一本关于南京大屠杀的书《日本人在中国的恐怖行动》（1938年）的作者、《曼彻斯特卫报》记者哈罗德·J·廷波利也是日高的个人朋友。另外，日高还与《纽约时报》特派员哈利特·阿本德就南京事件进行过讨论。日高甚至向外务省转达过南京安全区国际委员会成员们的抗议，包括拉贝和南京大学教授刘易斯·斯迈思所写的抗议书。如果日高或者外务大臣广田向裕仁汇报过陆军的暴行的话，那么事实上他应该知道得非常清楚。
然而，我们假设裕仁没有得到当局任何人就他的士兵在师团、连队、甚至是参谋的命令下，违反国际法而进行的大规模屠杀的实际情况的正式报告。即使如此，他还有来自非指挥系统的关于陆军军纪败坏的间接情报，比如国内外的报道，或者还可能从他的弟弟们那里听到传闻，从而了解被占领的南京发生的事情。因为他确实拥有这些间接情报，他应该下令秘密进行调查，但是没有关于天皇下令调查南京事件的文件性纪录。相反，却有裕仁对于皇军的犯罪行为保持沉默的事实记录。从皇军占领南京的那一刻起，他就一直密切地注视着军队的行动。还有一件同样无法否认的事实是，在事件初期，或是杀戮强奸的整个时期，裕仁没有任何公开表达他的不快、愤怒或者是遗憾的举动，而是积极地鼓励他的将领们在促使中国人“反省”的国策下取得更大的胜利。
南京陷落的3个多星期前，即新大本营设立的11月20日，裕仁向中国地区的舰队司令官长谷川清发出诏书，赞许舰队官兵与陆军合作，控制了中国的沿海，并阻断了其海上运输线。同时他告诫说：“前途尚远，希望你们更加努力奋斗，取得完全胜利。”
4天后，在参加第一次大本营的御前会议时，裕仁对中国中部方面军司令松井大将的进攻并占领中国首都这一重大决定予以事后认可。会议期间，陆军参谋本部的下村第一作战部长对部队的作战计划作了说明，他说因为赴中国华中的运输部队及炮兵部队距最前线尚远，所以“方面军的航空队要与海军的航空兵协力，轰炸南京及其战略要地。”因此说裕仁对轰炸和用机关枪扫射南京及其周边地区的计划是相当清楚的，他是在此基础上批准了作战计划的。他（事后）认可了撤销对陆军在作战范围上所有的限制，陆军和海军在没有东京事先授权的情况下对南京发动猛烈攻击期间，他没有任何表示制止他们的举动。12月1日，在对南京的轰炸以及海上、陆地的攻击开始几天后，裕仁向松井大将发布了正式的攻击命令：“中支那方面军司令要与海军协同行动，夺下敌国首都南京。”（大陆命第8号）
当时，与其他大多数高级将领一样，裕仁支持强有力的打击将会使蒋介石跪地求饶并使战争结束的观点，因此，他一直急切地想在“敌人的首都”进行一场决定性战役。结果，天皇不顾松井和朝香的行为所带来的外交上的危害，公开褒奖了他们。12月14日，南京陷落的第二天，他又向统帅部传下御旨，表达了他对攻陷并占领南京的报告的满意。1938年2月，当松井大将暂时离任返回东京时，裕仁赐其诏书一份，表彰他伟大的军事成就。而朝香亲王一直到1940年4月才领受了对他的嘉奖——金鵄勋章。裕仁就是如此间接地行使他的权力赦免了军队的犯罪。尽管他可能私下里对南京发生的一切感到沮丧，但他没有公开提及过，对日本的俘虏政策也没有表示任何关注，或是为改变日本的俘虏政策做任何事情以示补偿。
日本陆海军官兵都在南京实施了暴行，陆军还炮轰了中国难民船和英国炮艇“瓢虫” 和“蜜蜂” 号。与此同时，两架日本海军飞机蓄意轰炸了美国军舰“帕奈号”，此舰停泊在距离南京约40公里的长江上游，船上载有外交官和欧美的新闻记者及摄影师。伤害之余又添侮辱，当“帕奈号”的船员和乘客放弃燃烧的舰船逃生时，乘摩托艇的日本兵登上舰船，向最后一艘奋力划向岸边的救生艇射击。这次事件中3名美国人死亡、另外3名重伤。关于这一事件，就在英国和美国新闻界开始报道震惊世界的南京大屠杀时，传到了西方。这两个事件给美国的公众舆论留下了日本军队侵略成性、残忍、任意妄为的印象。他们攻击了2个对日本在中国的行径批判最猛烈的强国的军舰。而且，这些事件还形成了对日本的新认识，即日本直接威胁了美国的安全。
“帕奈号”事件
近卫和帝国海军马上道歉并支付了220万美元，作为对他们称之为“误炸”击沉的“帕奈号”的赔偿。而裕仁对这次造成的损害，又一次没有采取任何个人行动，尽管向罗斯福总统和乔治六世国王致电，表达一下他的遗憾之意并不是一件难事。很明显，天皇和近卫内阁都没有掌握日本刚刚在军事和外交上这一失误的整体情况。
无论是中国还是美国，都没有忘记、也不会原谅大屠杀和击沉“帕奈号”事件。“洗劫”南京的消息被广泛传播，对许多中国人来说，它已经成为一个象征性的事件：通过这个多棱镜，中国人看到了此后很长时间里与日本的全面战争。 在饱受萧条折磨的美国，关于大屠杀和击沉“帕奈号”的报道很少有被安排在头版。有关亚洲的报道瞬间提升了国际局势的紧张度，进一步刺激了一直都存在的反对日本、支持中国的情绪。自从19世纪后期，美国就倾向于不仅将中国看做一个待开拓的市场，还将其视做实现他们的理想主义和良好的对外关系的合适场所。罗斯福总统因拒绝批准制裁脆弱的日本经济，受到联合抵制销售进口日货的新运动的批判。此外，美国主张海军扩张的呼声也越来越高。当时处于第二届任期却仍然无法支配外交政策的罗斯福，派海军作战局长罗亚尔·E·英格索尔到伦敦参加海军磋商，讨论为抵抗日本在亚洲和太平洋的侵略，与英国合作共同对抗的可能性。
“帕奈号”事件一时间也引起了美国人对裕仁的注意。12月14日，《芝加哥每日新闻》以通栏标题《考虑与日本断交》，警告除非“日本天皇”迅速答复“罗斯福总统对道歉、赔偿和保证不再发生类似攻击事件的要求。”在“美国要求天皇承担责任”的标题下是一幅画，画中身材矮小、戴着眼镜，身穿军服的裕仁骑在高大的白马上。这家报纸暗示裕仁是一个拥有政治实权的天皇，因此应该对击沉美国战舰承担责任。然而，像这样现实主义的报道是极为少见的。
1938年，日本开展全民总动员以支援在中国的战争，此时，裕仁面临着需要协调国家统治阶层内部意见分歧的局面。照片为裕仁在东京代代木练兵场陆军阅兵的情景。《纽约时报》和《华盛顿邮报》的报道倾向或是将日本看做磐石一块的政治实体，或是将矛头都对准“日本军阀”、“军国主义者”和“极端军事主义者”。12月14日，《洛杉矶时报》就罗斯福关于“帕奈号事件”给天皇的照会发表了社论：
希望读者们注意日本的武装部队处于天皇单独控制之下这一事实，而不是……一定要服从于内阁代表的日本政府……当然，至于日本的高级指挥部实际上是服从于天皇，还是支配天皇，这是另外的问题。但是日本的机构中存在着一种双重性，使得与日