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20世纪50年代初中期，农村基层政权体系刚刚建立，由于随之而来的土地改革和合作化运动使其处于不断变化之中，直到1958年农村治理体系才基本定型，这就是人民公社体制的建立。人民公社一般是一乡一社，2000户左右。其突出特点是政社合一，即生产组织和政权组织的一体化。公社受县政府或其派出机构领导，管理着本公社范围各个方面的事务。公社与原来的乡最大不同之处是，从事直接的生产管理，同时，公社领导实行党政经合一，公社党委包办所有事务，实行集中的一元化领导。这种一元化领导与中央自上而下的集权式管理体制是一致的。这一体制一直延续20多年。
乡镇政权和人民公社体制的建立有一定的历史原因。它服从和服务于当时的国家目的和宏观体制。一是从根本上变革农村社会，巩固新兴国家政权的需要。国家只有将国家政权延伸到最基层，才能达到改造和重建乡村社会的目的。二是现代化建设的需要。我国是在一个积贫积弱的基础上开始现代化建设的。大规模启动的现代化、工业化的资金、人力等资源只能主要从农村汲取。国家政权的延伸，特别是人民公社体制的建立有利于国家汲取资源。三是计划经济体制的需要。从20世纪50年代后期起，我国建立起计划经济体制，其特点是按国家计划组织和管理生产。人民公社体制与计划经济体制很大程度上是相适应的。只有通过人民公社体制才能组织农民生产什么、生产多少，并满足计划经济体制运行的需要。四是社会主义改造的需要。新中国将建设社会主义、实现共产主义作为社会总体目标。为此，必须通过国家政权力量改造整个农村社会，并为农民提供一种新的生活方式。集工、农、商、学、兵为一体的人民公社被认为是最好的组织载体。为达致这一社会目的，必须实行具有强烈意识形态导向和高度集中统一纪律性的党组织的一元化领导。
1950年至1980年代的乡村治理体制的建立比较顺利，运转也比较顺畅，这有多层原因。首先，党作为一个革命政党通过革命战争胜利形成的巨大威望，使之在治理国家和社会的过程中具有很高的效率。农村治理大量的是依靠党组织的社会动员进行的，无需支付过高的成本。如人民公社尽管无所不包，但其管理人员一般都只在20—30人。公社干部还需经常与农民“同吃、同住、同劳动”。其次是公社作为一级政权机关在财政上实行统收统支，公社只能在上级政府规定的范围开支。既不能随意向农民伸手，也不得违反上级财政管理。这就有可能使之成为“廉价、廉洁”政府。
三、改革开放后乡村治理格局的形成
中共十一届三中全会以后，随着包产到户的逐步实施，改革人民公社体制也就提上了议事日程。在农村改革的进程中，改革人民公社体制并未作为一个独特内容专门提出来，也未造成改革人民公社的舆论。实际上人民公社是随着包产到户的兴起到普遍发展，而逐步消亡的。这与20世纪50年代中期，人民公社轰轰烈烈兴起形成鲜明对照。
在农村改革的进程中，人民公社体制受到了越来越大的冲击。早在中共十一届三中全会上，就有人提出“政社合一”利少弊多，需要改变。随着家庭联产承包制的普遍推行和新的经济联合的涌现，人民公社“政社合一”的体制也越来越不适应。在包产到户兴起和日益发展之后，一些地区的人民公社和生产队的机构陷入了瘫痪和半瘫痪状态，致使很多工作无人负责，已无法承担把经济职能和政治职能同时担当起来的重任。正如1982年中央1号文件所指出：“最近以来，由于各种原因，农村一部分社队基层组织涣散，甚至陷入瘫痪、半瘫痪状态，致使许多事情无人负责，不良现象在滋长蔓延。”用什么方式重新组织农村和农民一时成为各级党委和政府的领导人急切解决的问题。
1979年8月以后，四川省的广汉、邛崃、新都等县，吉林省的榆树、怀德、农安等县，甘肃省的古浪县、文县石坊公社，河北省的栾城县都马公社，浙江省的黄岩县店头公社，广东省开平县金鸡公社，辽宁省铁岭县熊官公社，安徽省凤阳县考城公社等，先后进行了人民公社制度的改革试点。改革分三种类型；第一种是对人民公社体制不作根本性变动，在公社内部按党、政、经三部分进行干部分工；第二种是在建立乡政府、乡党委的基础上，仍然保留公社名称作为经济实体，其名下保留三级所有制不变，另办一些横向联合的经济组织；第三种比较彻底，取消了公社和大队名称，建立乡村两级政权，同时把原公社一级的经济组织集合在一起，称农工商联合公司。
1983年1月中共中央在关于《当前农村经济政策的若干问题》的文件中，第一次明确提出改革人民公社体制的任务，指出“人民公社的体制，要从两方面进行改革。这就是，实行生产责任制，特别是联产承包制，实行政社分设”，希望在此基础上把人民公社制与家庭经营制有机结合起来。1982年11月的五届全国人大五次会议通过的《中华人民共和国宪法》，明确规定设立乡、镇一级人民政府作为我国农村的基层政府。1983年中央1号文件正式把“政社分设”作为一项重大改革提到了议事日程，规定“政社合一的体制要有准备，有步骤地改为政社分设，准备好一批改变一批”；政社分开后，作为基层核算单位的生产队（或大队），仍然是集体所有制的经济组织，公社一级和非基本核算单位的大队是否作为经济组织保留下来，则应根据具体情况，与群众商定。1983年10月，中共中央和国务院发出《关于实行政社分开，建立乡政府的通知》，提出了时间要求，即在1984年底完成乡（镇）政府建立。1983年以后，“政社分设”在全国逐步展开。
人民公社“政社合一”体制改革的基本内容为：（1）政社分设。公社不再是农村政权的基层单位，其行政职能由新成立的乡政府来行使。生产大队作为行政机构予以撤销，成立村民委员会办理居住地区的公共事务和公益事业。（2）人民公社原来的基本核算单位（生产队或生产大队）在实行联产承包以后，仍然是劳动群众集体所有制的合作组织，独立核算，自负盈亏。它们的管理机构继续按照国家的计划指导安排某些生产项目，保证完成农副产品的交售任务，管理集体的土地等基本生产资料和其他公共财产，为社员提供各种服务。原来的公社一级和非基本核算单位的大队，根据基本情况和群众意愿，有的被取消，有的改为经济联合组织。它们与村组合作经济组织之间，只有平等互利、等价交换的经济交往，不再发生上下级之间隶属关系。到1983年底，全国实行政社分设的公社约14626个，占总数的27％。到1985年6月全国共建9。2万个乡镇人民政府，82万多个村民委员会，人民公社已不再存在，初步改变了农村党政不分的状况。此后，随着农村政治经济的发展和小城镇建设步伐的加快，全国各地陆续开展了撤区并乡镇和撤乡改镇工作，截至2008年底，全国共有乡15067个，镇19234个。
80年代初，政社分开及乡镇和村民委员会建设的过程中，乡镇和村的设置大致有三种模式：第一种是一社一乡制：以原人民公社为基础设立乡镇政府，在原生产大队的基础上设立村民委员会，生产小队设村民小组。少数地方仍保留过去设在人民公社之上的区，但区只是作为县政府的派出机构而存在。据统计，到1984年12月，一社一乡制占全国乡镇总数的55％。第二种模式是大区小乡制：在原人民公社基础上设区，改生产大队为乡，在生产小队基础上建村民委员会，如云南、广东和广西等省区就是采取此种体制。第三种模式是大区中乡制：如湖北等省在原人民公社基础上设区，在原公社之下的管理区的基础上建立乡镇，改生产大队为村民委员会，生产小队改为村民小组。由此在全国大多数省区的农村基层形成区—乡镇—村委会的三级基层建制。人们将其称为“乡政村治”体制。
这项改革非常顺利，没有出现中央所担心的造成社会震荡的后果。实际上，人民公社早在20世纪60年代初就在经济上失败了，只是因为政社合一，政权的力量使公社有可能行使各种超经济的强制手段维持下来。而包干到户形成的农户家庭经营体制，则使这块招牌完全成为多余。因此“政社分设”的改革实际上就是一种“正名”行为，将公社党政组织的牌子翻成乡（镇）党政组织，再依次把大队改称村，生产队改称村民小组。同时，公社和大队开办的社队企业，也在1984年改称乡镇企业，受乡镇政府直接领导。人民公社体制改革后，政社分设，党政企干部分工明确，集体经济组织成为独立的经济实体，集体经济组织的自主权得到保证，不再听从行政组织的指挥，有利于经济的发展和新的经济联合。在干部方面，不但精简了机构和干部，而且懂经济的、会管理的内行干部逐渐多起来，对领导经济工作大有好处。同时，生产队的自主权得到保证，也有利于克服干部的强迫命令、瞎指挥和平调等不良作风。
四、乡村治理体制的改革完善
我国农村“乡政村治”格局基本确立后，随着改革开放的深入推进，不断得到改革和完善。
1986年，为了减少基层管理的层次及增强乡镇政府的权力和独立性，中央决定“拆区并乡”，大大减少了乡镇的数量，到1988年12月，全国共有乡（镇）政府6。98万个，村民委员会84。5万个。不过，乡镇面积的扩大及管辖的村民委员会数目的增多也给乡镇政府的管理带来困难，另外，“拆区”及“并乡”又产生大量的干部安置问题。于是，大多数地方在拆除乡镇之上的区的同时，又在乡镇之下村民委员会之上又建立了“管理区”、“办事处”及“党总支”之类的机构，安置一批干部，同时对村民委员会进行分片管理。在大多数省区，这些机构作为乡镇政府的派出机构，主要是“上传下达”，实际管理权力较小。在拆区并乡过程中，一些省区对村民委员会的建置进行了调整。如广西在政社分开时，村委会大多建在原来的生产大队。但是从1987年6月开始，陆续将村委会下沉到自然村，把村委会改为村公所。云南在政社分开后也实行“大区小乡制”，即在公社范围内设区，在生产大队基础上设乡政府，在生产队及自然村的基础上设村委会。1987年10月以后实行撤区建乡，在区的基础上建乡政府，改原来的乡（以生产大队为基础建立的）为村公所，由村公所管辖村委会。
20世纪90年代中后期，一些省区对乡村基层体制再次进行重大调整和改革，如云南省1995年废除原来的在生产小队及自然村的基础上建立的村民委员会，对村民委员会进行合并，重新在原来的生产大队基础上建立村民委员会，村民委员会的数量也大幅度减少。但是，云南省在重新组建村民委员会的同时并没有撤销原有的村公所，因而形成目前的村委会与村公所并存的局面。广东也开始废止“强区弱村”的建制，重新确立村民委员会的权力和地位。这些改革、变化至今还在进行之中。从全国范围来看，直到90年代末，农村基层管理体制的改制和重建工作并没有完全结束，乡村基层管理单位仍处在变动之中。据统计，截至1997年，全国有44689个乡镇（其中18402个镇），739447个村民委员会。与80年代中期相比，乡镇的数量减少了一半以上，村民委员会数量则减少了10多万个。
从1998年起，我国开展以“撤并乡镇，精简机构，分流人员”为主要标志的乡镇机构改革，力图达到“精简、效能、节约”的目标。到2004年3月，为配合农村税费改革，中央决定开展乡镇机构改革试点，一直到次年2月，试点主要在黑龙江、吉林、安徽和湖北4省进行。这一时段，被视为先行试点阶段，其主要任务，一是严格控制乡镇人员编制；二是鼓励地方积极试点，探索积累改革经验。自2005年3月到2006年6月，试点进入扩大阶段。国务院强调，试点要严格守住“两条底线”，即乡镇机构编制和实有人员5年内只减不增和确保社会稳定。相比第一阶段，各地开展试点积极性高涨，推进速度很快，试点乡镇绝对数增加了近7000个。从2006年7月迄今，属于逐步深化阶段。国务院印发的《关于做好农村综合改革工作有关问题的通知》明确提出，力争在“十一五”期间或用更长一些时间基本完成乡镇机构、农村义务教育、县乡财政管理体制改革任务。
5年中，各地积极探索，逐步扩大试点范围，不断深化试点内容。据统计，截至2008年年底，全国试点乡镇已有约1。8万个，占全国乡镇总数的一半以上。其中，内蒙古、黑龙江、吉林、安徽、河南、湖北、浙江、重庆8省（区、市）已完成全省（区、市）范围内机构和人员精简等阶段性任务；有的省份则选择部分市县乡进行试点。5年试点，经验丰硕。税费改革前，一些乡镇是一幅“乱进人，进乱人”的乱象；试点后，乡镇人员编制呈逐年下降趋势，乡镇人员膨胀的势头得到有效控制。在试点改革过程中，乡镇干部的观念也悄然发生根本性变化，乡镇政府职能转变也向前迈进一大步。随着各地首问负责制、办事代理制；村村通公路、饮水工程改造等一系列举措频频推出，乡镇公益服务的能力和水平明显提升。
2009年4月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《中央机构编制委员会办公室关于深化乡镇机构改革的指导意见》。这意味着我国乡镇机构改革经过五年多的试点探索，总结经验，不断完善，向全国范围内推开。考虑到我国地域辽阔，东中西部经济社会发展不平衡，特别是乡镇一级差异性很大，该《意见》既着眼于乡镇当前面临的共性问题，对改革提出了原则性要求，又为地方因地制宜�