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广德元年，吐蕃入寇泾州，边疆危机。而程元振封锁消息，使得唐朝没有采取相应的对策，直至吐蕃兵临邠州代宗才得知此事，急令郭子仪领军抗击。但为时已晚，“上方治兵，而吐蕃已度便桥，仓促不知所为。丙子，出幸陕州，官吏藏窜，六军逃散。”在此情形之下，代宗仓皇不知所措，中央禁军却再次逃散，难堪一战。而此时只有鱼朝恩率在陕之神策军前来护驾，才使得代宗转危为安。立此大功，代宗对于鱼朝恩及其率领的神策军信任有加。后吐蕃退去，鱼朝恩与神策军皆由此进入京师。且在此过程中，代宗将各地赶来勤王的兵马皆交予鱼朝恩统率，悉号神策军。故而神策军完成了其第一次较大规模的扩充，正式进入京师。
宦官鱼朝恩本就是代宗所宠信的心腹，又在这次吐蕃入侵中立有救难之功。于是代宗以鱼朝恩为天下观军容宣慰处置使、知神策兵马使，专典禁军。鱼朝恩率领神策军进入京师，本人也成为继程元振之后又一位控制朝政的宦官。《旧唐书·鱼朝恩传》记载“时四方未宁，万务事殷，上方注意勋臣，朝恩专典神策军，出入禁中，赏赐无算。”鱼朝恩凭借神策军进入京师，他深知神策军就是他权力的最好保障，因而在其掌握大权期间，对神策军的实力进行了根本性的提升。
首先是使神策军正式成为禁军。永泰元年九月，唐叛将仆固怀恩诱吐蕃、回纥入寇京城地区，十数万蕃军逼近京师。唐代宗下令京师戒严，“上亲率六军屯苑内。庚戌，下诏亲征。内官鱼朝恩上言，请括私马，京城男子悉阜衣团结，塞京城二门之一。”鱼朝恩率神策军屯苑中。吐蕃退去后，神策军正式驻防禁苑成为了中央禁军，完成了身份的转变，成为禁军的神策军随后便迎来了其发展史上的一次高峰。
永泰二年，鱼朝恩的权势因二次护驾而再次扩大，他的官职和爵位除原有的“开府仪同三司、兼右监门卫大将军、仍知观军容宣慰处置使、知内侍省事、内飞龙闲厩使，内弓箭库使、知神策军兵马使、上柱国、冯栩郡开国公鱼朝恩，……（又加）可行内侍监，判国子监事，充鸿肿礼宾等使，封郑国公，食邑三千户。’，鱼朝恩之权势比之其前辈更是有过之而无不及。“朝恩态横，求取无厌，凡有奏请，以先允为度，幸臣未有其比。”在这种情况之下，与鱼朝恩共荣辱的神策军的地位和实力自然也就大大的提高了。
代宗时，中央禁军并非只有神策军一支，但由于神策军的性质为野战部队，战斗力非其他禁军可比，而且神策军是鱼朝恩的亲信部队，使神策军实力居于其他禁军之上，可以有利于鱼朝恩压制群臣，挟制天子，故鱼朝恩对神策军的扩充十分关注。
鱼朝恩扩大神策军实力的途径主要有两种：一是由神策军中的将领充任其他地区的节度使，以达到扩充实力的目的。另一种是将其他地区的兵马和勇将纳入神策军体系。自从鱼朝恩进入京师以来，通过以上两种方式扩充实力的例子比比皆是，如广德元年鱼朝恩刚刚进入京师，便“以鱼朝恩部将皇甫温为陕州刺史，周智光为华州刺史。”将自己的势力扩大到京畿。而将其他兵马纳入的主要有：邢君牙部、尚可孤部、郝廷玉部、阳惠元部、侯仲庄部等。
这些来自不同部队的精兵猛将都是富有战斗经验的野战部队，他们的加入使得神策军的战斗力大大的提高了。注入了新鲜血液和力量的神策军，为其以后的发展奠定了更坚实的基础。
此外，一支军队要想有强大的力量，也离不开坚实的物质基础保障。在当时来看，神策军要想壮大自己，所需要的物质基础一方面是依靠中央财政的支持，另一方面就是要有自己的地盘，也就是要有自己的根据地。作为神策军的主帅，鱼朝恩自然也深知这一点，他于大历四年（769年）二月将京师西北地区的诸多城镇划拨于神策军名下。
“壬寅，以京兆之好畴、凤翔之麟游、普润隶神策军，从鱼朝恩之请也。”
“以兴平、武功、凤翔之扶风天兴与神策军，朝恩利其土地，自封殖，不知为虞也。”
上述军镇的获得对于神策军来说有着非凡的意义，这意味着神策军进入京师成为禁军后，其势力从京师再次辐射到地方。使得神策军不仅仅是唐王朝一支普通的驻扎在京师的禁军，更是一支由驻扎京师的禁军与长期在京瓷地区的野战部队的混合体。因而神策军的性质是禁军与野战军混合的特殊部队。也正是因为神策军的这种特殊性质，才使得这支中央统辖的军队能够长久的保持战斗力，在唐后期百余年的历史中成为唐朝的擎天支柱。此外神策军有中央禁军的名号，给赋优于其他诸军，所以各地军帅均愿遥隶神策军，成为各地的神策行营。这也充分显示出神策军的包容性。
上述神策军的重要发展，从中原地区的普通藩镇到进入京师进而成为禁军再辐射势力于地方。这一复杂的转变除了其所遇的机遇外，主要的成绩还是应算在鱼朝恩的身上。宦官势力的增长和提携是神策军发展壮大的主要原因。
首先，神策军仅仅是赴难中原的数十支边军中的一支而己，在故地沦丧之际为何只有神策军被划出土地作为其屯驻之地。究其原因，这主要是因为鱼朝恩是其监军，而鱼朝恩又是皇帝的亲信，故而神策军有了栖身之所。其次，神策军升为藩镇难道仅靠卫伯玉的军功吗？这恐怕也是力有不逮吧。卫伯玉虽有战功但也绝没有大到可以将其统领的边军升为藩镇，那么神策军为什么能够做到这一点呢，再究其原委还是因为鱼朝恩为了扩大势力，加之他与卫伯玉关系亲密，故而在中央施加影响才达到的。再次，从神策军由地方进入京师的过程看，为何在吐蕃入寇代宗出幸时，选择神策军的驻地陕州呢？在当时的情形下陕州并非唯一的可选之地，而代宗钦点陕州是否与陕州的驻军神策军的统帅鱼朝恩有关呢？答案是肯定的。因为鱼朝恩不仅与代宗关系良好，而且与当时在中央的权阉程元振也是亲密无间的。因而在当时的情形下，代宗自然会选择自己的亲信作为避难地，而代宗选择陕州也就等于选择了神策军进入京师的道路，铺就这条路的人便是鱼朝恩。
最后，神策军的势力从京师再次到达地方也是靠着鱼朝恩在中央的权势。综上，我们可以说神策军早期的发展壮大，其功劳应首推鱼朝恩。而鱼朝恩从身份上看是一位宦官，这也就使得神策军这支禁军与野战军相结合的特殊禁军从其拥有这一特性起便与宦官势力息息相关，密不可分。
鱼朝恩在代宗朝后期愈加跋启。大历五年，唐代宗联合宰相元载意欲诛杀鱼朝恩。为了防备鱼朝恩所掌握的禁军，元载先分化瓦解鱼朝恩的势力。“元载乃用左散骑常侍崔昭尹京兆，厚以财结其党皇甫温、周皓。温方屯陕，而皓射生将。自是朝恩隐谋奥语，悉为帝知。”元载做好了这一步后便对鱼朝恩下手了。
“方寒食，宴禁中，既罢，将还营，有诏留议事。朝恩素肥，每乘小车入宫省。帝闻车声，危坐，载守中书省。朝恩至，帝责其异图，朝恩自辩悖傲，皓与左右禽隘之，死年四十九，外无知者。帝隐之，下诏罢观军容等使，增实封户六百，内侍监如故。”
鱼朝恩死后，神策军虽暂不由宦官执掌，但为安抚军队仍由鱼朝恩原来的部下管理。从大历五年（770年）三月开始至德宗建中四年（783年）十月，这十三年的时间中神策军均由武将执掌，凡历三任。鱼朝恩死后首先接任的是刘希逞和王驾鹤，二人分别为神策都虞候和神策兵马使，同掌禁军。刘希逞后因语出不逊为王驾鹤告发，随即被赐死。王驾鹤在大历十四年被解除兵权改为白志贞统军。
从代宗后期到德宗前期这十多年来，代宗深感其前期之宦官的飞扬跋启，自鱼朝恩死后不再让宦官掌握兵权。德宗即位之初也秉承其父疏远宦官的政策，使得宦官的势力在这一阶段有所衰落。这引起了宦官集团的的不满。
“上初即位，疏斥宦官，亲任朝士，而张涉以儒学入侍，薛邕以文雅登朝，继以赃败。宦官武将得以借口，曰：‘南牙文臣赃动至巨万，而谓我曹浊乱天下，岂非欺罔邪！’于是上心始疑，不知所倚仗矣。”
在此期间，神策军作为禁军的主力也忙于四处征战。见于史料的有：
“德宗即位，吐蕃寇剑南，时节度使崔宁朝京师，三川震恐，乃招晨将神策兵救之，授太子宾客。最乃逾漏天，拔飞越，廓清肃宁三城，绝大渡河，获首虏千余级，虏乃引退，因留成都数月而还。”
“发京西防秋兵万二千人戍关东。上御望春楼宴劳将士，神策将士独不饮，上使洁之，其将杨惠元对曰：‘臣等发奉天，军帅张巨济戒之曰：‘此行大建功名，凯旋之日，相与为欢。苟未捷，勿饮酒。’故不敢奉诏。’及行，有司缘道设酒食，独惠元所部瓶婴不发。上深叹美，赐书劳之。”
建中二年（781年）由于河北藩镇的继承问题，魏博、成德、淄青等藩镇相继叛乱，德宗任用淮西节度使李希烈、卢龙节度使朱滔前往平叛。不料德宗所用非人，事态发展到李希烈和朱滔也加入叛军的阵营。魏博田悦、成德王武俊、淄青李纳和卢龙朱滔同时称王，李希烈竟公然称帝。使得这次叛乱的规模持续扩大，形势也愈加于唐军不利。
神策军本来在京瓷地区镇守，但为平定这次叛乱也分批不断开赴前线。“建中二年，魏博田悦反，将兵围临洛、邢州，诏以晨为神策先锋都知兵马使，与河东节度使马隧、昭义节度使李抱真合兵救临洺。”其结果就是本来用以镇遏关中的神策军几乎全部离开了京畿地区，造成京师守备的空虚。在这种形势下，德宗仍令神策军征讨四方。为了补充神策军的兵员，只有在京城大量招募市井之徒用以充实数量。《通鉴》卷268建中四年四月条记：“上以神策军使白志贞为京城召募使，募禁兵以讨李希烈。”但这次募兵的兵员质量却十分糟糕，所募之兵皆非有战斗力可言之军。
“建中四年，李希烈陷汝州，命志贞为京城召募使。时尚父子仪端王傅吴德令仲孺家财巨万，以国家召募有急，惧不自安，乃上表请以子弟率奴客从军，德宗嘉之，超授五品官。由是志贞请令节度、观察、团练等使并尝为是官者，令家出子弟甲马从军，，亦与其男官。是时豪家不肖子幸之，贫而有知者苦之。自是京师人心摇震，自不保家室。时禁军募致，悉委志贞，两军应赴京师，杀伤殆尽，都不奏闻，皆以京师沽贩之徒以填其阙。”
对于此时京城之形势，当时的有识之士早已看出有累卵之危，段秀实就向德宗谏言：
“初，秀实见禁兵寡少，不足以备非常，乃上疏曰：‘臣闻天子曰万乘，诸侯日千乘，大夫曰百乘，此盖以大制小，以十制一也。尊君卑臣，强干弱枝
之义，在于此矣。今外有不庭之虏，内有梗命之臣，窃观禁兵不精，其数全少，卒有患难，将何待之！且猛虎所以百兽畏者，为爪牙也。若去其爪牙，则犬犬彘马牛悉能为敌。伏愿少留圣虑，冀稗万一。”
陆贽也为此向德宗进言，但德宗对于这一问题却始终没有重视起来。
建中四年十月，德宗诏径原节度使姚令言率领径原之师前往增援平叛，但在径原兵途径长安时，由于稿赏问题激化了矛盾，径师竟然发生了哗变。如此祸起肘腋，德宗令神策军前往迎敌，却不料在京城的神策军竟然无一人前往。德宗无奈只有仓皇出逃。而在逃跑的过程中，紧紧跟随唐德宗护驾的竟只有宦官窦文场和霍仙鸣所率之人。文武大臣如姚令言、源休、张光晨等纷纷附逆，叛军遂拥立朱沈为帝。德宗逃至奉天后，朱砒立即向奉天进军，唐王朝顷刻之间就有覆亡的危险。而此时在河北平叛的神策军主要有李最部、阳惠元部和尚可孤部等。李晨等听闻径师之变，立刻从河北回军平叛。从河北回师的这几支神策军本就为原镇守京城的精锐之师，战斗力强，且这些神策军将也多为良将。李晨、尚可孤和邢君牙等皆能精诚团结，配合作战。其间虽又经朔方赴难之李怀光的叛乱，但仍能凭借以神策军为主力平息叛乱，使德宗重回长安，唐朝转危为安。
这次径师之变对唐德宗打击甚大，使他全面改变了建中年间的政策。对于河北藩镇父子相继的情况不再过问，而对于中央禁军来说，最大的变化就是将禁军的主力神策军重新交由宦官执掌。因而径师之变最大的赢家有两个，一个是神策军，另一个是宦官集团。这次能够镇压叛乱，克复京师对唐王朝有再造之功的军队便是神策军。它强大的战斗力和对唐王朝无比的忠诚，都在德宗心里留下了深深地印象。从战斗力来看，神策军能够在形势不利的情况下多次扭转战局，最终平定所有叛军；从忠诚上看神策军的表现也是无可比拟。由于种种原因，前来赴难的朔方节度使李怀光竟然也发生叛乱，这对德宗的心理造成了很大冲击，与神策军形成了鲜明的对比，更加深化了德宗对神策军的好感。在径师之变中因为原神策军统帅白志贞的无能，使得德宗被迫出逃。而在此过程中许多文武大臣都背叛了唐朝成为逆臣，这些人中有德宗曾经甚为器重和信任的臣子，如姚令言、李忠臣和朱批等。故而这种情况使得德宗对于这些文臣武将均产生了不信任感。
反观宦官集团在这次事变中的表现，宦官窦文场、霍仙鸣自始至终均忠心耿耿的陪伴在德宗左右，并率领卫士勤王护驾。这些情况使得德宗在心理上产生了对比。一方面是纷纷附逆的文臣武将，而另一面却是忠心耿耿的宦官集团。自然而