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他同贝兹一起，开始幻想去巴西的亚马逊河搜集昆虫、植物、鸟类以及其它东西的标本。他们积蓄了些钱，于一八四八年乘帆船出发到巴西去，在这里开始了从亚马逊河河口到里奥内格罗河汇流点的游览，并在一起工作了两年。当时在英国可以毫不费劲地销售一些国外的蝴碟和鸟类的搜集品。两位朋友把搜集品卖给一个经纪人，该人把这些搜集品运往英国，而他们用卖得的钱继续旅行。后来，两位朋友分了手。贝兹沿亚马逊河上游旅行，而华莱士则沿着亚马逊河的大支流里奥内格罗河的上游游览。
华莱士和贝兹把自己的旅行不只是看作谋生的手段。他们对调查热带自然的兴趣是完全出自内心的。华莱士在当时给贝兹的一封信中写道：“我很想得到并详细研究任何一个科，主要是从货种起源的角度进行研究”。华莱士同九个当地的向导沿着里奥内格罗河溯河而上，而后顺着里奥内格罗河的支流沃佩斯河来到了哥伦比亚。他沿着亚马逊河河谷往上游走比任何英国人都走得远，一直走到亚马逊河的河谷所在地。他甚至还看到了没有开化的野人。沿着亚马逊河河谷及其支流旅行四年以后，他决定带着丰富的搜集品回国。他打算把部分搜集品卖掉，而把其余的当作美洲各种动植物机体具有科学意义的搜集品展览出来。不幸的是，华莱士所乘的那艘返回英国的船失了火，把他的全部搜集品，素描画和珍贵的旅行日记都烧了。船上的人员和旅客，包括华莱士在内，都被救上小艇，并在大洋里漂泊七百海里，直到迎面来的船把他们收留，然后送回英国为止。
然而这些挫折并没有使华莱士屈服。在对他抱着同情的赫胥黎教授的帮助下，他顺利地得到另一次去马来群岛作长途旅行的政府津贴，华莱士在一八五四年从英国启程前往该岛。他在那里度过了八年时光，把大量的搜集品运往英国。他走遍了全岛，对大自然进行了多年的考察，这既为他很好地描写马来群岛的博物学（“马来群岛，一个拥有猩猩和极乐鸟的地方”）提供了材料，又为他的其它一系列著作（其中最著名的是两卷本的《动物的地理分布》）提供了材料。
当华莱士还在马来群岛工作对，就同达尔文有过信件关往，这是由华莱士在伦敦一家博物学杂志上发表的一编文章引起的。关于这编文章，虽然人们不大知道，但是，它是值得注意的，因为它说明了所谓达尔文“同华莱士的事件”的真相。这篇文章叫作《控制新物种出现的规律》，并于一八五五年在《博物学年鉴和杂志》上发表了。
文章所涉及的问题非常接近达尔文当时也在进行研究的问题。华莱士试图解决物种是从哪里以及怎样产生的问题。华莱士根据自己当时已有的丰富的个人经验和文献史料（其中占显著地位的是达尔文的《航海日记》得出结论：同种的大批动物居住在同一个地方或邻近的地方，也就是“相近性是同地理分布密切相连的”。他在古生生物方面也得出结论：同一个地质时期或相邻的地质时期的生物，以及在同一个地区遇到的生物彼此非常接近。他把总的结论表述为下列不太清楚的规律：“每个物种的出现在地理上和年代上是同非常接近它的物种和先于它存在的物种的出现相一致的”。第二个结论说：“物种是按照先前的物种的结构形成的”。由此可见，华莱士很明显非常接近生物进化的思想，但他害怕更为明确地把它表达出来。他认为，在地质上可以细心观察到生物的直线发展的情况，也可以观察到来源于同一本原（不是祖先）两三个分支起源情况。他接着写道：“这样绝灭的生物被新生物所代替，而这种遗传性就这样继续到现代地质时代，地球博物学最困难的同时也是最有意义的任务正在于此”。
他认为，在生物的地质序列中，只有最一般的特征才能得到完善，并且指出，软体动物门的最高纲——头足纲，以前占优势，而现在则让位于机能不太高的腹足纲和双壳纲，古时的鱼比起现代的鱼来，其完善程度要差。为了说明这些事实，他用树木作了一番比较：老橡树上一根长得很好的树枝可以干枯烂掉，而一根新枝可能很小，并且达不到老树那样完善的程度。值得指出的是，他把未得到充分发育的（即发育不全的）器官看作是后继的亲缘物种将继续发展的原始器官。
华莱士论文的内容大体就是这样，关于论文的命运，他曾在一八五六年十月从苏拉威西写信问过达尔文。使华莱士感到不快的是，报刊上对论文却毫无反映。
达尔文给他写了一封非常亲切的回信，信中指出，他对华莱士在《年鉴》上发表的那篇论文，几乎每一个字都同意，并且补充说，他已经对怎样区别物种和变种的问题研究了二十年，但是这个题目太大了，在信中不便详谈。
一八五八年一月四日，华莱士从安波拿岛给自己的朋友贝兹写信说：“我非常高兴收到达尔文的来信，他在信中写道，他对我那篇论文几乎每一个字都表示同意。他现在正准备他的关于物种和变种的巨著，他用二十年的时间为这一巨著搜集了资料。既然他证明了自然界中在物种和变种起源之间没有任何差别，他就可以使我不再关心把自己的假说写下去，或者可能使我得出另一个结论，但是，在任何情况下，他的事实都将供我使用，我也可以对这些事实进行研究”。
达尔文在下一封信（一八五七年十二月二十二日）中，就报刊对华莱士的论文毫无反映一事对华莱士说：“对稍微超出物种简单描述的框框的东西表现关心的博物学家是为数不多的”。达尔文接着指出，有两位最优秀的博物学家——赖尔和加尔各答的勃莱特，要他注意华莱士的这篇论文。接着，他一再重复说，他的观点非常接近华莱士的观点，不过，这一次他补充说，他比华莱士研究得要深刻得多。
至于另一个问题——关于用来说明生物的共同性的海岸下沉问题，达尔文认为，华莱士比他进展要快些。的确，达尔文曾经用陆地下沉解释过环形岛的起源，但是我们看到，他是多么激烈地反对把所有各洲“下沉”到很深的深度，多么激烈地抨击得到赖尔和虎克赞同的福勃斯的思想。看来，华莱士在给达尔文的信中，对马来群岛上的动物的地理分布，他提出过类似的解释，而达尔文在信的末尾写了以下的话：“祝您的理论获得成功，不过除了关于海洋岛的问题以外；在这个问题上我准备斗争到底……”
达尔文和华莱士的通信之所以有意义，原因就在这里。显然，华莱士在未研究出自然选择理论以前就已经知道，达尔文试图在不了解物种和变种之间的区别的情况下解决物种起源问题。的确，达尔文曾借口说他在信中不可能叙述自己的观点，因此对选择理论只字不提，而我们在字里行间处处可以读到，华莱士是脱离达尔文而独立得出了选择的思想的；无论达尔文本人，还是他的朋友赖尔和虎克，都竭力支持这种说法。但是，为了准确起见，应该完全清楚地说明这种独立的限度到底有多大。
正如华莱士自己所讲述的那样，一八五八年一月二十五日，他到达了安波那岛以北的一个小岛——特尔纳特岛，在这里，他患了严重的疟疾，在疟疾发作时，他无法工作，他考虑了各种问题，特别是他早已从事的物种起源问题。他此时想起了他在十二年前读过的马尔萨斯的著作和马尔萨斯这样的想法：不幸、饥饿、疾病和战争妨碍着人的繁殖；他把这种解释用于动物。于是就明白了，动物中适应性好的就有活下去的可能，适应性不好的就要绝灭。他立刻感觉到，这种想法解决了物种起源问题和生物的适应问题。他把这种解释同拉马克和《创造的痕迹》的解释加以比较之后，看到他的这种解释比其他那些解释更合乎情理。当天晚上，疟疾发作以后，他把自己的思想大致写了出来，他还把它誊写了两个晚上；从而得到了《论变种无限地离开其原始类型的倾向》这篇论文。华莱士把它寄给达尔文，希望把“生存斗争”原则用于物种起源问题，这对达尔文和他本人来说，都是新鲜事。
毫无疑问，达尔文在他所有的信中，无论对于生存斗争原则，还是对于最适者保存下来的原则，都只字未提。而华莱士是在脱离达尔文的情况下独立得出这些原则的。但是，生存斗争原则在生物学著作中不是什么新鲜的东西，因为德坎多尔、赖尔和其他人都谈到过它。物种自然绝灭也是赖尔创立的。可是，重要的是把这个原则运用于新物种的形成。只有相信在变种和物种间没有原则性差别，变种能够变成物种，才能做到这一点。但是，关于这一点，华莱士在第一篇论文中只字未提。而达尔文给予华莱士的正是这一思想，华莱士在给贝兹的信中提到的达尔文那封信里清楚地说明了这一点。我认为，华莱士在第一篇论文里论述的只是物种，而在第二篇论文里，就明确地论述到能够转变成更高级的个体的变种，从这一点来看就十分清楚。这种思想对我们来说显然是很重要的。要是我们认为，不愿接受进化的主要原因是由宁普遍相信物种只是在一定的狭小范围内才发生变异。可见，一般认为自然选择（这一名称是属于达尔文的）的思想是华莱士完全脱离达尔文独立得出来的，这种看法必须在某种限度内说，因为关于物种和变种之间没有原则性差别的思想，则是达尔文提供给华莱士的。
但是，华莱士的思想同达尔文的思想的两相吻合当然令人惊讶。达尔文对此感到十分吃惊的心情可以从他给赖尔的信里看出来。
“我亲爱的赖尔：……您的那些威吓的话语——别人会抢在我的前头——已经得到证实。当我很简略地向您解释我们的自然选择和它依存于生存斗争这一观点的时候，您曾说过这句话。我从未看到过比这更为惊人的巧合了：即使华莱士手中有过我在一八四二年写出的那个草稿，他也不会写出一个较此更好的简明的摘要来。甚至他用的那些术语都可以成为我那些章节的标题。请把草稿还给我，因为他没有请我发表，当然我要写信给他，建议他把草稿寄给任何一家杂志去发表。因此，我的原著，不管它的内容怎样，将被毁掉，虽然我的书如果将来某个时候能有一点儿价值的话，也不会因此而大为逊色的，因为我把一切精力都用在这一理论的应用上了。我希望您能赞成华莱士先生的草稿，好使我可以告诉他您对他的看法”。
但是，不管多么巧合，却有一个根本差别，这个差别好象是达尔文自己在很久以后致赖尔的信中指出来的。正如我们所看到的那样，达尔文从家养动物的人工选择中得出自己的观点，并把选择的原则用到自然界。而华莱士所写的论文，则从断定在家养状况下得到的变种或多或少是不稳定的，并且是自然地经常地表现出要返回到原始物种的正常形态这一点开始的。在毫无保留地和不加分析地接受了这种论点后，华莱士竭力表明，这种论点不能应用于自然界中的野生动物，因而他在自然界中指出了生存斗争的作用。他举出一个非常好的例子，说明生物的数量与其说取决于它们的繁殖力强弱和凶猛的禽兽的多少，不如说取决于一个地方（往往同其它有限制作用的条件一起）在固定状态下能保证维持这一或那一生物的个体数目的食物的多少。他接着证明，这样的变种不可能回到原来的那种状态，因为原来的状态不可能完全经受住或不可能经受住同变种的竞争。他断言，这样的竞争可以在各种相近的物种之间进行。他没有看到这种变异的界限。最后，他断言，可以出现几个变种，其中有些变种可以成为性状分歧的开端。
至于说到家养动物，那么华莱士认为，它们所出现的一切变异保存下来的可能性是一样的，因为动物的食物是由人提供的。如果家养动物野化了，它就会绝灭。“跑得快但耐力差的赛马和能拉重物但行动笨拙的马就是在野生条件下也同样是毫无用处的。如把这样的马放到判帕斯草原而不予照顾的话，那么它们很快就会绝灭，或者在有利的情况下，如果不再发挥使用它们特有的品质，这些品质就会失去，经过几代以后，它们就会返回到通常的类型上去，即这种动物的各种不同能力在更好地获取食物方面是处于彼此完全势均力敌的状态。”我强调指出的这一论点，正象从《物种起源》中所清楚地看到的那样，达尔文是绝对不同意的，特别是在这种类型里。例如，大家都知道这种情况：野化动物在自由状态中不是绝灭了，而是增多了。华莱士得出结论说：“可见，从对家养动物的变种观察中，绝不能得出任何有关在野生状态下的动物变种的结论”。
这样一来，华莱士就不怀疑，家养动物的各个亚种正是由于那种选择过程的结果，但这一选择是由人来进行的，而不是由于生存斗争所产生的，因此他就使选择原则本身也失去了说服力和鲜明性，这种说服力和鲜明性是他在实际研究家养动物中所得到的。
不管怎样，要是达尔文在华莱士发表他的论文后出版自己的著作的话，那就会形成这样的印象，即达尔文抄袭了华莱士通过选择和生存斗争而进化的思想。显然，为了避免这一点，需要在发表华莱士的论文的同时发表达尔文已经有了的东西，以便证明他在理论形成方面的独立性和优先权。在这方面，赖尔大概是在同虎克商议后写信告诉达尔文的。
这件事损害了达尔文的健康。更何况这件事正和他的家庭不幸一起发生：他的儿女患了白喉症和猩红热，其中有一个因患猩红热死了。他要不要接受朋友们的劝告呢？仅仅为了保持他从前坚决拒绝的优先权，现在就把理论的概要出版，这是否诚实呢！他在�