府顾问职能的口报，他们将付给鲍林每天20美元的酬金，鲍林只要在一份合同上签个字。然而，从鲍林签字的那一刻起，他就被列入了效忠审查的范围之内，联邦调查局立即开始调查他的政治历史。
由于鲍林对自己参加过的任何组织都不加保密，因此联邦调查局进行调查十分容易。特工人员查阅了有关档案，找到了一份1947年调查人员与鲍林进行谈话的记录，那次谈话的内容涉及到另一位被怀疑有自由主义背景的科学家奥本海默的忠诚情况。鲍林在谈话中称自己是奥本海默的“亲密朋友”，他告诉调查局说，奥本海默是一个“脾气多变、性格复杂而又绝顶聪明”的人，他本人毫不怀疑奥本海默对美国的忠诚。谈话随后进入有关奥本海默的政治活动。鲍林详细讲述了自己与帕萨迪纳科学家协会，与艺术、科学和专业人士独立公民委员会，与美国进步公民组织的联系，还谈了自己对华莱士的支持。在这份谈话记录中，调查人员加了这样的评论：秘密渠道称艺术、科学和专业人士独立公民委员会好莱坞分会是“加利福尼亚共产党的一个主要的政治和宣传组织”，而且称帕萨迪纳科学家协会内共产党员和共产党阵线的活动分子十分活跃。
联邦调查局从众议院非美活动调查委员会借阅了鲍林的档案，发现档案内有很多《工人日报》和其他共产党报纸的剪报，在这些剪报内“无数次地引用了”鲍林关于原子弹政策和人权问题的讲话。他们认为这些活动都很可疑，但是按照效忠法案的规定，鲍林唯一的非法活动是在战时与美苏友好全国委员会关系密切。这个组织一直被列入司法部长掌握的黑名单之中。
尽管材料不多，却已足以使胡佛下令对鲍林进行全面调查。他要求海军情报局跟踪鲍林在英国的活动，下令联邦调查局特工查阅警察局档案和信用档案，对鲍林在伯克利和康奈尔逗留期间的有关人员进行访谈。他还让联邦调查局洛杉矶分局协调在帕萨迪纳进行的调查。特工人员对鲍林的同事、邻居和加州理工学院的行政官员进行了询问，还获准查阅鲍林在理工学院的私人档案。
但是他们没有发现任何东西。他们访谈的每一个人都毫无保留地肯定鲍林对国家的忠诚。他的同事们说，尽管鲍林“毫不隐瞒自己的见解”，是“一个参与者”和“主张自由表达信仰的理想主义者”，他却肯定不是共产党。他们所能告诉调查人员的关于鲍林的最坏的评价是他“好表现自己”，是一个“夸夸其谈的知识分子”。洛杉矶分局进行的调查一直延续到1948年的夏季尚无定论，这使胡佛失去了耐心。他打来电报指责关于鲍林的调查是“本局所进行的最为拖拉的忠诚调查之一”。9月10日，一份长达27页的调查报告终于完成了，到10月14日，胡佛将此报告递交给了公务员委员会以采取进一步的行动。
胡佛迟了一步。鲍林与海军的合同已于9月1日到期，因此他不再受9835号行政命令的约束。另外，此时众议院非美活动调查委员会的负责人托马斯已经去职，他被指控犯有冒领工资罪而于1948年大选后不久被判刑入狱。这个委员会一直在寻找一个有地位的科学家作为攻击目标，要是托马斯不离职的话，根据联邦调查局对鲍林的调查报告，它本来很可能对鲍林进行一次公开审查。于是胡佛采取了另一个步骤，他把对鲍林的调查报告送交司法部长办公室，寻求刑事诉讼的可能性。但是司法部找不出违法的证据。
当鲍林从牛津返回美国的时候，联邦调查局对鲍林的调查已经结束。他回到帕萨迪纳后，同事们告诉他一条烦人的消息，就是特工人员曾来校查问过他的情况，然而特工人员当时曾同时查问过其他一些科学家，特别是那些与原子弹研究有关的科学家的情况，因此鲍林耸耸肩膀，不以为然。
具有讽刺意味的是，当胡佛企图对鲍林的忠诚泼污水的时候，其他人却对他的忠诚大加奖赏。1948年10月，就在联邦调查局竭力找茬以便对鲍林提出刑事诉讼的同时，鲍林与他的四个同事一起在理工学院举行的庆功典礼上接受了总统功勋奖章，这是由政府授予平民的最高荣誉。由杜鲁门签署的奖状肯定了鲍林的“极具想象力的思维能力”，表彰了他在火箭固体燃料和炸药、氧气测量仪和血清代用品方面的“杰出创造”，以及他为“美利坚合众国的杰出服务中所作的特别值得赞誉的事迹”。鲍林对此荣誉感到无上光荣。
这将是在以后的四分之一的世纪中，鲍林从联邦政府得到的最后一次奖励。美国在向右转，作为对杜鲁门的联邦效忠制度的补充，各州政府实施了更加严厉的效忠宣誓措施，这些措施的覆盖面从联邦雇员扩及到了成千上万名州。市政府工作人员。对忠诚性的审查不仅针对间谍或共产党，还针对那些批评美国内政外交政策的平民。在审查人员看来，批评美国政策就是为克里姆林宫效劳。任何批评美国政策的言论，特别是来自左翼的批评，都足以引起审查人员的怀疑。任何人只要与可疑的组织沾上点边，那么即使没有被人抓住犯有颠覆罪的把柄，也会招来恶毒的攻击。1949年初，艾奇逊在被批准担任国务卿的听证会上也曾陷入反共喧嚣的漩涡，他将其称为“野蛮人的攻击”。实行这种高压政策的结果是：批评政府或宣传自由主义目标变得十分危险，人们噤若寒蝉。然而鲍林却仍然我行我素。
到了1949年，任何人都已不敢与哪怕只是带有一丝左倾的组织发生任何牵连，就是在这种情况下，鲍林仍然这样写道：“作为个人，比如像我，必须学会与共产党人和睦相处……我几乎不认识任何被确认为共产党员的人；但是我确实属于一些被称为是共产党阵线的组织。我亲眼目睹这些组织的成员是如何亲密无间，对此我深感兴趣……我从自己的亲身经历中受到鼓舞。假如说，这种现象确实代表了共产党人和非共产党人之间的亲密合作，那么，我就有理由相信，通过建立一个有效的世界政府，世界各国人民最终将发现实现和睦共处是可能的。”
美国自由主义左翼政治团体不断萎缩的时候，也是鲍林在美国的地位和知名度不断提高的时候。他成了残余的左翼分子的护卫者，一位敢于直抒己见的德高望重的科学家。他经常在各种呼吁书上签名并发起各种集会，成了一个引人注目的公众人物，以至于每当一个组织要寻求一个名人来支持某项自由主义行动的时候，都会向鲍林求助。英国主教约翰逊来美国访问时，尽管鲍林倾向于无神论，他还是受人之托帮助组织欢迎活动。约翰逊主教是英国共产党员，被报纸称为“坎特伯雷的红色大主教”①。对他的访问，美国右翼分子纷纷表示抗议，百般加以阻挠。鲍林却不顾这一切，在欢迎约翰逊主教时仍然和他握手，此事被很多报纸广泛报道（然而跑林失望地发现这位红色教长不过是一个古板的老传教士而已）。鲍林发起组织全国性的会议以讨论公民自由权力遭到的侵害，反对政府驱逐外国人的歇斯底里狂潮。他捐款给保卫希斯②基金会，公开反对政府对在纽约受审的十一位美国共产党领导人的迫害，还在洛杉矶的群众集会上呼吁大家“与专搞政治迫害的人和散布共产主义恐慌的人进行斗争”。
①坎特帕雷是英格兰肯特郡的一个区和城市，在英国圣公会体制中，坎特怕雷大主教是全英格兰的首主教。
②希斯（Alger Hiss，1904—），美国国务院官员，1948年曾被美国共产党员的钱伯斯（W。Chambers）指控为华盛顿特区共产党间谍网成员并且向苏联提供过国务院机密文件，后因伪证罪被判刑5年。
效忠制度令人讨厌，造成的后果也十分严重。1949年春天，鲍林与他的母校（当时已更名为俄勒冈州立大学）校长之间发生了一场争论，起因与鲍林以前的学生拉尔夫·斯皮策的忠诚审查问题有关。斯皮策在俄勒冈州立大学教化学，他的合同每满一年就要续签。这年校长斯特兰德决定解雇斯皮策，理由是他曾向某科学杂志写信，说美国科研人员在攻击苏联遗传学家T·D·李森科之前，最好先读一读他的原着。但是，斯皮策相信，解雇他的真实原因是院长不喜欢他支持华莱士的立场，不赞成他在学生中推动进步运动的做法。于是，他决定抗争，从而引发了一场小小的争论。斯特兰德拒绝重新考虑解雇他的决定，因为“斯皮策热衷于党派活动”，“他和妻子在校园里为苏联进行宣传”。当地报纸支持校长，声称“对于渗入教师队伍的赤色分子和外来同党必须像消灭白蚁一样加以清除，不准他们在校园里毒害青年”。后来，华莱士对解雇事件表示抗议，全国性的报纸以醒目标题予以刊登。斯特兰德立即反击，指责华莱士是“不诚实的赤色分子”。当鲍林以校友和美国化学学会主席的双重身份向斯特兰德写了一封语气强硬的抗议信后，他又立即应战。“你采取这样的立场是完全在我意料之中的，”他在一些给鲍林的信中这样说道，“如果说，由于这一事件使俄勒冈州立大学失去你的尊敬和支持，那么我要说的是，你将为此付出沉重的代价。失去了你的帮助，我们照样能活得很好。”斯皮策只得向美国大学教授协会求助，但教授协会害怕被人说成“颜色偏红”而拒绝帮助他。斯皮策最终为了能在化学界觅得一个职位，只得放弃专业，离开家园，到加拿大去另谋生路。
同时，在离鲍林家较近的加利福尼亚大学，校务委员会在1947年春季宣布对雇员实行新的效忠宣誓制度。在众议院非美活动调查委员会所作的调查报告的大肆渲染下，公众认为该校的伯克利原子研究中心庇护了赤色分子，因此校务委员会急于想通过此举扭转自己的形象，同时也是为了赶在议会通过更为严厉的效忠宣誓法案之前抢先行动。按校方的计划，每个教师都要书面保证自己不是共产党员。
尽管多数教师对此表示服从，仍然有一些教师拒绝签字。经过校方与教师的多次谈判，拒绝签字者逐渐减少，最后只剩下少数几个人坚持不公开个人的政治观点而拒绝签字。校方以违规为由将他们解雇。其中有一个是鲍林以前的学生奥高曼，他被解除了在圣巴巴拉分校的教职。奥高曼是一个业务熟练的化学家，但他找不到合适的工作，被迫在一个牧场当了一年之久的雇工。鲍林尽力给予帮助，为他写热情的推荐信并给他鼓励，但奥高曼的职业生涯还是无可挽回地被耽误了。
斯皮策。奥高曼和其他一些因为自己的政治信仰而失去工作的科学家，先后找到鲍林并向他诉说反共运动对他们的迫害。看到那么多人的科学生涯被效忠制度所毁灭，鲍林更加增强了与之斗争的决心。对凡是受到政治迫害而来求助的人，鲍林总无一例外地给予帮助。他本人并不招聘这些人——他在选择自己的研究人员时非常小心，唯恐招聘政治上有争议的人会被理工学院董事会否决——但他确实利用自己作为美国化学学会主席和著名学者的影响力写了许多推荐信，帮助这些人找工作。然而，这种努力收效甚微。一旦哪个研究人员，特别是刚工作不久的年轻人，被认为是威胁国家安全的危险分子，或者经效忠制度审定为需特别防范者，或同情共产党的嫌疑分子，那么大多数学校和研究机构都会拒绝聘用他们。因为雇佣这些人得冒很大的风险，特别是对那些接受联邦资助因而受到效忠制度制约的机构更是如此。而在战后，绝大多数大学研究机构均属于这种性质。这一形势与当时电影界被列入黑名单的作家和导演所面临的情况相仿，只是在科技界涉及到的人更多，而却较少为人所知。被列入黑名单的科学家中，少数人在私人企业的实验室里找到了工作，而其他一些人，几十个，几百个，也许上千个，无人知道确切的数字——只得放弃努力。
只要有机会，鲍林总要公开批评效忠宣誓的制度。1949年5月，他参加了美国公民自由协会在洛杉矶组织的一次关于学术自由的小组讨论会。面对众多记者，他公开声明反对以任何理由解雇教师——除非他不务正业，仅因某人是共产党员而把他解职是缺乏充分理由的。《洛杉矶时报》随即在一篇社论中攻击鲍林的立场，断言“没有人能够身为共产党员而又同时贯彻学术自由”。《帕萨迪纳日报》的标题是“鲍林庇护赤色教师”。
1949年秋季，鲍林宣布他将组织和率领美国代表团出席在墨西哥城举行的有争议的美国大陆争取世界和平大会。出席大会的代表来自西半球各国，会议内容是讨论美国和苏联之间日益紧张的关系，这次大会很快被指责为是由共产党人发起和组织的，后来的事态也确实证明这种指责是正确的；但是这种指责对鲍林夫妇并没有产生影响。他们喜欢墨西哥城——爱娃热爱世界各国的民间艺术，花费了很多时间在市场上搜寻能够丰富自己收藏的工艺品——但觉得此次会议索然无味，充斥着庇护苏联、攻击美国的冗长发言。轮到鲍林发言时，他采取了自己惯常的讲话风格。他的主旨发言既包含社会主义者典型的反帝言论——“我们看到世界上一些国家正致力于推进垄断性的工业扩张计划和建立经济帝国，在这些富裕和强大的邻国的经济压力下，弱小国家被迫放弃自己的国家主权，”又包含对美国和苏联两国执行的限制自由、积极备战的政策所作的意味深长、不偏不倚的谴责。与会者没有听到预料中的又一篇单方面谴责美国伦的讲话，对鲍林的发言反响平平。
除了政治迫害以外，引起恐惧的因素确实很多。墨西哥城大会后三星期，苏联宣布原子弹试验成功。再过了一周，即1949年10月1日，中华人民共和国正式成立，世界上人口最多的国家被置于共产党掌管之下。
是年秋季，冷战全面开始。美国的政界人士竞相活动以便从冷战中获取最大的好处。共和党责难民主党人主持的国务院措施