1921年，她已五十开外，常板着一副面孔，头发往后梳得平平整整，戴着一副夹鼻眼镜。好些学生对她怀有敬畏，不知在实验室应该怎样同她打交道。但莉莲一心一意搞她的果蝇研究，而且十分在行。慢慢地，学生们认识到她本质的一面：心肠好，待人宽厚大方。她与丈夫不一样。摩尔根如果心情好，可以表现出南方人特有的平易近人，但如果碰上心绪不佳，他也可能表现为恶作剧的粗鲁无礼。莉莲呢，要同她接触一段时间才会对她产生好感。不过，她对有些学生的妻子简直像慈母般地关怀，特别是外国学生的妻子。除此之外，她同许多人结下了友谊。
虽然她同蝇室不存在那么正式的关系，但她积极参与这一奇特的老是乱哄哄的实验室中的信息交换。有一天，她发现她显微镜下那只果蝇是个新的突变，但这家伙一转眼就不见了。大家一起在地板上找来找去，以为果蝇被从玻璃片上碰了下来。但莉莲推断一定是麻醉剂药性已过，果蝇苏醒后飞走了。果蝇性喜光。于是她走到窗口，果然一下就把它认了出来——这件事说起来容易做起来可就难了。因为这间屋子任何时候都有好几十只果蝇在逃窜，甚至还有发酵香蕉和垃圾桶招来的野蝇。
这只果蝇经证明是个非常特别的雌蝇，因为它的后代违反了通常的伴性性状的交叉遗传方式。像人类的色盲和果蝇的白眼性状，一般是儿子从母亲那儿继承伴性基因，女儿可以从父亲也可从母亲那儿继承伴性基因。这一只雌蝇腹部是黄色，是同白眼一样的伴性隐性性状。同正常雄蝇交配，所有的雌性后代都同母本一样具黄腹，而所有雄性后代却与父本相同。这恰巧与预料的相反。最合理的解释是，这只雌蝇的染色体是XXY。两个调染色体连在一起，所以卵子有两种类型，一为XX，一为Y。这两种卵子可能与带X或Y的精子结合。YY不能成活，而XXX（超雌）生活力很弱，容易死亡。剩下的多半为两种：一种是XXY，雌蝇，它们没有从父本得到X；另一种是XY，雄蝇，它们的X来自父本，即X连锁基因。细胞学检查证实了杂交实验的结果。
这个实验也证实了布里奇斯的性决定平衡理论，即性别不仅仅取决于X或Y染色体的有无，而且取决于受精过程中X染色体与常染色体之间的平衡关系。摩尔根夫人在致友人的信中兴致勃勃地写道：
这是只黄腹雌蝇。看来，在细胞分裂的某一时期，亲本的黄染色体没有分为两半，于是产生了嵌合体。至今已经过三代，从未产生分离。这种解释是基于这样的事实：不论怎样交配，所有的雄蝇都同父亲相像，而所有雌蝇连续三代都具黄腹。如果我们的解释是正确的，那就可以预期F1雄蝇全部不育。而事实果然如此。出现了几只像布里奇斯先生的3XXX雌蝇，它们稍微有点“异常”，而且表现出黄色基因与来自父本的X结合而应产生的颜色。
在20世纪20年代，发现的新基因突变或新染色体突变日渐稀少。这一方面的研究已经接近尾声。当年促使摩尔根转而研究遗传学的那些问题肯定已得到他认为满意的解答。他的洋洋洒酒的论文和专著中的语气好像是宣布：现在是整理材料、对果蝇遗传学研究做总结的时候了。
摩尔根在哥伦比亚大学的最后几年中，由于他的成就而得到许多报偿：他的著作一版再版，而且译成多种文字；他获得种种荣誉学位，并被授予高官厚禄（比如，1927年被任命为美国国家科学院院长）。但是，最能说明他享有的威望的是世界各地的科学家川流不息地来到摩尔根的实验室。有的是来交换意见的，例如，兰茨泰纳和莱文1927年发现MN血型后来到美国，希望摩尔根帮助他们从遗传学上加以论证。另一些人，如从英格兰来到蝇室的威廉·贝特森1922年所说的那样，只是想来“看看哥伦比亚的奇迹”。摩尔根的实验结果一次又一次地被别人证实和承认。最富戏剧性的也许是贝特森的转变。直到他亲自来到蝇室之前，他始终不相信基因确实是染色体的组成部分。显然，如果例外的东西是属于你自己的，它们就比较易于受到珍惜。后来，贝特森到了多伦多，在第三届国际遗传学大会上讲话。在《科学》杂志第50卷（1922年1月20日出版）第55…61页上有这样两段话：
关于合子（即受精卵）中特定的染色体与特定性状之间有直接联系这一问题，通过摩尔根及其同事的论述，特别是布里奇斯提供的证据，人们一定大大消除了怀疑。
在不久以前仍众说纷坛的遗传与变异的现象已逐步理顺，终于导致他们这一重大发现。我特地在圣诞节期间来到这里，向这颗西方升起的明星表达我的敬意。
贝特森在同一篇讲话中反对达尔文的进化论，而新闻报道措词失当，笼统他说有一位杰出的遗传学家不相信达尔文的进化论，于是又重新点燃了美国进化论者与基要主义者之间的论争。因而，美国许多州即将面临的问题，摩尔根也负有间接责任。田纳西州审理了著名的斯科普斯案件，肯塔基州1932年险些通过基要主义者提出的法案。那项法案要求禁止在公立学校使用含有进化论内容的教科书。第一次表决结果，38票赞成，36票反对，由于未达到法定的40票而没被通过。于是，拥护该法案的议员又把缺席的议员拉来。第二次投票结果是40：39，反对的议员要求暂停，重新计票。后来又拉来三名议员。第三次表决为41：41。这时一位名叫丘纳尔的议员反戈。他最初想投赞成票，因为他是位不妥协的浸礼会信徒，相信一切事物过去是怎样，今后仍然会是那样。但他这时却说他得抛弃他的宗教信仰而改投反对票。议案至此才被否决。摩尔根似乎并没注意到当时争论的热烈场面，也没注意到最后的表决结果。
无论谁来到谢默霍恩大楼，他所见到的摩尔根总是那个样子。莱文曾承认他看见这位伟人竟在蝇室里吃午饭时很感意外，“他的两手无法伸展开，因为周围挤满了东西。”那时候，全世界读遗传学的研究生和博士后研究生在自己的日程上最优先考虑的是去蝇室参观，但看见的景象往往大出他们所料。在俄国出生和受教育的西奥多修斯·多布詹斯基气喘吁吁地赶到纽约，盼望这位名教授摩尔根会“像天神一样”出现在眼前。但这位新来者被弄得目瞪口呆，因为他看到的不是什么神人，而是一个说话唐突、衣着不整的凡人，并且一点不受礼仪的约束，甚至连实验室的工作服也不愿披上（他只穿过一次，那是后来在加州理工学院的时候，《时尚》杂志的摄影记者要发表一组诺贝尔奖金获得者的照片）。从1927年至1940年，多布詹斯基和摩尔根在一起，1940年他从西海岸回到哥伦比亚大学，接替摩尔根。对他的名字，摩尔根从未说对过。
摩尔根要求蝇室里的工作人员个个独立工作，最初，这使许多研究人员很不习惯。摩尔根逐渐建立起一套他信得过的班子，他希望他们明白自己该做什么，怎样开展工作，然后就让他们分头去做——只是对任何实验他都抑制不住自己的热情，有时急忙跑进去，从别人肩膀上探过头去观看，当场提供意见或提出问题。哪项研究他都是合作者，他最后几年在蝇室里发挥的最重要作用不妨用他的学生A·H·斯特蒂文特的话来概括：他“始终不渝地支持、鼓励和保护”他这块领地中的工作人员。
截至1927年为止，果蝇研究工作差不多已进行了十八个年头，从佩恩的第一个品系算起，繁殖了约15000代。他把多数材料给了布里奇斯和斯特蒂文特。这两个人，他出于习惯，一直把他们叫做他手下的“娃娃”，虽然他们取得博士学位已有二十年，而他们对科学发展的贡献已为学术界所公认。他自己呢，无论在精神上还是在处理问题的方式上，都带点孩子气，就像斯特蒂文特后来说的，他“最善于开辟鲜为人知的新领域，他懂得在人们已有较深刻认识的领域内进行细致的、分析性的研究的价值，他总是乐于支持这类工作，但他自己一般不愿干这种事，而是在探索什么新方向。他总是同时进行着很多项研究——他所发表的涉及范围广泛的著作仅是其中一部分，因为他进行的研究有许多没有产生什么意义重大的结果，也就从未记载”。有一项这种没有留下记录的实验是在1924年进行的。他仍在试图证实拉马克的获得性遗传说。他当时用家鼠做实验，看看其后代会不会继承某种像巴甫洛夫所说的条件反射。这项实验搞了两年，结果得出否定的答案。
摩尔根终生保持着对博物学的兴趣爱好。无论给他什么标本。他几乎都能鉴定出来。1920年，当时年仅十七岁但后来成为个体生态学奠基人的康拉德·洛伦茨第一次见到了摩尔根。人们告诉他，住在谢默霍恩大楼的摩尔根教授能帮助他鉴定哥伦比亚其他人鉴定不出的标本。洛伦茨回忆起当时的情景，摩尔根是个瘦高个儿，看上去有点像亚伯拉罕·林肯，他很高兴地鉴定了洛伦茨的标本和他带来的其他动物，并不厌其烦地向他介绍了每一标本的生物学、形态学、生态学特点。他还给这位十几岁的青年详细介绍了那一排排瓶子里的果蝇的研究工作，而且把自己最初拍的果蝇染色体的显微照片拿出来给他瞧。这是个典型例子，表现出摩尔根对他所赏识的后辈的慷慨无私。
1927年，摩尔根在哥伦比亚大学已经工作了近四分之一个世纪，以六十一岁高龄，该是接近强制退休的时候了。他一生的抱负显然已经实现了一半，但是，一如既往，他的主要精力仍消耗在他的实验研究上。有些重要问题还没得到解答。其中，经常索绕于脑际的是生物发育的问题。人们还不知道基因是如何引起生物的发育的，甚至也不知道基因是不是与发育有关。如果处在他的地位，很多人都会载誉引退，在和睦清闲的家庭生活中继续搞点研究。摩尔根则不然。他同其他单位书来信往，于是决定了他六十二岁时将转移到美国人心目中的人间天堂——加利福尼亚去。到那儿，他将要建立起一个理想的生物学系。令人难以置信的是，他去的时候竟公然声明他是为了窥测生命之果的另一半，为了解答“分化”的问题，即一个未分化的细胞（卵）是怎样产生出将发育成个体的特殊器官的子细胞的。
第八章 加利福尼亚理工学院
汤姆是个科学伟人，无论什么东西，他样样都懂。唯一不懂的是为什么鸡蛋不变成鳄鱼。
查尔斯·金斯利：《水孩儿》
1928年，在帕萨迪纳召开的欢迎加利福尼亚理工学院生物学部新任主任的招待会上，摩尔根这样解释说：“当然，我曾预期在死后要去加利福尼亚。但现在我应邀提前几年来了，我愿借这一机会看看我来世的生活将会是什么样子。”
邀请他来的目的是要组织和领导一个全新的生物学部。加州理工学院是在19世纪的一所劳作学校思鲁普综合技校的基础上发展起来的。第一次世界大战后，特别是物理学家罗伯特·A·米利肯终于被说服担任该校行政领导以后，新命名的加州理工学院扎实而迅速地从一所有名的工程院校发展成为一个世界性的物理科学研究中心。米利肯本人也在1923年获得了诺贝尔物理学奖。他长得一表人材，是个很有魅力的美男子，为该校筹集了大量捐款。1927年，除工程学以外，增设了物理学、化学、地质学和航空学等部门，集中了这些学科领域中最杰出的人物，招收了最优秀的研究生，进行着各种意义重大的研究；把摩尔根请来是要组建又一个部——生物学部。
1927年7月，摩尔根接受了这一任务，但没到校，他要求在哥伦比亚大学再逗留一年。他想把那儿的精英囊括一空，全都弄到加州理工学院去，但又不愿给威尔逊留下一个空空如也的系，使他的一切都得从头做起。于是，他在纽约留了下来，利用这一年时间为他的新学院勾画蓝图。
摩尔根竟然接受了如此繁杂的行政职务，这是颇为反常的事。他原来一直自称是一个“大半辈子都在想方设法摆脱那些羁绊的实验室动物”。所以，他也有些着急，怕有朋友会认为他犯了个愚蠢的错误。
是的，他自己显然是愿意单干，或是在蝇室那种小团体的环境中工作，他对动辄兴师动众的做法的厌恶是众所周知的。他的女儿伊莎贝尔（也就是后来从事微生物学研究、在全国小儿麻痹症基金会工作的那个女儿）有时同他争辩，说现在时代不同了，靠个人单干很难做出有价值的研究，他总是嗤之以鼻，说那只不过是“洛克菲勒研究院的心理”。不过，在加州理工学院任职，也意味着他有机会按照自己的计划去组织一个生物学部。重点的重点将是科研，而不是教学；而科研也将是“纯”科学的，不必和直接的实际应用绑在一起。这个部的教员和招收的研究生要符合摩尔根的理想，他们知道自己要干什么，而且不用过多指点，无需什么监督就自己动手去干。再说，在一个管理有方的物理科学研究机构里来实现这一计划，这本身就意味着研究工作将是严密的、分析性的，生物学的研究将按照与物理学和化学一样的标准进行。
摩尔根按这些要求拟定计划，略去形态学和其他一些内容，道理是加州理工学院不想重复其他院校（如霍普金斯大学和哥伦比亚大学）已经在做的工作，而是要走在前面探索科研与教学的新方向。他正在做的工作是建立一个他长期梦寐以求的兼有蝇室和那不勒斯试验站的特点的工作集体。但更加突出的一个重点是要建立起生物学与诸如物理学、化学等其它学科的协作——虽然他自己在研究工作中并不特别喜欢这么做。在加州理工学院，甚至生物学部大楼也被设计成与化学大楼连在一起，以便使两个学科有实际的接触，鼓励生物科学与其他基础学科相结合。植物学、动物学和遗传学合并为生物学部，但摩尔根反对建立一所医院的想法。正如他在初步方案中所述，�