长孙后也自知不久于人世，乃拉着太宗的手嘱咐道：
“妾家以恩泽进，无德而禄，易以取祸，不要授以权柄，但以外戚奉朝足矣。妾生无益于时，死不可以厚葬，且葬者，藏也，欲人之不见。自古圣贤，皆崇俭薄，惟无道之世，大起山陵，劳费天下，为有识者笑。但请因山为垅，无起坟，无用棺椁，器以瓦木，约费送终，是亡不见忘也。”
有这等高风亮节的皇后，如今病重难医，太宗自是痛惜不已，只得含泪连连答应。长孙后又最后嘱咐道：
“再一次请陛下纳忠容谏，勿受谗，省游畋作役，则妾死而无恨！”十年六月己午这天，长孙后崩于立政殿，年仅三十六岁。十一月庚寅，葬于昭陵。谥曰文德。太宗亲自书写墓志。
长孙后曾经根据故往的故事，著《女则》十篇，其中一篇论斥汉之马后不能裁抑外家，使与政事，乃戒其车马之侈，此谓开本源，恤末事。书成后，长孙后常告诫左右：
“此书本是留我自己看的，没有什么条理章法，不要让至尊看见。”长孙后去世后，宫司才将这部书交给太宗，太宗抚着书哀恸不已，拿着书来到朝堂，对群臣说：
“皇后此书，足可垂于后代。我岂不达天命而不能割情乎！以其每能规谏，补朕之缺，今不复闻善言，是内失一良佐，以此令人哀痛！”
太宗思念皇后不已，于是令人在宫苑中造一座高台，每每登上展望昭陵。一天，太宗引魏征同登高台，问魏征：“卿见陵墓否？”
魏征默视良久，方道：“臣昏眊不能见。”
太宗乃指昭陵方向以示魏征：“看不见吗？皇后所葬之处昭陵。”
魏征抹了抹眼角，说：“臣以为陛下望献陵，若昭陵原是早见哩！”太宗一听，为之泣下，乃令毁去高台。
先后平定东突厥和吐谷浑后，太宗又把视线转向了高昌国。高昌辖境在当今新疆吐鲁番一带，是中西交通的要道，丝绸之路的必经之地。贞观四年（630年），东突厥颉利战败被俘后，高昌国王珪文泰，曾亲至长安，打开了唐与西域的通道。及至吐谷浑败亡，麹文泰感到害怕，于是带了许多贡物，与妻子一起来到长安，晋见太宗。太宗以礼相待，并赐麹文泰妻子宇文氏姓李。
后来，高昌王卵翼于强大的西突厥，对途经高昌的使唐的西域贡使，任意克扣、抢夺，扰乱西域与唐朝的联系。不久，高昌又与西突厥联手，进攻唐属国伊吾，伊吾向唐廷乞援，太宗乃颁诏高昌，严词诘责，并召其大臣阿史矩，入朝议事。麹文泰不听，只是派一个长史来长安应付一下。其后，麹文泰又联合西突厥，击破唐的另一附属国焉耆。太宗大怒，乃遣虞部郎中李道裕前去问罪，并促令麹文泰入朝。
麹文泰依恃西突厥的军事力量和天远地偏的恶劣地理环境，根本不把唐使放在眼里。高昌王殿里，李道裕费尽口舌，麹文泰是正眼不瞧唐使一眼，即不让座，又不让茶，文泰只是鼻孔朝天地哼哼着：
“鹰飞于天，雉伏于蒿，猫游于堂，鼠嚼于穴，各得其所，谁离了谁还不能活吗？”
李道裕见状，知其不可理喻，当即离开高昌回长安，向太宗作了汇报。
太宗决定对高昌动武，乃派人去联系薛延陀，薛廷陀同意出兵相助，太宗乃遣民部尚书唐俭、右领军大将军执失思力携带缯帛真珍赠给薛延陀。
外围工作做好后，但多数近臣公卿不同意对高昌用兵多，认为万里用兵，且所经之处多为沙碛，恐难以打败高昌，既使胜了，天远地偏，也不好守卫。太宗力排众议，坚持用兵，乃任命大将军侯君集为交河道行军大总管，契苾何力为葱山道副大总管，率薛万彻、牛进达等将出兵征讨高昌。
高昌王珪文泰听说唐兵来，起初有些害怕，但等了三个多月，还不见唐兵的影子，便不以为意，他笑着对臣下说：“唐距高昌七千余里，其中有二千里全是流沙。冬日里风寒似刀，能把人冻死；夏天则炙热如焚，能把人渴死热死。行贾至此，百不及一，唐朝大军习惯于内地生活，除非飞度，根本来不到我国。既使来到高昌城下，粮草也运不过来，那唐兵就会等着饿死。到时候我们坐着不动就把他们俘虏了，全打发到地里做苦工去。”
群臣对国王的分析深感叹服，王殿里一片“是呀，是呀”的附和声。高昌王一高兴，传令摆酒相贺。
所吃的肉都是现杀现宰，立即有人抓来几只羊，在王殿前廊下就地剥皮。一霎那手抓羊肉做成，大殿里，君臣几十人就势在地毯上坐了下来。
“喝！”高昌王两手攥着酒囊对大臣们叫道，嘴里还捎带咕哝一句，“既为可汗，当与天子匹敌，凭什么都让咱听他唐朝的！”一酒囊黑葡萄酒还没灌完，就听王殿外马蹄得得，一阵慌乱之声。王子麹智盛踉踉跄跄地跑进来，手指着殿外，带着哭腔道：
“父王，大事不好了！”
高昌王手一哆嗦，酒囊也抖落在地，惊问：“怎地不好？”
“唐军十万大军，已……已到了碛口了。”
碛口就是沙漠口，就是说唐军已经兵临高昌国了。高昌王一阵惊惧，“哇”一声，把刚喝下的酒全吐了出来。接着又“呕呕”不停止咳嗽，末了，一口气上不来，“pu嗵”一下栽倒在地上……
有人说麹文泰是吓死的，也有人说是旧疾复发而死，但不管怎么说，麹文泰在唐兵压境的节骨眼上死了。其子麹智盛在这最困难的时候继位为王，承担起保家卫国的重任。
麹智盛也够忙乎的，又要治丧，又要御敌。他命令军民把护城壕挖得更宽更深一些，把城墙砌得更高更结实一些，全民皆兵，老少齐上阵，加强城防，力图固守。
但唐军也不含糊，既然受尽千辛万苦，远涉沙漠，到达高昌国内，就充分考虑到攻城略地的各种困难。行军副总管确行本恰是工匠出身，曾做过将作少匠，懂得器械制造，在攻打高昌城前，他在伊州柳谷附近带领军中工匠造了许多攻城的器械，并以山崖为假想城墙，指挥军士们作战前演练，边演练并改进攻城器械，精益求精，确保攻械在战时发挥有效的作用。
一切准备停当后，侯君集命令全军向高昌城挺进，及至柳谷，有探军来报，言麹文泰刻日将葬，国人咸集于彼。侯君集召开战前分析会，诸将摩拳擦掌纷纷说道：
“麹文泰下葬之日，其国人必聚集于城外，我军突袭而至，必将一战而胜！”
侯君集寻思了一下，摇摇头说：
“我看不行，天子以高昌无礼，故使召讨之，今袭人于墟墓之间，非问罪之师也。”
侯君集义字当先，不愿袭人于墟墓之间，乃指挥全军鼓行而进，先拔不远处的田城。田城人口不多，接近一万人，兵临城下，经过二个时辰的战斗，至上午时，终于拿下全城。
休整二天后，闻麹文泰的葬事已毕，侯君集乃麾军直趋高昌，几场小规模的战斗之后，大军抵达高昌城下，形成对高昌城的合围之势。
这天上午，侯君集、确行本等将领正在一个高岗上了望敌城，研究攻城方案，却看见城墙上用筐缒下一个人来，那人越过吊桥，手拿一封信边喊边跑来，显然是敌人的信使。侯君集当即派出侦骑，把虏使押了过来。
“此是吾王与侯尚书的亲笔信。”虏使顾不得擦擦头上的汗，恭恭敬敬把信递了过来。
信写得简单，但意思很明了，侯君集轻轻念道：
“得罪于天子者先王也，天罚所加，身已物故。智盛袭位未几，惟尚书怜察！”
侯君集“哼”了一声，问那使者：“汝王是不是准备出城投降？”
使者“嗯嗯”着，不敢乱说。侯君集也不愿多说一些，只是对虏使说：
“汝马上回去，告诉汝王，若能悔过，当束手出降。否则，废话少说，我明日就要攻城。”
等了一下午，城中仍无消息，不见智盛有一点投降的意思。第二天上午，侯君集一声令下，唐军向高昌城发起全面攻击。唐军早有所准备，第一梯队上万人，一个背一百斤土，先冲了上去，一会功夫就把护城壕填平。第一梯队刚撤下，第二梯队扛着攻城器械就冲了上去。
确行本还真有两下子，所造的巢车高约十余丈，比高昌城头还高五六尺。弓箭手、投掷手站在上面正好俯瞰城中，居高临下，孤注一掷地向城上的守敌发射利箭和飞石。一阵狂射乱掷，竟压制得敌人抬不起头来。与此同时，唐军第三梯队也迅猛冲上，搭上云梯开始爬城，与守城的高昌军展开了拉锯战……
嗣主麹智盛本来就心气不足，对守城没有丝毫的信心，闻听唐军犹如神助，以巢车攻城后，麹智盛长叹一声，遂决定大开城门投降。
城破之前投降，应该说很及时，双方也没死多少人。接到城中投降的请求后，侯君集命令停止攻城，部队集结在城门口受降。城门大开，麹智盛手捧王印，率文武百官垂头丧气出城来降。侯君集二话不说，即于军前拘住麹智盛，而后指挥大军昂首阔步开进高昌城。
高昌王投降，高昌城被占领，其他城更不在话下，唐军犹如赶集上店一般，连下二十二城，共收降八千多户，一万七千多口，得地东西八百多里，南北五百多里。
高昌被平后，太宗召开御前会议，提议把高昌划归唐朝版图，置为州县，号西昌州。别的大臣没敢说什么，独有魏征表示反对，魏征谏道：
“陛下即位，文泰就来朝谒，近因骄倨不臣，抗阻西域贡献，乃兴师往讨。文泰身死，天罚已申，为陛下计，应抚他人民，存他社稷，立他子嗣，威德互施，方足柔远。今若以高昌土地，视为己利，改作州县，此后须千余人镇守，数千余人往来，每年供办衣资，远离亲戚，不出十年，陇右且空，陛下终不得高昌撮粟尺帛，佐助中国，有损无益，臣窃为陛下不取哩。”
魏征的劝谏也不是事事都对，太宗这次是笑而不纳。这时褚遂良又来奏道：
“魏大夫所言极是，臣也以为宜择高昌可立者立之，召其首领悉还本土，长为藩翰。”
太宗默然不纳，他心中早有考虑。这次御前会议后不久，太宗即下诏将高昌行政区域划归唐王朝版图，改为西州，更置安西都护府，岁调千兵，谪罪人以戍。自此大唐领地东至大海，西至焉耆，南尽林邑，北抵大漠。凡东西九千五百一十里，南北一万零九百一十八里。
西州府安置妥当，太宗乃召侯君集还朝。侯君集率领大军押着麹智盛及其弟智湛凯旋而归。观德殿献俘完毕，太宗从大局出发，封麹智盛为左武卫将军、金城郡公，麹智湛为右武卫中郎将，天山郡公，许住长安。
侯君集作战有勇有智，为唐初名将之一，但此人常常好夸耀自己，惹得人家嫉妒，灭掉高昌国回长安后，侯君集更是得意非凡。不久，有人在背后说闲话道：“高昌王珪文泰死，侯君集方得克。”更有甚者，京师盛传侯君集未经奏请，随意配没无罪之人，而且私藏宝物无数，将士效法，纷纷抢夺财物，军纪十分败坏。有司将侯君集犯法一事上奏后，太宗诏将侯君集下狱，按查其罪。剿灭敌国、奏凯旋师的功臣没过两天舒心日子就被关进监狱，中书侍郎岑文本看不下去了，仗义执言，洋洋洒洒写了十几页纸的疏奏，为侯君集开脱，文本写道：
“君集等人，或位居辅佐，或职隶爪牙，并蒙陛下拔擢，受将士之任。侯君集等不能正人奉法以报天恩，举措肆意，负罪盈积，实宜绳以典刑，以肃纲纪。高昌王昏庸，人神共弃，朝中议者以为地属荒远，均以置之度外。惟陛下运独见之明，授决胜之略，君集等奉行圣算，遂得指期平殄。若论事实，并是陛下之功。君集有道路之劳，未足称其勋力，而陛下天恩弗宰，乃推动于将帅，露布初至，便降大恩，从征之人，皆获恩泽，及其凯旋，特蒙曲宴，又对万国加以重赏。内外文武咸欣陛下赏不逾时，而不经旬日并付大理。虽乃君集等自投罗网，而在朝廷之人，尚未知所犯何罪，恐海内又疑陛下唯录其过而忘其功。
臣以下才，谬参近职，既有所见，不敢默然。臣闻古之人君，出师命将，克敌则获重赏，不克则受严刑，是以赏其有功也，虽贪残淫从，必蒙青紫之宠；当其有罪也，虽勤躬洁己，不免斧钺之诛。故《周书》曰：记人之功，忘人之过，其宜为君也。昔汉贰师将军李广利，捐五万之师，靡亿万之费，经四年之劳，惟获骏马三十匹，虽斩新宛王之首，而贪不爱卒，罪恶甚多，武帝为万里征伐，不录其过。遂封广利为海西侯，食邑八千户。又校尉陈汤，矫旨兴师。虽斩郅支单于，而汤素贪盗，所收康居财物，事多不法，为司隶所系。汤乃上书曰：与吏士共诛郅支，幸得擒灭。今司隶收系案验，是为郅支报仇也！元帝赦其罪，封汤为关内侯，又赐黄金百斤。
又晋龙骧将军王浚，有平吴之功，而王浑等论浚违诏，不受节度，军人得知吴王孙皓宝物并烧皓宫及船。浚上表曰：“今年平吴，诚乃大庆，于臣之身，更为咎累。‘晋武帝赦而不推，拜辅国大将军，封襄阳侯，赐绢万匹。
隋新义郡公韩擒虎，平陈之日，纵士卒暴乱陈后主宫内，文帝亦不问罪，晋爵拜擒虎上柱国，赐物八千段。
由此观之，将师之臣，廉慎者寡，贪求者众，是以黄石公军势曰：“使智，使勇，使贪，使愚。‘故智者乐立其功，勇者好行其志，贪者邀趋其利，愚者不计其死。是知前圣莫不收人之长，弃人之短，良为此也。
臣又闻，天地之道，以覆载为先，帝王之德，以含弘为美。夫以汉武及历代诸帝，犹能宥广利等，况陛下天纵神武，振宏图以定六合，岂独不能行古人之事哉。伏惟圣怀，当自己有斟酌，臣今所以陈闻，非敢私君集等，庶以黄爝之末光增辉日月。倘陛下降雨露之泽，收雷电之威，录其微劳，忘其大过，使君集重升朝列，复预驱使，虽非清贞之臣，犹是贪愚之将。斯则陛下圣德，虽屈法而德弥显，君集等愆过，虽蒙宥而弥彰。足使立�