努尔哈赤的兵马刚抵城下时，张旆向邹储贤请求领兵出城，说：“在鞑子兵马立脚未稳之时，突然打击他们一下，准会收到良好的战果！”
邹储贤拒不听从，坚持不准出战。张云程也竭力劝道：“兵法上说：”敌驻，扰之也。‘张副将的意见请将军考虑。该让他带兵出城……“
邹储贤不予理睬，反而不耐烦地说道：“不要再说了，咱们齐心合力，守城吧！”
这位邹储贤将军真是铁了心，什么意见也听不进去，决心死守清河城，与城共存亡！
那天，出城刈草的的军卒，听说后金的兵马来了，急忙奔回城下。但是邹储贤不予开城门，不让他们进城，结果数百名士兵无路可走，只得四散奔逃。大部分被后金兵捉住杀了，这事在明军中影响极坏。
邹储贤率领守军七千余人，利用城上设置的众多大炮以及大量的滚木、礌石、弓箭等据城设防，决心死守清河城。
万历四十六年（天命三年）七月二十一日清晨，努尔哈赤立即传令各旗兵马，将清河城包围起来，刹那时间，一座偌大的清河城被围得水泄不通。
努尔哈赤命令士兵喊话，让邹储贤出城说话，喊了好长时间，邹储贤不予理睬。最后，他立于城头，对努尔哈赤说道：“有什么好谈的！无非你要俺投降，绝对办不到！”
努尔哈赤仍不死心，又劝说道：“俗话说：”识时务者为俊杰‘。明王朝气数已尽，你还保它干啥？你归顺了后金，前程似锦，有何不好？何必自寻死路？“
邹储贤听了，义正辞严地说道：“你算什么东西？俺是泱泱天朝的大将，能向你这个野人鞑子投降？俺誓与清河城共存亡，你别痴心妄想了！”
努尔哈赤气得满脸胀红，说道：“这人不识时务，只有以武力相拼了！”
说罢，立刻下令攻城，眨眼之间，角螺齐鸣，八旗将士争先恐后，有的冲到城下登云梯，有的向城上放箭，喊杀声如雷霆万钧，在山间谷地回荡着。
邹储贤亲临城头，指挥守城将士，据险防守，对准后金的攻城旗兵连续开炮，与此同时，用滚木、礌石一齐打下。那些如雨点一样的石块、木头，自城头打下来，与飞鸣着的炮弹，一齐打在八旗兵中，使后金兵马死伤惨重。
但是，努尔哈赤亲自在后面督战，后金兵将只得冒死进攻；八旗兵们一向是有进无退的，结果死伤更多，尸首遍地狼藉。
努尔哈赤看得清楚，只得退兵回营。这是第一次猛攻的惨败。
回到营里，努尔哈赤耐心听取各方面意见，便决定改变策略，由近攻改远围。
努尔哈赤善于利用将士的激烈情绪，向大家鼓动道：“朕是奉着上天的旨意，来讨伐有罪之人，八旗兵是不可战胜的，清河城必破，邹储贤必将死于八旗的铁蹄之下！”
在努尔哈赤的鼓动下，八旗将士奋不顾身地冲去，他们冒着隆隆的炮火，顶着飞迸的弹片，继续搬云梯攻城，勇猛地前进。可是，后金的士卒死伤太多，从努尔哈赤的兵营到清河城下，在这段不足半里的战场上，尸积遍地，血流成河。
努尔哈赤见此情景，只得命令暂停攻城，让八旗将士回营休息，自己也觉得有些疲累，也就与范文程回到帐里去了。
再说清河城里，由于后金兵马攻势凌厉，从清晨连续强攻，在邹储贤等将领指挥下，全体守兵顽强反击，已经八进八退，此时已是满天星斗，打了满满一整天了！
邹储贤见后金兵马又被打退了，在这难得喘息时间里，他及时召开头目会议，说道：“从清晨打到天黑，咱们已八次打退努尔哈赤的进攻了！八旗的士兵，至少也被咱消灭了好几千人，这是一个不小的胜利！俺知道，大家都很累，但是在这生死存亡关头，不能有丝毫麻痹大意啊！努尔哈赤怎肯干休？这个鞑酋一向好偷袭，若是借着夜色来攻城，怎么办？咱们可不能学李永芳，咱们活着是大明的臣民，死了也要当大明的鬼！除此之外，再无他路了！”
邹储贤的字字句句如重锤，敲击着每个将士的心，大家都不说话，但是都在想着守好城，都不愿做大明朝的叛臣贼子！
之后，邹储贤又派专人到城里居民中宣传，要求每个有战斗能力的人，都来积极参加守城，支持守城的将士，决不做汉奸！
经过这一番激励，城里的抗敌情绪又高涨起来了，城里百姓中来了很多青壮年男子，邹储贤把他们分别各个接领管辖之下，充实了守兵的队伍。
且说努尔哈赤与范文程在帐里休息，怎么也睡不着，努尔哈赤有些沮丧地说道：“如此强敌，八旗士兵伤亡太重，这样的攻城方法，必须改变才行。”
范文程听后，立即提出自己独道的见解：“请陛下考虑一个问题：邹储贤所以能阻止咱勇猛的八旗兵的进攻，靠的是什么？”
努尔哈赤立即说道：“邹储贤依仗他的大炮，还有滚木、礌石呀！”
“不对！陛下没有说对！”范文程见努尔哈赤一愣，接着朗声说道：
“邹储贤靠的是那一圈坚固的城墙！”
努尔哈赤听了，又是一愣，立即问道：“那么，依先生的意见，攻城应如何进行？”
“依臣之见，咱趁着这夜色的掩护，把那城墙掏开一个缺口……”
未等范文程说完，努尔哈赤连拍脑门子说：“朕这头脑就是没有范先生的好使，看来还是读书人脑子灵活呀！”
他一边说，一边坐起来把众贝勒、大臣们喊来，商议扒开城墙缺口的办法……
讨论来，商议去，最后还是皇太极的办法可行，他向大家说道：“让士兵头顶木板，冲到城下掏洞，另派一队强弓硬弩在离城不远处掩护他们。”
努尔哈赤又补充道：“也可用咱们传统的手推板车，推着前去，士兵们躲在木板下面的车厢里，安全又便当，不是更好么？”
大家都赞成这方法，于是都忙着去准备木板、板车和铁锹等工具去了。
且说清河城里守城将士们，眼看着后金兵马不来攻城，便渐渐松懈下来，加上一天的拼杀疲劳，再也忍受不住瞌睡的袭击，一个个终于沉沉地睡去了。这就给八旗兵造就了一个良好的机会。
他们发现东北角城墙下面的土潮湿，便于挖掘，于是便集中人力去挖东北角的城墙。
约在四更多天，东北角的城墙下面居然被掏通了，又把掏通部分向两边延伸，总有两丈有余，皇太极伸手推了一下，那城墙便晃了一下，他心中大喜。
此时，努尔哈赤已吩咐八旗兵马，作好从缺口冲进去的准备，只待一声号令了。
努尔哈赤向皇太极猛一挥手，只见这位皇八子领着数十名八旗兵，用力猛推那一截城墙。
忽听“轰隆！”一声，那一截墙根被掏完了的城墙，全倒了！城上的守将与士兵们，吓得连声喊叫：“城墙倒了！后金兵马杀进城了！”
他们这一声喊叫，更给八旗兵帮了大忙，城上的守兵在睡梦中被惊醒，来不及站起来，就被冲上城去的后金将士砍死了！
面对那么大的缺口，努尔哈赤指挥八旗将士，闪电一样冲杀进去，谁又能阻止得住？
他们手执大刀，风驰电掣似的，一阵砍杀，城里的守军被杀得晕头转向，溃败不堪，只得四下逃窜，死伤无数。
邹储贤一见，心知城已守不住了，便飞跑回府，把一家老小全关在一间屋里，点上火，都烧死了。
此时，后金兵马已满城里追杀守城将士，邹储贤上马提刀，杀入八旗军中，连续杀死多人，忽见李永芳也在挥刀砍杀，当即骂道：“你这汉奸卖国贼，必将不得好死！”
刚骂完，大贝勒代善赶来，立即向弓箭手命令道：“把那个死硬家伙邹储贤立即射死！”只听弓弦连响，“叭！叭！叭！”
在乱箭之下，邹储贤的身子晃了几晃，两眼还瞪了李永芳一会儿，才倒了下去。守城的副将张旆，也与八旗兵马混战之中，死于乱刀之下。
守堡官张云程，领着残余士卒在城里坚持巷战，直到士兵全部战死，他才与皇太极又拼杀了好几十回合，终因疲劳过度，被砍下马来。
直至二十二日清晨，城内尚有明朝官兵四千多人，居民五百多家，与冲进城里的八旗兵展开巷战。
因为八旗兵不识路径，被杀伤众多，残余的明兵与百姓们合在一起共同对抗旗兵，直杀得尸塞街道，血流满地。
清河城终被攻破了，被杀军民近万人，而八旗士兵也伤亡了八千多人。
为了防止明朝军队再来占领清河城，努尔哈赤发布命令，将清河城全部拆毁。又把三岔堡到孤山堡一带所有的房屋，尽行焚毁。经过努尔哈赤这种拆毁、焚烧之后，从清河城到抚顺关一带，明朝军队再无立身之地。
之后，努尔哈赤又下令，收取各地窖中的谷物，全部运回都城赫图阿拉。对田中的青苗，都纵马牧放，造成了五、六十里之内不见人烟。
清河城一战，是后金与明朝两军攻守战中，表现最为剧烈的一次廛战！
虽然努尔哈赤出动了八旗劲旅，仍然损失惨重；明朝军队所表现出来的战斗力，使努尔哈赤及其众贝勒、大臣们极为震惊，尤其在八旗军中产生了重大影响。
清河守城有法，官兵抗战志坚，居然没有一兵一卒投降，连后金的士卒也由衷赞叹。
明朝的抚顺等三城被努尔哈赤攻陷之后，又失去了清河城，引起了整个辽东震动，对京城的影响更大，朝野上下，一片惊慌。这时候，明廷的征兵虽然缓慢，但也初具规模了。
为了鼓舞士气，动员一切力量征伐后金，万历皇帝不惜以二十万金，犒赏官兵。为了进一步配合出师，皇上又提高赏价，明廷大行悬赏捉拿活动，诏告天下说：
若能有生擒努尔哈赤或是斩其头来献的，赏给白银万两，晋升为都指挥。
对于努尔哈赤的亲子、亲孙等，所谓八十个总管，有能擒、斩的，赏给白银二千两，并晋升为指挥。
对于努尔哈赤伯、叔、弟、侄等所谓十二亲属，有能擒、斩的，赏给白银一千两，并晋升为指挥同知。
对于其中军、前锋、书记、汗王女婿等，所谓领兵十二个大头目，有能擒、斩的，赏给白银七百两，并晋升为指挥佥事。
对于努尔哈赤的亲信，中外用事的人，所谓八十名小头目，有能擒斩的，赏给白银六百两，并晋升为正千户。
以上各官都世袭不替。
凡是降附后金的明朝官员，李永芳、佟养性等人，若能绑架献出努尔哈赤或作为内应的，免去死罪，并酌情升赏。
一天，努尔哈赤看过万历皇帝对“悬赏”提高了赏格的“诏书”之后，笑着对其部下道：“看来，朕的头的价码又提高了！万历朱翊钧不惜用万两白银悬赏，真是机关算尽，费煞心思了！”
众贝勒、大臣们听了之后，有的笑了起来，大部分却没有笑，陷入沉思之中。
努尔哈赤接着又对大家说道：“各位也得当心啊！从朕以下，皇子、皇孙、各位大臣，大小头目，将领等，人人有份啊！那位整日闲得无聊的朱翊钧，企图用这种卑劣的暗杀手段，恐怖行动，来得到他在战场上所得不到的东西，到头来也不过是黄梁美梦一场空啊！”
大臣额亦都气愤地说道：“自古以来，搞这种恐怖手段的人，很少有成功的。只要咱们上下一心，团结一致，形成铜墙铁壁，任何阴谋诡计，狡猾的伎俩，必将自取灭亡！”
大臣费英东也说道：“俗话说：”有事不可胆小，无事不可胆大。‘只要咱们擦亮眼睛，遇事谨慎，提高警觉性，就能逢凶化吉，遇难成祥，百事顺利！“
说到这里，费英东转过脸去，对他的儿子费格拉哈谆谆嘱咐道：“你要意识到自己肩上担子的沉重，可不能大大咧咧、毛手毛脚啊！”
自此以后，对努尔哈赤的保卫更加严密了，赫图阿拉城不仅白天警卫森严，夜里更增加了巡逻人员。
白天，何和理与邵魁领着人各自巡哨、检查；夜里，满浅与皇太极在内城、外城巡逻，费格拉哈对努尔哈赤的饮食起尽进行全面负责，其父费英东有时也自动参加了警卫活动。
因为警卫工作严谨缜密，杨镐派到赫图阿拉的四位刺客，终被何和理等诛杀。杨镐也终于放弃了刺杀始尔哈赤的计划。
努尔哈赤对万历的“悬赏”与刺客的袭扰十分恼火，便将一名被掳来的汉人，割去双耳，令其鲜血淋漓地送信给万历皇帝。
在这封措词强硬的信中，他说道：“……若以我为非礼，可约定战期出边，或十日，或半月，攻战，决战；若以我为合理，可纳金帛，以图息事！……”
万历皇帝看信之后，气得说不出话来，只写了两句话，八个字，作为回答：“调兵遣将，犁庭扫穴”。
于是，双方的战争气氛日益紧张，战事已不可避免了。的明廷虽然积极主战，但是兵饷不济，将不出关，兵不听调，困难重重。
明廷原定万历四十六年，即天命三年六月出兵，不得不一再延期，直到八个月之后的万历四十七年，即天命四年的二月，酌定兵马，兵分四路：
以杜松为主将的西路，即抚顺路；以李如柏为主将的南路，即清河路；以马林为主将的北路，即开原路；以刘綎为主将的东路，即宽甸路。
明廷又胁迫朝鲜出兵，其官兵一万余人归刘綎节制，属东路军。明朝四路兵马八万多人，加上朝鲜援兵，共有十万多兵马。
六月二十一日，明朝兵马大元帅杨镐在辽阳练武场誓师，他宣布军纪、军令如下：
若有迟误军期或迟留不进的，大将以下者论斩；官军有临战不前的，立即斩首；
当敌人败走以后，准许割取敌人首级报功；
若是敌军未败，就先行争割首级的，无论官兵，立即处斩；等等。
杨镐共申明军令、军纪一十四项，官兵有违令者，立即斩首。为了杀一儆百，以振军威，杨镐拿出尚方宝剑，命令道：
“将那个在抚顺官失守时，临阵脱逃的指挥——白云龙枭首示众！”
在论武场的东南角上，有一个断头台。刽子