塔桥、 四所村、 老江口、草鞋峡、燕子矶一带），队伍长达一日里（约二英里） 。入夜后。日本军几乎把他们全都斩尽杀绝（前引书1，第三八三至三八四页）。
集体屠杀的方法好像是极其残酷的。估计是马吉牧师，这个外侨在信中谈到十二月二十三日那天的情况时是这样写的：“中午，一个男子被送到总部里来，他头部焦黑，既无眼睛也无耳朵，鼻子也残缺，样子很凄惨。我叫他乘上我的车子，把他送到医院里去，但两、三小时后他就死去了。据说他是和几百个同伴一起，被日本军捆绑起来后，浇上了汽油点火焚烧的。但他碰巧在外侧，汽油未浇到他的头上。后来，有一个类似的患者被抬进医院里来，其烧伤的程度更为严重。这个人也死去了。起初，他们恐怕是遭到机枪的扫射，没有全部死去。第一个人全然没有外伤，但第二个人却有外伤。后来我又在去家——在鼓楼对侧——途中，途经马路的拐角处，看到一个男子躺在地上，他的头上和手上同样被烧得焦黑。一看便知道他是挣扎着爬出来， 到了这里后才死去的。真是难以置信的暴行！”（前引书2，第三十八页）火刑的方法是残酷的：以五至十人为一组，被紧紧地捆绑在一起，然后把这些人投入在熊熊燃烧中的院子里。这是日本军对十二月二十五日从金陵大学收容所里带出来的一部分中国便衣兵的处置方法，是前面已介绍的该大学教授贝茨博士的报告中所谈到的。
关于这种火刑以及其他暴行，新岛淳良也于一九六七年在南京曾听说过，他记录如下：
屠杀的方法是各种各样的。在西边的汉中门附近，出现了活埋的情况。
把几万人分几次埋于土中，使他们窒息而死。当时幸存的伍长德，后来站在东京审判的证人席上。在市中心繁华的马路上，约有一千个人排成一行，被点火焚烧。对逃走的人，就地枪决。在市中心，即现在的人民广场一带（鼓楼下面），许多青年被吊在电线杆上，火从下面烧上来，把他们活活烧死。还有许多青年被剥得精光，给浇上硝酸、硫酸后死去（《夺走三十万人生命的“南京事件”》，载《东风新闻》，一九六七年七月三日。关于在汉中门附近的活埋情况，参照本书第五十九至六十页）。
一九七一年夏，访问南京的《朝日新闻》记者本多胜一也听到过下列可怕的事实：“在‘永利亚化工厂’，反对日本军强行带走人的工人，当场被剖开肚子，挖去心肝。据说，后来日本兵把心肝煮熟后吃掉了。”（《中国之旅》，岩波文库版，第二三一、二三四页）
这是日本军对俘虏施加暴行的方法，俘虏当中，有的似乎也被用来作人体实验的。提交远东国际军事审判的。南京地方法院检察处敌人罪行调查报告》，对此情况介绍说：“敌多摩部队将我被俘的人带到医药试验室，把各种有毒细菌注入他们体内，对其所发生的变化进行实验。该部队在极保密的机场内进行这种试验，因而不知道确切的死亡人数。牺牲犬猫来进行药物实验，这对于富有同情心的人来说已是于心不忍，何况把我俘虏同胞供实验用，这种做法实是视俘虏连犬猫都不如。真是可悲之极” （《远速》，五十八号，载洞富雄编前引资料1，第一四四页）。对于这种情况，是有人作证的，新岛淳良根据当时曾在日本军的俘虏收容所里被役使的谢金龙这个人提供的证词，他介绍了这样一个事实：“在俘虏收容所所长森田中尉的指挥下，有一百个俘虏死于细菌试验。”（前引《夺走三十万人生命的“南京事件”》）
正当校对本书时，出版了《同细菌战部采取自决行动的两位医学工作者》（常石敬一、朝野富三合著，一九八二年十一月，新潮社）这本关于“多摩部队”的书。此书认为，“多摩部队”是个通称，陆军给它起了个隐秘的称呼，叫“荣一六四四部队”。该部队成立于昭和十四年四月十八日，创始人也是臭名远扬的“七三一部队”的石井四郎（第一七九页）。
前面已经说过，南京地区西部警备司令官、第十六师团第三十旅团长佐佐木到一少将于十二月二十四日开始进行查问工作，但查问会议于翌年一月五日停开，佐佐木就这将近半个月时间所取得的“成果”说：“到今天为止，从城内清除了残兵败卒两千名左右，收容在旧外交部里。”接着，他还说：“在外面，把牧师手里的中国伤兵当作俘虏收容起来，还陆续逮捕了在城外近郊继续进行不法行为的散兵。在下关处置了数千人。”（《一个军人的自传》，增订版，第三三四至三三五页）
在下关处决的是数千名游击队员（？），虽说有两千名“便衣兵”收容在旧外交部里，但这些“便衣兵”的实际命运又如何呢？
如前所述，佐佐木少将在一月五日停开了查问会，但好像隔了两天，七日又恢复开会。在贝茨博士的手记中这样写着：“他准备接受登记。我认为，一月七日正在大学内恢复进行公开登记时，宪兵从走在宪兵们前面的许多男子中强行拉走了一百个人左右，其中就有他。可见，在这个星期内，实际进行工作的军官们，奉命每天强行拉走许多男子。如果他们不这样做，似乎认为是未能满足上级的要求（先前提出要当过兵的人去自首的做法，实际已经停止，那是不言而喻的，登记的做法也与最初时大为不同）。”（洞富雄编前引资料集2，第四十七页）
对散兵的搜捕是进行得很彻底的。但尽管如此，不少中国军队的官兵好容易才幸免于难，成为控告日本军暴行的活着的证人。写了《南京大屠杀》一书（一九七九年出版）的在台湾的郭岐将军也是其中的一个。
疯狂屠杀
前面叙述的是日本军通过搜捕散兵对中国军民进行集体屠杀的事实，但他们除这种奉上级的命令犯下的暴行外，还主要在占领南京后不久；在整个南京市区胆敢对普通老百姓进行疯狂屠杀，美国大使馆的埃斯皮领事在报告中就这一事实说：
除由日本军负责驱逐前中国军人和对他们执行死刑外，日本兵以两、三人或两、三人以上为一小组，在全市自由巡逻。这些兵杀人、强奸或掠夺，引起了城市里莫大的恐慌。这些兵为所欲为，什么事都干得出来，他响是否得到了空白委任状，抑或日本军在南京入城后，完全不受管制？对此毫无充分说明。我们听说，最高指挥官至少发出了两项命令，这就是：命令对官兵加以管制，又严格命令军队在入城前切勿烧毁财产。
但就实际情况说来，几千几万个日本兵聚集于全市，犯下了荒谬绝伦的掠夺和残暴行为。据外侨目击者说，士兵们像一群野人，放任自流，糟蹋了城市。全市无数男女和儿童被杀。据说，日本军枪杀或用刺刀杀戮一般老百姓，却丝毫没有明确的理由，这种情况很多（《远速》，五十九号，载前引书1，第一五三页）
由一个日本兵或几个日本兵集体屠杀南京市民的种种例子，人们记忆犹新，试以安全区国际委员会每天向日本大使馆提出的、关于日本军暴行事件的报告来说，它曾对日本军在安全区自入城后到二十日为止的一周时间内所发生的屠杀事件作了调查。杀伤等事件的总数达一百三十四起（报告中列举的事件，编号为一百零五起，但其中很多在一起内包括两起事件），内杀伤十八起，掠夺五十一起，强奸（很多情况是一起强奸数人， 或进行轮奸）五十一起，强行拉走十四起（前引书2，第一○三至一一○页，第一六七至一七三页）。杀伤十八起，这个数字不大，但这类事件竟然会发生在治安情况还比较好的安全区内，安全区外的情况与这里相差就更远了。
总数一百三十四起是个很大的数字，但在整个安全区，最初一周内所发生的日本兵暴行事件，自然不止这一些。在该报告中也说，另外还有接到通知和目睹的情况，但没有时间去查实，没有工夫记录下来（前引书2，第一六七至一六八页）。
另外，安全区范围相当大，仅外侨委员和中国职员决不可能了解暴行事件的全部情况，这一点十分重要。也像见茨博士所说的那样，被害者担心报复，或出于耻辱感，他们不少人把事件隐瞒起来。
《纽约时报》记者德丁在十五日前留在南京，他对日本兵屠杀人民的情况作了这样的报道：“一般市民，不问男女老少都被日本军枪杀。消防人员和警官都成了日本军的牺牲品。日本兵一走近，如出之于恐惧心理而逃跑的，就有被枪杀的危险。在日本军加强市内管制时期，凡外侨巡视市内所到之处，连日来看到了一般市民死亡的情况。时常见到有老人趴在马路上，很明显，他们个个都是被日本兵凭一时高兴而从背后开枪击毙的。”（前引书2，第二九二页）
这里，作为这种疯狂屠杀的一个例子，从安全区国际委员会的报告中摘录介绍第一起事件如下：
十二月十五日，安全区卫生委员会第二区有六名清道夫，在他们鼓楼的家中被日本兵杀害，一名被刺刀戳伤。他们都是无缘无故遭到杀害的。
他们是我们的雇员。日本兵侵入了他们的家里（前引书2，第一○四页）。
本多胜一也在他的《中国之旅》中，记述了几起这类事件，希能一看（岩波文库版，第二三八至二四一页，第二五二至二六○页）。
被杀伤的男子，他们大都是试图保护妇女和他们的家属。下面举一个例子。
对妇女的暴行
国际委员会每天向日本大使馆提出的关于日本军暴行的报告，多半是关于强奸事件的具体事例。其中一部分提到了发生在“南京安全区的情况”，在此作一介绍。另外在《后记》中也揭露了“安全区的接收情况”以及其他事例，这里仅举两、三起。对妇女的暴行事件，希参看本节的《概况》中所援引的贝茨博士以及其他人的证词。
马吉牧师在远东国际军事审判法庭上，对日本军在占领南京后对妇女和儿童所犯下的残暴行为，就提出的讯问，作证答覆说：
那与刚才所说的情况一样，即情况极为可怕，简直令人难以置信。到处发生强奸事件，许多妇女和儿童被杀。如果妇女拒绝受辱进行反抗，那就会立即遭到杀害。我拍下了这种情况的照片和影片。从中看到，妇女的头被斩或全身被刺……如果妇女的丈夫想要搭救他什1的妻子， 她们的丈夫亦会被杀害……我们外侨感到最困难的问题，是无法阻止日本兵带走男子，可是阻止了日本兵到处强奸妇女的材为（《远速》，四十八号，载洞富雄编前引资料集1，第九十一至九十三页）。
在远东国际军事审判法庭上，贝茨博士又就当时情况作证如下：
在这安全地带的委员会提出的报告以及自己的调查中写着，在南京大学里的三万名难民中，发生了数百起强奸事件。其正确而详细的情况，已作为整个报告交给了日本军官。日本军占领南京后一个月，国际委员会主席“拉贝”向“德国官员”提出报告说，相信至少有两万人被强奸。前不久，我曾保守地估计，仅根据国际委员会提出的报告，强奸事件估计达八千起。日本兵成群结队，几乎每天每晚到处在马路上游荡，特别是在安全地带内转来转去。当时，大多数市民住在安全起带内，约有十五至二十个士兵结为一伙，他们为了寻找妇女进行强奸，到处乱窜。日本兵还侵入了老百姓的家中。我清楚地记得发生过两起事件，我几乎险些为此丧生。日本军官也参与了这些发生在大学里的强奸事件。这种事情有时在夜里发生，而多数又是在白天发生，不少是在路旁进行的。在南京神学院内，我的朋友看到十七个日本兵轮奸了一位中国妇女。这里，不特别去谈论与这类强奸有关的发疯似的或残暴的事件，但要附带一提的是，就是在大学内，连九岁的女孩和七十六岁的老婆婆也被强奸（《远速》，三十六号，载前引书1，第五十至五十一页）。
贝茨博士谈到的关于拉贝主席提出的报告，是前面已作了介绍的、一月十四日给德国驻上海总领事的信，信中就强奸妇女和屠杀普通老百姓的情况写道：“日本军当局对其所属部队发出的命令，似乎明显不起作用。部队在占领南京后数周时间内，在市区进行掠夺，强奸了约两万名妇女，用残酷的手段杀害了数千名无辜市民……被枪杀后的尸体尚躺在市区马路上，不许掩埋（其原因不明）。”（《远速》，五十九号，载前引书1，第一六六页）
在这封信中，谈到了关于不许掩埋尸体一事，这意思可能是指禁止一般市民去掩埋尸体。实际上，红卍字会和崇善堂两慈善团体从十二月中旬开始，着手进行了大量的尸体掩埋工作。
日本军入城后一星期，鼓楼医院的麦卡勒姆牧师在十二月十九日的日记（远东国际军事审判时的宣誓口述〔检证二四六九〕）中这样记着：
一星期已经过去，那是今世的地狱，讲起来令人胆寒。——我不知道从何讲起，从何结束。迄今为止，我一次也没有听到过和看到过如此残忍的事件。强奸——强奸——又强奸——一个晚上多达一千起，白天发生这类事件也很多。假如有人表示抵抗或稍不同意，日本兵就对她们或用刺刀戳杀，或开枪打死。这种情况，我们一天可以写上数百件。民众得了歇斯底里插（《远速》，五十八号，载前引书1，第—一七页）。
慈善团体红卍字会副会长、安全区国际委员会委员许传音也在远东国际军事审判时出庭，就日本兵对玩弄妇女所采取的行为作证说：“这在文明的世界上，是连做梦也未能想到的，达到了令人难以置信的程度……”（《远速》，三十五号，载前引书1，第二十七页）
日本兵对妇女所犯下的暴行，有时似乎是恶魔般地残暴。对此，《南京地方法院检察处敌人罪行调查报告》作为检察方面的证据（一七○六），曾在远东国际军事审判时被提出，其中这样说：
从一般青年妇女到六、�