，俱无限制。外之豪强兼并，赋役不均，花分诡寄，恃顽不纳田粮，偏累小民。内之官府造作，侵欺冒破，奸徒罔利，有名无实。各衙门在官钱粮，漫无稽查，假公济私，官吏滋弊，凡此皆耗财病民之大者，若求其害财者而去之，则亦何必索之于穷困之民，以自耗天下之元气乎？”
居正二十五岁有《论时政疏》；上《陈六事疏》的时候，他已经四十四岁了。二十年的当中，固然有许多前后一贯的地方，但是二十年的经验，在他底主张里，发生不可磨灭的变化。他底议论，已经摆脱少年文士底习气，一切扼着要点，他所陈的六事，我们不妨分为两大项：第一是论政本，第二是论急务。
第一条到第四条是论政本。他希望穆宗有主张，有决断，一切的诏令要实现，一切的政策要贯彻，一切的议论要控制。用现代的术语，他希望穆宗实行独裁政治。不明白君主政治底内容的人，也许以为君主政治都是独裁的，其实这是观念的错误。君主政治只能加强独裁的地位，不一定是独裁政治。在一个优柔寡断的君主手里，整个的政局，常有多头政治的倾向，这不是独裁。居正底主张，是希望穆宗独裁。振纪纲，崇诏令两条，增进君主的地位；省议论一条，取缔一般的言论；核名实一条，完成独裁的机构。独裁，独裁，惟有独裁，才是居正底理想。他歌颂成汤，歌颂秦始皇，歌颂明太祖。他曾说过：三代至秦，浑沌之再辟者也，其创制立法，至今守之以为利。史称其得圣人之威。使始皇有贤子，守其法而益振之，积至数十年，继宗世族，变夷已尽，老师宿儒，闻见悉去，民之复起者，皆改心易虑，以听上之令，即有刘项百辈，何能为哉！惜乎扶苏仁懦，胡亥稚蒙，奸宄内发，六国余孽尚存，因天下之怨而以秦为招，再传而蹙，此始皇之不幸也。假令扶苏不死继立，必取始皇之法纷更之，以求复三代之旧，至于国势微弱，强宗复起，亦必乱亡。后世儒者，苟见扶苏之谏焚书坑儒，遂以为贤，而不知乱秦者扶苏也。高皇帝以神武定天下，其治主于威强，前代繁文苛礼，乱政弊习，刬削殆尽，其所芟除夷灭，秦法不严于此矣。又浑沌之再辟也。懿文仁柔，建文误用齐、黄诸人，踵衰宋之陋习，日取高皇帝约束纷更之，亦秦之扶苏也。建文不早自败，亦必亡国。幸赖成祖神武，起而振之。历仁、宣、英、宪、孝，皆以刚明英断，总揽乾纲，独运威福，兢兢守高皇帝之法，不敢失坠，故人心大定，而势有常尊。至于世庙，承正德群奸乱政之后，又用威以振之，恢皇纲，饬法纪，而国家神气，为之再扬。盖人心久则难变，法之行，不可虑始，即有不便于人者，彼久而习之，长而安焉，亦自无不宜矣。三代惟商之规模法度，最为整肃，成汤、伊尹，以圣哲勇智，创造基业，其后贤圣之君六七作，故国势常强，纣虽无道，而周取之甚难。以文、武、周公之圣，世历三纪，始得帖然顺服，盖天下之归殷久矣。余尝谓本朝立国规模，大略似商，周以下远不及也。列圣相承，纲维丕振，虽历年二百有余，累经大故，而海内人心，晏然不摇，斯用威之效也。腐儒不达时变，动称三代云云，及言“革除”事，以非议我二祖法令者，皆宋时奸臣卖国之余习。老儒臭腐之迂谈，必不可用也。（文集十一《杂著》）
《杂著》不知是哪一年度著作，从太祖洪武元年，到穆宗隆庆元年，恰恰二百年，所以这一段是隆庆二年以后写的了，或许是和《陈六事疏》同时或略后。在这一段时间里，居正希望穆宗做成汤，他自己也准备做伊尹。但是居正底《陈六事疏》，和《论政事疏》一样，没有达到应有的希望。事情再简单没有，穆宗不是成汤，不是秦始皇，不是明太祖、成祖，连带不是世宗，他只是一个宽厚的君主，谈不上“总揽乾纲，独运威福”。当然，居正显然地憧憬到景帝任用于谦的故事。那时只要有一个负责的大臣，国家一样地可以转危为安，但是隆庆二年，整个的国家，在粉饰太平的当中，皇帝对于居正，未必象景帝那样的信任，而且内阁还有李春芳、陈以勤这几位大臣，一切的大权也轮不到居正。等待，等待，居正还得等待。他所得的只有朱批“览卿奏，俱深切时务，具见谋国忠恳，该部、院看议行”二十个字。
成效不能说是没有的。都御史王廷复振纪纲，重诏令二事，分为八条。户部尚书马森议固邦本事，言财用之当经理者十条。兵部尚书霍冀议饬武备事，一议兵，二议将，三议团练乡兵，四议守城堡，五议整饬京营；又奏请亲临大阅。一切都是空文。
但是毕竟还有一些成绩，这便是省议论。隆庆二年八月以后，议论少得多了。居正自己屡次说过：近来士习人情，似觉稍异于昔，浮议渐省，实意渐孚。鄙人疏发其端，而太宰公力助之。太平之休，庶几可望，但不知后来何如耳。（书牍一《答中丞梁鸣泉》）
近来士习人情，似觉稍异于昔。李石翁宽和沈静，斡握机衡，仆亦竭其芬钝，以共相疏附，诗所谓“伯氏吹埙，仲氏吹篪”者，或庶几焉。（同卷《答御史顾公曰唯》）
近来士习人情，纪纲法度，似觉稍异于昔，实自小疏发之，然忌我者，亦自此始矣。念既已深荷重任，义当直道正言，期上不负天子，下不负所学，遑恤其他。（同卷《答奉常罗月岩》）
太宰指吏部尚书杨博，李石翁即李春芳，字石麓。本来从嘉靖末年起，内阁里面，种下斗争的种子，许多议论发生了，“或一事而甲可乙否，或一人而朝由暮跖”，这是事实。现在高拱去了，徐阶去了，吏部尚书有老成练达的杨博，内阁首辅有宽和沈静的李春芳。一切的风波平定下来。不过这只是暂时的停止，到隆庆三年的秋天，风波又起，以后波涛汹涌，直到隆庆六年的秋天。隆庆四年，居正曾说：“声容盛而武备衰，议论多而成功少，宋之所以不竞也，不图今日，复见此事。仆不度德量力，欲一起而振之，而力不从心，动见龃龉，茹堇怀冰，有难以言控者，唯当鞠躬尽瘁，以答主知而已。其济与否，诚不可逆睹也。”（书牍二《答藩伯施恒斋》）居正当日的处境，我们由此可以想象。
李春芳、陈以勤这几位大学士，只是太平的宰相，在动乱底当中，他们谈不到干济。相传徐阶致仕以后，春芳长叹一声：“徐公致仕了，我说不到久留，只有早晚也去，”他说。
“只有这样，才可保全令名，”居正接下说。
据说因此春芳连上三疏，请求致仕。（《明史》卷一九三《李春芳传》）事情也许不一定如此。但是居正对于当时的朝政，委实十分地忧虑。后来他也说“窃见嘉、隆以来，纪纲颓坠，法度陵夷，骎骎宋、元之弊。”（书牍十《答司空雷古和叙知己》）他真不料到在这个困难中，“一起而振”的抱负只存在自己底腔子里。当他看到这几位雍容进退的大臣时，他会想起孔子底议论：“危而不持，颠而不扶，则将焉用彼相矣。”孔子不是过激，他只觉得处在有责任的地位，应当把责任切实负起来。孔子又曾经提起质问：“虎兕出于柙，龟玉毁于椟中，是谁之过与？”居正当然记得《朱嘉《集注》“典守者不得辞其过。”猛兽从笼子里出来，宝贝在柜子里毁掉，这都是负责任者底罪过。居正慨然地感觉到一切都是自己的责任。“鞠躬尽瘁，死而后已”，居正自己看得很明白。
当时第一重责任，便是国防。明朝底制度，完全是战时体制，国家底政治中心，放在第一道战线上，永远脱离不了战争底威胁；忧国的大臣，当然也抱定国防第一的方略。万历三年，北边的大局，已经渐渐地稳定，居正还说“仆内奉宸扆，外忧边境，一日之内，神驰九塞，盖不啻一再至而已。”（书牍七《答吴环洲沦边臣任事》）那么在隆庆初元，他对于边境的优虑，当然更可知。他底方针，是先行整理边防的布置，随时再作出击的计划。
从明朝初年直到张居正时代，最大的敌人只是北方的鞑靼。明朝对外的策略，第一是修筑北方的边墙，这是有名的万里长城，当时的国防工事。在长城以内设有九镇：辽东、蓟州、宣府、大同、榆林、宁夏、甘肃、太原、固原。用现在的术语，便是九个军区，居正所谓“神游九塞”者指此。河套一带，敌人底势力比较地薄弱，因此西部四镇不十分吃重，太原在内长城以内，也还安定。吃紧的是辽东、蓟州、宣化、大同四镇。嘉靖二十九年，设总督蓟辽、保定等处军务一员，总督宣大、山西等处军务一员，简称蓟辽总督，宣大总督。这是北京的左、右两翼，拱卫国家底中心。兵部左、右侍郎出为蓟辽总督、宣大总督；总督入京，便是兵部尚书；有时特任兵部尚书，出为总督。从一切的体制里，都看出对于蓟辽、宣大的重视，四镇之中，最吃紧的还是蓟州。
最初，辽东还没有受到外来底威胁以前，这里距离鞑靼的中心还远，所以不十分吃紧，宣化、大同外面，也有山险可守，所以最危险的还是蓟州。自从放弃三卫以后，北京东北直至山海关，中国和鞑靼的交界，只剩一条边墙，敌人可以随时从喜峰口、黄崖口、古北口入境。等到敌人入境以后，他们可以随时包围北京，蓟辽总督只能在外线挣扎。情势真是最危险了，所以隆庆五年，蓟辽总督刘应节上言“以今上计，发精兵二十余万，恢复大宁，控制外边，俾畿辅肩臂益厚，宣、辽声援相通，国有重关，庭无近寇，此万年之利也。如其不然，集兵三十万，分屯列成，使首尾相应，此百年之利也。又不然，则选主客兵十七万，训练有成，不必仰借邻镇，亦目前苟安之计。”应节三计，上策是战略的大成功，恢复大宁以后，东北的国防线缩短，东西声息相通，北京的外围，增加几重的保障。但是自从成祖放弃大宁，整个的明朝就没有恢复三卫的决心。于是一切的重心，落到蓟州。
嘉靖年间，杨博早看到蓟州底重要；三十八年杨博上疏：“今九边蓟镇为重，请饬边臣逐大同寇，使不得近蓟，宣大诸将从独石侦情形，预备黄花、古北诸要害，使一骑不得入关，即首功也。”他看定当时没有大举进攻的可能，所以他主张坚守。隆庆五年，杨博再起，任兵部尚书的时候，他说：“议者以守墙为怯，言可听，实无实效。墙外邀击，害七利三，墙内格斗，利一害九。夫因墙守，所谓‘先处战地而待敌’，名守实战也。臣为总督，尝拒打来孙十万众，以为当守墙无疑。”他和刘应节底议论，都是隆庆五年的议论。那时蓟州已经有一番布置，中国和鞑靼，也暂时维持和平的局势。
隆庆元年九月，俺答寇大同，陷石州，掠交城、文水、烽火照遍山西底中部。同时土蛮进犯蓟镇，掠昌黎、卢龙，直至滦河。整个的北京又陷入战争的恐慌中，直到十月，才能解严。穆宗下诏群臣议战守事宜。居正《陈六事疏》所称“众言盈庭，群策毕举”者指此。这时吴时来已自横州回朝，进工科给事中了；时来上疏荐谭纶、俞大猷、戚继光：他主张用这三位讨破倭寇的大将，练兵蓟州，抵抗北方的敌人。一则时来是徐阶的门生，二则谭纶等也是当日第一等的人材，这个主张终于实现了。谭纶本来总督两广军务，立即召回为兵部左侍郎兼右佥都御史，总督蓟辽、保定军务。大猷老了，仍旧驻扎广西，为广西总兵官，没有动。继光召为神机营副将，隆庆二年五月，奉令总理蓟州、昌平、保定三镇练兵事，总兵官以下，悉受节制。从此谭纶、戚继光都到北边练兵，居正也和他们结下深切的关系。隆庆六年，居正当国，谭纶人为兵部尚书，直到万历五年四月病殁为止；继光镇守蓟州十六年，也直待居正病殁以后，方才调往广东。
谭纶就任蓟辽总督以后，第一着便是练兵，疏称：
蓟昌卒不满十万而老弱居半，分属诸将，散二千里间，敌聚攻，我分守，众寡强弱不侔，故言者亟请练兵，然四难不去，兵终不可练。夫敌之长技在骑，非召募三万人勤习车战，不足以制敌，计三万人月饷五十四万，此一难也。燕赵之士锐气尽于防边，非募吴越习战卒万二千人杂教之，事必无成。臣与继光召之可立至，议者以为不可信，任之不专，此二难也。军事尚严，而燕赵士素骄，骤见军法，必大震骇，且去京师近，流言易生，徒令忠智之士掣肘废功，更酿他患，此三难也。我兵素未当敌，战而胜之，彼不心服，能再破乃终身创，而忌嫉易生，欲再举祸已先至，此四难也。以今之计，请调蓟镇、真定、大名、井陉，及督、抚标兵三万，分为三营，令总兵、参、游分将之，而授继光以总理练兵之职。春秋两防，三营兵各移近边，至则遏之边外，入则决死边内，二者不效，臣无所逃罪。又练兵非旦夕可期，今秋防已近，请速调浙兵三千，以济缓急，三年后边军既练，遣还。
一切的计划都照准，一切的困难都解决，在内阁中主持的全是居正。继光到镇以后上疏备言练兵之害七，土卒不练之失六，虽练无益之弊四。继光又言“臣官为创设，诸将视臣为缀疣，臣安从展布？”“缀疣”委实是“缀疣”，有了蓟州、昌平、保定三个总兵，又有成继光底总理。总理只能练兵三万，名为总兵官受其节制，其实三镇额兵十余万，总理无从节制。所以继光底地位，正是非常困难。在困难当中，兵部尚书霍冀想到解决的方法。
假如我们认识明代的政治，我们不妨认为当时的政治中心组织，完全是二元制。中叶以后，内阁底地位，渐渐地形成为政治中心，但是名义上只是皇帝底秘书处，大学士底责任，在名义上，至多只能“票拟”，他们对于六部，在名义上，也谈不到统制。用人的大权，在吏部尚书手里，国防的大权，在兵部尚书手里，因此吏、兵二部，在六部中的地位特高。吏、兵两部尚书底实权，有时在大学士之上：景帝的时候，