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此时，传来了张国梁反水夺取郴州的消息。由于郴州最开始是由张国梁反正夺取，随后共和军进入封锁消息，所以肃顺和曾国藩一开始并不知道共和出兵北伐。
“我早就看出来，张国梁脑后有反骨，一直没有重用他，没让他带兵。可是向军门却看重此人，让他坐镇郴州要地。”曾国藩说道。
“曾观察，这话怎么说？我们哪还有兵力去防守南边的匪共。让张国梁去防守北边的会党，也是事急从权嘛。”向荣为自己辩解。
“好啦！”肃顺不耐烦的一拍桌子，“你们湖南人有什么恩怨我不管，现在该怎么办？向军门，你要回师平叛么？”
“万万不可，”曾国藩阻止说，“发匪覆灭，就在眼前，张国梁跳梁小丑尔。反掌可灭。我们当集结重兵，全力一击，灭杀洪杨之辈。”
“曾观察所言，正合我意。发匪之强，犹在水师。九江城在陆路，被我神机军重重包围。但只要发匪还能通过水路自由出入，这九江城可难打啊。”
向荣心说：“都是你不肯将神机军用来攻城巷战，九江之战，才拖延至今。”但嘴上却说：“是啊，是啊，水师，那还有劳曾道台。”
“曾某责无旁贷！”曾国藩自从将发匪逼出湖南后，意气风发，“九江水势，首在鄱阳湖口，只要卡住了湖口，发匪就被斩为两段。”
在太平军方面，林启容一直主持九江城防务，他在城外用糯米稀饭混沙土筑垒，设炮台3座，架设重炮，附城处停泊大战船6只，杂船1｝余只。后又从湖口调来战船70余号，扼守江面，对江之小池口亦设3座炮台，立营3座。江心沙洲营盘一座，高建望楼，密排炮位。洲尾设巨排，横亘数十丈，拦截江面，上环木城，安炮两层，以大战船数只、杂船百余只护卫之。
从安庆方向撤回的林凤祥、李开芳的殿前部奉命收缩战线，集中兵力于宿松一带，修整补给，以牵制湖北清军东犯，构成九江会战的一支较大的机动兵力。
罗大纲亲自驻防湖口，在城外狮子山立营数座，韦志俊在对岸梅家洲上扎营2座，以木城炮台，紧相依护。在两岸还修筑地道可藏人放炮，轰击敌军。
1844年6月15日，湘军水陆会合，再次进犯九江。太平军军由西门出动数百人，袭击江中湘军水师。杨载福督勇200余人上岸，烧毁龙开河木城1座。彭玉麟率水师主力驶犯湖口，太平军水师仓碎应战，被湘军在扁担夹洲边烧毁大小船只40余号。湘军水师遂分泊鄱阳湖口内及口外之梅家洲、八里江等处，以图进犯湖口，策应陆师进攻九江。
6月26日，神机军军由上游瑟琶亭渡江，于次日驻扎九江城南门外。
但肃顺只命令湘军强攻，而让神机军本部在后督战。
同日，江忠源之弟江忠济带勇2000人抵九江，分扎要隘。28日，罗泽南军从下游水港渡江，以期与神机军军上下夹击。九江守军在林启容指挥下，乘敌半渡，突然冲出数千人分路玫击。罗泽南急督李续宾、李元度等抗拒，激战一时。
罗泽南率部暂避锋芒，被神机军督战队以为败逃，用排枪打死打伤近百人，罗泽南亦被击伤。曾国藩向肃顺申诉，肃顺不理。
林启荣部退回城里，湘军扎营白水港。由于林启容突袭，湘军“帐房均未渡毕，夜间风雨交加，多露立于风寒泥淖之中”。
7月2日开始，塔齐布与江忠济两军进攻九江西门，直逼太平军营垒，林启容督军放炮，湘军“伤亡甚多”，三次进攻皆被击退。
14日，林启容指挥守军四五千人，分股出城，攻击塔奇布军。敌军不支，神机军军来援。野战中大破点检黄善云。太平军城东北守军也出战不利，退回城里，城西守军猛攻向荣清军营盘，相持良久。此后数日，九江守军闭城坚拒，不复出城作战。
肃顺暂停攻势，在城外连营2O余座，坐困九江守军，等待湘军水师在湖口的战况。曾国藩前往湖口督战。这时，肃顺和得到了共和军进攻湖南的消息。肃顺刚毅果决，压下消息，希望毕其功于一役，解决发匪，再战匪共。
就在前一天，1844年7月13日，湘军水师进抵湖口之八里江一带，但太平军早已森严壁垒。14日，杨载福等焚烧西征军船只30余艘，派舶板船进攻内湖，被守军水陆配合击退。次日，双方再战，不分胜负。
夜，西征军在南岸添筑土城2座，洲尾添筑土城1座，又开挖地窖，用以藏人放炮，欲在两岸夹击湘军。
16日，杨载福率200人沿大江南岸摧毁守军3座新营。次日，罗大纲探知鄱阳湖口左右两营欲降清军，立即将其撤往城外防线后方，消饵了一次叛降活动。
7月19日，夜二更后，罗大纲从上游用小船百余号，“或二三只一联，或五只一联，堆积柴草，实以硝药，灌以膏油，分十余起，纵火下放，炮船随之，两岸出队千余人，呼声鼎沸，兼放火箭火球”，火攻湘军船只。“火光冲天，炮声雷动”，但敌军已有防备，杨载福等驾驶灿板迎击，秦国禄等将已燃之船用篙撑人中流，使其溜下，挫败了罗大纲的火攻计划。
7月24日，彭玉麟督率水师特务龙舟团攻击鄙阳湖口木牌，木牌守军与岸上守军协力防御，敌军不顾伤亡，疯狂进攻，木牌终被击中，药箱爆炸燃烧，“声若山颓”，但守军仍誓死抵抗，“开炮不绝”，“直待全牌火漫，望楼倾倒，始自投烈焰”，二百五六十名将士与木牌归于尽。是役湘军水师亦伤亡400余人之多。
同日，湘军分东、中、西三路进犯梅家洲。韦志俊令将士凭墙施放枪炮，封锁湘军进攻线。敌军以水泼地雷，然后，从竹签木桩中逾沟而入，守军誓死抵抗，斩杀敌军硝长叶楚南、杨玉芳、姜凌浩等，击退攻势。
湘军决意攻陷梅家洲，7月29日，江忠源督率兵勇再次进攻，“负布袋囊土人持炮”，直扑守军营垒，有数十亡命徒越墙而入，因“抛掷火包，误伤同人”，惊溃退出。当天夜里，罗大纲水师夜袭湘军。之后，不时乘夜袭扰、出击，敌军苦不堪言。
平等王杨秀清亲临湖口，太平军趁热打铁，连续进攻，痛击九江湘军水师。
8月2日深夜，杨秀清令九江与小池口守军各出动小划数十只，上载于柴、膏油、硝磺进人长江，乘月黑无光、天色迷漫之际，潜人敌船之间，以火弹喷筒袭击敌船。数十只小划围攻曾国藩座船，击毙管驾、监印官典史潘兆奎、文生葛荣册。混乱之中，曾国藩“急掉小舟驶人罗泽南营”，算是保住性命。但他的家书、奏章、地图，甚至接奏的上谕都被太平军缴获。湘军水师几乎解体，座船破失，“人人惶愕，各船纷纷上驶。自九江以上之隆坪、武穴、田家镇直至薪州，处处皆有（逃亡）战船，且有弃船而逃者。粮台各所之船水手尽行逃窜”，曾国藩对此“殊难为怀”，凶焰陡降，颜面丢尽。
肃顺倒是大方的邀请曾国藩到营中议事，让彭玉麟配合神机军进攻九江，正在这时，穆荫的告急文书送到，共和军已到武昌城下。
17各奔东西
“大帅！你为何压下匪共进攻湖南的消息？”曾国藩发难。
“放肆。”肃顺何惧一个小小兵备道，“就让你带着你的抬枪火铳回去湖南，你打得过匪共吗？三分的时候，关羽水淹七军，得到荆州失陷的消息，马上全军溃散，你曾国藩比武圣人还强？”
“旗人不学，尽拿三分说事。”曾国藩腹诽着，却不敢说出来。
肃顺继续说道：“本钦差本来对湘军水师寄予厚望，希望在湖口毕其功于一役。谁知道湘军水师中看不中用啊。要不然，何必前后两不相顾。”
江忠源打圆场，岔开话题：“大帅，当下该当如何？”
“九江之战，诸位以为何时才能结束啊？”
众人面面相觑。
“哎，朝廷对诸位寄以厚望，我刚刚上表，保举曾国藩为江西巡抚，塔奇布为湖南提督，江忠源为江西按察使，罗泽南等人也各有封赏。”给了个甜枣之后，肃顺说道：“向荣部，曾国藩部围住九江，江忠源随本帅回援武昌。”
大军调动，也不是说走就走的。神机军让出屯位，湘军纷纷进驻，还要折腾时日。
就在这个时候，南昌的太平军全师北上了。
原来，太平军在六月中旬得到了共和军的确证消息，政策上发生了新的变动。
杨秀清，冯云山，柳叶飞等判断，湘军一定会回军守卫家乡，而神机军也是责无旁贷，只有他们的装备能和共和军相抗衡。所以，太平军所面对追兵很可能只剩下向荣一部。
洪秀全当初要留在南昌，一方面是要试试，有多少人会无条件的站在自己一边，另一方面，是连续遭受新式洋枪部队的打击，信心有所丧失。
现在神机军既然要回攻武昌，清军其他各部根本不被放在眼里，于是，太平王庭决定，严密观察战局，如果时机有利，立即突破湖口，走长江以及江南岸，东进江宁。
“惟兹建业，素号金陵，形势既美乎地轴，规模尤合乎夭堂。”
七月中旬时，共和军已经突破丁泗桥，贺胜桥，武昌在望。太平军得到这个消息，终于决定东进。于是，杨秀清亲临湖口，指挥了湖口会战，痛歼湘军水师。
湖口大捷后，太平军全师北上。清军新败，正在换防，又记挂着自己的后方，根本无心追击。太平军大队毫无风险的通过了湖口，直冲长江下游。到安庆之前的清军都被扫荡过，毫无阻碍，过安庆时，林凤祥带领一万精兵在城南看着，防备清兵冲出来。安庆城内的清兵若其无事的在城上看着，也不像要出城阻拦的样子。
“李转运，这样坐视不好吧？”蒋文庆还是有些看不下去。
李鸿章说：“蒋大人守住安庆有功，朝廷一定会嘉奖。安徽巡抚在望啊。还请大人向朝廷上表啊，这安庆没有水师，发匪往来驱驰，我这些光脚团丁是一点办法也没有啊。我李鸿章在城墙上痛哭流涕，要跳到江里去阻拦发匪。”
啊！蒋文庆一愣。
苗人凤接口说：“幸好我拼死抱住，好劝歹劝，才拦住李大人。蒋父母，我们联名上表吧，这安庆，甚至安徽全省，没水师就是不成啊。”
“唉，眼看发匪直取江宁，为人臣子，却不能为皇上分忧，我们真是心如刀绞。……”
太平军大队近十余万人，越过安庆，直逼芜湖。
早先，太平军在安庆受挫，转向南昌，芜湖守军就放松了防御。这一线没有刻意布防。
太平军到达芜湖江防的第一道防线在荻港，只有守军2000名。见籍屋数十间，卓立风中。大炮数尊，横卧江岸，兵士散处，嬉戏而已。哪有一点备战的影子！芜湖下游险要江隘东、西梁山，“‘江畔泊兵船二只，船身脆薄”。作为水路先锋的罗大纲一冲而过。
陆路的林凤祥等人稍慢，夺得池州给老营歇脚，随后林启荣带队撤离九江，留赖汉英最后断后。九江的湘军象征性的追击了一下，与赖汉英部互有损失，就脱离了接触。曾国藩上表，自陈光复九江，南昌的大功不提。
楚剑功此时已经坐在武昌城中，和一众将领听着钱水廷朗读的战役纪要。这一段纪要后来被记入《国内革命战争》中：
共和军势如破竹，所向无敌，特别是在湘鄂边区战略要地，击破了清军湖北提督博勒恭武主力部队后，乘胜猛追，进抵武昌城外。沿路俱是清廷的溃兵和流民。
清兵在湖南溃败以后，穆荫犹不甘心失败，带领四千镶白旗精兵防守武昌城。加上绿营和团练，守城兵力3万余众，配以充足军火，严密分守城防。各城垛口，均有老式大炮防守，并悬有灯火滚木，备有石灰砖块，以防我军爬城。蛇山及环城要点，均设置很多炮位，各单位还控制许多预备队，昼夜环城巡查，随时策应。穆荫自带队巡查，直将城防守如铁城。
武昌城垣广阔，计有武胜、通湘、文昌、中和、保安、宾阳等十三门。
攻城的共和军第一到第十八步兵营，第一到第五炮兵营围城。第二日穆荫率部开汉阳门逃走，渡江退往汉阳，北伐军先后均编有带云梯的敢死队，在猛烈枪炮火掩护下，云梯队爬城强攻武昌。先后由宾阳门、保安门等城外坡较低处攀登爬进，爬城最奋勇，前赴后继，被清兵炮兵杀伤数人。楚剑功亲临督战。第一次攻城时，参将兼任第一营游击司马电六身先士卒，带领第三连冲上武昌城头。随之用刺刀驱散守军。随后直取总督府。
总督府空无一人，只有新任湖广巡抚陆大澎上吊自杀，旁边留有镶白旗地区领袖穆荫七绝一首，赞叹陆大澎的忠义。
我军筹集渡船，准备过江解放汉阳，穆荫率部疾走，退往下游方向。
《跨越星辰——共和军发展史；第一部：地球战争时代；第一卷：国内革命战争；第二分卷：战史综述；第三章：北伐；第五节：攻克武昌（节选）》
楚剑功在占领了汉阳之后，立即颁布了一系列命令，让乐楚名带领第二十一营、第二十二营，以及炮兵第六营前往占领襄阳，就地组织对北防御。第二十四营前往宜昌实施占领，并准备对西防御。
随后，命令在新占领各地的驻军抽出士官的架子来，组成当地的锦衣卫。原有广州除原有的广州卫以外，也新设韶州，东江、西江、南路（雷州）、琼州五个卫。这些新的卫指挥使都是黄埔讲武堂的毕业生。中国人有很多重名，在黄埔毕业生中也有体现，仅仅王启年这个名字就有五个。
他们有的是广东本地商家子弟参军；有的是东北广宁府的马夫，有的是西北绿营的兼职兽医，他们俩在江宁收取溃兵时入营；有的淮南子弟，有的是杭州大户蓄养的家奴，浙东大捷后报名参军。
这些人，包括五个王启年，出身各不相同，投奔共和军的目的也不一样，但他们现在都被讲武堂和共和军这个大熔炉锻造，成为骨干。
马夫卫王启年为郴州卫指挥使，商家王启年为长沙卫指挥使，兽医王启年卫为岳州卫指挥使，淮南王启年为荆州卫指挥使，逃奴王启年为峡州（宜昌）卫指挥使……
王东陆为武汉（鄂州）卫指挥使。
楚剑功又命令�