这时，彭德怀等前方负责人不久可以回到延安。九月三十日和十月六日，中央书记处先后举行两次会议决定，中央的会议暂停，等他们到来再开为好，先进行高级干部的学习。总学委仍以毛泽东为主席，刘少奇、康生为副主席，胡乔木为秘书。
十月六日，毛泽东在这次延续一个月的政治局会议的最后一次会上作了关于学习党的路线的发言。他充分肯定了这次会议取得的成绩，并且说：整风学习的目的是打碎两个宗派，教条宗派是头，经验宗派是脚。“这些宗派并无组织系统，但有思想方法、政治路线为纲领。打的方法即是改造思想，以马列为武器，批判自己，批判别人。”教条宗派是经验宗派的灵魂，故克服前者，后者再加马列，事情就差不多了。要发展自觉性，也要适当地将军，内力外力合作，才会有成效。对时局问题，他说：今年国民党搞了第三次反共高潮，“我们的方针是后发制人，不为戎首”。国民党十一中全会和国民参政会骂了我们八个字：“破坏抗战，危害国家”，又拉了一下：“政治解决”。我们“从今天起，对国民党的揭露在《解放日报》一律停止，但阶级教育、反特务斗争继续进行”。（25）
毛泽东讲话后，刘少奇、朱德、周恩来相继发言。刘少奇着重谈党内斗争传统问题。他强调，首先要有自我批评的空气，特别是中央负责同志应该有这种精神准备，随时接受干部和群众的监督与批评；其次，批评只准明枪，不许暗箭，彼此挑拨也是不对的；第三，发言一律称同志，不称首长，以利争论的展开，党内历史有许多不清楚的，要组织几个报告，要留下些文件给后代。（26）从井冈山时期起就和毛泽东患难与共的朱德说，毛泽东是一个“有魄力、有能力，遇到困难总能想出办法”的人。有毛泽东领导，各方面都有发展。照毛泽东的方法办事，中国革命一定有把握胜利。我们这次学习，就要每人学一套本事，主要学好毛泽东办事的本事。（27）周恩来系统回顾了党的历史，分析了党成立以来几次出现路线错误的国际原因和社会根源。他说，在这几次错误中，王明的教条更完备，还有“国际”的帽子，又有米夫做后台，这样才在中央占了统治地位。（28）
作小结时，毛泽东又谈了两点意见：第一，团结问题。他说：我们是要团结的，但办法是要大家觉悟起来，犯路线错误的、犯个别错误的同志觉悟起来，弄清路线的是非，才能真正团结。真正要团结就要展开批评，掩盖分歧的人就是不要团结。第二，党内斗争的方法。他说：这次要避免党的历史上的错误斗争方法。“过去党内斗争没有解决思想问题”，“现在的斗争还是继续整风的精神，惩前毖后，治病救人”。（29）
批判王明的范围逐渐扩大。十月十四日，毛泽东在西北局高干会议上作报告，指出：我们党已经有二十二年三次革命的经验，不能再容许王明路线占领导地位了。他把抗战初期王明错误的特点概括为四条：一、以速胜论反对持久战；二、以一切经过统一战线反对独立自主；三、军事上反对游击战，主张运动战；四、组织上闹独立性，不服从中央。
这时，中共中央书记处从杨家岭迁往枣园，毛泽东的住所也迁到枣国。
枣园，位于延安城的西北面，原是陕北地方实力派高双成的庄园。毛泽东的住处在一座小院中，院内种了许多花草、树木，夏秋时节，花繁叶茂，香气袭人。院子东南角有个八角形的小凉亭。毛泽东工作之余，常到这里读书，看报。每逢过年过节，毛泽东常去看望枣园的乡亲们，并且为老人们祝寿。他称自己是“枣园的居民”。
从十一月十三日至二十七日，中共中央政治局继续举行会议，集中批判王明在十年内战期间和抗战初期的错误。十三日，毛泽东在会上发言，系统地回顾了六届四中全会以来党内斗争的历史，着重批判了王明、博古等：“他们顶着国际和马列招牌，欺骗全党，全党要从这个骗局中解放出来。如果没有很好的步骤和方法是很危险的。”遵义会议“只集中弄清军事路线，因为中央在长征中，军事领导是中心问题。当时军事领导的解决差不多等于政治路线的解决。组织上不久也取消了博古的中央书记而以洛甫代之，因为当时只有如此才能团结我们内部。”他又讲到：一九三七年十二月会议时，王明回国，进攻中央路线，“而我是孤立的。当时，我别的都承认，只有持久战、游击战、统战原则下的独立自主等原则问题，我是坚持到底的。”他强调：一定要学会使用分析的方法，分析具体问题。“综合是分析的结果，分析是综合的手段。统一的东西必须经过分析，发现问题，暴露问题，分析问题，才能有正确的结论。”他说：“教条宗派分化出来的人是应当欢迎的。遵义会议不是稼祥、洛甫分化出来是开不成的。他们二人不管过去怎样，但是做了对党有利的事。”他又说：“所有经验宗派的人，与教条宗派是有区别的，大多数是被欺骗的，不觉悟的。他们常常被教条宗派利用‘共产国际’、‘马恩列斯’的外衣和威逼利诱所蒙蔽，所迷惑。”他在结束发言时说：“我们的目的是揭发路线错误，又要保护同志，不要离开这个方向。”（30）
许多中央领导人在会上也回顾了党内斗争的历史，总结历史经验，并作了认真的自我批评。但王明始终没有到会，会后，李富春代表中共中央向他传达会议精神，并希望他认真考虑，作出检查。十二月一日，王明的妻子孟庆树代笔为王明写了致毛泽东和中共中央的信，表示一九四一年九月底十月初时同毛泽东讲的关于国共关系和中央抗战路线问题的那些意见都是错误的，“现在我再一次地向中央声明，我完全放弃我自己的那些意见”，“我愿意做一个毛主席的小学生，重新学起，改造自己的思想意识，纠正自己的教条宗派主义错误，克服自己的弱点”。（31）这些，其实都是假话。
十二月下旬，毛泽东为中共中央书记处起草了向一些中央局和中央分局发出的关于研究王明、博古宗派机会主义错误的指示，要求他们很慎重地组织这一研究，每一中央分局在所属地区组织一百到二百人左右的高级干部学习和研究两条路线的有关文件。毛泽东强调：“此种研究的性质是整风的深入与高级阶段，其目的是使干部提高认识与增进统一团结，并为将来讨论七大决议作思想准备。”
经过九月以来的紧张学习和对错误路线的深入批判，高级干部中对党的历史上的路线是非已能看清。但是，又出现一些新的偏向。有些过去受过错误打击的干部对那些犯了“左”倾错误的干部也进行过火斗争，使有些人在毫无思想准备的情况下被揪上台去交待问题，有的甚至被轰出会场，一度造成十分紧张的气氛。对党史中的一些重要问题还存在严重争议，主要是：王明、博古等属于党内问题还是党外问题？临时中央和五中全会是合法的还是非法的？怎样处理思想要弄清和结论要宽大的关系？对六大如何估价？党内的宗派是否还存在？对这些问题，毛泽东非常重视。历史经验告诉他，如果这些问题处理不好，还会重复过去犯过的错误，党内也不可能实现真正的团结与统一。
一九四四年二月二十四日，中央书记处会议就上述有争议的问题进行讨论。取得了一致意见。三月五日，毛泽东在政治局会议上谈了书记处会议讨论后的意见，明确地指出：一、党内党外问题。在去年党的路线学习中，有部分同志怀疑王明、博古同志是党外问题，现在确定是党内错误问题。二、合法与非法问题。过去有的同志认为临时中央和五中全会是非法的。现在查到临时中央有共产国际来电批准过，五中全会也经过国际批准，所以是合法的，但选举手续不完备。四中全会是合法的，但政治路线的内容是不好的。三、思想弄清与结论宽大问题。自整风以来，我们的方针就是“治病救人”。我们要强调产生错误的社会原因，不要强调个人责任。因此，组织结论可作宽大些。现在要宣传解释这个方针，使同志们了解实行这个方针的必要。思想要弄清，结论要宽大，对党才有利。对抗战时期的问题也许不在七大上作结论，七大只做四中全会至遵义会议这一段历史的结论。四、不要反对一切。对四中全会至遵义会议这一段历史，也不要否定一切。当时我和博古一起工作，有共同点，都要打蒋介石，分歧点就是如何打蒋介石，就是策略上的分歧。如果把过去一切都否定，就是一种偏向。五、对六大的估计。六大基本上是正确的。六、党内宗派问题。经过遵义会议和六中全会，党内没有宗派了，现在比较严重的问题是山头主义。（32）
毛泽东这些意见得到政治局会议的赞同和批准。四月十二日和五月二日，毛泽东先后在中共中央西北局高干会和中央党校作学习和时局问题的报告，进一步阐述了经政治局通过的这些意见。他在四月十二日的报告中说：“这次处理历史问题，不应着重于一些个别同志的责任方面，而应着重于当时环境的分析，当时错误的内容，当时错误的社会根源、历史根源和思想根源，实行惩前毖后、治病救人的方针，借以达到既要弄清思想又要团结同志这样两个目的。对于人的处理问题取慎重态度，既不含糊敷衍，又不损害同志，这是我们的党兴旺发达的标志之一。”
“对于任何问题应取分析态度，不要否定一切。”“我们许多同志缺乏分析的头脑，对于复杂事物，不愿作反复深入的分析研究，而爱作绝对肯定或绝对否定的简单结论。我们报纸上分析文章的缺乏，党内分析习惯的还没有完全养成，都表示这个毛病的存在。今后应该改善这种状况。”
毛泽东的这个讲话，对全党的团结和巩固起了重要作用。当年参加会议的邓力群回忆：“一批人解脱了，许多人心服了，大家心里的石头都落了地。”（33）
在这个时期中，重庆《新华日报》全文发表了郭沫若的史学论文《甲申三百年祭》。这篇文章总结了明朝李自成所领导的农民起义从胜利走向失败的历史教训。毛泽东非常赞赏这篇文章，认为它的内容对已经取得很大胜利的中国共产党有着特殊的意义。他指示《解放日报》全文转载，并把它当作整风学习的重要文件。他在《学习和时局》的报告中谈到：“我党历史上曾经有过几次表现了大的骄傲，都是吃了亏的。”“全党同志对于这几次骄傲，几次错误，都要引为鉴戒。近日我们印了郭沫若论李自成的文章，也是叫同志们引为鉴戒，不要重犯胜利时骄傲的错误。”（34）十一月二十一日，毛泽东致郭沫若的信中说：“你的《甲申三百年祭》，我们把它当作整风文件看待。小胜即骄傲，大胜更骄傲，一次又一次吃亏，如何避免此种毛病，实在值得注意。”他还说：“我虽然兢兢业业，生怕出岔子，但说不定岔子从什么地方跑来；你看到了什么错误缺点，希望随时示知”（35）。
在全党团结、统一的气氛下，中共中央认为起草历史决议问题的时机成熟了。五月十日，毛泽东主持中央书记处会议，讨论召开党的七大的问题。会议决定组织几个准备报告的委员会：党内历史问题决议准备委员会，成员包括任弼时、刘少奇、康生、周恩来、张闻天、彭真、高岗（几天后又增加了博古），由任弼时负责召集；军事问题报告准备委员会，由朱德负责召集；组织问题报告准备委员会，由刘少奇负责召集；统一战线工作报告准备委员会，由周恩来负责召集。会议还决定，七大召开前在五月二十日左右开始召开六届七中全会，通过关于七大的准备问题。
中共六届七中全会是从五月二十一日开始的，本来只准备开两个月，由于时局的发展变化，会议延长到一九四五年四月二日才结束，断断续续开了十一个月。
五月二十一日，毛泽东主持召开七中全会第一次会议。他指出全会的任务是：一、准备七大；二、在全会期间处理中央日常工作。毛泽东代表中央政治局向全会作工作报告，讲抗日准备时期和抗战时期的主要问题。指出：这两个时期我们的方针是为驱逐日本帝国主义出中国而奋斗。为了达到这个目的，我们的方针是发展自己，团结友军。关于发展自己，事实说明没有八路军、新四军的抗战，中国的抗战决不能有今天。关于团结友军，我们始终站在团结国民党抗日的立场上，但遇到反共磨擦则要同它斗争。在反磨擦中，我们是采取有理有利有节的方针，使磨擦斗争归于缓和，将国民党引导到对敌斗争目标上去。今年军事仍以精练为主，明年准备发展，并占领一批小城市，在获得美国配合时，准备驱逐日本帝国主义出中国。
会议决定：由毛泽东、朱德、刘少奇、任弼时、周恩来组成七中全会主席团；毛泽东为中央委员会主席及七中全会主席团主席。在全会期间，中央书记处及政治局停止行使职权，由七中全会主席团处理日常工作。会议同意毛泽东代表中央政治局向全会提出的关于党内历史问题的六点意见，并形成决议。会议通过七大的议程、各报告负责人和四个报告（政治报告除外）准备委员会名单。
起草“历史决议”是七中全会期间中共中央为准备七大所作的一项重要工作，是对党的历史经验的总结，是全党智慧的结晶。最早的“决议”草案稿是任弼时在一九四四年五月写成的，题目是《检讨关于四中全会到遵义会议期间中央领导路线问题的决议（草案）》。它是以一九四一年秋天毛泽东起草的《关于四中全会以来中央领导路线问题结论草案》为基础的，主体部分的内容基本相同，同时又反映了一九四三年九月会议以来的新认识，如对四中全会的评价和以毛泽东为代表的正确路线的作用等。稿子写成后分送政治局委员征求意见，并