从12月初开始后，各地群众组织的代表在会上争吵不休、互不相让。12月27日凌晨，周恩来疲惫已极。他忧虑地对余秋里说，“今年只有5天了，明年计划还没有搞出来，一些重要的生产资料和人民生活必需品安排哪里生产，往哪里调运，没有个计划怎么行呢！”后来，只好要余秋里先搞一个1969年第一季度的计划安排方案，提出几个关系国计民生的重要指标，经毛泽东、周恩来批准后下达，1969年第一季度将要结束时，召开了全国计划工作座谈会，讨论1969年度计划纲要。周恩来亲自审查修改，并到会上作报告，阐述“以农业为基础，以工业为主导”的发展国民经济的方针，强调了独立自主、艰苦奋斗的重要性，针对林彪、汪青一伙搞形式主义那一套，提出了尖锐批评。他说：毛主席语录已发行7亿多册，毛主席橡章越做越大，已做了22亿个，有些人就是搞封建阶级、资产阶级的作风，我们要的是勤俭之风。
这期间，他同林彪、江青一伙的破坏进行着持续的斗争。1969年7月，二机部汇报说，林彪下令要把在一线的原子能工厂全部迁到三线。周恩来制止了这个毁灭性的破坏。这年4月，他召集李富春、余秋里、粟裕以及国防工办、国防工业军管小组、冶金部、一枫部、三机部、七机部等部门负责人开会，解决飞机生产方面的质量事故问题，对检验制度的取消提出了批评。1970年2月，他在全国计划会议上指出：“合理的规章制度还是要，废除了不行。那是无政府主义思潮。”3月，他在接见全国计划会议代表时又说：“不是不要规章制度，合理的不能破。”从1969年起，工农业生产状况有所好转。这是周恩来和其他老一辈革命家依靠广大干部群众共同努力、坚持斗争得来的。但是，由于当时“左”的错误加上林彪、江青一伙的干扰破坏，盲目冒进的倾向相当严重。林彪一伙借口备战，提出要“用打仗的观点观察一切，检查一切，落实一切”；宣扬“什么比例不比例，打仗就是比例”，盲目大上军工项目，不断扩大规模，造成工业与农业、轻工业与重工业比例严重失调，1970年固定资产投资又过度膨胀。这年2月全国计划会议提出的第四个五年国民经济计划纲要（草案），于同年9月提交中共九届二中全会讨论，由于林彪、陈伯达等的破坏，也没有讨论成，国民经济出现了日益危险的倾向。
对于毛泽东发动和领导的这场“文化大革命”，开始时周恩来是不理解的，正如他1967月29日在群众大会上所说，自己也是“老革命遇到新问题”。但不久后，他看到了这是一场灾难。对于这场灾难，他认为硬顶是不行的，必须“因势利导，否则就会被冲垮”。他说：要做“弄潮儿”，“站在潮头上，做旁观人不行，做对立的把你冲垮”。他把个人的生死荣辱置之度外，1966年冬他对一位领导人说：“我不入地狱，谁入地狱；我不入虎穴，谁入虎穴”；他还说过：“我不入苦海谁入苦海。”这些话表明了他当时的沉重心情和辛毅态度。他忍辱负重，在潮头上审时度势，尽力维护党和国家的利益。他的处境非常困难，一方面要使党和国家的正常工作继续进行，另一方面要尽量减少“文化大革命”所造成的损失，要保护大批党内外的干部。他要同林彪、江青一伙坚持斗争，而斗争又必须限于毛泽东能够接受的程度之内。这是一场既艰苦又强韧的战斗，有时候，甚至不得不说一些不想说不愿说的话，做一些不想做不愿做的事。正如邓小平后来谈到周恩来时所说：“在‘文化大革命’时，他所处的地位十分困难，也说了好多违心的话，做了好多违心的事。但人民原谅他。因为他不做这些事，不说这些话，他自己也保不住，也不能在其中起中和作用，起减少损失的作用。他保护了相当一批人。”周恩来维护了党和国家的大局，相当一批干部保存下来了，经济虽然遭到巨大损失，但终于没有崩溃。这一切，都为后来的恢复和发展准备了条件。
周恩来在“文化大革命”中，常常连续工作十七八甚至二十多小时不得休息，有时连吃饭也顾不上。他曾感慨地对医生说：“‘文革’要让我少活十年。”1967年2月3日，他感到异常不舒服。经医生会诊，发现有了心脏病。他叮嘱秘书保守秘密。这年夏天，他的健康状况显著下降，但仍坚持通宵工作。9月24日，他对邓颖超说：我一到早晨8时左右，精神就不行了，手发抖。到1968年9月，总理办公室被迫撤销，只留下了两个秘书，大量的具体工作都得由70高龄的周恩来亲自动手。人们见他操劳过度，日益消瘦，劝他休息，他总是说：“我是总理，就得什么事也要管啊！管不好怎么向党、向人民交代！”他不能休息。如果他离开岗位，林彪、江青等正是求文不得。正如国外有的作者所说的：“只要他在其位，就可以在处理政府的日常工作中，保持某种明智，对受到威胁的干部给一定保护，可以减轻数百万人的痛苦。此外，他可以阻止野心家篡夺最高权力的企图，防止爆发一场新的悲剧。如果他离职，内战局势势必更加恶化，如果他公开发表自己的看法，使自己成为英雄，其处境将更加困难、不堪设想。”
林彪、江青两个反革命集团，在“文化大革命”的头几年，相互勾结，狼狈为奸，阴谋夺取党和国家的最高权力。但他们在结成联盟的同时，彼此间又存在着尖锐的矛盾。1969年中共“九大”，林彪被确定为毛泽东的接班人。“九大”后，他们间的矛盾增大，到1970年，林彪意识到江青、张春桥等人的势力发展有超越自己的趋势，他图谋提前“接班”，从而发生了在中共九届二中全会上林彪一伙发动的突然袭击，打乱会议的原定议程，提出要设立国家主席，企图让林彪当上国家元首。周恩来协助毛泽东粉碎了这次阴谋。他不顾自己有心脏病，极度操劳，甚至有一回因连续工作36小时而昏厥。这次会后，他按照毛泽东的提议，主持华北会议，揭发批判陈伯达的问题。华北会议推动了批陈整风运动逐渐展开。1971年3月初，林彪说：“南唐李后主有两句诗，‘几曾识干戈，垂泪对宫蛾’，他就是因为不懂得武装斗争的重要性，所以才亡了国。这是前车之鉴，我们不能束手待毙。”他授意林立果搞一个武装暴乱计划。林立果等制订了取名为《“571工程”纪要》的武装政变计划。8月，毛泽东到南方巡视，沿途同五个大军区和十个省、市负责人谈话，点名批评林彪及其一伙。林彪策划在途中杀害毛泽东。在北方，林立果交代必要时“要把周恩来干掉”。由于毛泽东有所察觉，提前在9月12日傍晚回到北京，林彪他们的谋杀计划没有得逞。9月12日前后，周恩来连日在人民大会堂主持讨论、审定第四届全国人民代表大会的《政府工作报告》稿。13日晚10时半左右，他得到报告，北戴河林彪住地出现异常情况而且当地有飞机，周恩来下令追查飞机的行动。午夜12时半，得知林彪乘飞机强行起飞。周恩来立即下令关闭全国机场，所有飞机停飞，开动全部雷达监视天空。1时50分，空军调度室报告：林彪飞机越出国境，进入蒙古，从荧光屏上消失了。周恩来放下电话简，生气地说：“叛徒。”他立即乘车在中南海报告毛泽东。随后，为了毛泽东的安全，他劝毛泽东到人民大会堂暂住，并指挥了拦截林彪死党周字驰等劫持的直升飞机的战斗。3时左右，周恩来根据毛泽东的指示，在人民大会堂主持中央政治局会议，宣布林彪叛逃事件，并作了紧急战备部署，布置保卫北京、保卫中央的工作。后来，得知林彪的飞机在蒙古温都尔汗坠落，机毁人亡。周恩来指示中国驻蒙古大使带随员亲到现场察看，处理善后。
这次事件，周恩来在人民大会堂三天三夜没有睡觉，指挥调度，防止各种突发事件。他的机智果断的处理，周密的安排。使党和国家转危为安。
十六、鞠躬尽瘁死而后己
在“文化大革命”期间，周恩来忙于对国内外大事的操劳处理，经党顾不上吃饭，顾不上休息，夜以继日，日以继夜。有一次，一位烈士子女来探望他，恳求他保重身体。在傍晚的院子里，周恩来目光炯炯地看着这位同志，说道：“在‘文化大革命’中，我只有八个字：鞠躬尽瘁，死而后己。”
这是周恩来决意面向这场灾难，为党和国家献身的忠诚誓言。这八个字贯穿了他的一生。
林彪自我爆炸后，在毛泽东的支持下，周恩来主持中共中央日常工作。1971年10月上旬，经周恩来提议，毛泽东同意撤销中共中央军委办事组，由叶剑英主持中央军委日常工作。毛泽东接见军委办公会议成员时说：“凡讨论重大问题，要请总理参加。”周恩来、叶剑英、李先念等掌握了党、政、军大权。
周恩来等有了一定的条件，来设法尽量纠正“文化大革命”的错误，努力消除“文化大革命”给各个领域造成的严重恶果了。他们整顿和加强企业管理，平反一些冤假错案，解放大批干部，逐步恢复文教、科技部门的正常工作，并着手打开外交工作的新局面。
周恩来当时提的是：批判极左思潮。
周恩来在1967年就反对过极左思潮。1968年，他又提过“极左思潮一定要批判”。1970年6月，他指出：“防保守，排极左，仍是当前主要任务。”9月，他针对出版工作中存在的极左偏差，提出不能割断历史，不能“因人废文”，指出“任何思想的发展都不是无根的，新社会是从旧社会脱胎出来的”，“这就叫历史唯物主义”。到1971年3月，在国务院召开的全国出版工作座谈会上，他针对存在的问题着重讲了批判极左思潮的问题。他批评了“破坏纪律，无政府主义泛滥，只有自由，没有集体，为所欲为”。他说：“自由主义是右的，但形式上是以极左出现的”。“否定一切，这也是极左思潮。”这年上半年，他已经在一些会议上强调要反对极左思潮了。
“九一三”事件后，随着批林整风运动的深入，批判极左思潮的斗争开始全面展开，特别是在落实党的经济政策和干部政策方面，在实际工作中产生了效果。
从1971年底开始，周恩来在一系列相继召开的全国性专业会议上，通过批判极左思潮和无政府主义，来消除“文化大革命”对经济方面的破坏性后果。他强调指出批判极左的重要性，并且针对由于受林彪鼓吹“突出政治”的影响而普遍存在的不敢抓生产、抓业务的倾向，在会上批评说：极左思潮就是搞“空洞的、抽象的、形而上学的东西，夸夸其谈，走极端”。他强调“运动与业务不能对立”，鼓励各级干部理直气壮地抓生产，抓业务。1973年，他在听取国家计委汇报计划工作时指出：“1969年以后，在经济管理上瞎指挥盛行。南昌把飞机厂最好的工人下放了。景德镇陶瓷窑也给炸了。林彪一伙一直破坏到‘九一三’。影响到1973年，恶果逐步暴露出来了。应把‘九大’以来林彪一伙破坏经济计划的情况编个材料，供大家批判。一定要批透，把破坏性后果消除掉。”他说：“国民经济要按比例发展，但现在根本没有比例！”“到处搞独立经济体系是不行的。”在周恩来的指导下，从1971年底到1973年，国务院召开一系列全国性专业会议，批判林彪一伙自立政策，自成系统，搞独立王国，破坏党对社会主义事业的领导，挑动资产阶级派性，分裂工人阶级队伍，反对有计划按比例地发展国民经济，破坏党的经济政策，在农村强迫扩社并队，没收自留地，砍家庭副业，搞“一平二调”；在城镇“割资本主义尾巴”；等等。1973年2月，国家计委根据周恩来指示精神，起草了《关于坚持统一计划，加强经济管理的规定》（即经济工作十条）。这个文件拿到这年全国计划会议讨论时，除了“四人帮”把持的上海市外，其余28个省、市、自治区都表示赞成。
当时，周恩来指出了经济工作中有“三个突破”的严重问题，要着重加以解决。1972年初，他在全国计划会议上说：职工人数突破了5000万，工资突破了300亿元，粮食销售量突破了800亿斤，这“三个突破”对国民经济各方面带来了一系列的问题，不注意解决就会犯错误。但是，这个问题在1972年还没有切实得到解决。这年底，职工人数达到5610万人，工资总数达到340亿元，粮食销售量达到927亿斤，出现了粮食周转困难的状况。1973年3月，周恩来听取国家计委汇报后，生气地说：“确实没有‘王法’了”：“不只三个突破，货币发行也突破了”。“林彪一伙破坏经济所造成的恶果这两年表现出来了。票子发多了，到了最大警戒线。三个突破不如这一个突破。你们管财政、银行的也不叫，要随时提醒，这是个寒暑表嘛！”还说：“1970年基本建设大膨胀，1972年没有抓。鉴于这个教训，以后要全年抓。该停的停，停得不合适的再建。”他还讲了要贯彻执行按劳分配的原则，批评了干多干少一个样、干好干坏一个样、会干不会干一个样、干与不干一个样等平均主义倾向。
国务院采取了坚决的措施：首先，控制基建规模的扩大，减少基建投资，同时压缩基建占用民工人数，增加农业财政拨款和支农工业投资，1973年比上年增加19％。第二，加强劳动工资的集中统一管理，重申劳动工资大权在中央。1972年6月9日，国务院发出关于加强工资基金管理工作的通知，规定凡未经批准超计划招收职工和违反国家政策和规定增加工资的，银行有权拒绝支付。第三，积极解决粮食购销差额问题。1972年11月24日，国务院向中共中央写了粮食问题的报告，并转报了商业部的报告，内容是发展粮食生产、整顿粮食统销工作、控制职工人数和吃商品粮人数等。中共中央在12月10日批转了这两个报告，要各地执行。
经过1972，1973年的努力，“突破”的问题得到了解决。
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