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李秀成从苏州赶回南京，把曾国荃的大营包围了起来。从闰八月二十日开始，一共围了四十六天。
曾国荃守得很好，李秀成撤围而去，却派了洪春元去安徽，夺回含山、东关、巢县。
曾国藩写信给曾国荃，说他孤军深入，本极冒险，切不可屯兵坚城之下，蹈向荣与和春的覆辙，不妨藉着追击洪春元为名，派少数人去追，带多数人撤退到芜湖附近的金柱关，与水师保持联络。然后，转兵东向，由高淳、溧阳、以攻宜兴，叫鲍超从宁国（宣城）出发，由建平（郎溪）、广德，以攻长兴，同时分拨若干水师，驶入内河、小湖，三路并进，打到太湖边为止。
曾国荃不肯听从大哥的话。这一位“九弟”个性甚强，从不服输。他认为既已扎在南京近郊的雨花台，固守了四十六天未破，决无撤退之理。
鲍超那一边，确也并无力量对太平军采取攻势，怎能够由宁国府府城（宣城）而建平，而广德，而长兴？而且，宁国府府城之南的宁国县，巳于九月初六日失守。
来攻的太平军首领是古隆贤。此人的任务是进入江西。他在十月十九日打旌德，失败。转而向西，打太平县，于十一月初三加以占领。再转而南，穿过黟县所属的西埭镇，于初七占领祁门。三天以后，左宗棠所派的援兵开到，将他逐走。
他因此无法继续南进，转而向北，占领石埭县。休息了一些时候，转而向西。于十二月初五攻占青阳。
青阳的西边是池州，池州的西南是安庆。曾国藩这时候坐镇在安庆，慌忙调了重兵来一面防守池州，一面力争青阳，才在十二月二十五日把青阳夺了回来，化险为夷。
曾国藩能够夺回青阳，却不能够夺回石埭与太平两县。古隆贤一直占着这两县，成为曾国藩的心腹之患。极会打仗的鲍超，虽则驻扎在宁国府（宣城）的高祖山，也对古隆贤无可奈何。
鲍超本人得了病。他军中的官兵。以及曾国荃雨花台大营的官兵，也多半得了病。什么病呢？是一种瘟疫，其起因是尸首泡在河里江里的太多，饮水之中充满有害的细菌。
同治二年正月二十八日，曾国藩离开安庆，巡视池州、芜湖以及南京雨花台的防务，于二月二十八日返抵安庆。
《细说清朝》一○三、攻破南京
李秀成却已选好了这同治二年（1863年）二月，重新发动攻势。他亲自率领大批人马，于二月初一攻占南京之北、长江中心的九袱洲，初三攻占浦口，十三日再占巢县，十九日攻庐江，二十一日攻舒城，二十三日在桐城县的孔城镇，与捻军首领张宗禹（清方公文中的张总愚）及由陕回师的陈得才军之马融和部会师。
三月二十五日，李秀成攻六安，一直攻到四月二日。他的计划是，进入河南南部，由河南南部袭取汉口武昌。
这个计划他不能实现。守六安的两营湘军（属于李续宜的部下蒋凝学）死力抵抗，鲍超已被曾国藩调来，开近舒城。后路的石涧埠（在无为州与巢县之间），又有很坚强的毛有铭与刘连捷（也都是李续宜的部下），李秀成于是不再攻六安，撤回南京。 （李续宜从同治元年正月起被任命为安徽巡抚，这时候因病请假回籍，职务由唐训方署理。）
曾国藩见到李秀成撤退，也就命令水师与陆军反攻，在四月初七“收复”东关，初十收复铜城闸，二十二日收复巢县，二十四日收复含山，二十五日收复和州。
曾国荃也在二十七日攻下了雨花台大营附近的石城，与东西南三个石垒。
李秀成这一次的攻势，可谓半途而废，甚不可解。他已经打到六安城下，何至于一听到鲍超快来，便吓得抽军而退，放弃由豫袭鄂的计划？况且，他已与捻军首领张宗禹（总愚）会师？ 可能是，他的军队沿途找不到粮食。曾国藩于施行以碉逼碉的战术以后，叉想出了坚壁清野的办法。
另一个重大的原因，是太平军在浙江与苏常的军事处于逆势。
左宗棠于咸丰十一年十月，受命赴浙作战，十二月受任浙江巡抚，同治元年三月攻进遂安，六月解衢州之围。
闰八月，蒋益澧一军由广西开到浙江，打下寿昌，十二月打下严州（建德），同治二年正月，受汤溪太平军之降。
这位蒋益澧与左宗棠并非小同乡，是湘乡人而不是湘阴人。他少年时候落拓不羁，为家乡父老所轻，投效了王錱以后却学会了军事，在岳州立下战功，其后入于罗泽南麾下，收复广信（上饶）、义宁（修水），回援武汉，屯扎鲁港，与罗泽南的继任者李续宾不相得，愤而引退，曾国藩亦对他不加理睬。倒是左宗棠看得起他，在骆秉章而前保荐他，让他招了一些兵去广西，果然就在广西颇有表现，削平各路反抗力量，坐镇柳州，积功升至广西布政使。石达开南围桂林，也是他会同刘长佑与萧启江解的围。 左宗棠于奉命入浙之时，上疏给清廷，把蒋益澧调任浙江布政使，令他增募八千名湖南乡勇。果然，他一来到浙江，局面便大不相同。
有了他，左宗棠在浙江就完全占了上风，把李世贤逼得惨。在同治二年正月这一个月里面，除了汤溪县一县以外，左宗棠又“收复”了金华、龙游、兰豀、武义、永康、东阳、义乌。次月，蒋益澧大战太平军于富阳，开始围城；围到八月间，会同“常捷军”（中法混合部队），将富阳拿下，获得决定性的胜利。
左宗棠的另一爱将刘典，于二月间拿下诸暨，分兵支援皖南。常捷军电在二月间取得绍兴。清廷升任左宗棠为闽浙总督，命曾国荃遥领浙江巡抚。
曾国藩这一边，水师在四月初七“收复”东关，二十二日收复巢县，陆军在二十四日收复含山，二十五日收复和州，五月初十收复江浦、浦口，十五日收复九洑洲，九月间受古隆贤之降，收复太平、石埭、旌德。
曾国荃也在四月二十七日进占雨花台大营附近的石城，八月十二日进占江东桥，九月二十五日收复秣陵关，同治三年正月二十日进占紫金山上的天保城，开始对南京的包围。围城的军队共有五万人左右。
二月，左宗棠攻下杭州，四月，李鸿章攻下常州；五月，曾国荃取得龙膊子山的地保城，完成对南京的合围。
六月十六日，南京城破。清廷封曾国藩为一等侯，官文、曾国荃、李鸿章为一等伯。左宗棠在七月二十七日“收复”湖州与安吉二城，到了十月间也受封为一等伯。骆秉章、杨岳斌（载福）、彭玉麟、鲍超，封了一等轻车都尉。蒋益澧被赏了一个云骑尉。
《细说清朝》一○四、天国插曲
在太平天国与清廷对垒的期间，各省各县揭竿而起的很多，可惜由于洪、杨、石、李等人学识有限，不懂得如何联络友军。团结合作，结果，被敌人各个击破。
最轰动中外的，是上海小刀会事件。所谓小刀会，实际上也是天地会的一支。首领是居住在上海的广东人刘丽川。他与福建人之中的“青巾党”，江西人之中的“边钱会”，均有联络。这青巾党与边钱会，也都是天地会的支部。
刘丽川在咸丰三年（1853年）八月初五日起义，占领上海县县城．不久又打下了上海外围的青浦、宝山。
他派人去南京，向洪秀全表示拥护，并且还送了一些火药去。洪秀全却认为刘丽川不奉天父天兄，不配加入太平天国。结果，刘丽川苦守上海，守了十四个月，终于在咸丰五年正月初一，被清军与帮助清军的法国兵所败。
倘若洪秀全稍有眼光，便不致白白丢了这送上门来的上海，而且军火可以源源向外国购买，金钱可以大量地从海关取得，外交上也可以取得各国的长期中立，至少不会发生其后“常胜军”与“常捷军”的事了。
刘丽川的一位战友，姓黄名位，于咸丰四年四月带兵赴台湾，占领鸡笼（基隆）。虽则他不久便被清军打退，但是在咸丰八年他又去了一次。
台湾是天地会的发祥地，因此有很多台湾同胞对反清的太平天国深表同情。早在咸丰三年四月，便已有林恭起义于凤山。他占了县城，也围攻了台湾府府城（台南）。
到了同治元年三月，太平天国已经处于颓势，彰化却崛起了一位戴潮春。他是所谓“八卦会”的首领，于占领县城以后，下令恢复明朝衣冠，自称大元帅，设立六部尚书，颇具规模。他占领了不少地方（包括茄投、北投、大甲等等），也进攻了嘉义、鹿港。清廷从福建调了兵来，才在同治二年十一月将他击败。
在洪秀全的家乡广东，天地会起事比洪秀全早。揭阳人罗亚旺，便是其中的一个，其后到广西投入太平军，改名罗大纲。惠州、广州、韶州也均有不少的天地会友，被清廷称为“会匪”。西江江面上又有所谓“艇匪”，来往自如，总督徐广缙对他们毫无办法。
在叶名琛继任总督以后，天地会的首领之一陈开，曾经于咸丰四年进攻省城。天地会所占的地方，包括佛山、龙门、从化、东莞、阳山、河源、增城、封川、惠来、肇庆、德庆。叶名琛杀了几十万人，才把这些地方“收复”。
广西于太平军起事以前，全省的反清武装足有三十个单位左右，其中有些是从广东来的，有些是广西本省的。
在太平军北上以后，大股被带走不少，零星小股留在广西各县，时起时灭。陈开也在咸丰五年四月，移军广西，攻下浔州府（桂平）、武宣、贵县、平南、藤县，声势大过了洪秀全初起之时。 陈开把浔州改成秀州，定为国都。国号不称“大明”，而称“大成”。（传说他在前一年占领广东佛山之时，便已改变了天地会的“反清复明”传统，只反清而不复明，定国号为“大宁”了。“大宁”两字，是“太平”两字的对称，表示他是与洪秀全对等。现在，他又把“大宁”二字放弃，改称“大成”。——这也许是清方传闻之误，所谓大宁、大成，可能都只是年号，而不是国号，国号仍是大明。）
陈开自称为“洪德王”，分封了四个朋友为平静王、平东王、定北王、平西王。他维持了六个年头，才在咸丰十一年七月被清廷调来广西的湘军将领蒋益澧与刘坤一击溃，本人被捉，部队三万多人去了大墟，投奔石达开。
在广西本地的天地会首领之中，以胡有禄与朱洪英二人的力量为最大。他们在咸丰二年九月起事，在咸丰四年八月占领桂林东北的灌阳，建号“昇平天国”。（可能也是传闻之误，“昇平”像是年号而不是国号，“天国”两个字也待考。）
胡有禄自称“定南王”，朱洪英自称“镇南王”。他们向南，占了广西富川，又向北，占了湖南东安。胡有禄在咸丰五年八月被王錱击败于宝庆东南，牺牲。朱洪英于咸丰六年二月占领柳州，守到咸丰八年五月，被蒋益澧攻破，本人去了贵州古州（榕江），从此不知下落（可能是投奔了苗族领袖）。此人的真正名字，未必是朱洪英，“洪英”二字本是天地会的隐语。
贵州的苗胞，自从清军南下以来，一直没有好日子过。他们于一再被剿以后，有时候仅知道反对一切的汉人，有时候也知道与反清的汉人结在一起。从咸丰五年开始，他们又大规模地行动起来，最先是限于台拱、镇远、黄平一带，其后扩展到都匀、榕江、以至于全省。
清廷在打完太平军以后，还要花上七八年的工夫，才能把贵州肃清。苗胞固然被摧毁得十室九空，汉胞，尤其足反清的汉胞，也所余无几。
在贵州的反清汉胞，这时候被清廷称为“斋匪”与“教匪”。他们的教，是“灯花教”，教徒分为黄号、白号、青号。“斋匪”的首领罗光明，于咸丰六年八月占领古州，其后占领都匀，到了同治三年三月，才被消灭。黄白两号的根据地均为思南。黄号的首领之一是何得胜，他自称武安王，于咸丰九年十月一度占领贵阳，在同治五年九月战死于开州桥顶山。白号的首领之一是朱明月，在同治三年正月占领桐梓。青号是后起的，也在这一年六月占领仁怀。其他各地，如婺川、湄潭、长寨、定番、修文、黔西、大定、清镇、安平、镇宁，均先后一度或数度被各号教友单独或联合占领。至于正安州与石阡府，却是各号教友与苗胞所共同占领的。
这些被清廷称为“斋匪”、“教匪”的武装，很像是白莲教与天理教的支流。在山东的南部，也有白莲教教友起事。时间是咸丰十年十一月，首领是邹县白莲池的“黄社”社长宋继明。他下令蓄发，定年号为“天纵”，先后进攻邹县与泰安，于同治三年七月战败被杀。
宋继明有一位兄弟，叫做宋绍明，也是白莲教中的有数人物。然而他们兄弟均非教主。教主是谁？颇难在考。可能是张善继。
张善继在咸丰十一年春天起事于范城，响应他的极多：“五号并出”。是哪五号？我们仅知道黄号，白号，黑号。其余两号也许是嘉庆年间川楚的青号与绿号。
张善继的声势甚为浩大。被他与他的党徒所占领过的地方，除了范县以外，有阳各、莘县、堂邑、馆陶、广平、朝城、观城。清廷的一张王牌——蒙古人僧格林沁，连打败仗，退到滕县县城死守。清廷派钦差大臣胜保率领重兵来救。
张善继进攻大名府，攻不下来。守城的是一个满洲人，叫做联捷。胜保有机可乘，对张善继采取攻势，又诱降了冠县的教首张锡珠，堂邑的教首雷凤鸣，朝城的教首宋景诗。结果，张善继在六月二十日被捉。
张锡珠、雷凤鸣、宋景诗这三人，其后均再度反清。张从同治元年冬天起转战于（河北省的）曲周、邯郸、南宫、武邑、景州。于同治二年春天，阵亡于肥乡（有人说是束鹿）。
雷宋二人从同治二年正月起，转战于（山东省的）临清、淄川。雷在淄川阵亡，清廷先后派直隶总督刘长佑、直隶提督恒龄、副都统海群、山东按察使丁宝桢与僧格林沁，来对付宋景诗。从山