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就在邓小平批示三天後，朱熔基在上海市委扩大会议上正式宣布：「这一段时期，关於我要到北京去当什麽副总理的说法，全是没有根据的。你们想，小平同志刚刚批准了我们的开发浦东的计划，现在八字还没有一撇，我怎麽就可能走呢？也不好向上海人民交代啊！」
同时，上海市政府顾问汪道涵，亦向海外传媒吹风：「上海的工作这麽重要，朱熔基怎麽能突然离开呢？」
但是，九一年二月邓小平再次到上海过春节时，即向朱熔基挑明了调他到国务院工作的想法。同时，邓小平又委托杨尚昆召集上海市委、市政府的一班领导，传达朱熔基近期内上调的「中央决定」。
为了使上海的人事安排有一段过度，并安排先由黄菊以「常务副市长」的名义，接替朱熔基的市政府工作，待上海市九届人大四次会议召开时，再正式接替市长职务。
三月七日，上海各大新闻媒介首次以「常务副市长」的头衔报导黄菊的活动，这等於是把朱熔基将另谋高就的消息正式透露出来。
邓小平寄予厚望
邓小平为什麽力排众议，非要选拔朱熔基不可呢？据知情人士分析，除了朱熔基在「六四」前後与北京等地截然不同的稳定局面的政治手段，深获邓小平赞赏外，还是因为邓小平急於寻求推进改革的新战略有关。
当时，一百萦绕邓小平脑海中的一个问题是：中国下一步的改革路子应该从哪里走起？中央计划经济这条路不能再走，实践证明这是产生官僚主义、浪费资源，全国上下都无积极性的根源之一。可是邓对完全的市场经济也不放心，担心中央失去对经济生活的控制，贫富差距拉大，国家没有能力处理影响全局的大事。
邓小平曾非常赞赏赵紫阳提出的「国家调控市场，市场引导企业」的设想，但是「六四」之後，党内理论左派攻击赵紫阳的这个设想是「资本主义经济格式的翻版」。这派政治势力强调说，「完全的市场经济」并不是发展经济的「灵丹妙药」，它是产生资本主义的温床，「国际的资产阶级就是通过市场经济的渠道，介入社会主义国家从而实现其「和平演变」的政治阴谋」等等。
理论左派的这种论调，往大陆经济体制改革中插进一支意识形态的「楔子」，使邓小平不能顺利按照自己的思路，选择新的改革战略：更主要的是，至今中国政治舞台上，尚没有一个像赵紫阳那样足智多谋的势力人物。能在实践上与邓小平的思路相配合，开拓出一条崭新的改革路子，所以邓小平意欲寻找这么一个人物。
九一年春节，当朱熔基汇报到浦东开发要金融、贸易、基础设施三个先行的时候，邓小平连日称赞说：「我讲改革要有新思路，就是讲改革要有不同於前十年的新办法、新措施。研究新情况，探索新思路，关键在於要进一步解放思想，解放思想决不是一劳永逸的，就以计划与市场的关系而言，有些同志总是习惯於把计刊经济等同於社会主义，把市场经济等同於资本主义。这一看法，经过这些年的实践，已证明不符合实际情况了，计划和市场只是资源配置的两种手段和形式，而不是划分社会主在和资本主义的标志。资本主义有计划，社会主义有市场，在这个问题上，我们要防止陷入新的思想僵滞，不能把发展社会主义商品经济和社会主义市场，同资本主义简单地等同起来，不能把利用外资同自力更生对立起来，在利用外资上谨小慎微，顾虑重重。不能把深化改革同治理整顿对立起来，对那些已被实践证明是正确的，行之有效的改革，不敢坚持和完备，甚至动摇，走回头路，不能把持续稳定发展经济，不急於求成同紧迫感对立起来，工作松懈，可以办的事情也不去办。总之，进一步解放思想，是保证完成第二步战略目标的必要条件。依我看，今天还存在这个问题：凡是思想解放的地方、部门和单位，工作就打得开新局面，凡是思想不解放的单位，就缺乏生气，工作也很难搞上去…」
出任副总理
邓小平对朱熔基讲这麽一番话，其用意是相当明显，他希望在中国目前的政治格局中，朱熔基能像赵紫阳那样成长起来，打破大陆改革开放停滞不前的局面。
据说，当邓小平决定正式提升朱熔基为副总理时，姚依林随即在政治局会议上发难说：「这么一天一个令，让人家怎麽工作？」邓小平听到後，怒斥道：「如干不了，就别干，退下来，让其他同志干。」
按著，邓小平又对杨尚昆说：「姚这个人不行，身体不好，又不让出来，国务院工作搞不上去，他有一半责任。」姚依林一听，就表示要请长假。那不是正中邓小平的下怀麽？陈云出来打圆场，让姚依林边工作、边休息。「李鹏在家，依林可以多休息，李鹏外出，依林可以多工作。」这才算把绷紧了的弓，调整了弦。
九一年四月十二日，七届人大四次会议上，朱熔基正式被任命为副总理。李鹏在向人大提请任命朱熔基的议案时，说他「长期从事经济工作，对我国经济情况比较熟悉。事业心强，工作有魄力，勇於开拓，处理问题比较扎实稳重，有较强的组织领导能力和政策理论水平。作风正派，团结同志，对自己要求严格。」
李鹏当然忘不了刻意强调：邹家华、朱熔基、钱其琛三人「在八九年制止动乱和平息北京的反革命暴乱的斗争中，立场坚定，旗帜鲜明，同党中央保持一致，拥护党中央所采取的一系列措施。」
此时，朱熔基正率领上海市政府代表团在荷兰等西方工业国家访问。
一位外国记者曾问朱熔基：「你在上海最大的失败是什麽？」他的回答是那麽自信、坦率：「没有。」
四月二十六日，朱熔基结束欧洲之行，直接到北京向国务院报到，还末来得及参加国务院的一次办公会议，即接到通知说陈云同志在上海等他。二十七日晚，朱熔基急飞上海，次日即赶陈云下榻的西郊宾馆二号楼单独晋见。
谈话中，陈云说他早已经从有关同志那里听过朱熔基的情况介绍，所以在同小平同志商量国务院副总理人选时，「我们不约而同地谈到了你」。然後，他又对朱在上海的工作作了肯定。
单独会见之後，陈云又命秘书把在外面听候的新任上海市市委书记吴邦国和副市长黄菊叫进去，给他们三人各书赠一幅「不唯上，不唯书，只唯实，交换，比较，反复」的十五字箴言条幅。
陈云用转机接到北京
陈云明确表示说：他这「十五字箴言」，就是针对十年改革的教训而发的。
照理，陈云每年数度去上海从来都是不对外公开的，但这次陈云办公室却通知新华社记者到场，然後即向全国发了消息照片。
四月三十日，陈云请朱熔基乘他的专机一起回北京。此间有什麽交易外界自然无法知道。但北京立刻就传出消息说朱熔基是邓小平和陈云双双看好的「接班人」，不然陈云怎麽会亲自乘专机接他进京？
无论朱熔基仅仅是被邓小平看好，还是被邓、陈二人双双看好，朱熔基至少是绝对不敢冒犯陈云，这是他稳住地位的必要前提。
朱熔基记得，就在胡耀邦担任总书记期间，邓小平曾经两次让胡启立给胡耀邦带话说：也要注意一下反击右的倾向了。胡耀邦置之不理，於是有了那次让他下台的「党内生活会」；赵紫阳还是党的总书记的时候，因为陈云同胡启立说了赵紫阳不懂哲学，赵紫阳不服，於是陈云批评赵紫阳的讲话，竟然以党内文件形式向下传达。
所以，朱熔基在陈云的笑脸面前唯唯称诺，同江泽民、李鹏在邓小平的怒容面前连连自我掌嘴的表现一样，都是在忍辱负重。
朱熔基进京後发现，原来国务院的人马已经一个萝卜一个坑，没有他下脚的地方。
邹家华同任副总理後，还是原来的分工，主管计委。国家计委一直是国务院中最有实权的部门，素来有「小国务院」之称。既然要管整个国家的综合计划，所以它的国民经济综合司、长期规划和产业政策司的设立不足为怪，但同时，它还设有机电司、科技司、农村经济司、财政金融司……，甚至对外经济贸易司。
也就是说，计委的下属机构设置与经济和生产有关的国务院各部委「对口」，难怪有些国务院的部委负责人发牢骚说：计委的一个司长能管我们一个部的部长。
国务院其他与经济和生产有关的，则都归口在姚依林和田纪云的名下，所以朱熔基没得可管。他贵为国务院副总理，但不敢轻易对国务院的部长们发号施今。曾长期在国务院系统工作的朱熔基，深知那些部委长官个个都是有背景的，你不小心得罪一个人，说不定就踩了他的「联络线」、解了他的「关系网」，那可能让你吃不了，兜著走！
而过去经常因病往院的姚依林此时异常积极，表示「还可以干」。所以朱熔基在家里了一个多星期也没动静，没有人给他安排工作。
初进中南海
邓小平知道後，找薄一波谈话：「年轻同志作事，我们应该支持，为什麽总要嘀嘀咕咕呢？中央已经决定的东西，无论什麽人都不要说三道四，放手让人干。请你转告朱熔基，让他不要在北京不动，要多走走看看，才会长见识，搞调查研究很重要。路是人走出来的，没有模式。谁要总结十年，我看这一条首先值得总结。」
这段话经薄一波分别向王震、彭真、姚依林、李先念等人谈话时作了传达。这样朱熔基头上笼罩著的一片乌云总算暂时散开了。
邓小平同时让杨尚昆告诉李鹏「应该尽快给朱熔基同志安排工作。」李鹏这才於五月十三日找朱熔基谈话，说让他分管工业和交通部门的工作。
六月十三日，国务院下发文件，给朱熔基任命了数项兼职，包括国务院清理「三角债」领导小组组长、国务院生产办公室主任、全国安全生产委员会主任、国务院「质量品种、效益年」活动领导小组组长……。
但这所有的单位都不是常设机构，当时即有国务院的干部讥笑朱熔基说：如果他还嫌不够的话，还可以给他安排一个中国预防控制爱滋病委员会主任。
在朱熔基的数项兼职中，比较有权力的是「生产办主任」。正是这个生产办，後来演变成经贸办、经贸委，为朱熔基在国务院系统权力的扩张，确立了基本的立足点。
经委在八八年春正式撤销後，经委的大部分司局并入计委，中共却在同年七月成立企业管理指导委员会，行使经委的部分职权。主任张彦宁，同时兼任国家体改委副主任；副主任叶青，同时兼任国家计委副主任。市际上是一个两头不著边的临时性机构。
一九八九年中国大陆经济出现效益滑坡後，生产协调工作愈来愈重，原国家经委的救火队作用愈显重要，由於企管会不能发挥原有经委功能，中共又成立了国务院生产委员会。
九一年朱熔基出任副总理後，国务院将生产委员会改名为「生产办」。生产办有点像文革前的国务院工交办公室，是超部委的协调办事机构，负责协调国务院工交系统的工业、交通生产和技术改造，对工交企业实施宏观调控和指导，培养企业管理人才，并指导各省经济委员会（或计划委员会）、生产委员会的业务。
尽管国家经委的机构并未由此全面恢复，但一些新职能也被充实进来，诸如三资企业、乡镇企业、城镇企业，这些在中央没爹没娘的孩子，纷纷投入生产办门下。
生产办最初共有五位副主任，张彦宁、赵维臣、朱育理、李祥林、杨昌基等。从他们几个人的过去经历看，朱熔基在人事安排问题上的确是动了一番脑筋。
生产办成为权力立足点
张彦宁大朱熔基一岁，毕业于大连工学院化工系，曾到苏联格罗茨宁百油联合企业实习，後来在甘肃、四川从事石油化工技术工作。
七十年代後期，张彦宁调入国家计委任生产组副组长。八十年代初转入经委任局长，八三年与朱熔基、赵维臣同时提升为副主任，经委撤销後再任国家经济体制改革委员会副主任兼国务院企业管理指导委员会主任。九三年三月转任八界全国人大常委。
赵维臣是满族人，高级经济师，小朱熔基一岁。一九六二年毕业於清华大学机械系，是朱熔基的後期校友。历任第一机械工业部副处长、生产组副组长，国家经委机械局副局长、经委委员兼局长、经委副主任、国务院口岸领道小组副组长，国务院环境保护委员会副主任。一九八七年在国家经委撤销前，调任广西壮族自治区政府副主席，九三年三月转任八届全国政协常委。
这两人都是朱熔基在国家经委工作时的同事，工作配合十分有默契。同时，因为朱熔基在建立生产办之初，就想到了这个机构应该如同当年的经委一样，与计委相互制约，所以才动员此二人与他维续为伍。
虽然他们三人在经委工作期间没有高低区别，各自年龄也只有一岁之差，就是因为经委撤销後，朱熔基去了上海才有了显露头角的机会，为日後升任党和国家领导人积累了本钱。假如当年朱熔基没有去上海，还是留在国务院某机关或到香港任许家屯副手，那麽他如今也可能仅仅出任个全国人大常委而已。
朱育理历任国家教委副秘书长、秘书长，国家技术监督局局长。朱熔基兼任国务院「质量品种、效益年」活动领导小组组长时，朱育理兼任该小组办公室主任。一九九二年九月调任航空航天工业部副部长。
李祥林曾任国务院电子信息系统推广运用办公室主任。一九八九年任国务院生产委员会副主任，一九九一年三月七日任国务院环境保护委员会副主任。
杨昌基原任上海浦东开发领导小组副组长。一九九一年三月七日任国务院环境保护委员会副主任，八月九日任国务院清理「三角债」领导小组副组长。
这三个人也是因为在朱熔基刚刚到国务院任副总理时，对他的工作颇为支持，才被他提