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不仅如此，皦生光还胆大包天地借“国本之争”讹诈过郑贵妃的兄弟郑国泰。当时有个叫包继志的富商为了附庸风雅，曾经委托皦生光代纂诗集。皦生光故意在诗集中放了一首五律，其中有“郑主乘黄屋”一句，暗示郑贵妃为自己的儿子夺取皇位。包继志根本不懂，便刊刻了诗集。皦生光立即托人讹诈包继志，说他诗集中有悖逆语。包继志情知上当，却也无可奈何，只好出钱了事。皦生光又拿着诗集去讹诈郑国泰，郑国泰胆小，加上朝野上下舆论都对郑贵妃不利，只好出钱了事。
皦生彩揭发声名不佳的兄长后，皦生光之前的事迹全部曝光，锦衣卫如获至宝，立即逮捕了皦生光，将其屈打成招。
事情到了这个地步，本来就可以结案了，主审的刑部尚书萧大亨为了讨好明神宗，还想把“妖书案”往郭正域身上引。但皦生光却表现出最后的骨气，在酷刑下始终没有牵连他人。他的妻妾和年仅十岁的儿子都受到了拷打，却都没有按萧大亨的意思招供。
尽管所有人都明白“妖书案”其实与皦生光无关，就连急于结案的沈一贯、朱赓都不相信，他们认为《续忧危竑议》一文论述深刻，非熟悉朝廷之大臣不能为，皦生光这样的落魄秀才绝对没有这样的能耐。但急于平息事端的明神宗还是匆匆结案，皦生光被凌迟处死，家属发配边疆充军。
皦生光死后，离奇的第二次“妖书案”就此而平，“妖书”的真正作者始终没有人知道。过了一段时间后，朝野开始流传“妖书”其实出于武英殿中书舍人赵士桢之手。
赵士桢是明朝历史上杰出的火器专家，一生研制改进了多种火器。因其在政治上不得志，名字未能如宋应星、徐光启那样彪炳史册。
赵士桢的一生，颇富传奇色彩。他早年是太学生，在京师游学。他能写一手好字，书法号称“骨腾肉飞，声施当世”，时人争相买他所题的诗扇。有个宦官也十分喜欢赵士桢的书法，买了一把诗扇带入宫中，结果被明神宗看见，大为赏识，赵士桢平步青云，以布衣身份被召入朝，任鸿胪寺主簿。鸿胪寺有点类似于国宾馆，日常职责是凡外国或少数民族的皇帝、使者，到京师朝见皇帝或进贡，按等级供给饮食及招待。
赵士桢为人慷慨有胆略，交游颇广。万历五年（1577年），张居正丧父，因贪恋权位不肯回家奔丧，发生了震惊朝野的“夺情”事件，五名大臣因此被廷杖。赵士桢不畏干连，予以调护，词翰声誉甚盛，号称“他途入仕”名士。不过，他因“生平甚好口讦，与公卿亦抗不为礼”，加上又因为制造火器得罪了不少人，一生并不得志，当了十八年鸿胪寺主簿才升为武英殿中书舍人，还经常受到怀疑、诽谤。皦生光被杀后，京中盛传妖书“是东嘉赵士桢所作也”。赵士桢为此而身心劳瘁，据说他已经精神错乱，甚至多次梦见皦生光索命，终于一病不起，抑郁病亡。
但赵士桢是妖书作者始终只是传说，并没有证据，真正的作者到底是谁，始终没有人知道。“妖书案”虽平，但其影响所及，却已远逾宫廷，遍及朝野，险恶的宫廷斗争也并没有就此平息。
梃击案
万历三十九年九月十三日，王恭妃病逝。死去的王贵妃的境遇，折射出活着的太子朱常洛的景况。王贵妃安葬一年之后，朱常洛遭到心怀叵测者的暗中诅咒，说明他的地位直到此时依然岌岌可危。万历四十一年六月初二日，一个名叫王曰乾的武弁（锦衣卫百户）告发：奸人孔学等人，受郑贵妃指使，纠集妖人，摆设香纸桌案及黑瓷射魂瓶，由妖人披发仗剑，念咒烧符，又剪纸人三个（皇太后、皇上、皇太子），用新铁钉四十九枚，钉在纸人眼上，七天后焚化。
万历皇帝获悉后，愤怒不堪，责怪内阁首辅为何事先没有报告。内侍太监听到皇上问话，便把早已递进的内阁首辅叶向高的奏疏交给皇上。其实叶向高已经知道此事，他的奏疏建议：
为皇太子考虑，皇上应该冷静处理此事：如果大张旗鼓，朝野上下议论纷纷，反而使事态恶化，那么‘其祸将不可言‘。万历接受了这个建议，因为只有大事化小，小事化了，是唯一的上策，如果张扬出去，势必像‘妖书案‘那样闹得满城风雨。
第二天，叶向高指示三法司严刑拷打王曰乾，把这个危险人物打死在狱中。他所告发的案情太严重，又真假难辨，只有以不加追查、不事张扬、消灭活口的方式了结，才能化险为夷，化有为无。叶向高不愧老谋深算，顾全了皇室的根本利益。
不过，这一事件或多或少透露出，宫廷内外围绕皇太子的争斗，虽然悄无声息，却处处闪现出阴森的刀光剑影，朱常洛的日子如履薄冰如临深渊。万历四十一年年底，皇太子妃郭氏病故，葬礼一拖再拖，其实是不想按照皇太子妃的规格发引。这种事态反映了皇帝对皇太子的冷漠态度。正是由于这种缘故，朱常洛身边的警卫人员寥寥无几，慈庆宫一派冷清景象。
这些因素，终于诱发了震惊一时的行刺太子的‘梃击案‘。
万历四十三年五月初四日的黄昏，一个陌生男子，手持枣木棍，闯入慈庆宫。第一道门寂然无人，第二道门只有两名老太监（一个七十多岁，一个六十多岁）把守，这个陌生男子打伤一个老太监，直奔前殿檐下。说时迟那时快，太子内侍韩本用率七八名太监赶来，将凶犯擒获，押送东华门守门指挥朱雄处。
巡视皇城御史刘廷元立即对案犯进行初审，案犯供称：本名张差，蓟州井儿峪人。此人言语颠三倒四，好像疯子。再三严刑审讯，他的供词仍语无伦次，只是说些‘吃斋讨封‘、‘效劳难为我‘之类不着边际的话。
消息很快传到宫外，北京城人情汹汹，纷纷揣测郑贵妃在背后捣鬼。
刑部郎中胡士相、岳骏声等奉旨审理此案。张差供称：被人烧毁供差柴草，气愤之余，从蓟州来到京城，要向朝廷伸冤，便在五月初四日手持枣木棍，从东华门直闯慈庆宫云云。
胡、岳二人依照‘宫殿前射箭放弹投砖石伤人律‘，拟将张差判处死刑。这是一种简单化处理方式，仅仅以‘疯癫闯宫‘论处，不追究是否有幕后主使人，迎合朝廷希望大事化小小事化了的原则。
然而外廷的一些正直官员对此抱怀疑态度，非要追个水落石出不可。刑部主事王志案就是一个代表人物。五月十一日轮到他提牢，在狱中仔细察看案犯的动态。
此时，正值狱中开王志案见张差年轻力壮，并无疯癫迹象，便对他突击审讯，对他说：‘实招与饭，不招当饿死！‘张差望着边上的饭菜，低头不语，少顷，答道：‘不敢说。‘王志要随从人员退去，张差这才招供。他供出了内中的隐情：他的舅舅马三道、外祖父李守才带来一个不知名的老太监，对他说：‘事成，与你几亩地种，够你受用。‘然后就跟随老太监来到京城，住在一个大宅子里，另一个老太监说：‘你先撞一遭，撞着一个，打杀一个，打杀了，我们救得你。‘随即给我一根枣木棍，领我到厚载门进入内宫，来到慈庆宫，打到一个老公（老太监），老公人多，遂被缚。
从张差的供词可知，他并非‘疯癫闯宫‘，而是受宫中太监收买，闯宫梃击的。这是重大线索。王志案立即报告皇上：‘太子之势，危如累卵‘，‘臣看此犯，不颠不疯‘，‘中多疑似情节，臣不敢信，亦不敢言‘。所谓‘不敢信‘‘不敢言‘的，居然是宫中太监策划的阴谋。
只要把这些太监逮捕审讯，幕后主使人即可现形。万历皇帝考虑得更为复杂，既然牵连到太监，追查下去，便是他们的主子。这无论如何是宫闱丑闻，必须淡化处理，因此他对于王志的报告不予理睬。
但是，王志审讯的情况早已流传出去，举朝官员顿时议论纷纷。署理大理寺事务的王士昌以司法主管的身份向皇上递上奏疏，指出张差竟然手持木棍突入宫禁，如入无人之境，‘已可寒心‘。他批评皇上对王志的报告不予理睬的做法，惊叹：‘有此人情乎？‘显然是在指责皇上对太子的安危麻木不仁，太不近人情。
王志、王士昌的议论，反映了外廷大臣对‘梃击案‘的关注，人们不约而同地把怀疑的目光投向郑贵妃及其兄弟郑国泰身上。但是没有充分的证据，不敢直犯其锋。这种局面很快被敢于披逆鳞的陆大受、何士晋打破了。
户部官员陆大受对于此案审理中的疑点……提出疑问：张差已招供有太监策应，为什么不把他们的姓名公布于众？那个作为联络点的大宅院，为什么不指明座落何处？他还含沙射影地暗示‘戚畹凶锋‘，暗指外戚郑国泰（郑贵妃的兄弟），意在引而不发。果然，郑国泰按捺不住，跳了出来，写了一个揭帖给皇上，极力为自己洗刷：‘倾储何谋？主使何事？阴养死士何为？‘陆大受根本没有提到‘倾储‘、‘主使‘，他不打自招，欲盖弥彰。
机敏的工科给事中何士晋抓住郑国泰辩词中的破绽，质问郑国泰：陆大受并没有直指郑国泰‘主谋‘，何故‘心虚胆战‘？既然如此心虚，人们便不能不怀疑郑国泰了。他步步紧逼，质问郑国泰：‘谁谓其倾陷？谁谓其主使？谁谓其阴养死士？谁谓其灭门绝户？又谁无踪影？谁系鬼妖？种种不祥之语，自捏自造，若辩若供，不几于欲盖弥彰耶？‘何士晋这种逻辑严密的推理，把郑国泰‘若辩若供‘的丑态暴露无遗。然后进一步向皇上指出，既然郑国泰如此汲汲于自我申辩，干脆把张差招供的太监庞保、刘成蓟亲戚马三道、李守才一干人等，交给三法司审讯，谁是主谋，谁是助恶，必将水落石出。
何士晋虽然没有确凿的证据，但条分缕析，层层剥离，字字句句直逼郑国泰，使他无地容身，不由人们不信郑国泰与此案有千丝万缕的牵连。舆论普遍认为，梃击案不是一个孤立事件，它与先前一系列围绕皇太子的阴谋，若即若离，或许就是诸多环节中的一环，亦未可知。正如《明史·王志传》所说：‘东宫（皇太子）虽久定，帝待之薄，中外疑郑贵妃与其弟国泰谋危太子，顾未得事端……（张）差被执，举朝惊骇。‘
五月二十一日，刑部右侍郎张问达与有关衙门官员会审张差。张差招供：太监庞保与刘成商量，叫李守才、马三道对张差说：‘打上官去，撞一个，打一个，打小爷（太监称皇太子为小爷），吃也有你的，穿也有你的。‘而庞保、刘成恰恰就是郑贵妃宫中的太监，人们不能不怀疑郑贵妃的兄弟郑国泰是幕后主使人。
然而万历皇帝并不想把案情向郑贵妃方向发展，他一直保持沉默。到了五月二十六日，迫于外廷大臣的强大压力，他不得不表明态度，一方面说‘梃击案‘不仅‘震惊皇太子‘，而且‘吓朕恐惧，身心不安‘；另一方面仍然坚持给张差定性为‘疯癫奸徒，蓄谋叵测‘。言外之意，这是一桩疯子闯宫的偶然事件，再三强调‘毋得株连无辜‘，希望此案不了了之。事情并不像皇帝想象的那么简单。看到王志、何士晋、张问达奏疏的官员，无不谴责外戚郑国泰有‘专擅‘之嫌；郑贵妃当然也难辞其咎，惶惶不可终日，哭诉于皇上。皇上要她去向皇太子表明心迹。
朱常洛为人忠厚，心慈手软，听了郑贵妃的辩解，对于此案牵连郑贵妃感到恐惧，他不想把事情搞大，恳请父皇召见群臣，当众判明是非曲直，迅速了结此案。
五月二十八日，司礼监掌印太监季恩传达皇帝谕旨，在宝宁门召见内阁辅臣、六部五府堂上官以及科道官（给事中、御史）。待文武百官陆续到来后，文书官又把他们引到慈宁宫门外，向慈圣皇太后灵一拜三叩头，礼毕后，退于阶前跪下。但见身穿白袍头白冠的皇帝坐在檐前左门柱边，皇太子身穿青袍头戴翼善冠侍立于父皇右边，皇孙、皇孙女四人一字儿雁行立于左阶下。
皇帝开始说话了，他先从‘圣母升遐‘、他每天都要到慈宁宫来‘行礼‘谈起，然后话题一转，说：‘昨忽有疯癫张差闯入东宫伤人，外廷有许多闲说。尔等谁无父子？乃欲离间我耶！‘少顷，他当众宣布结论：‘止将本内又名人犯张差、庞保、刘成，即时凌迟处死，其余不许波及无辜一人，以伤天和，以惊圣母神位。‘
接着，他有意向大臣们表明对皇太子的爱护之情：‘朕思皇太子乃国家根本，素称仁孝，今年已三十四岁，如此长大，朕岂有不爱之理！且诸皇孙振振众多，尤朕所深喜。奈何外廷纷纷疑我有他意。‘然后，举起皇太子的手，对下面的群臣说：‘此儿极孝，我极爱惜。‘
他的谈话被大臣打断后，又继续说：‘朕与皇太子天性至亲……小臣恣意妄言，离间我父子，真是奸臣。‘这几句话，他再三重复，脸色显得严厉起来。然后又把话题转到今天召见群臣的宗旨上，再次当众宣布：‘疯癫奸徒张差闯入东宫，打伤内官，庞保、刘成俱系主使。‘为‘梃击案‘定下调子：凶犯张差是个疯子，主使人只追究到庞保、刘成为止。接着再重申处理决定：‘今只将疯癫张差、庞保、刘成三人处了（处决），其余不许波及，恐伤天和，震惊圣母灵位。‘
他说完后，转过脸来对皇太子说：‘尔有何话，与诸臣悉言无隐。‘
皇太子生性温顺孝敬，顺着父皇的思路说：‘似此疯癫之人，决了便罢，不必株连。‘稍停，又说：‘我父子何等恩爱，外廷有许多议论，尔辈为无君之臣，使我为不孝之子。‘
皇帝马上接口，问群臣：‘你每（你们）听皇太子说，尔等离间，为无君之臣，将使我为无父之子乎？‘一边说一边用目光示意内阁首辅方从哲赶紧表态。
方从哲立即叩头承旨，说：‘圣谕已明，人心已定，望皇上毋以此介怀。‘
方从哲回到内阁，遵照皇上刚才的叮嘱，草拟了一份谕旨呈上，皇帝稍作修改后立即发出：‘谕三法司：……见监疯癫奸徒张差，即便会官决了。内官庞保、刘成着严提审明，拟罪具奏另处，其本内马三道等的系诬攀之人，斟酌拟罪来说。此外不许波及无辜，震