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随着局势的恶化，医院里的工作人员减少了。中国医生和护士们加入了成千上万南京居民向西迁移的行列，逃离南京，威尔逊竭力劝阻他的同事们要留下来，并坚持认为，南京陷落以后在戒严法的保护之下，他们没有什么可害怕的危险。然而最终他未能说服他们。到12月的第一个周末，金陵大学医院里仅剩下3名医生：罗伯特·威尔赴，C· S·持里默和一名中国医生。城中的另一位美国外科医生理查德·布雷迪也因他的小女儿在牯岭病重而离开南京，这样威尔逊就成为唯一的一位每小时都要做一例截肢手术的外科医生。“这简直太令人难以置信了，”他在12月7日的日记中写道，“我是这座被战争破坏的大城市中唯一的外科医生。”
第二天，当日军士兵沿街闲逛时，威尔逊差一点儿丢了性命。那天下午，他决定给一位眼睛被严重炸伤的病人施行艰难而精巧的手术。为了保全另一只眼睛，威尔逊不得不将那只眼睛里的残余部分清除掉。可眼球刚刚取出一半时，一发炮弹在距威尔逊50码的地方爆炸了，弹片击碎窗户，洒得满屋子都是。虽然没有造成人员伤亡，但是威尔逊注意到护士们“都无一例外地剧烈颤抖着”，并且她们都想知道是否有必要把手术继续下去。“很显然是什么都做不了了，”威尔逊写道，“但是我想任何眼睛都不会那么快就能取出来。”
到12月13日黄昏时分，日本人已经完全控制了这座古都。威尔逊看到全城到处都飘着日本旗；第二天，日军开始接管城里的医院。他们闯入中国军队的主要医院——位于外交部内，并由安全区国际委员会成员管理，这些人自己组织了国际红十字会南京分会——将几百名中国士兵困在其中。日本人禁止医生们进入医院或者给伤兵们送食物，这些伤兵后来都被押出去有计划地枪杀了。日本人以此种方式控制了4所红十字会医院中的3所，国际委员会把全部精力集中投入到金陵大学医院。
在南京被占领的最初几天里，威尔逊亲眼目睹了日本士兵烧杀抢掠的行径。他眼看着日军洗劫了金陵大学医院，为不能阻止这些强盗行为而倍感失望，只能在心里暗暗地瞄准一个试图偷一名护士的相机的日本兵“飞起一脚”。他还看见一些士兵在街上烧一堆乐器，因此极想知道他们对财物的这种破坏是否是日本人企图在此之后迫使南京人购买日货的一个阴谋。
威尔进甚至目睹丁日本兵对他自己住所的洗劫。当他冒险去查看家中被毁坏的情形时，怡巧看到3个双手沾满鲜血的日本兵正在抢劫。他们已经闯上了顶楼，打开一个大箱子，并把里面所有的东西都倾俐在地上。威尔逊进去时，正有一个士兵在看显微镜。他们3个一见到他便顺着楼梯跑出门去了。“最大的侮辱发生在二楼。一个日本兵在卫生间离马桶不到一英尺的地板上留下他的“名片”（作者讽刺日本兵以随地大小便而留下的粪便作为“名片”—编注），”威尔逊写道，“这个日本兵还把一条挂在房间里的干净毛巾盖在了上面。”
但是没有什么抢劫能够与他在城里目睹的强奸和杀人相比。甚至就连威尔逊这样已被战争折磨得近乎于麻木的外科医生，也为残酷野蛮罪行之登峰造极所震惊。
12月15日：对平民百姓的屠杀骇人听闻。几乎令人难以置信的强奸和兽行我可以一口气写上好几页。
12月18日：今天是以现代但丁地狱篇的第六天，这个篇章是用带着鲜血和暴行的大写字母写就的。不分青红皂白的屠杀和强奸数以千计。残暴、贪欲和兽行看起来似乎漫无止境。起初我尽力对日本人表示友好以避免招惹他们发怒，但是我的笑容逐渐地消失了，我的目光也完全像他们一般冷漠呆滞。
12月19日：穷人们的所有食物均被偷走了，他们处于一种极为恐怖、歇斯底里的惊惧状态中。这种局面何时才能停止！圣诞节前夜：今天他们告知我们还有两万名中国士兵仍在安全区（没人知道他们从哪里弄到这些数据），他们要把这些人全部找出来并全部杀掉。那也就是反映这座城市里18…50岁之间的每一名健壮男子。究竟他们能如何重新面对世人呢？
到年底时他回信里带有宿命论的语气。“唯一的安慰是情况不可能更糟糕了，”他在12月30日写道，“杀到无人可杀时他们就不能再杀了。”
威尔逊和其他人时常看见日本人将中国士兵聚集在一起枪杀，并将尸体填满了肮脏的防空洞，而这洞也兼作了平民的墓穴。威尔逊听说，许多中国人被杀并非由于他们对日军构成什么威胁，而是因为他们的身体有着实际用途。南京陷落之后，很多由中国人建造的用作坦克陷坑的一大串壕沟都被日本人用死伤士兵的尸休填平。当日军找不到足够的士兵尸体填沟以使坦克通过时，他们便枪杀附近的居民，并把他们扔进壕沟。告诉威尔逊这些见闻的一位目击者借了一架相机把这些情景拍成照片以证实他所说的话。
威尔逊无力阻止这些谋杀。他遇到的日本人经常不停地故意引人注目地摆弄手里的武器——将子弹上膛或者退出子弹——为了恐吓他和其他外国人。威尔逊预感到随时都有可能从背后遭到枪击。
威尔逊在南京目睹的最恶劣的情景之一——他的余生将永远不会忘记这个情景——一大帮人在街上集体强奸一群十几岁的少女。日本兵把这些15至18岁的年轻女子排列成行，就在地上强奸了她们，一个接着一个，有整整一个团的士兵。有的女孩因大量出血致死，而其他女孩则在事后马上自杀了。
医院里的情景甚至比大街上的更令人触目惊心。威尔逊所看到的令他痛彻心肺，一些妇女因腹部撕裂被送进急救室。一些男子被烧得面目全非，那些日本兵企图活活烧死他们，还有大量其他的惨事，他几乎没有时间记录下来。他告诉妻子他将永远不会忘记一位脑袋几乎被砍了下来，只靠一个支撑点连接在脖子上摇摇欲坠的妇女。“今天早晨又来了一名妇女，她的处境悲惨之极，她的经历恐怖之极。”一位医院的志愿者于1938年1月3日记下了这名妇女的情况。
她是被日本兵带到他们的医疗分队的5名妇女之一——白天为他们洗衣服，晚上被他们强奸。每个晚上她们中的两个人被迫满足15…20个日本人的兽欲，而最漂亮的一名妇女一个晚上则被强奸多达40次。到我们这儿来就医的这位的妇女是被3个日本士兵叫到一处偏僻的地方，他们试图砍下她的头。脖子上的肌肉已被戳穿，但是他们没能切断脊椎。于是她便装死，而后拖着病体到了医院——这是众多人中又一位日军兽行的见证者。
然而在他们的病痛和苦难中，威尔逊也被其中病人顽强的意志力所震撼了。在一封注明日期为1938年新年的家信中，他讲述了一个幸存者令人难以置信的故事。一名29岁的妇女住在南京以南的一个小村子里，中国士兵烧毁了她的家，并强迫她带着5个年幼的孩子步行前往南京。天擦黑的时候，一架日本飞机俯冲下来，用机关枪向她们一家人扫射，一发子弹穿过这位母亲的右眼从脖子射出。她立即昏厥过去，直到第二天早晨才醒了过来，躺在一片血泊之中，正在哭叫的孩子紧挨着她。她太虚弱了以至于根本抱不动那只有3个月的最小的孩子，便只得将这个孩子留在一幢空房子里。但她不知怎样竟鼓足力气牵着余下的4个孩于挣扎着向南京走去，并且成功地到达了医院。
威尔逊和其他志愿者坚持留在医院里直到他们濒于崩溃之时。本来安全区国际委员会可以利用来自城外的医疗援助，但是日本人却不允许医生或医疗志愿人员进入南京。因此照顾病人及管理安全区的重担便落到了这个弱小的、由差不多20人组成的被围困的委员会的肩上。为了确保医院免遭日本人的破坏，他们轮班工作，一个外国人至少每天工作24小时。他们中的一些人劳累过度以至患上了伤风，流行性感冒及其他各种疾病。大屠杀期间，城里仅有的另一位西方医生C·S·特里默在40℃度的高烧中挣扎。
金陵大学医院迅速地变为另一个难民营，因为威尔逊拒绝让无家可归的病人出院。离开医院的病人必须由外国人陪同以确保他们安全地返家。詹姆斯·麦卡勒姆充当医院的司机，开着没有上漆、仓促修理好的救护车在城里运送病人。大屠杀的幸存者们都记得，筋疲力竭的麦卡勒姆总要在头上压一块凉毛巾，为了在开车送病人回家时能保持清醒。但是凉毛巾也无法使他一直睁着眼睛，麦卡勒姆就咬着舌头，直到出血为止。
南京城里几乎没有人像威尔逊那样在医院里拼命工作。当大屠杀和暴行逐渐地停息下来时，其他几名医生每个周末都到上海去放松极度紧张的神经。但威尔逊继续毫不懈怠夜以继日地给病人做手术。约在60年之后，幸存者们还以无比尊敬的语气谈到威尔逊大夫。怀念他那无私忘我的精神。有一个人还详细地讲述了威尔迅亲手做的手术准备工作及其成功的手术。他的手术是免费的，因为很少有病人能支付得起，但是外科手术也使他自己的健康付出了极为沉重的代价。最终，他的家人深信，只有他作为一名美以美教徒的虔诚信念连同他对中国的热爱，两者结合在一起才赋予了他能够在南京的暴行中幸存下来的勇气。
南京城的活菩萨
威康明娜·沃特林（大多数人叫她明妮·沃特林）在日军占领之前是金陵女子文理学院教育系主任及院长，南京大屠杀开始后的几周里，留在城中的西方妇女屈指可数，沃特林便是其中之一。许多年后人们都会记得她，不仅因为她为保护数千名妇女儿童免遭日军欺辱时所表现出来的巨大勇气，而且因为她所保留下来的日记尤为珍贵。一些历史学家认为这些日记最终会像安妮·弗兰克的日记一样为世人承认，其重要性在于它阐释了在战争大劫难期间一名见证者的精神。
沃特林是一位铁匠的女儿，1937年时她已经51岁。她在伊利诺伊州的一个小农场长大，母亲去世6年之后她被送到邻居家生活。沃特林在邻家里所受的特遇比一个仆人或是下地耕作的农夫强不了多少，冬天最冷的几个月里她都在放牛。纵使她幼时贫穷，她仍然读完了中学，1932年又以优等成绩毕业于伊利诺伊大学厄巴纳——尚佩思分校。
年轻时的沃特林身材高挑而端庄秀丽，放着一头长长的黑发，她活泼开朗，受人欢迎，吸引了众多的追求者。可她从伊利诺伊大学毕业之际，却决定终生不嫁。加人基督教士联合会后，她来到中国安徽省的一个城市合肥，在这里呆了7年，她在担任女子中学校长的同时，学习讲汉语。后来，她搬到南京，就任于金陵女子文理学院。
显然，沃特林在南京生活得非常愉快。回到伊利诺伊州的家乡探亲时，她不断地谈起中国——它的文化、它的人民和它的历史。她送给家人一些蚕茧，还教他们如何烹调和品尝中国食品。她在日记中不断地赞美南京城秀丽的风光。作为一位食心的花匠，在金陵女子文理学院的校园里，她培育大量的玫瑰花和菊花，还到中山公园去参观那里的花房，并在明孝陵附近弥漫着李子材和桃树花香的小径上漫步。
1937年夏夭，沃特林与朋友们在海滨避署胜地青岛度假时，听说有一个日本士兵在北京以南几里处失踪了。这一事件引发了中日之间的冲突，双方在那里进行了几次战斗。她的一个朋友因此而优心仲忡地谈起1914年萨拉热窝只有两个人被暗杀却最终导致了1100多万人死于战争。
沃特林仍拒绝与其他美国人一道撤离南京，于是美国大使馆借给她一面崭新的9英尺的美国国旗，铺在金陵女子文理学院绿草如荫的西方院子的中央，以确保校园免遭日本飞机的轰炸。使馆工作人员还给她和其他国际委员会成员们提供了用长长的绳索结成的梯子，告诉他们，一旦“帕奈”号载着美国大使馆官员撤离南京，中国军队关闭所有城门之后，他们逃走的唯一希望就寄托在借助绳梯翻越城墙了。
但是沃特林根本没有时间去考虑逃跑。大多数教员离开南京（许多人放弃了他们的家园逃往上海、成都和四川〔其他地方〕等地），沃特林成了学院的代理院长。她辛勤地工作着，把女难民安顿在校园里，帮助伤兵们撤离该地区。为了掩护这些中国士兵的真实身份，她在学院的焚化炉里烧毁了他们的军人证件和军服。在她的指挥下，家具都搬进了顶楼，仓库被腾空，宿舍打扫得干干净净，贵重物品全用油布包好藏了起来。与此同时，又把南京安全区专用的海报、招牌和袖章分发给每一个志愿者。有人委托沃特林缝制一面27英尺长的美国国旗，但是那个中国裁缝无意中犯了个错误，没有把饰有星星的蓝色的那块放在上边，相反却误将其放在了左下角。
到12月的第二个星期，金陵学院打开大门接纳妇女们和孩子们。成千上万的人涌了进来。难民们以每天1，000人的速度经过南京。他们中的许多人精疲力尽，神智恍惚，饥肠辘辘，走进安全区难民营时身上只剩下衣服了。“除了吃午饭时，今天从早晨8点30分到晚上6点，当难民往里涌时，我一直站在门口，”她接着写道，“许多妇女的睑上充满了恐惧——昨晚是南京城可怕的一夜，许多年轻的妇女被日本兵从她们的家中强行带走。”
沃特林允许年轻妇女和孩子们随便进入校园，但恳求年长一些的妇女呆在家里以便给年轻些的女子留出地方。没有人听从她的劝告，许多人只求能在草地上有一块刚够坐的地方就行到12月15日晚上，金陵学院难民营的人数已经达到3万多人。
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