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盛宣怀一看反对的力量很强，就一脚踢开本来就是试探性的第一套方案，而在1911年6月15日前后，又抛出了第二套方案：原来各铁路公司的股东，凡是愿意领取国家股票的，就发给国家股票，仍然按照原来的六厘标准支付利息；那些不愿意把公司股票转为国家股票的，那就照入股时的价格退还现银，不过要到5年之后才开始返还，要15年时间才能全部返还完毕。他把这套方案上奏给了载沣了，算是他们邮传部会同度支部，以及督办铁路大臣共同提出的铁路国有化的具体方案。载沣一看，这个方案也算不失偏颇，各方利益都照顾到了，可谓“审慎周详，仁至义尽”，就于6月17日以皇帝上谕的形式批准了这个方案。同时，他还敲了地方督抚的警钟，经过这次“仁至义尽”的规定后，如果还有不法之徒，妄图借着铁路问题，煽动作乱，滋生事端，那督抚们一定要“严拏首要、尽法惩办，毋稍宽徇，以保治安”。
这套方案传达给地方后，立刻又激起第二波反对的浪潮。尽管在一般行外人，包括载沣看来，这个方案没有什么问题。但实际上，因为当时各地的铁路股票的市值已经跌到了发行价的50％～60％，以后可能还要跌，而铁路收归国有后，根据这些股东们的判断，肯定比商办更不济。所以，他们都要求按原来他们投资股票时的价格立刻返还现银。而按盛宣怀的方案，这笔钱要等五年后才开始返还，总共要过二十年才能拿到这笔钱，股东们当然不干了。
6月20日，两广总督张鸣岐想了个折中的办法，提交给盛宣怀和度支部：既然当时市场上的股价已经为原股本值的60％，那不如就按这个数目立刻先返还股东现银，剩下的40％部分再做以后分期还清的打算，这样，商人们是应该能够接受的。
如此这般，经过反复的讨价还价，一直对峙到9月底，盛宣怀才提出了第三套方案，并且再次得到了载沣的批准，其中的主要内容包括：广东省基本上按张鸣岐的建议去办，先返回股东投资原值60％的现银，余下的40％转成国家无息债券，以后慢慢还清。湖南和湖北的商股则全部按原值返还现银，而少量的以米捐、租股、赈粜捐款入的股的则转成国家保利股票，年息还是六厘。
清廷总算是大度，这个方案从各方面来说，还算是公道。所以，方案甫一公布，就基本上平息了粤、湘、鄂三省的保路风潮，即使闹得最早也是最凶的湖南人，看到既然能全部拿到现银，就可以从前景不妙的铁路事业中完美抽身，自然就不闹事了。
盛宣怀和朝廷能对这三个省这么慷慨，主要原因还是因为湖南、湖北需要返还的现银很少，每个省只有二百多万两，只相当于四川的10％，扣住了也没什么太大的意义。广东的商股，虽然数额不小，但现在等于是给人家打了六折，朝廷占了便宜；而且广东人开洋已久，做生意的时间比较长，对于股价的波动也有心理抵御的素质，因此比较能适应和接受。
积极的四川人
四川就不同了，无论是这个省的情况还是盛宣怀对这个省的政策，都不同于其他省。这些区别最后终于激起了一场大大区别于其他风潮的亘古未有的革命。
四川人造铁路是比较积极的，而且当初在锡良的积极推动下，四川的民办铁路事业是全国最热火朝天的。锡良（1853—1917年），蒙古镶蓝旗人，进士出身，算是一位廉洁、干练、负责的模范官员，也是满族官员中比较开明的一派。自1903年4月担任四川总督后，他一心一意贯彻中央提出的“新政”精神，高举清廷黄龙伟大旗帜，全面推进四川的近代化改革与建设。他大练新军，兴办新式教育，发展工商业，整顿吏治，各方面都颇有建树。对于铁路，他也是很有一套想法。入川赴任后不久，他就上奏朝廷，请求创办铁路公司。1904年1月，川汉铁路公司在成都岳府街正式挂牌成立，这也是全国最早成立的省级铁路公司。
锡良是清政府的死忠，辛亥革命后，他再没有出来做官，临终前还让他的儿子给清朝的末代皇帝溥仪上表以示忠诚。但他万万没想到，他一手创办的川汉铁路公司，最终却成为了吹倒他所忠诚的朝廷的暴风中心。
虽然无论是锡良还是四川绅商们对铁路都有着极大的热情，但他们所制订出来的操作规程却是漏洞百出，这就导致了四川铁路的先天不足。按照那份《川汉铁路总公司集股章程》的规定：川汉铁路公司应该由川省绅民自愿筹集股份，既不招外股，也不借外债，并且不准把股份卖给外国人。每股股价为五十两库平银。凡是以各种形式投资入股的，都会发给公司的股票。集股时间为从公司成立之日起，到铁路建成之后才停止。
之所以设立这个开放式的集股章程，而没有数量和时间上的具体限制，是因为川汉铁路公司在成立的时候，还不知道修这条铁路要花多少时间、花多少钱。这种事先缺少勘测、统计的工程，要是没有纰漏才是咄咄怪事。
根据《章程》，川汉铁路总公司的股票，总共分为四种：
（1）认购之股：就是由投资者直接出钱投资入的股，也叫“商股”。
（2）官本之股：简称“官股”，是由政府财政拨款而来的股金。
川汉铁路公司股票
（3）抽租之股：简称“租股”，就是强行摊派在全省每个农户头上的股份。按规定，全省农户年收租在10石（每石120斤）粮食以上的，都要按其当年实际收入的3％抽取“股金”，比如一个农户收了10石租粮，那就要上交3斗给川汉铁路公司做资本金；收租十石以下的农户可以免抽。但粮食是不能用来铺铁路的，所以也无法直接作为股金投入到公司里，而得由某个收股机构把它们变卖后换成现银，才能作为股金。按当时的粮价，一石粮食值现银2两5钱，20石粮才能凑够50两的一股，这相当于当时5亩地的年总产量。所以，绝大多数农户一年是交不出能换到一股股票的粮食的，只能每年交上几斗，最多几石。对这些农户，铁路公司就不给他们股票，而是先给他们开张收据，等着凑够了20石，再拿这些收据换成一股的股票。我们可以算一下，那些每年只能交3斗粮的农户，得交六七十年的租股才能换到一股股票。
（4）公利之股：就是以铁路公司的名义开设其他经营项目时获得的收入。比如，铁路公司从盐务局和当铺借了100万两银子，又从其他钱庄票号中借了50万两，交给机械局去办铜元局（当时准备搞货币改革，以铜元代银锭），并规定，将来铜元局如果能够获利的话，除了要归还本金之外，它剩下的利润也要交一部分给铁路公司，作为铁路公司的资本金。这部分股金也要派发息银和红利。这些红利和息银归地方政府所有，用于兴办地方公用事业。
按照《章程》规定，所有股票都能按四厘的年利息率享有利息收入。同时，等铁路修完开始营利之后，所得利润的60％都要作为股东的红利发放。
从这份《章程》上看，川汉铁路公司的建立首先在最根本的产权关系上就有着天生的缺陷。这的确是个股份公司，公司的产权看似非常清晰，没有什么不好界定的。但从实际的运行情况看，尽管四川绅商们吆喝得很卖力，但公司真正的投资来源主要还是租股。截止到1910年底，公司收入股金1198万两，其中，官股只有23万两左右，当然没什么话好说了，但本来呼声最高的商人们投资的商股也只有245万两，反倒是强行摊派的农民们的租股倒有928万两，约占总股本的76％。所以，名义上商办的川汉铁路公司的实际股本主要来自对全省农民的摊派。
农民们的租股，其产权虽然在法律上无疑是属于出资农民的，但在实际操作中，因为这些钱是由各级官府组织的收股机构收取来的，而且，由于大量的农户交纳的租股远远达不到换一张股票的数量，所以，真正掌握和代表租股的机构只能是官府。所以，尽管真正的官股只有区区23万两，但对于租股的控制，使得这个公司同时具有了官办和商办公司的特征，并集成了两种投资形式的一切弊病。
更糟糕的是，在川汉铁路的投资收益分配中，真正出钱的广大农民实际上是享受不到利息与红利的，因为他们每户交纳的租股太少，连一张股票都没有，股息就没办法发给他们，而全被中间收取租股的各级政府办事机构拿走了。农民们不仅被加重了负担，而且连股息这点有限的回报都被剥夺了，自然怨声载道。这种情况也被反映到了朝廷中枢那里，也导致了最后载沣下决心要把铁路干线收归国有，他最重要的目的之一就是停止强行摊派租股，以减轻农民的负担。
川汉铁路的匆匆上马也注定了这是一笔缺少前期科学调研的盲目投资。在成立这个铁路公司之前，锡良根本就没有对这条铁路进行过必要的勘测和设计。路怎么修？沿什么路线修？以当时的技术条件，能不能克服地质上会遇到的各种困难？什么时候能修成？需要多少资金？修成以后效益会有多大？这一系列问题，他们都还没有认真考虑过，就迫不及待地开动了项目。前面已经说过了，这种盲目行动最直接的表现就是在这个公司的章程中，收取股金的时间和数量没有期限，老百姓们的负担何时是个头，大家都不知道。但更严重的后果在于，有些路段的地质条件以当时的资金和技术条件是根本无法克服的，简单说来，路就根本不可能在其想象的时间内修通。
锡良是个厚道人，不晓得知难而退。当初他在与湖广总督张之洞商量修建川汉铁路事宜的时候，张之洞说：咱们湖北的财力不如你们四川雄厚，川汉铁路在湖北省只能建起武汉到宜昌段的铁路，从宜昌到四川的奉节（今天重庆奉节县）这段路就拜托你们四川方面出资修建吧。这一段路途最为险峻，地质条件最为复杂，施工难度最大，张之洞显然是想把烂活推给四川人去干。他本来可能还准备了一大堆说辞要来忽悠锡良的，但没想到锡良想都不想就一口就答应下来了。
这个承诺的后果相当严重，一是因为刚才所说的，这段路的地质条件实在太恶劣，这就使铁路建设的进度极其缓慢，长期见不到效果；二是这段路在湖北境内，当张之洞后来认识到靠本国力量无法修成铁路，准备向四国银行借款修路时，谈的只是湖北境内的路，而不包括四川境内的路，可他把这段应该属于川汉铁路公司修建的路也算入了湖北境内的路写入了借款合同，这就为盛宣怀搞“铁路干线国有化”时与四川人的纠纷埋下了伏笔。
中国人喜欢凑热闹，当初没有人投资铁路的时候盛宣怀和张之洞是踏破铁鞋、费尽口舌都招不来股，但一看外国人修得不亦乐乎，想来其中必有厚利，所以就争着抢着要修，也就不管调查取证这档子事了，能把修筑权揽到手就算成功了。在这样的思维指导下的锡良和四川绅商们的确成了第一个吃螃蟹的人，但也是被蜇地最惨的一个。
川汉铁路公司的经营
川汉铁路公司成立后，各方面工作也都慢慢开展起来了。
在筹款方面，尽管在收取租股的时候激起了一些民间怨声，但总的来说，还是比较顺利的，截止到1911年6月，公司一共筹到了各类股金1340余万两，加上生息与其他杂项收入330万两，总共达到了1670万两，用银元计算是2386万元。这在全国各铁路公司中属于佼佼者，相比之下，湖北的铁路公司的筹款业绩就糟糕透顶了，他们本打算筹1906万元的，结果最后只筹到了257万元。
在筑路方面，1906年6月，锡良派工程师胡栋朝（留学美国的海归）和陆耀庭两人勘测全线，9月勘测估价结束，预计全线（从四川成都到湖北宜昌）长达1355公里，需花费白银7257万余两。但对这条路应该先从哪里开始修起，两人有不同的意见。最后，公司董事会接受了陆耀庭的意见，决定先从宜万段修起。1909年初，公司聘请了著名铁路工程师詹天佑为总工程师，1909年12月28日，川汉铁路宜万段举行开工典礼。
事后证明，从宜万段开始动工的决策是一个严重的失误，这一路段地质条件的复杂程度，远远超过了川汉铁路董事会的想象，开工没多久，施工人员就发现了这个严峻的问题，公司内部也有停建此段、再开成渝段的讨论。后来，詹天佑重新进行了测量，对原来的路线进行了一定程度的修改，其修改方案主要是避开大河高山，尽量少架桥、少打隧道，但这样一来，绕的弯就更多了。路是能继续修下去了，但整个工程的进展十分缓慢，到1911年5月，只修成了1公里铁路，这条铁路也只能用来通行运料车辆。这种缓慢的进度也让清政府以商办公司的体制不好、没有能力修路、效率太低为理由将其收归国有管理变得十分合情合理。
从公司的经营方面看，公司五年里赢利了330余万两，不能算少，说明公司在经营方面还算成功的。不过，这多半是因为克扣小股东的应得利息造成的。按照川汉铁路公司的集股章程，公司每年要付给股东们4％的利息，对于那些出股50两以上的大股东，这笔利息是可以直接交到他们手上的，但对于绝大多数出股不到50两的普通农户来说，他们连股票都没有，就没有了返利的凭证。征缴租股的机构就说：等这些人的租股达到一股即50两以上时，再统一返利。然后就把这