开馆这年，乾隆已经６３岁，唯恐看不到《四库全书》的完成，又传谕采撷四库精华、编缮《四库荟要》，并分缮两部，一部贮藏于紫禁城内的摘藻堂，一部存放在长春园呋腴书屋，每部书有四百七十三卷，装成一万二千册。
四库全书的编校，是中国文化史上的一件大事，也是乾隆年间的一个盛举，对于纪晓岚来说，则是他一生的主要成就。
纪晓岚日坐书城，博览群籍，寻章逐句，从《永乐大典》搜辑散逸，尽读各行省进献书籍，极尽艰辛。整整用了８年时间，完成了《四库全书总目提要》，又称《四库总目》或《四库提要》，收正式入库书三千四百五十八种，存目六千七百八十八种，总计一万二百四十六种。各书提要，将一书的原委撮举大凡，并列叙者之爵里，订辩其书文字之增删，与篇帙之分合，批评其叙事议论之得失。诸书提要，分之则散弁诸编，合之则共为总目。
“总目”按照全书体例，分为经、史、子、集四部。每部之首，各冠以总序，撮其源流正变，以挈纲领。共分经部十类、史部十五类、子部十四类、集部五类。类下有属，每类之首，也各冠以小序，详述其分并改隶，以析条目。每类之中，先以文渊阁著录（即编入四库全书）的书籍列在前面。那些言非立训、义或违经，与那些未越群流的寻常著述，经评定不足以收入四库之中，而也未尝奉旨销毁的书籍，则附存篇目，排列于后，藉存梗概，以备考核。如是流别繁碎的，又分析子目，使之条理分明。如是意有未尽，列有未该，就或在子目之末，或在本条之下，附注按语，以明通变之由。诸书各以时代为次，历代帝王著作，以隋书经籍志例，冠各代之首。每书名之下，各注某家藏书，以不没其出处。那些坊刻书籍，不便专题一家的，便注上“通行本”。各书的编次先后，都以登第之年，生卒之岁，为之排比，或根据所往来唱和之人为次，不可详细考证的，就附在本年之末。僧侣羽士、闺阁宦仕，以及外国的著作，也各分时代，不再区分。至于笺释旧文，就仍从所注之书，而不论作注之人。如是褒辑旧文，而自为著述，与根据原书而考辩的，事理不同，就仍随时代编入，统计著录有一百零二卷，存目八十七卷，著录存目并有的有十一卷，一类或占一卷或数卷、十余卷不等，别集多达三十八卷，楚辞类则不足一卷，全书共二百卷，书前冠以乾隆“圣谕”，馆臣“进表”，与“职名”、“凡例”，以及“门目”等卷目四卷，大致记述了“全书”与“总目”纂修经过与编写体例。
“总目提要”著录的书共一万多种，基本上概括了清代中叶以前中国的重要著作，这万余部典籍的提要，“门类允当，考证精华”，对了解中国古籍，研究中国古代文化，有着极其重要的意义。
这是一部非常伟大的学术著作，“进退百家，钩深摘隐，各得起要指，始终修理，蔚为巨观”，“大而经史子集，以及医卜、星相、辞曲之类，其评论抉奥阐幽、词明理正。”当朝及后世学者读后，无不惊叹纪晓岚学识渊通，遂享有“通儒”之称，被誉为“一代文宗。”
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纪晓岚为编写《四库全书总目》，将从各地搜集到的逾万部书籍，以及宫中秘籍，一一细细审阅，披览无余。但起初，明代的《永乐大典》藏置何处，一时寻求未获，使他为此事十分焦急。
这天，王文治看他着急的样子，便想与他开开玩笑，郑重其事地说：“《永乐大典》副本，失于明亡之际。其正本乃国中之宝，明庭十分珍重，当藏之秘阁幽室，方能免毁于兵燹。今事过三百年，世间尚无正本的传闻。查诸史籍，更无记载，究竟藏于何处，唯有鬼神能知。我看，你不防斋戒三日，祈神指点，或许能出现奇迹。”斋戒三天，不食腥荤，不近女色，这在一般人说来，并不是什么难为之事。可是，对纪晓岚来说就不同了。他性喜肉食，平时养成了习惯，每日三餐，顿顿吃肉，配以浓茶即可。如今要他斋戒吃素，无异于一种刑罚。再说他自幼就精力旺盛，从１７岁结婚，到这时３０多年了，除了不得已的情况而外，他几乎夜不虚度，虽然年届半百，依然如故。三夜独眠，也会使他难忍难熬！
对于他的生活癖好，王文治素来清楚。所以建议他斋戒三日，表面上一番好意，肚子里流的却是一滩坏水，要治治这位好色成性的风流才子。
纪晓岚是何等聪明，哪里会不明白王文治的用意？但他考虑：既然没有《永乐大典》散佚的传闻，那肯定还藏在什么地方！只是寻找的不细，没有发现罢了。在宫中再细致地寻找一遍，即使找不到，也可断定它没有藏在紫禁城中了。纪晓岚考虑再三，居然不露声色，愿意依计而行。这一点，实在出乎王文治的意料。
“你当真戒斋三日？”王文治不大相信。
“只要能找到《永乐大典》，我斋戒一个月也无妨。更何况事关鬼神，不可半点造次！”纪晓岚也一本正经起来。
事也凑巧。纪晓岚斋戒两日，指挥宫中大小太监细细查勘，一位小太监爬到“敬一亭”的顶架上，终于发现了密藏在这里三百余年的《永乐大典》。
“嗨！找到啦！找到啦！”小太监高兴得一时忘了宫中禁忌，高声欢呼起来。
纪晓岚闻讯赶赴敬一亭，欣喜若狂，奏请皇上，迁大典至翰林院。有二千四百七十三卷，九千八百八十册，从中辑录三百八十五种，交武英殿以聚珍版印行。
各省进献的书籍，已经堆积如山，厘定钞、存之后，分发给各分校官，作初步的校勘。
鉴于原书大小长短规格不一，编纂后全部木刻，不但费时过久，而且耗资甚巨，不如全部手抄。一来便于更改原著，二来大小可以统归划一，同时又节省时间和费用。纪晓岚等人奏请圣裁后，召集京中善于书法的举人、贡生、监生数百人，派为誊录员，负责抄写。并订制了一套奖励办法，规定每人每日抄写一千字，扣除领书、交书时间外，每年须抄三十万字。按时登记，五年议叙。这办法实施以后，果然有效，誊录工作品为顺利。
四库书馆的总纂之所，设在圆明园的新建的文源阁。纪晓岚家居城内，离这里２０余里，每天步行到此，往返颇为费时。便在海淀买下一处房舍，这就是槐西寓所，《阅微草堂笔记》中，称作“槐西老屋”，携明轩住在这里。明轩身边，有丫环玉台侍候。
迁居之后，路虽近多了，但他已经养成了疾步如飞的习惯，每天匆匆往返，同事们叹莫能及。
这天，纪晓岚正在路上匆忙行进，赶上了前面走着的詹事府少詹事彭元瑞。两人打过招呼，比肩前进。彭元瑞随他加快脚步，但走着走着，就跟不上了。直累得起喘吁吁只好让纪晓岚前面先走，自己徐步后行。到了圆明园，纪晓岚已阅书数卷。彭元瑞喘息未定，向人说起路上之事，笑道：“纪晓岚确是神行太保。”纪晓岚正端坐看书，应声答道：“彭芸楣不愧圣手书生。”“好联，好联！”人们听了，惊叹起来。
陆锡熊，字健男，号耳山，是江苏上海人，乾隆二十六年进士，召试授内阁中书，深得刘统勋赏识，也由刘统勋举荐，与纪晓岚同司《四库全书》总纂。二人非常相合，交情很深，只是陆锡熊的宦途际遇，比纪晓岚更为坎坷，曾经多次谪迁，到晚年纂修《四库全书》时，才算安定下来，与纪晓岚同蒙高宗倚重，官至刑部郎中，他俩修书之余，常常互相唱和，戏谑为乐。
一日校书休息，纪、陆二人对座，陆健男讲昨天访友之事，他驱车城外，归途经过一处“四眼井”，便休息饮马，眼前情景使他想出一联：“饮马四眼井”路上想着下联，居然没有一副满意的。
这时说起昨日之事，自然想起这副联语，便向纪晓岚询问下联。
纪晓岚听完，笑嘻嘻地揉了一下鼻子，又用手中的大烟锅，指向陆健男说道：“阁下本身不正是很好的下联吗？”“你所说指什么？”陆健男不解地问。
“阁下的号，耳山哪！”纪晓尚接着说道：“‘饮马四眼井’，用‘驮人陆耳山’来对，真是再好不过了！”“哈哈哈。……”两人相视大笑，室内洋溢着融融的春意。
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《四库全书》的编修，除了乾隆皇帝用来夸耀文治，显示自己尚文好古，博取美名而外，其编书的根本目的，是推行文化专制主义，借以巩固清王朝的统治。
在编书的头一年，乾隆曾两次提出：编写《四库全书》时，对古籍该“毁弃”的应予毁痉，该“删改”的应予删改。第二年八月，他在给几位军机大臣的谕旨中，明确说过：凡“有诋毁本朝之语，正应乘此机会查办一番，尽行销毁，以杜绝、遏止邪言，正人心而厚风俗。”在编纂《四库全书》的过程中，凡近朝野史及明人有关奏议文集，只要内容稍有嫌疑，而对清廷不利者，也一概焚毁勿论。更有甚者，一些并不“诋毁本朝”，甚至与政治毫无干系的著述，如顾炎武的《音学五书》等，也遭到毁版的厄运，至于那些补删改的书，往往被弄得面目全非。《四库全书》的里面，凡是“胡、虏、贼、寇”一类的字眼，都一一改换。例如“胡”改为“金”，“虏”改名“敌”，“贼”改为“人”，“虏廷”改为“北廷”，“入寇”改为“入塞”，“南寇”改为“南侵”等等，此类情况，不胜枚举。
《四库全书》的编纂过程，也是对中国古代文化的一次劫掠。据统计，在编书的十年中，仅浙江一省，就毁书二十四次，被毁书籍达五百三十八种，一万三千八百六十二卷之多。
江西巡抚海成，仅在乾隆四十一年，就搜缴焚书八千多部。就全国来说，焚书数量之巨，实在是惊人之极！要几倍、十几倍、甚至几十倍于《四库全书》的数量。因此，乾隆焚书之甚，也堪称空前绝后，是中国历史上焚书最多的人。
乾隆四十六年，纪晓岚经过八年殚精竭虑，全力以赴，整天手不停挥，有时竟至整日不归，终于完成了《四库全书总目提要》，将抄录入府和抄存卷目的图书，全部汇要于内，钩沉撷萃，各得起所。进呈御览之后，龙颜大悦，重重地赏赐。
这八年来，纪晓岚也因自己的苦干，深得圣上的垂抚，官职屡屡升迁，初任总纂官时，他只是侍读一职，继而为侍读学士，不久升为京察一等，两年后便晋为内阁学士，总理中书科。
《提要》完成，第一部《四库全书》也初具端倪，这时乾隆皇帝便为御制序文忙碌起来，这样一部旷古奇书，御制序文更极不一般，连皇帝也不轻易下笔。乾隆将纪晓岚留在宫中，要他代做，但又怕别人知道，便让纪晓岚住在御书房里，每日夜晚，两人商量，如何编制，如何措词，每每忙到深夜。
转眼到了次年正月，纪晓岚等人纂修的第一部《四库全书》缮成，共收书三千五百零五种，七万九千三百三十七卷，装订成三万六千余册。全书封面，经部绿色，史部红色，子部蓝色，集部灰色，简目目录为黄色。全书一律用宣纸朱栏，黑笔手抄，每页十六行，每行二十一字，鱼尾下标注书名，卷次及页数，红框白口，天宽地阔，清朗美观。这部中国前所未有的大丛书，规模宏伟，卷帙繁富，保存了许多珍贵的文献，有的采自府内藏本，有的来自藏书家的进献本，有的是《永乐大典》中的辑本，弥足珍贵。
御览之后，圣心大悦，诏令庋藏于紫禁城内的文渊阁。文渊阁内，设置领阁事、提举、直阁事及校理等官掌管，此时的纪晓岚，即被任为文渊阁直阁事，同时兼任兵部右侍郎。
此后，《四库全书》又分缮六部，建阁度藏。盛京沈阳故宫内一阁，称“文溯阁”，圆明园内一阁称“文源阁”，热河承德避暑山庄内一阁称“文津阁”，连同文渊阁，谓之“北四阁”或“内廷四阁”。又以江浙为人文渊薮，在扬州的大观堂建文汇阁，镇江金山寺建文宗阁，杭州圣因寺行宫建文澜阁，各贮全书一部，称为“南三阁”或“江浙三阁”，允许士民赴阁，传观抄录。到乾隆五十五年，七部全书才全部缮写完成，送藏七阁。从开馆修书算起，共经历了１８个年头，才告竟成功，以十数年之岁月，成如此壮观宏伟之巨构，实在是古今中外所仅见。
编纂期间的校勘工作，费些周折。在乾隆四十三年，乾隆初览进呈的部分抄本，发现讹误很多，遂于五月二十六日批谕：“进呈各书，朕信手抽阅，即有论舛。其未经指出者，尚不知凡几？既有校对专员，复有总校、总裁，重重复勘一手经数人手眼，不为不详，何竟漫不经意，必待朕之遍览乎？若朕不加检阅，将听其讹误乎？”从此以后，校勘考核更严，经纪晓岚复勘文津阁的藏本，查出誊写错落字句，偏谬之书各六十一部，漏写《永乐大典》三部，漏写遗书八部，缮写未全者三部，坊本抵换者五部，文字舛误者一千余条。
其他六阁的藏书，自然会有此类情形。事实上这么多的书，讹误之处在所难免。早在编纂之初，纪晓岚就意在避免差错，严格校对，处罚出现差错的纂修官和各处人员，时时有之，但防不胜防，屡屡出错。纪晓岚亲自查问，各纂修官推诿处分，不肯承认是自己的差错，尽管册簿记着某人负责某书，也不肯承认，说是：记录簿记错，张冠李戴了。纪晓岚便也作罢，不再硬逼。他在墙壁上题了一首诗：
张冠李戴且休谈，
李老先生听我言。
毕竟尊冠何处去，
他人戴着也衔冤。
再说那些校勘官，还有一段给皇帝拍马屁的秘事：就是在进呈御览的书中，每一页的头一个字，故意写成错字，留待乾隆校阅指斥，好让皇帝显得圣明。如果错字没有被乾隆发现，那么就成为御定之本，即使校勘的官员发现，那也不敢改正了，这真是荒天下之大唐！