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之后的几年中，日本政治家和天皇本人要求释放所有被定罪的A、B和C级战犯，几乎所有的请求都得到了麦克阿瑟及其后任陆军中将马修·B·李奇微的应允。至1952年4月与日本签订的旧金山和约开始生效时，在华盛顿的正式批准下，SCAP（同盟国最高司令官）释放了包括没有受审判的B级和C级嫌疑人在内的、全部892名战犯。对这些人的释放，以及随后出现的其中几个人在战后的国家里迅速升至权力高峰的情况，对20世纪50年代的日本政治产生了深刻的两极化的影响。
1948年12月1日，美国国家安全保障会议第13／2号文件被送到麦克阿瑟手中。文件正式批准了美国的占领政策从政治民主化向重建经济和重整军备的转换。以后，美国不但要考虑在经济上、政治上而且要在军事上加强日本的力量——这违反了和平宪法。收到文件和杜鲁门的追加指令两周后的12月18日，麦克阿瑟指令第二次吉田内阁实行“安定经济九原则”，其宗旨是控制薪金和价格并最大限度地增加出口生产。第2年初，底特律的银行家约瑟夫·M·道奇来日本，指导日本实施通过产生大量失业者的极端的通货紧缩财政政策，复兴日本的资本主义。这些由华盛顿批准的政策转换削弱了麦克阿瑟的权力，突然加速了日本政治中的“逆转进程”。
和平运动
1949年，在新的安排导演下，裕仁的巡幸重新开始并一直持续到1951年末。这段时期的初期，GHQ放松了对公众讨论广岛和长崎原子弹爆炸事件的限制，结果和平运动乘势兴起。到了末期，占领迎来了新的军事指导者并迅速走向结束。
这些年间，东亚的国际形势发生了巨大的变化。1949年，苏联开发并试制了核武器，毛泽东领导的中国共产党军队在中国大陆打败了蒋介石的国民党。国民党逃往台湾。1950年2月末，美国联合参谋部总参谋长奥马尔·布拉德利将军飞往东京，与麦克阿瑟就远东紧急事态的防御计划进行了磋商。关于这个问题，杜鲁门政府允许麦克阿瑟在紧急事态发生时可以扩大权限，让他管制包括琉球群岛在内的日本周边广大海域。同期，杜鲁门采取了具有挑衅性的冒险战略，具体见于1949年12月的国家安全保障会议第48／2号文件和之后1950年3月的68号文件。3个月后，6月25日，朝鲜战争爆发。为了对应这种局势变化，日本重整军备，加强警察力量，并开始接受美国的大规模经济援助。很快地，日本不但经历了第一次战后经济繁荣，而且还经历了第一次民族主义的复兴。主要作为对这些变化的反作用，国际和平运动的一个分支——日本的和平运动诞生了。
1949年5月17日，应县议会对天皇巡幸的邀请，裕仁开始了为期24天的九州巡幸。这时，将天皇从主权者变成象征人物的宪法已经颁布了两年，国民的心态也已发生了改变。1948年10月，吉田茂再次掌权，1949年2月，组织了他的第3次内阁，这是第一个以稳定的保守派主流为基础的内阁。占领下的日本不再对侵略受害者进行象征性的赔偿，它正在成为“亚洲的工厂”。美国占领者也不再费力推行日本经济的民主化。不过，GHQ依然在控制政策的制定，也依然在执行对日本媒体的事后审查制度。然而更多的行政权限正在逐渐地移交给日本政府，1949年5月，保卫皇宫和天皇的责任完全移交给日本。6月，宫内府成为总理府的一个下属机构（宫内厅）。
裕仁的九州巡幸规模上不再像从前那样铺张。然而，天皇一行还是受到了热烈欢迎。除了新兴媒体呼吁人们支持君主制，再加上政府在各个层面的持续努力，最终保证了巡幸最大限度地唤起国民极为一致、但又是“自发的”热情。身穿工作服的天皇视察了三井煤矿，还会见了记者、学术界人士和著名文学家。在长崎，他马上将焦点对准了原子弹爆炸的幸存者，他访问了长崎医院，站在濒死的医学教授、放射线辐射的受害者永井隆的病床边让记者拍照。同年初，永井的手记《长崎的钟声》拨动了日本国民的心弦，手记指出，长崎是为了结束战争被神选中的纯粹的祭品，被天皇巧妙利用的“永井热”是日本国民对被压抑的核经历的一种迟到的觉醒。
在不断深化的冷战背景下，新日本的国民开始了解原子弹受害者的经历和体验，尽管这项工作着手得很晚。大田洋子的《尸体的城市》、原民喜的《夏之花》、今村得之和大森实的《广岛的绿芽》成为1948－1949的畅销读物。不断增强的核意识和不断加深的冷战相结合，带来了对新宪法的和平原则更为积极的评价。但是，在新宪法下运营国政的保守政治家们所持有的国家概念，与大多数国民所持有的国家概念仍有很大差距。仿佛是对宪法理想与现实间矛盾的反应，无论宫廷官僚如何仔细地策划和组织，关于天皇应有的行为方式问题，民间的意见仍无法统一。有些人希望天皇进一步“人间化”，有些人则认为如果天皇变得太“人间化”，君主制本身将失去信赖性。
1949年夏天举办的全日本游泳锦标赛等一系列体育赛事，占领后第一次振奋了民族主义精神。天皇和皇后出席了比赛，裕仁发表讲话对运动员进行了鼓励。当日本游泳冠军古桥广之进在洛杉矶的全美游泳比赛中创造了三项世界纪录之后，他和他的队友在皇宫受到荣誉谒见并被赐茶以示祝贺。那一年，京都大学汤川秀树教授荣获诺贝尔物理学奖也增添了国民的自豪感。这些新日本“象征性人物”的出现，给裕仁提供了在媒体上大面积曝光的好机会。
1950年初，裕仁发表和歌，表达了他九州之行和对汤川获得诺贝尔奖的喜悦心情。然后，便踏上了另一次连续巡幸的旅程。3月13日，为期19天的四国、淡路岛旅行开始。他访问了县政府办公厅、公立学校和大学、农业试验基地、孤儿院、造纸厂、化学工厂以及纺织厂和机械工具厂。与以往一样，人们的反应各不相同。多数情况是，巡幸中的天皇作为爱的精神体现者、慈爱的人、名人，通常都会受到热烈欢迎。然而，少数人仍然相信他是神圣的化身、活着的神，是一股激励人们精神和行动的强大力量。看到天皇来到近前，他们高呼万岁并激动得流泪。他们的面部肌肉绷得紧紧的，身体在颤抖，腿就好像接触了强电流不停地抖动。随后出现的将是情感麻痹，一时间失去意识，不知自己身在何处。这种现象，这种原封未动的臣民意识的身体表现，有过体验的人在回忆时都反复地描述过。他们的共通之处是有一种充实感，为能与天皇一起拼命工作，并一起遭受磨难。
而另一方面，无论怎么进行形象处理，也无法抹去他的战争责任。对天皇的淡漠感也在扩大。在少数左派人士那里，他的不善言谈依旧是嘲笑的对象。
美国和日本的外交准备正朝着和平条约的方向快速推进着，和平条约将把日本纳入美国领导的对抗苏联和中国新生的共产主义政权的集团当中。裕仁此时秘密地使自己参与到这个进程中来，使美日单边军事同盟的协商变得更加容易，关于这个协商，事实上日本给了杜鲁门政权所希望得到的一切。
挺进到鸭绿江
根据历史学家丰下楢彦的推想，裕仁的外交介入是在1950年4月18日他与麦克阿瑟第十次会面之后随即展开的。两位领导人之间的问题（1947年5月6日的第四次会谈以来）一直是放弃战争的宪法，和彼此对宪法重要性的认识。据第九次和第十次会谈时给天皇作翻译的松井明所言，1949年11月26日，正值关于和平条约的争论不断升温之际，他们讨论了“和平问题”。4月18日的会面中，话题中心是共产主义阵营对日本的威胁。据说，两次会面中，麦克阿瑟都宣扬了“第九条的精神”。而除了公共宣传目的之外从来不具有和平主义倾向的裕仁则坚持认为只有军事力量才能保护日本。也许是感觉到在日本的安全问题上，他与最高司令官之间的分歧是无法克服的，天皇最终决定回避这个问题。
可能有两个背景因素影响了他。1950年2月，苏联重新提起了裕仁的战争犯罪问题，以他在二战中批准使用生物和化学武器而要求对他进行审判。
另外，4月6日，共和党人约翰·福斯特·杜勒斯律师被任命为国务卿迪安·艾奇逊的特别顾问，这引起了东京和华盛顿对和平条约的谈判将重新开始的推测，自1949年秋以来，有关和平条约的谈判因美国国防部和国务院意见不一而受阻。丰下推测，裕仁与麦克阿瑟的第十次会面后，财政大臣池田勇人赴华盛顿时，曾带去天皇给麦克阿瑟的财政顾问约瑟夫·M·道奇的秘密私人信件。信件的“大意是［吉田］政府希望尽早缔结讲和条约。即使这样的讲和条约缔结了……也可能需要让美国军队在日本驻留，如果从美国方面不好说出口，作为日本政府，探讨由日本方面提出的方式也可以。”简而言之，是裕仁，而不是吉田，做出了加速缔结和平条约的第一份努力，和平条约将结束占领统治、在日本保留美国军队和军事基地，并将归还日本的独立。
杜勒斯6月下旬来到东京，开始了结束占领的和平条约与美日安全保障条约的全面谈判。当他与吉田第一次会面时，他对这位首相感到很失望。在安全保障问题上，吉田与裕仁不同，表现出一副不慌不忙、不情愿接受安全保障问题制约的样子。三天后，6月25日，北朝鲜派遣军队越过了北纬38°线，向南朝鲜的内地进军。分裂的朝鲜半岛的区域性纷争转变为全面内战。一向反应迅速的杜鲁门政府立即决定美国进行军事干涉，一夜间将冲突国际化。麦克阿瑟在东京的司令部，还没有做好心理准备，就对北朝鲜展开了陆海空的军事打击。
与此同时，裕仁得知了吉田与杜勒斯的糟糕会谈。战争爆发的翌日晚上，他通过宫内厅的松平康昌给杜勒斯带去“口信”，表达了对吉田的不信任。根据杜勒斯的记述，口信的“要点”是，美国官员“前来日本视察实情时，只能见到日本政府中得到SCAP正式认可的日本人……显然，SCAP认为他们有持有军国主义的观点，因此害怕接触这些经验丰富的人物。”但是，正是这些多数已被解除公职的干练官僚能够向“关心将来日美关系的美国人提供有益的建议和协力”。裕仁“建议在有关和平条约的条款进入最终程序之前，应该设立一个由真正代表国民的日本人构成的某种形式的咨询委员会。”
在《新闻周刊》的两名记者，哈里·克恩和康普顿·帕肯汉姆安排的晚宴上，松平向杜勒斯传达了“口信”。早在两年前，对麦克阿瑟的经济改革和战犯清除持批判意见的克恩和帕肯汉姆就组织了一个“美国对日协议会”，致力于促进美国和日本之间的贸易往来。裕仁也许认为，涉及到和平条约和军备重整问题，自称“臣茂”的吉田已不再是“日本国民的真正代表”。对于裕仁来说，克恩和帕肯汉姆再开了一条绕开首相的新的、独立的渠道，就像他先前绕过麦克阿瑟一样（原文如此），通过这两个人，他可以与华盛顿进行沟通。在宪法上这应该受到谴责，但这正是裕仁的特征。事实上，他正在复活战前的“双重外交”的传统习惯。
1951年1月25日，杜勒斯返回东京，解决剩余的问题。在第一次工作会议上，杜勒斯阐述了问题的症结所在，“我们是否有权力在我们认为必要的期间、必要的地方、驻扎我们认为必要数量的军队？”希望在日本全国无限制地部署军队的杜勒斯担心日本会试图引美国让步。但是吉田没有做任何努力，即便是形式上的，去限制美国在独立后的日本所持的特权，他简单地就作出了让步。美国获得了军事基地和治外法权；日本甚至还要建立一支5万人的“代用”军队。显然，吉田表现得很无能。但是他在这些谈判中的失败表现——同意设立基地以取得力量平衡；反驳杜勒斯关于美国将军队留在日本是一种友善行为的论点——恐怕更多地与裕仁的影响有关，而不是他自己的失误。
为了促进和平条约的商讨和谈判，裕仁及其亲信与美国对日委员会的主要成员接触了多少次我们无法确定。我们不能过分强调他们的影响。但也不能忽视裕仁所起的作用。1951年2月10日，裕仁在皇宫为杜勒斯举行了晚宴。那一年，他还在其他场合与杜勒斯至少见过两次面。这位未来的美国国务卿一定不会将昭和天皇仅仅视为一位礼仪上的元首。
朝鲜战争导致日本的社会状况发生了急剧的变化。初期那股要发展民主主义的热情冷却下来，左翼领导的工会组织受到了攻击。对左翼的政治镇压风潮随之而起，吉田政府和日本公众对新生的和平运动，以及对批判天皇表现得越来越无法容忍。那个夏天，讽刺杂志《真相》报道了一名来自长崎县佐世保市的青年称自己是裕仁的“私生子”。吉田首相代表裕仁提起了诉讼。很快，《真相》的发行商佐和庆太郎以诽谤罪被判了刑。就是裕仁最小的弟弟三笠亲王也因为公开反对复活“纪元节”（建国纪念日）和警告军国主义的危险性受到了批判。
1950年11月末，在接受了杜鲁门授权越过三八线占领朝鲜北部的两个月后，也就是受到中国的警告——美国（而不是南朝鲜）部队的进攻将威胁到中国的安全并将导致中国做出直接反应——的几个星期后，麦克阿瑟得知中国说要做出反应的威胁变成了现实。中国30万人的部队越过边境进入了朝鲜。鲁莽地扩大战线的美军很快败北，不得不大幅度后退，遭受了严重的损失。到了1951年1月，曾经命令部队挺进到鸭绿江边，如今变得恐慌沮丧的最高司令官在杜鲁门政权的眼中，只不过是一个危险的政治上“棘手的花瓶”。
学生举行和平集会
在新任命的第八军司令李奇微中将将中国军队的推进阻滞在三八线附近之后，麦克阿瑟再次超越权限，发表了未经授权