十二月十二日，中共中央负责人在通道城（今县溪镇）恭城书院举行临时紧急会议，参加人有博古、周恩来、张闻天、毛泽东、王稼祥和李德等。会议由周恩来召集，讨论战略行动方针问题。李德、博古不顾已经变化了的客观情况，仍坚持去湘西同红二、六军团会合的计划。李德后来曾写道：“我提请大家考虑：是否可以让那些在平行路线上追击我们的或向西面战略要地急赶的周（浑元）部和其他敌军超过我们，我们自己在他们背后转向北方，与二军团建立联系。”⑥毛泽东不同意李德的意见，说明红军主力现时北上湘西，将会陷入敌军重围，后果不堪设想。他又根据破译敌台的电报材料指出：国民党军队正以五六倍于红军的兵力构筑起四道防御碉堡线，张网以待，“请君入瓮”！他建议改向敌军力量薄弱的贵州西进。王稼祥、张闻天在发言中支持毛泽东的主张，周恩来等也赞同这个主张。博古不再固执己见，李德因为自己的意见被否定而提早退出会场。会议根据大多数人的意见，通过了西进贵州的主张。
当天下午七时半，中革军委发出“万万火急”电令，规定：“我军明十三号继续西进”，“第一师如今天已抵洪洲司，则应相机进占黎平”。⑦红军主力西进，在十二月十五日攻占贵州黎平，但北上还是西进的争论并没有结束。十八日，毛泽东在黎平城出席中共中央政治局会议。这次会议仍由周恩来主持，继续讨论红军战略行动方向问题。博古又提出由黔东北上湘西，同红二、六军团会合；李德因病没有出席，但托人把他坚持同红二、六军团会合的意见带到会上。毛泽东主张继续向贵州西北进军，在川黔边敌军力量薄弱的地区建立新根据地。王稼祥、张闻天支持毛泽东的主张。会议经过激烈争论，接受毛泽东的意见，并通过根据他的发言写成的《中央政治局关于战略方针之决定》，明确指出：“鉴于目前所形成之情况，政治局认为过去在湘西创立新的苏维埃根据地的决定在目前已经是不可能的，并且是不适宜的。”“政治局认为新的根据地区应该是川黔边区地区，在最初应以遵义为中心之地区，在不利的条件下应该转移至遵义西北地区。”⑧会后，周恩来把黎平会议决定的译文送给李德看。李德大发雷霆，向周恩来提出质问。周恩来的警卫员范金标回忆说：两人用英语对话，“吵得很厉害。总理批评了李德。总理把桌子一拍，搁在桌子上的马灯都跳起来，熄灭了，我们又马上把灯点上。”博古尽管自己意见被会议所否定，还是服从会议决定。当他知道周恩来和李德吵起来时，对周恩来说：“不要理他（指李德）。”⑨黎平会议的《决定》有着重大的战略意义，中央红军赢得了主动，挥戈西指，不仅完全打乱了国民党军队的原有部署，而且连战连捷，部队的面貌为之一新。军委纵队政委陈云后来以廉臣的笔名发表的《随军西行见闻录》中写道：“赤军由湖南转入贵州，此时确缴获不少。侯之担部至少一师人被缴械，并连失黎平、黄平、镇远三府城，尤其镇远为通湘西之商业重镇，赤军将各城市所存布匹购买一空。连战连进，此时赤军士气极旺，服装整洁。部队中都穿上了新军装。在湘南之疲劳状态，已一扫而空矣。”
“当我等行经剑河县附近之某村落时，见路边有一老妇与一童子，身穿单衣，倒于路边，气息尚存。”“正询问间，赤军领袖毛泽东至，告以老妇所言。当时毛即时从身上脱下毛线衣一件及行李中取出被单一条，授予老妇，并命人给以白米一斗。老妇则连连道谢含笑而去。”⑩一九三五年元旦，毛泽东出席中共中央在猴场召开的政治局会议，重申红军应在川黔边地区先以遵义地区为中心建立新的根据地的主张。多数与会者赞同这个意见，再次否定李德、博古提出的“完全可以在乌江南岸建立一个临时根据地，再徐图进军湘西，与红二、六军团会合”的错误主张，决定红军立刻抢渡乌江、攻占遵义。会议通过的《中央政治局关于渡江后新的行动方针的决定》指出：主力红军渡过乌江后，“主要的是和蒋介石主力部队（如薛岳的第二兵团或其他部队）作战，首先消灭他的一部，来彻底粉碎五次‘围剿’，建立川黔边新苏区根据地。首先以遵义为中心的黔北地区，然后向川南发展，是目前最中心的任务。”并规定：“关于作战方针，以及作战时间与地点的选择，军委必须在政治局会议上做报告。”⑾这在实际上取消了以往李德独断专行的军事指挥权。同时，在黎平会议后，已重新任命被李德、博古派到红五军团当参谋长的刘伯承为总参谋长。
但争论仍没有结束。正如周恩来所说：“从黎平往西北，经过黄平，然后渡乌江到达遵义，沿途争论更烈，在争论的中间，毛主席又说服了中央许多同志。”⑿王稼祥回忆道：“一路上毛主席同我谈论了一些国家和党的问题，以马列主义的普遍真理和中国革命实践相结合的道理来教导我，从而促使我能够向毛主席商谈召开遵义会议的意见，也更加坚定了我拥护毛主席的决心。”⒀此时，王稼祥向毛泽东提出了召开中央政治局扩大会议的意见，毛泽东认为这是一个好主意，建议他先同张闻天通通气。张闻天也同意王稼祥把李德、博古轰下来的意见，并且说：毛泽东同志打仗有办法，比我们有办法，我们是领导不了啦，还是要毛泽东同志出来。⒁一九三五年一月二日至六日，中央红军全部渡过乌江，向以遵义为中心的黔北地区挺进。
遵义，北倚娄山，南临乌江，是黔北政治、经济、文化的中心。中央红军突破乌江后，在一月七日解放了这个黔北重镇。毛泽东同周恩来、朱德等随军委纵队于九日下午进入遵义城。
这时，蒋介石得到空军的侦察报告说红军进驻遵义地区后方向不明，批准“追剿军总指挥”薛岳的请求，令第一纵队吴奇伟部集结贵阳、清镇一带整训待命；第二纵队周浑元部在乌江南岸对遵义方向警戒。这在客观上给中央红军的休整提供了条件。
毛泽东、王稼祥等向中共中央提出，立即准备召开政治局扩大会议。伍修权回忆说：“这时王稼祥、张闻天同志就通知博古同志，要他在会议上作关于第五次反‘围剿’的总结报告，通知周恩来同志准备一个关于军事问题的副报告。”⒂毛泽东、张闻天、王稼祥也认真准备发言。经过共同讨论，由张闻天执笔写出一个反对“左”倾教条主义军事路线的报告提纲。毛泽东过去在开会时一般都是即席发言，这次也写出一个详细的发言提纲。
博古意识到这次会上必有一场争论，事前进行活动。支持博古的政治局候补委员凯丰曾几次找聂荣臻谈话，要聂在会上发言支持博古。聂荣臻没有答应。凯丰向博古汇报说：“聂荣臻这个人真顽固！”
一月十五日至十七日，在遵义城红军总司令部召开中共中央政治局扩大会议。出席会议的政治局委员有博古、周恩来、张闻天、毛泽东、朱德、陈云，政治局候补委员有王稼祥、邓发、刘少奇、凯丰，红军总部和各军团负责人有刘伯承、李富春，林彪、聂荣臻、彭德怀、杨尚昆、李卓然，还有中央秘书长邓小平，军事顾问李德及翻译伍修权也列席会议，共二十人。
会议由博古主持，并作了关于第五次反“围剿”的总结报告。他对军事指挥上的错误作了一些检讨，但主要还是强调种种客观原因。周恩来作副报告，提出第五次反“围剿”失利主要原因是军事领导的错误，并主动承担了责任。随后，由张闻天代表他和毛泽东、王稼祥作联合发言，尖锐地批评“左”倾军事路线。接着，毛泽东作了长篇发言，指出：导致第五次反“围剿”失败和大转移严重损失的原因，主要是军事上的单纯防御路线，表现为进攻时的冒险主义，防御时的保守主义，突围时的逃跑主义。⒃他还以前几次反“围剿”在敌强我弱情况下取得胜利的事实，批驳了博古用敌强我弱等客观原因来为第五次反“围剿”失败作辩护的借口。同时，比较系统地阐述了适合中国革命战争特点的战略战术和今后军事行动的方向。会后陈云在传达提纲中说：“扩大会中恩来同志及其他同志完全同意洛甫及毛王的提纲和意见，博古同志没有完全彻底的承认自己的错误，凯丰同志不同意毛、张、王的意见。”⒄毛泽东在六十年代初曾多次讲到凯丰当时用反批评的方式来维护博古、李德。他说：“遵义会议时，凯丰说我打仗的方法不高明，是照着两本书去打的，一本是《三国演义》，另一本是《孙子兵法》。其实，打仗的事，怎么照书本去打？那时，这两本书，我只看过一本——《三国演义》。另一本《孙子兵法》，当时我并没有看过。那个同志硬说我看过。我问他《孙子兵法》共有几篇？第一篇的题目叫什么？他答不上来。其实他也没有看过。从那以后，倒是逼使我翻了翻《孙子兵法》。”⒅会议采纳刘伯承、聂荣臻的建议，决定红军准备北渡长江，在成都西南或西北建立根据地。经过三天热烈讨论，会议还作出下列决定：“（一）毛泽东同志选为常委。（二）指定洛甫同志起草决议，委托常委审查后，发到支部讨论。（三）常委中再进行适当的分工。（四）取消三人团，仍由最高军事首长朱、周为军事指挥者，而恩来同志是党内委托的对于指挥军事上下最后决心的负责者。”⒆遵照会议的决定，洛甫根据毛泽东的发言内容起草了《中央关于反对敌人五次“围剿”的总结的决议》，经政治局通过后印发各支部。决议指出，“军事上的单纯防御路线，是我们不能粉碎敌人五次‘围剿’的主要原因”；同时充分肯定了毛泽东在历次反“围剿”战役中总结的符合中国革命战争规律的积极防御的战略、战术原则。
遵义会议后不久，在常委中重新进行分工，由张闻天替代博古负总责；以毛泽东为周恩来在军事指挥上的帮助者。
遵义会议在中国革命最危急的关头，依据民主集中制的原则，独立自主地解决了党中央的组织问题，结束了王明“左”倾教条主义在中央长达四年之久的统治，确立了毛泽东在党中央和红军中的领导地位，“走自己的路”，从而挽救了党，挽救了红军。
毛泽东在身处逆境的情况下，经历了长时间被孤立的痛苦磨练，他深切地领悟到团结大多数的极端重要性。长征路上，他在中央领导层中一个一个地做工作，让正确的意见为大多数人所接受，这才实现了遵义会议的巨大转折。贺子珍说：遵义会议后，毛泽东对我感叹地讲：“办什么事都要有个大多数啊！”她比别人更清楚地察觉到：“毛泽东在遵义会议以后，有很大的变化，他更加沉着、练达，思想更加缜密、周到，特别是更善于团结人了。”⒇遵义会议后的新的中央，改变“左”倾宗派主义的干部政策，对犯了错误的人既严肃批评，又热情团结。同时，对以前受到错误打击的人进行平反。江华回忆说，“毛主席有发言权了，我们这些受错误路线打击的人，也逐渐得了‘赦免’。”罗明回忆道：“遵义会议后，毛泽东同志指示要起用受王明路线打击的干部。总政治部地方工作部通知刘晓任红一军团政治部地方工作部长，我任红三军团政治部地方工作部长。”（21）
被诬陷为江西“罗明路线”代表的邓小平，在遵义会议前已被任命为中共中央秘书长。对被诬陷为“罗明路线”在军队中的代表而被开除党籍判刑五年的萧劲光，遵义会议刚开完，周恩来就向他宣布：“会议认为，你的问题过去搞错了，取消了对你的处分，决定恢复你的党籍、军籍，中央还考虑要重新安排你的工作。”（22）
遵义会议期间，蒋介石对红军的围追堵截又作了新的部署，调集四十万兵力，企图将中央红军三万五千多人围歼于乌江西北地区。红军周围的局势变得更加严峻了。
在这种情况下，中革军委决定，部队从一月十九日开始逐次向北转移，在川黔交界处的赤水、土城地区集中。二十日，中革军委下达《渡江作战计划》，决定在宜宾、沪州之间北渡长江，进入川西北，同红四方面军会合，创立新的根据地。
红军分三路在二十七日全部推进到赤水河以东地区。毛泽东在向土城镇行军途中，同朱德、周恩来、刘伯承等商议，认为道路两边是山谷地带，如果追兵孤军深入，红军可以在土城以东的青杠坡利用有利地形，集中优势兵力，围歼川军郭勋祺师。
这场战斗是由毛泽东提议而经红军总部决定的，以红三、五军团为作战主力。它在二十八日凌晨打响，川军遭到重大打击，红军也付出不少代价。经过连续几个小时激战，没有取得较大战果。后来从抓获俘虏的番号中发现，原来的情报有误，敌军不是四个团六千多人，而是六个团一万多人，对川军的战斗力也估计不足，它的增援部队又即将开到，战局逐渐对红军不利。红军立刻由陈赓、宋任穷率领军委纵队干部团上前增援。在朱德亲临前沿阵地指挥下，干部团猛打猛冲，终于打退了川军的进攻，稳住了阵地。毛泽东在山头上看到这种情景，称赞道：“陈赓行，可以当军长。”接着，原已北上进攻赤水县城的红一军团赶回参战，把阵地巩固了下来。这就是土城战斗。
当晚，毛泽东提议召集中央政治局几个领导人开会。会议根据各路国民党军队正奔集而来进行围堵的新情况，判明原定在这里北渡长江的计划已不能实现，决定迅速撤出战斗，渡赤水河西进。这次战斗打得并不好。博古那时曾说：看起来，狭隘经验论者指挥也不成。
一月二十九日，红军一渡赤水，进入川南古蔺、叙永地区。这时，川军潘文华部三十六个团已部署在长江南岸的赤水、古蔺、叙永一带，防止红军从这里北渡长江。毛泽东和军委领导人认为在这种情况下，不应恋战，立刻指挥各军团