后来，拉贝提到他在安全区收留中国士兵的决定时，这样写道：“难道我没有权利那样做吗？我那样处理不对吗？”
随后的几天中，拉贝无能为力地看着日军从安全区拖走成千的中国士兵进行杀戮。日军杀害了数以千计的无辜民众，他们凑巧在手指上、前额上、脚上有茧子或疤痕——这些人包括拉黄包车的苦力、手工劳动者和一些警官。后来，拉贝亲眼目睹了南京的一个佛教慈善组织红十字会从一个池塘里拖出了120 具尸体（在以后的一份报告中，拉贝指出，南京的几个池塘事实上已经消失了，因为它们均填满了尸体。）
作为安全区国际委员会主席和纳粹党南京地区负责人，拉贝的这种地位对日本权力机关而言确实还是有一定份量的，他给日本大使馆一封接一封地写信。最初他总是压制自己的愤怒，每次在信中均使用礼貌的语气，因为身为德国公民和纳粹党领导人，他觉得有义务维持德日两国大使馆间的关系。他让委员会中的美国成员把他们写给日本大使馆的信给他看看、这样他就可以给这些信“加进一些甜言蜜语”。在他对日本大使信进行私人拜访时，拉贝一直保持着友好的态度。
日本外交官必然也以亲切的微笑和官场上的礼德来处理拉贝的信件，接待他的来访。但拉贝最终总是得到千篇一律的回答：“我们将会通知军部。”过了一些天，每天都有令人无法容忍的新的暴行出现，拉贝给日本大使信的信中语气变得越来越充满敌意了，言语中加重了对暴行的愤怒：
当时留在南京的27个西方人以及中国居民都被你军在12月14日进行的抢劫、强奸和屠杀等恐怖活动所震惊了！
不论在安全区内还是在安全区入口处，我们没有看见一个日本巡逻哨。
昨天，而且是在大白天，在大庭广众之下，在神学院的大厅里，日军士兵当着许多男人、妇女和儿童的面，强奸了数名妇女。我们22个西方人不能养活20万中国平民，也不帮你们白天黑夜地保护他们。这是日本当局的职责。如果你们能为他们提供安全保障，那么我们能够帮助养活他们！
假如目前这种恐怖局面持续下去的话，很快连工人也找不到，基本的服务根本无法进行。
渐渐地，拉贝和国际委员会的其他成员开始理解日本外交官答复的真实含义——下令进行屠杀的是军方，大使馆也无能为力。日本大使馆参赞福田德康跟拉贝谈了很多，他说：“日木军队想尽量地破坏这座城市，但我们大使馆，将竭力阻止他们。”在南京被疯狂蹂躏期间，一些日本大使馆官员确实曾建议国际委员会直接向日本国内寻求公众舆论的支持，以迫使日本政府采取行动。与此同时，另外一名使馆官员却竭力劝阻拉贝保持沉默，并警告他说：“一旦你对新闻记者说了什么坏话，整个日本军队都会对我群起而攻。”
到后来，日本盟国官员的身份成了拉贝最后一张护身符，他做了现在想起来令人十分害怕的事情：他开始在城里四处游荡，打算以个人力量去阻止暴行的发生。
无论何时拉贝开车往来于南京城中时，不时会有男人跳出来拦住车子，请求拉贝去制止一场正在进行的强暴——通常受害人是该男子的姐妹、妻子或女儿。于是拉贝就让他上车一起赶往出事地点。一到那儿，他就将日本兵从受害者身边赶跑，有一次他甚至亲自拉起一个正趴在一名年轻姑娘身上的日本兵。他知道这些行动是非常危险的（拉贝在给希特勒的报告中写道：“日本人有手枪和刺刀，而我……只有纳粹党标志和我的袖章。”）但是没有什么力量能够阻挡他的正义之举——即使面对死亡的威胁。
拉贝在1938年1月1日的日记中记下了这样一件事：“有位母亲跪在我面前，大声哭叫着恳求我，去营救她年轻漂亮的女儿。一进（房子），我就看见一个全身裸露的日本兵正压在那年轻姑娘的身上，那女于歇斯底里地哭喊着。我对那蠢猪喊叫着，用各种他能听懂的语言嚷着，‘新年快乐！’他只好灰溜溜地光着身子跑了，手里还拎着自己的裤子。”
拉贝被南京城内的暴行惊呆了。在街道上他看见许多具妇女的尸体横陈在被烧焦的房屋废墟边上，她们都是被强奸以后惨遭杀害的。拉贝在给希特勒的报告中写道：“3到10个一群的日本士兵开始沿街搜索，掠夺各种可以被偷走的东西。”
他们不停地对妇女和姑娘们施以残暴，并随心所欲地杀死任何人，包括表示反抗，试图逃跑、以及碰巧是在不适当的场合、不恰当的时间出现的人。上至年过七旬的老媪，下至不到8岁的幼女，都很难逃脱被奸污的恶运，事后日本兵还以最野蛮的方法，对她们施以毒打或残害。我们发现有些妇女的尸体躺在碎啤酒瓶上，还有的被竹竿刺破了身体。我亲眼目睹了这些受害者的惨状——甚至与其中一些奄奄一息的人进行交谈，最后是我把她们的尸体送到了鼓楼医院的停尸房。所以，我个人确信，所有这些报告谈到的都是事实。
在拉贝走在这座他深爱着的城市的废墟之时，他看见几乎在每一条街角处，都贴着漂亮的日本海报。上面写着：“回到家乡来！给你饭吃！信赖日本军！可得救助！”
拉贝从决定救助中国难民之后，就竭尽所能地收容中国人，他把自己的房子和办公室变为西门子公司雇员及其家属的避难所，还把许多中国妇女藏在后院矮小简陋的茅屋中。为防止她们遭受日本流氓的伤害，拉贝专门建立了一套警报系统。只要有日本兵翻过院墙，妇女们就会吹响口笛招呼拉贝冲到院内将他们赶走，这种情况太频繁了，以至于拉贝晚上几乎不敢离开家，唯恐日本兵会趁他不在的时候闯进来，对那些可怜的妇女恣意施暴。他不断地向日本军官控诉这些暴行，但都仿佛是泥牛入海，那些人根本置之不理。有一天拉贝抓住一个正在后院茅舍里强奸妇女的日本兵后，把他交给他的上司处理，可那日本军官也只不过煽了这个流氓一记耳光而已，再没有别的惩罚。
情况很糟糕，拉贝失望极了——因为他和其他20几个人只能有限地保护成干上万左右的市民免遭5万多日军的伤害——不过他井没有表示出来。他知道，最关健的是不能让日本人觉察到他们有丝毫的软弱，井且要以“一种不可一世，专制的姿态和力量”击溃对方。
值得庆幸的是，拉贝的纳粹党员身份使许多日本兵在准备更为残酷的伤害中国难民时有所顾虑——起码是在他面前，当地基督教青年会的秘书乔治·菲奇写道：“一旦他们中的任何人提出抗议，〔拉贝〕就把他的纳悴袖章伸过去，还拿着自己的纳粹勋章，并且是国家最高勋章，问他们认不认得这是什么。这样做总是很管用！”日本兵似乎非常尊敬——有些时候甚至害伯——南京的纳粹。当日本兵毫不犹豫地毒打美国人，用刺刀袭击他们，甚至将一名美国传教士顺看一段楼梯推下去之时，他们对待拉贝及其同胞们却表现出相当的克制。有一次，4名日本兵正在干着强奸、抢劫的勾当，当斯珀林的纳粹袖章出现在他们面前时，他们尖叫着“德国人！德国人！”逃跑了。还有一次，正是纳粹袖章救了拉贝的命。一天晚上，一群日本兵闯入他的住所，拉贝打着手电筒迎了上去，其中一名士兵掏出手枪，准备射击，可当他意识到“朝一个德国人开枪会惹出乱子时”，便住手了。
如果说日本人对拉贝怀着某种敬畏的心情，那么中国难民们则是深深地敬爱着他。对他们来说，拉贝是将他们的女儿从纵欲狂的魔掌中、将他们的儿子从机关枪枪口下解救出来的恩人。拉贝在安全区营地出现时，会引发人们一阵阵的欢呼声。有一次他到安全区去，上千名中国妇女哭喊着扑倒在他面前，请求拉贝保护她们，她们声称，宁愿就地自杀也不愿离开安全区遭受日本兵的奸污和折磨。
拉贝不断地给处于恐怖状态的难民们打气，使他们保存活下去的愿望。每当住在院子里的女难民生产，他就会为新生儿举办小型生日庆祝会。每个新生儿都收到一份礼物：男孩10美元，女孩9。5美元。（正如拉贝在给希特勒的报告中所言——“在中国女孩没有男孩值钱。”）更具象征意义的是，当男该子出生时，便取名叫拉贝；如果是女孩子呢，就用他妻子的名字，叫多拉。
拉贝的胆识和慷慨最终赢得了安全区国际委员会其他成员，甚至包括那些从根本上反对纳悴主义的人。乔治·非奇写信给她的朋友们说，他简直也“想戴纳粹徽章了”，以与拉贝和在南京的其他德国人保持友谊。甚至连罗伯特·威尔逊大夫，这位对纳粹主义深恶痛绝的人，也在给家人的信中赞扬拉贝说：“他在纳粹圈子里很突出，通过在过去几周里与他的密切接触，我发现他是一位非常杰出的人物，有着一顺充满仁爱的心，很难将他的人格与他对‘德国元首’的尊崇结合起来。”
南京城唯一的外科医生
南京城的外科医生都撤离了南京，只有罗伯特·威尔逊先生留了下来，这并不奇怪，他出生在这里，井在这里度过童年时代，南京在他心目中占据着特殊的位置。1904年，罗伯特·威尔逊生于南京一个基督教美以美教派家庭，这家人曾在南京建立了许多教育机构。他的叔叔约翰·弗格森创立了金陵大学。他的父亲被任命为该城牧师，也是中学教师，而他的毋亲是一位受过高等教育的希腊学者，能流利地讲好几国语言，她在南京城中为传教士子女开办了一所学校。十几岁时，罗伯教·威尔逊跟着珀尔·巴克（中文名赛珍珠——编注）学几何，赛珍珠后来因写了一部中国题材的小说获得诺贝尔文学奖。威尔逊在这样的环境中成长并展示出非凡的才华。在17岁时，他获得了普林斯顿大学的奖学金。大学毕业后，他在康涅狄克州的一所高级中学教了两年拉丁文和数学，后又进入哈佛医学院深造，此后便在纽约圣卢克医院作见习医生，在这里他与一位护士长相爱并结婚。威尔逊不愿在美国继续发展，他认定自己的未来应该在故乡南京，于是便携带新婚妻子于1935年回到中国，在金陵大学医院行医。
最初的两年生活对威尔逊一家来说也许是最为美妙和惬意的。生活节奏舒缓而令人陶醉——他们与其他传教士夫妇共餐，参加外国使馆举办的高雅的茶话会和招待会，在配有私人厨师和仆役的乡间别墅聚会．晚上他阅读中国古文，并在一位私人家庭教师的指导下学习，以提高中文水平。每星期三下午休缓时，他便去打网球。有时他和妻子一起去湖边，在小船上用餐，驾船漂流在盛开着红色荷花的水巷之间，呼吸着沁人心脾的芳香空气。
然而战争无情地永远击碎了威尔逊一家在南京的安闲宁静的生活。七月，卢沟桥事件之后，为防止日本人用毒气袭击，南京城里人人都戴着用化学涪荆和多层棉纱布做的防毒面具。威尔逊赶在1938年8月日本人开始轰炸这座古都之前，把妻子马乔里和刚出生不久的小女儿伊丽莎白送上了一艘炮艇，她们安全抵达牯岭（在庐山上—编注）。可他担心，如果战争继续下去，自己的妻女都会被饿死，因此威尔逊执意要求她们母女俩返回美国。威尔逊夫人顺从了丈夫的意愿，回到纽约后，在圣卢克医院工作，她的母亲帮忙照看着孩子，毋庸置疑，威尔逊大夫本人留在了南京。大约60年后，他的妻子回忆说：“他认为这是他的职责所在”，“中国人民是他的同胞。”
那年秋天，为了解除孤独，威尔逊搬到赛珍珠的前夫洛辛·巴克的家中。不久这里便挤俩了他的朋友：外科医生理查德·布雷迪，基督教联合会传教士詹姆斯·麦卡勒姆和其他一些人，他们后来都成为南京安全区国际委员会的成员。像威尔逊一样，其中有许多人已将他们的妻子和儿女送出了南京。
病人较少的时候，威尔逊经常给家人写信。许多信中详细描述了死于日机轰炸的牺牲者的惨状，其场景令人毛骨悚然。例如记叙一个背部被弹片击中的女孩子蜷缩在那里，她的臀部被炸裂了。他从战争伤亡人员身上取出的弹片和子弹数目不断增加——他以讽刺的语气写道，这足够在战争结束之前开“一个相当大的博物馆了”。
尽管他知道日本人不会由于轰炸医院而深感良心不安，但威尔逊继续去上班。9月25日，南京遭受了历史上最严重的一次空袭，日本人向中央医院和卫生部投下两枚重达1000磅的炸弹，虽然其中一幢建筑物顶上竖立着明显的大红十字标志，但同样难逃厄运。这些炸弹在距离100名医生及护士藏身的防空洞仅有50英尺左右的地方爆炸。
在医院里，威尔逊尽一切可能将遭受日军空袭的危险降至最低点。他们在窗户上挂了厚厚的黑色窗帘，遮挡房间里的灯光，以免被日军飞行员发现。但是全城到处流传着间谍们散怖的谣言，说威尔逊他们在夜里用红色和绿色信号灯把最主要的目标指示给日军飞行员。在一次空袭中，一个陌生人潜入了医院，手章一个红色遮掩着的手电筒，而不是用绿色或黑色，当他企图打开为防止谍气诱入而已经被紧紧地封闭着的窗户时，引起了人们的怀疑。而当他向一名受伤的中国飞行员询问有关飞行高度和中国轰炸机的射程等一系列不同寻常的问题时，更令人十分怀疑。
随着秋天的临近，威尔逊感觉到自己已经是极为劳累过度了。然而却有越来越多的人需要治疗——不仅有被日本人炸伤的平民百姓，而且有从上海撤下来的伤兵。从上海到芜湖之间的医院里，住着大约10万名中国伤兵。一列又一列满载伤兵的火车将他们送到南京北郊的下关车站。有些人就躺在车站的地上死去，而其他人则踉踉跄跄漫无目的地走在南京城中。一些伤病痊愈的士兵重返前线，而那些折了胳膊或断了腿的终身残废者则只能揣着领到的两美元抚恤金及一纸送伍文书，被遣散回家了。对大多数士兵而言，故乡