二十五日，毛泽东和中央其他领导人到懋功县城以北的两河口，欢迎从茂县前来的四方面军主要领导人张国焘，并举行两大主力红军会师大会。朱德致欢迎词，说明两大主力红军会师的重大意义和北上的方针。张国焘在讲话中却公然提出同中央相悖的西进方针。（33）毛泽东和张国焘都是中共一大的代表，已经多年不见了，但一见面谈话却并不投机。
第二天，在两河口举行中共中央政治局扩大会议。周恩来在会上作了目前战略方针的报告，从地域是否便于机动、群众条件和经济条件三个方面，阐明红军应该去“川陕甘”，“我们如陷在懋、松、理，就没有前途”。提出以运动战迅速北上攻打驻松潘的胡宗南部，创造川陕甘根据地。张国焘在发言中勉强表示同意中央的北进方针，又同时提出也可“向南”，“向成都打”的问题。毛泽东发言同意周恩来的报告，提出：一、中国红军要用全力到新的地区发展根据地，在川陕甘建立新根据地，这是向前的方针，要对四方面军同志作解释，因为他们是要打成都的，而一、四方面军会合后有可能实现向北发展。二、战争性质不是决战防御，不是跑，而是进攻，因为根据地是依靠进攻发展起来的，我们应当过山战胜胡宗南，占取甘南，迅速向北发展。三、我须高度机动，这就有个走路的问题，要选好向北发展的路线，先机夺人。四、集中兵力于主攻方面，如攻松潘，胡宗南如与我打野战，我有二十个团以上，是够的。今天决定，明天即须行动。五、责成常委、军委解决统一指挥问题。（34）
会议经过三天讨论，通过北进建立“川陕甘”根据地的战略方针。二十八日，政治局根据会议精神作出《关于一、四方面军会合后的战略方针》的决定。指出：“我们的战略方针是集中主力向北进攻，在运动战中大量消灭敌人，首先取得甘肃南部，以创造川陕甘苏区根据地。”“为了实现这一战略方针，在战役上必须首先集中主力消灭与打击胡宗南军，夺取松潘与控制松潘以北地区，使主力能够胜利地向甘南前进。”（35）
六月二十九日，毛泽东又出席中共中央政治局常委会议。会议除决定张国焘为中革军委副主席，徐向前、陈昌浩为军委委员外，主要听取博古关于华北事变的情况报告。毛泽东发言时指出：日本帝国主义想把蒋介石完全控制在自己手下。“党对时局应有表示，发表文件，在部队中宣传，反对日本”，这是“最能动员群众”的。（36）会议决定，以中共中央名义发表宣言或通电。
张国焘回去后，自恃他所领导的军队人数多，又策动一些人给中央写信伸手要权。他还以“统一指挥”、“组织问题”没有解决为借口，故意拖延执行中革军委在两河口会议后制定的《松潘战役计划》。
中央红军为了执行《松潘战役计划》继续北进，在七月初翻过第二座大雪山，抵达卓克基，十日到达芦花（今黑水县）。朱德、毛泽东、周恩来致电张国焘，催促他立刻率部北上，并要张国焘、徐向前、陈昌浩迅速到芦花集中指挥。
张国焘到芦花后，中共中央在十八日举行政治局常委会议，讨论组织问题。张国焘提出要提拔新干部，主张增补一批人“可到军委”。毛泽东说：提拔干部是需要的，但不需要这么多人集中到军委，下面需要人。会议为了团结张国焘共同北上，同意将原由周恩来担任的红军总政委改由张国焘担任，周恩来调中央常委工作。中革军委当天发出通知：“仍以中革军委主席朱德同志兼总司令，并任张国焘同志任总政治委员。”二十一日，组织前敌总指挥部，以徐向前兼总指挥、陈昌浩兼政治委员，叶剑英兼参谋长。
张国焘一朝权在手，便以集中统一指挥为名收缴各军团的密电本。彭德怀回忆说：“我完成任务后，回到芦花军团部时，军委参谋部将各军团互通情报的密电本收缴了，连一、三军团和军委、毛主席通报密电本也收缴了。从此以后，只能与前敌指挥部通报了。与中央隔绝了，与一军团也隔绝了。”（37）
由于张国焘一再拖延，战机已被贻误，使胡宗南部得以集中兵力扼守松潘，红军已难经松潘沿大道进入甘南。中共中央只得撤销原定的《松潘战役计划》，改从自然条件极端恶劣的大草地北上，这给红军北上带来极大的困难。八月三日，红军总部制订《夏洮战役计划》，将红军分左、右两路北上：右路军由红一方面军的第一、第三军即原第一、三军团和红四方面军的四军、三十军组成，中共中央机关和前敌总指挥部随右路军行动；左路军由红四方面军的第九军、三十一军、三十三军和红一方面军的五军、三十二军（即原第五、九军团）组成，红军总司令朱德、总政委张国焘和总参谋长刘伯承随左路军行动。
八月四至六日，中共中央政治局在毛儿盖附近的沙窝召开会议。毛泽东在发言中，再次强调两河口会议确定的北上战略方针，批评了张国焘的错误主张。会议决定恢复红一方面军总部，由周恩来担任司令员兼政治委员。会议通过的《中央关于一、四方面军会合后的政治形势的决议》，重申北上方针，强调创造川陕甘根据地是当前红一、四方面军面临的历史任务。为此，必须加强党对红军的绝对领导，维护两个方面军的团结。决议指出，在红军中必须纠正对革命前途悲观失望的右倾错误。
会后，周恩来发高烧病倒了，经确诊是患阿米巴肝脓肿。毛泽东常去看望。他肩头的担子更重了。
张国焘参加沙窝会议时，表面上再次表示同意中央的北上方针，实际上没有放弃因畏惧国民党军队而主张退却的打算。他回去不久，又提出经阿坝向青海、宁夏、新疆退却，同中央规定的北进夏河流域相左。
鉴于张国焘坚持向青、宁、新退却的主张，中共中央在八月十五日致电张国焘：“不论从敌情、地形、气候、粮食任何方面计算，均须即时以主力从班佑向夏河急进。左路及一方面军全部，应即日开始出动，万不宜再事迁延，致误大计。”“班佑以北，粮、房不缺，因此一、四方面军主力，均宜走右路。左路阿坝，只出支队，掩护后方前进。”“目前应专力北上，万不宜抽兵回击抚边、理番之敌。”（38）
接着，毛泽东召集徐向前、陈昌浩、叶剑英等开会，研究右路军经草地北上的具体路线，决定由叶剑英率两个团为右路军先遣队。他召见红一军二师四团团长杨成武，布置先头团过草地的任务。杨成武回忆道：“毛主席一手叉腰，一手指着地图，说：”要知道草地是阴雾腾腾、水草丛生、方向莫辨的一片泽国，你们必须从茫茫的草地上走出一条北上的行军路线来。‘“”北上抗日的路线是正确的路线，是中央研究了当前的形势后决定的。“”我们只有前进。敌人判断我们会东出四川，不敢冒险走横跨草地，北出陕、甘的这一着棋。“”他又强调说：“克服困难最根本的办法，是把可能碰到的一切困难向同志们讲清楚，把中央为什么决定要过草地北上抗日的道理向同志们讲清楚。只要同志们明确了这些，我相信没有什么困难挡得住红军指战员的。’”“‘要尽量想办法多准备些粮食和衣服，减少草地行军的困难！’毛主席恳切地、着重地嘱咐我这两句话，然后问我是否已找到向导。”“毛主席一边与我握手，一边叮咛道：”到徐总指挥那里去一下，去接受具体指示。‘“（39）
八月十九日，中共中央政治局在沙窝召开常委会议，研究常委分工，决定由毛泽东负责军事工作。
第二天，中共中央政治局在毛儿盖召开扩大会议，由毛泽东作夏洮战役后的行动问题的报告。当时，中共中央所在的右路军在东侧，张国焘所在的左路军在西侧。毛泽东从军事、经济、民族、地形等条件，论证了红军主力不应向西而应向东。并且指出：目前我们的根据地应“以洮河流域为基础”，将来向东发展，后方移至甘肃东北与陕西交界地区。（40）徐向前、陈昌浩同意毛泽东的报告，说战略方针当然是向东，左路军一定要与我们靠拢。毛泽东做会议总结说，今天讨论意见是一致的，“向东还是向西是一个关键问题”，应采取积极向东发展的方针。夏洮战役应采取由包座至岷州的路线，可集中三个军，甚至全部集中走这条路线。左路军应向右路军靠拢。阿坝要迅速打一下，后续部队应坚持向东打。（41）会议决定由毛泽东起草一个补充决议。这次会议调整了夏洮战役具体部署，以右路军为北进主力，有着重要的意义。
由毛泽东起草并经中央政治局通过的关于目前战略方针之补充决定指出：“为实现六月二十八日关于目前战略方针之基本的决定，要求我们的主力，迅速占取以岷州为中心之洮河流域（主要是洮河东岸）地区，并依据这个地区，向东进攻，以便取得陕甘之广大地区，为中国苏维埃运动继进发展之有力支柱与根据地。”针对张国焘坚持西进青海、宁夏和新疆的主张，补充决定说：“政治局认为目前采取这种方针是错误的，是一个危险的退却方针。这个方针之政治的来源是畏惧敌人夸大敌人力量，失去对自己力量及胜利的信心的右倾机会主义”。中共中央致电朱德、张国焘通报了毛儿盖会议的精神，指出：“目前应举右路军全力，迅速夺取哈达铺，控制西固、岷州间地段，并相机夺取岷州为第一要务。左路军则迅出洮河左岸，然后并力东进，断不宜以右路先出黑错、旧城，坐失先机之利。”（42）
八月下旬，毛泽东随右路军离开毛儿盖，向荒无人烟的大草地进军。毛泽东的警卫员吴吉清回忆说：“一当走进草地，情况就完全变了。天空像用锅底黑刷过的一般，没有太阳；眼前是一望无边的茫茫草原，看不见一棵树木，更没有一间房屋。”“如果一不留心，踏破了草皮，就会陷入如胶如漆的烂泥里，只要一陷进去，任你有天大的本事，也别想一个人拔出腿来。我因为性子急，走进草地不远就碰上了这种倒霉的事儿，幸好被主席那宽大有力的手一拉，才摆脱了危险。一上来，主席就对大家打趣地说：”别看他外表像个泥人，那泥里包着的可是钢铁！‘“
“几天来，他不仅把担架和马让给伤病员乘坐，而且每天在行军八九十里途中，还要坚持工作。一路上，他不是和指挥员、战士们谈心，了解部队的思想情况，就是向伤病员询问病情，鼓舞医务工作的同志想尽一切办法，加强医疗护理工作。并且一旦了解到伤病员因缺粮而造成的危难，主席就立刻指示副官处，利用中途休息的时间，杀掉几匹马，把马肉分送给各连队的伤病员。而他自己，每天和战士们一样吃着青稞野菜汤，不要一点马肉。”（43）
经过七天六夜的艰苦跋涉，毛泽东同指战员一道走出荒无人烟的草地，到了班佑。右路军一部成功地进行了包座战斗，歼灭国民党军第四十九师五千余人，为进入甘南打开了通道。这是红一、四方面军会师后取得的第一个大胜仗。
九月一日，毛泽东、徐向前、陈昌浩联名致电朱德、张国焘，要左路军迅速东进，同右路军靠拢。在等候期间，右路军进行了休整。毛泽东在巴西举行的中央政治局会议上又提出要重新进行三大纪律、八项注意的教育。
九月初，在中央一再催促下，张国焘才命令红五军进抵墨洼附近，但接着又下令红五军全部返回阿坝。他的分裂活动更加变本加厉：一面致电左路军驻马尔康地区的部队，要正在北上的军委纵队移到马尔康待命，如其不听，“则将其扣留”；一面致电陈昌浩、徐向前转中央，再次表示反对北进，坚持南下，并称“左右两路决不可分开行动”。九月九日，又背着中央另电陈昌浩率右路军南下，企图分裂和危害党中央。
这样，局势便发展到千钧一发的危急地步。右路军前敌指挥部参谋长叶剑英看到张国焘发给陈昌浩的那个电报，立刻秘密地赶往中共中央驻地巴西向毛泽东报告。毛泽东迅速抄下电文（一九三七年三月，毛泽东在政治局会议上讲到，电文中有：南下，彻底开展党内斗争），并同张闻天、博古等磋商，一致认为在这种情况下再想继续说服并等待张国焘率部北上，不仅没有可能，而且必将导致严重后果。
当晚，毛泽东在阿西同张闻天、博古、王稼祥和病中的周恩来等开紧急会议，当机立断地决定率红一、三军团迅速脱离险区，立即北上，并且通知已经北上俄界的林彪、聂荣臻，行动方针有变化，要他们在原地待命。同时，以中央名义致电张国焘，严肃地指出：“右路军南下电令，中央认为完全不适宜的。中央现恳切地指出，目前方针只有向北是出路，向南则敌情、地形、居民、给养都对我极端不利，将要使红军受空前未有之困难环境。中央认为北上方针绝对不应改变。左路军应速即北上”。（44）
在出发北上前，发布毛泽东写的《共产党中央为执行北上方针告同志书》。指出：南下是草地、雪山、老林，人口稀少，粮食缺乏，敌人在那里的堡垒线已经完成，我们无法通过。“对于红军，南下是没有出路的。南下是绝路。”“你们应该坚决拥护中央的战略方针，迅速北上，创造川陕甘新苏区去。”
北上红军凌晨二时出发，毛泽东率部在前，彭德怀率部在后掩护中央机关北上。天明时，毛泽东看到叶剑英率军委纵队一部分赶了上来，十分高兴地说：“哎呀！剑英同志你来了，好！好！”后来，他引用“诸葛一生唯谨慎，吕端大事不糊涂”的话，来赞扬叶剑英的这次历史功绩。当时在场的伍修权回忆道：“正谈话时，四方面军的副参谋长李特骑马赶来了。他大喊：”原来四方面军的同志，回头，停止前进！‘’不要跟机会主义者北上，南下吃大米去！‘毛主席劝阻他，他就同毛主席吵架。“”毛主席还是规劝、开导他